Chapitre 8 Flashcards
Quels sont les deux moyens principaux d’activation?
Le recrutement de la polymérase à un promoteur faible (liaison coopérative) et le changement conformationnel de la polymérase ou de l’ADN (allostérie)
Pourquoi la régulation est-elle plus compliquée chez les eucaryotes ?
Car l’accès aux gènes est plus compliqué et les gènes possèdent plusieurs séquences régulatrices controlées par plusieurs protéines régulatrices
Qu’est ce qu’un gène rapporteur?
C’est une manière de voir l’effet d’une séquence régulatrice en la fusionnant avec un gène dont on peut facilement mesurer l’expression de la protéine
Quelles sont les deux portions qui forment un activateur?
La région activatrice et le domaine de liaison
Si on fusionne à un autre domaine de liaison, une certaine région activatrice, peut-on activer un gène?
Oui
Quels sont les quatre domaines de liaison à l’ADN chez les eucaryotes?
L’homéodomaine, le doigt de Zinc, l’agraphe à leucine et l’hélice boucle hélice
L’homéodomaine est similaire à quel domaine de liaison ?
Celui de l’hélice coude hélice retrouvé dans les bactéries
Comment fonctionne le motif doigt de zinc?
Il utilise un atome de zinc pour stabiliser l’hélice alpha qui s’insère dans le sillon majeur de l’ADN.
Comment fonctionne l’agrafe à leucine ?
Elle est formée de deux hélices alpha qui viennent sous une forme de pince se lier au sillon majeur de l’ADN. La partie du haut sert à renforcer la structure
Comment fonctionne le domaine hélice-boucle-hélice?
Comme celui de l’agraphe à leucine , mais avec une boucle qui relie les deux hélices
Qu’est ce qu’un hétérodimère?
C’est une combinaison entre deux dimères de types différents. C’est exclusif aux eucaryotes. Ça permet de pouvoir se lier à plus de séquences
Est ce que les activateurs de la transcription agissent directement sur la polymérase?
Non
Quels facteurs sont fréquemment appelés par les activateurs?
Les facteurs généraux de transcription, les modificateurs d’histone
Quels sont les deux types d’enzyme qui peuvent modifier la chromatine ?
Les histones acétyltransférases et les complexes remodeleurs de chromatine
Quelle partie des histones est exposée à la modification ?
Les queues N terminales
Quelles sont les 2 types de modification qui peuvent être apportées aux histones?
La méthylation et l’acétylation
Comment fonctionne l’acétylation des histones?
L’activateur vient se lier sur une partie exposée. Cela altère la charge des histones en les neutralisant et provoque le déroulement de la chromatine rendant le gène accessible pour la transcription
À quoi peut servir l’acétylation des histones autrement que de dérouler l’ADN?
À attirer le recrutement de facteurs spécifiques qui contiennent un bromodomaine
Quelles sont les types d’actions que peuvent faire les remodeleurs de chromatine?
Glisser, changement conformationnel pour qu’un autre facteur puisse se liver, dériver l’ADN pour qu’il rejoigne d’autres histones, dissocier l’ADN de son histones
À quoi sert LCR?
C’est une région de contrôle qui contrôle plusieurs gènes avec des éléments inhibiteurs, activateurs et isolateurs.
Quel est le déroulement global de la régulation de la transcription chez les eucaryotes ?
On peut seulement transcrire si on est dans l’eucromatine. Ensuite, on utilise des enhancers pour ouvrir la chromatine à l’aide de plusieurs facteurs. On recrute des facteurs spécifiques. On initie la transcritpion
Quel est le rôle des gènes Hox ?
Ils codent pour des facteurs de transcription qui déterminent la morphologie des animaux
Comment déterminer si un domaine est transcriptionnellement actif ou non ?
Ce sont le rassemblement des différents activateurs qui vont s’installer sur les enhancers qui permettent de recruter des remodeleurs de chromatines et autres facteurs et rendre le domaine actif
Qu’est ce qu’un isolateur ?
C’est une protéine qui se lie entre un promoteur et son activateur et qui peut empêcher l’activateur d’agir sans toutefois inhiber. Il peut agir en amont ou en aval
Quelles sont les différentes manières de réguler avec le contrôle combinatoire ?
Par liaison coopérative. Le facteur A peut aider le recrutement d’autre facteurs qui permettent le remodelage de l’ADN. Le facteur A peut directement modifier la chromatine pour rendre le site de B accessible
Expliquer l’exemple du gène HO et de l’inégration du signal
Le gène est exprimé lorsque la levure bourgeonne et seulement chez la mère. Il est sous contrôle de deux protéines, sW15 et SBF. Quand SW15 de lie à ses sites de liaison, il recrute un complexe de remodelage de la chromatine, ce qui découvre les sites de liaison de SBF
Expliquer l’exemple du gène beta interféron
Il ne s’exprime que lors d’une infection virale. L’infection active des protéines qui se lient coopérativement à l’ADN formant l’enhancéosome. Ensuite, une autre protéine se lie au complexe et aide à l’activation de la transcription en rapprochant les éléments du complexe
Qu’est ce qu’une voie de signalisation ?
Une bactérie réagit à son environnement. Elle manque ou a trop de nutriment et cette information est distribuée par les voies de signalisation possédant des récepteur à activité kinase sensibles à un nutriment en particulier.
Expliquer l’exemple des récepteurs TGFbeta
L’activation des récepteurs TGFbeta permet la transcription de gènes contenant des SBE.
Il a une partie intracellulaire qui s’autophosphoryle et une extracellulaire qui reconnait les nutriments. Sa phosphorylation provoque celle de d’autres protéines qui en s’associant révèlent un signal NLS. Le complexe est ainsi apporté au noyau.
Comment se déroule l’activation de Ras par EGF?
- La liaison d’une hormone au récepteur RTK induit sa dimérisation et l’activation de son activité kinase
- La protéine GRB2 se lie au récepteur activé avec son domaine SH2
- Son domaine SH3 lui permet de se lier à une GEF appelée Sos
- Sos active Ras avec son activité GEF
Nommer un effet de l’activation de Ras
L’activation de la voie MAPK
Comment se déroule l’activation de MAPK?
- Une fois que Ras est active, elle recrute RAF, une autre GTP ase
- Elle hydrolyse de GTP en GDP et active la protéine suivante.
- On est donc en présence d’une cascade protéique qui finit avec le dimère MAPK
Comment MAPK active-t-elle la transcription ?
- Lorsqu’elle est activée par phosphorylation, elle active p90
- Elle et p90 entrent dans le noyau
- p90 acive SRF
- MAPK active TCF
- SRF et TCF forment un complexequi reconnait et active la transcription de gènes portant un élément SRE
Quels facteurs sont désignés par SRE?
Les facteurs de croissance
Quelle est la particularité des hormones stéroidiennes?
Ce sont un groupe de composés liposulubles qui peuvent influencer directement l’activité des récepteurs nucléaires . Ils agissent par rapport aux gènes anti inflammatoires
Quelle est la structure commune des récepteurs nucléaires ?
Un domaine variable, un domaine de liaison à l’ADN en motif à doigt de zinc et un domaine de liaison à l’hormone dépendant de la liaison du ligand . Il peut agir comme répresseur quand son hormone est absente
Où sont situés les hétérodimères ?
Dans le noyau
Qu’arrive-t-il aux hétérodimères quand ils ne sont pas liés avec leur hormone?
Ils se comportent comme des répresseurs. Quand l’hormone arrive, elle se lie à leur sous unité RAR du répresseur, qui recrute un coavtivateur, qui recrute une acétyltransférase, qui active l’hétérodimère.
Où sont situés les homodimères ?
Ils sont situés dans le cytoplasme à cause de leur liaison avec un inhibiteur. Quand leur hormone arrive, cela libère un récepteur qui induit un signal SLN qui permet d’entrer dans le noyau .
Quelles sont les trois facons dont les répresseurs peuvent inhiber chez les eucaryotes?
- Ils peuvent interférer avec les activateurs
- Ils peuvent intervenir avec le complexe d’initiation
- Ils peuvent rendre les gènes inaccessibles en compactant la chromatine
À quoi sert la méthylation de l’ADN?
À maintenir silencieux certains gènes, à cacher les parties non codantes de l’hétérochromatine. Elle peut servir aussi à l’empreinte génétique, c’est à dire quand un gène est exprimé en deux copies (un chez le père un chez la mère) mais une des deux doit rester silencieuse.
Comment fonctionne la méthylation de l’ADN?
La méthylation est un code pour les protéines de reconnaissance des histones méthylées apportent d’autres histones et rendent la section impossible à transcrire
Comment la méthylation se conserve-t-elle?
La méthylation est semi conservative et contenue dans des séquences CG, donc les méthylases reconnaissent les ADN mi méthylées et ajoutent un groupement méthyl au C complémentaire.
Comment les ARNi sont ils produits?
Ils sont produits à partir d’ARN double brin et l’enzyme Dicer les digère et forme des petits fragments. Le complexe protéique Risc forme des petits ARN simple brin . Cela l’active et lui permet de cibler son activité vers les séquences complémentaires de l’ARNi
Comment les ARNi interfèrent-t-ils?
Ils viennent par complémentarité des bases cibler de l’ADN et soit inhiber, soit dégrader la séquence
Comment fonctionne Risc?
Il peut être recruté dans le cytoplasme ou le noyau. Elle va empêcher la production de protéines en se fixant à l’ARN pol et en recrutant des remodeleurs qui viennent rendre impobbiel la transcritpion
Que sont les ARNmicro?
Ils sont une classe d’ARN qui ne codent aucune protéine, ils fonctionnent comme les ARNi
