Compréhension des mécanismes de signalisation au niveau moléculaire Flashcards
(E.3)Représentation en surface moléculaire
d’un complexe entre un domaine SH2 de GRB2 et un peptide d’un RTK contenant une P-Tyr
la P-Tyr est enfouie à l’intérieur du
domaine SH2 (phosphorylé donc chargée négativement)
la surface dans laquelle s’enfouie la P-Tyr est chargée positivement.
La surface chargée résulte de la présence des résidus Arg du domaine SH2 qui interagissent
avec la P-Tyr
Rep: Domaine SH2 de la structure tertiaire montre une dépression soit une complémentarité de force sur la surface mais surtout des donneurs et des accepteurs d’H et on voit de la complémentarité de charges
(E.3)Représentation schématique d’un complexe entre un domaine SH3 de GRB2 et un peptide riche en prolines de SOS
la complémentarité de surface entre le peptide et
le domaine SH3
la complémentarité de charge entre le peptide et
le domaine SH3
Domaine SH3 de Grb2 reconnait SoS. Il y a interaction hydrophobe et électrostatique
(e.3)Les protéines GEF (Guanine-nucleotide exchange
factor) accélèrent l’échange du GDP pour le GTP
Les GEF reconnaissent et stabilisent la conformation du complexe
Ras-GDP dans une forme ouverte prête à laisser diffuser le GDP hors
de RAS et à laisser entrer le GTP. Cet échange est favoriser par la
concentration de GTP 10 fois plus grande que celle du GDP.
GEF de Ras? SoS
(En général) Activation de Ras suite à
la liaison d’une hormone
à un Récepteur Tyrosine
Kinase (RTK)
1.Liaison hormone—» dimerisation et autophosphorylation ds résidus tyrosine
2.Liaison de Grb2 et SoS (couple) sur Ras inactive la rendant active
3. SoS promote dissociation GDP de Ras, GTP se lie et crée MAPK voie et finalement SoS se dissocie de Ras
(e.1) Mécanisme enzymatique de la
Phosphorylation par les domaines
Kinases
Complexe CDK2/ATP sous
forme active quand Boucle d’activation
Thr160 phosphorylée
pour la refermer il faut des kinases, car il y a répulsions de charges (-) et (-) entre Thr160 et ATP
(e.1)Mécanisme du tranfert du groupement g-phosphoryl
de l’ATP vers le substrat (serine) catalysé par les
Kinases
K72 (33 dans CDK2) et Mg12+ positionnent (et stabilisent durant la réaction) les phophates
dans une configuration idéale (et minimisent les répulsions électrostatiques entre b et g.
Abstraction du proton et activation de la sérine
pour l’attaque nucléophile sur le phosphore y
(é.2)Régulation de la phosphorylation des Tyr (3 étapes)
- récepteurs inactifs (2 monomères)
2.trans-autophosphorylation
3.Recepteur activé en dimer (devenu dimer)
(é.2)Pourquoi un RTK ne
s’autophosphoryle pas en cis
(intra-monomère) en absence
d’agoniste?
La Y1162 a une fonction d’inhibition de l’auto-
phosphorylation (en cis) sous la forme de monomère (en absence d’agoniste)
La boucle d’activation est trop courte pour positionner la D1150 (qui lie l’ATP) et la Y1162 dans le site actif dans une configuration permettant la réaction de phosphorylation.
L’ATP ne peut entrer …
(é.2)Vrai ou faux: Pour avoir auto-phos-
phorylation (en trans), il faut que la boucle (en vert) change de
conformation (phosphorylation)
Vrai
L’ATP peut entrer et une Tyr de
l’autre monomère entre
favorablement dans le site actif
pour y être phosphorylé
(part 2) Ras une protéine G: GTPase monomérique
Hydrolyse GTP en GDP
Par son activité GTPase, Ras s’auto-inactive.
Cependant cette réaction est très lente ….
(part 2)Activation de l’adenylyl-
cyclase suite à la liaison d’une hormone
1.Hormone se lie au récepteur et change sa conformation
2.Récepteur se lie à Gas
3. Changement de conformation de prot Gas et GDP remplacé par GTP
4. Gas se lie a adényl cyclase et forme AMPc
5.Hydrolyse GTP en GDP et Gas se relie avec Gy et Gb
Structure d’un hétérotrimère Gabg
la présence
de groupements gg
(géranyl-géranyl) et p
(palmytoil) localisant la
protéine à la surface de
la membrane
Les rubans foncés
représentent les régions
qui interagissent avec le
récepteur
Qui est la GEF
le récepteur sous forme active permettant ouverture de sous-unité alpha
