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Biologie moléculaire > Chapitre 1 > Flashcards

Chapitre 1 Flashcards

1
Q

Quelles sont les trois structures de base d’un nucléotide?

A

Un sucre (pentose). une base et un groupement phosphate (PO4)

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Q

Quelle est le seul élément variant dans un nucléotide?

A

La base

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3
Q

Quelle est la différence principale entre les sucres de l’ADN et de l’ARN?

A

Le sucre de l’ADN s’appelle le beta-D-désoxyribose, il n’a pas d’oxygène sur son carbone en 2’ . Le beta-D-ribose lui a un oxygène sur son carbone en 2’.

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4
Q

Lequel de l’ADN ou de l’ARN est le plus stable et pourquoi?

A

L’ADN est plus stable car l’oxygène est un atome très réactif et il en a un de moins.

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5
Q

À quoi servent les carbones 1’, 3’ 4’ et 5’?

A

Le carbone 1’ attache la base, le carbone 3’ sert de lien entre les nucléotides (attache les phosphates), le carbone 4’ contient le groupement CH2OH et le carbone 5’ sert aussi à attacher les nucléotides ensembles.

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6
Q

Quelles bases sont des purines?

A

L’adénine et la guanine

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7
Q

Quelles bases sont des pyrimidines?

A

La cytosine et la thymine

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8
Q

Quel est l’élément du nucléotide le plus énergétique?

A

Le groupement phosphate

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9
Q

Quelle est la différence entre un nucléotide et un nucléoside?

A

Un nucléotide a un groupement phosphate et un nucléosde a la base et le sucre

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10
Q

Quels atomes sont attachés ensemble entre la base et le pentose et quell molécule est libérée?

A

Le C en 1’ s’attache au N et libère une molécule d’eau

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11
Q

Quels atomes s’attachent ensemble entre le groupement phosphate et le pentose et quel atome reste libre?

A

Le P s’attache au C en 5’ et il reste un oxygène libre

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12
Q

Y’a t-il plus de ribonucléotides ou de désoxyribonucléotides?

A

Il y a beaucoup plus de ribonucléotides

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13
Q

Quelle est la caractéristique de la polymérase qui fait que l’ADN n’est synthétisé que de 5’ vers 3’?

A

Elle ne peut qu’attacher le carbone 3’ d’un pentose au P alpha d’un nucléotide complémentaire

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14
Q

Quels sont les groupements aux extrémités 5’ et 3’ d’un brin d’ADN?

A

Il y a toujours un groupement phosphate en 5’ et un groupe hydroxyle libre en 3’

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15
Q

Quelles sont les trois caractéristiques des chaines de nucléotides?

A

Les chaines sont antiparallèles, complémentaires et hélicoïdales

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16
Q

Quels liens d’une chaine de nucléotides sont stables et quelle est leur nature?

A

Les liens entre la base et le pentose, le pentose au phosphate et le phosphate au nucléotide suivants sont des liens covalents ou phosphodiesters

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17
Q

Quel couple de bases est le plus stable et combien de liens hydrogène ont-ils?

A

G et C ont 3 liens hydrogène et sont les plus stables.

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18
Q

Quelles sont les différences entre le sillon majeur et mineur?

A

Le sillon majeur est l’endroit où les protéines peuvent interagir avec les bases alors que le sillon mineur a des motifs chimiques pas vraiment symétriques donc n’est pas très pratique.

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19
Q

Comment peut-on séparer deux brins d’ADN sans altérer les brins eux-mêmes?

A

En chauffant ou en mettant l’ADN dans un bain alcalin car les liens hydrogènes sont détruits mais pas les liens covalents

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20
Q

Comment fonctionne l’électrophorèse?

A

On a un morceau de jello avec des puits. L’ADN est chargé négativement, donc on mets une borne positive au bout du jello. Il se déplace et se rend plus ou moins loin selon sa taille. Plus le fragment est petit, plus il va loin.

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21
Q

Quel est le concept de l’hybridation?

A

L’hybridation consiste à dénaturer un brin d’ADN et à le mélanger à une solution avec un brin complémentaire radioactif, puis à le remodeler pour que la séquence de l’ADN puisse être suivie.

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22
Q

Qu’est ce que la polymérase reconnait pour bien faire l’appariement?

A

La structure en double hélice (plus précisément l’espace entre 2 squelettes sucre-phosphate), elle ne reconnait pas les bases individuellement

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23
Q

À quoi sert l’exonucléase?

A

À cliver les liens entre des nucléotides

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24
Q

Quelle est la fonction de la primase?

A

Ajouter une amorce que la polymérase peut reconnaitre pour commencer l’appariement des bases

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25
Q

La primase crée une amorce de ribonucléotides ou de désoxyribonucéotides?

A

De ribonucléotides, is seront remplacés par la suite par des dribonucléotides.

26
Q

Comment expliquer les fragments d’Okazaki?

A

Ils sont une conséquence du comportement mécanique de la polymérase. En effet, sur le brin matrice 3’-5’, on fait plein de petites amorces et on élonge le brin petit à petit localement de 5’ vers 3’

27
Q

Comment se déroule le remplacement des ribonucléotides de l’amorce?

A

C’est la RNase H qui s’en occupe. Elle ne peut que défaire les liens entre les ribonucléotides donc elle ne peut pas défaire le dernier brin de l’amorce.

28
Q

Quelle protéine remplace le dernier ribonucléotide de l’amorce?

A

Une exonucléase

29
Q

Quelle protéine attache le dernier nucléotide de l’amorce (remplacé par la polymérase) au premier nucléotide du nouveau brin ?

A

La ligase, elle peut fabriquer des liens phosphodiesters entre deux nucléotides

30
Q

Comment appelle-t-on les protéines qui s’associe au simple brin d’ADN pour le stabiliser une fois que l’hélicase a fait son travail ?

A

Les protéines de liaison SSB

31
Q

Qu’est ce que le complexe CLAMP?

A

C’est un complexe de protéines qui aide la polymérase à se fixer sur le brin matrice. La polymérase peut fonctionner sans, mais moins efficacement

32
Q

Y’a-t-il plusieurs origines de réplications sur un brin d’ADN?

A

Oui, la réplication peut donc commencer simultanément en plusieurs points

33
Q

Qu’est-ce que la télomérase et à quoi sert-elle?

A

C’est une polymérase qui possède un ARN. Elle ajoute des nucléotides en 3’ d’un chromosome (le télomère) pour qu’ensuite, la polymérase puisse venir remplir le bout non-rempli de l’ADN.

34
Q

Quelles sont les trois types de mutation profonde?

A

L’insertion, la duplication et la délétion

35
Q

Qu’est ce qu’un microsatellite?

A

C’est un motif de nucléotides hautement répété dont le nombre de répétitions est très variable

36
Q

En quoi les microsatellites peuvent-ils créer des mutations profondes?

A

Les microsatellites ont tendance à s’étendre grandement à la réplication. À partir d’un trop grand nombre de répétitions, cela devient dangereux.

37
Q

Quelle pathologie est associée aux microsatellites?

A

Les maladies à polyglutamines, les malades ont environ 200 et plus de répétition du même triplet versus 40 pour les personnes normales

38
Q

Qu’est ce que la transition?

A

C’est une mutation ponctuelle qui change une purine pour une autre purine et une pyrimidine pour une autre

39
Q

Qu’est ce que la transversion?

A

C’est une mutation ponctuelle qui change une purine pour une pyrimidine

40
Q

Quels facteurs font diminuer les chances de mutation et à combien de fidélité?

A

L’activité exonucléase de la polymérase avec un facteur de 100 et les systèmes de réparation des mésappariements avec une fidélité de 1000

41
Q

Quelle protéine détecte les mésappariements et comment fonctionne-t-elle?

A

MUTS s’attache autour de l’ADN et le sonde, il est plus facile à replier quand il y a mésappariement. Quand il le détecte, il change de conformation et libère un ATP qui le fixe à l’ADN

42
Q

Quel est le processus de réparation des mésappariements une fois que le problème a été détecté?

A

MutL est recrutée. MutL active MutH, une exonucléase qui reconnait le brin problématique et le clive. Une hélicase ouvre le brin et une exonucléase élimine les nucléotides autour du problème. La polymérase 3 répare ensuite les brins

43
Q

Comment la protéine appropriée reconnait un brin muté d’un brin matrice?

A

La méthyltransférase Dam est une protéine qui reconnait la séquence GATC et ajoute un métyl au A. Quand les brins sont répliqués, les brins matrices ont les groupements méthyls, mais pas encore les brins répliqués

44
Q

Pourquoi dit-on que le temps de MutH est compté?

A

Parce qu’elle a peu de temps avant que Dam vienne faire son travail sur le nouveau brin. Elle doit se lier avant qu’elle arrive, mais elle ne s’active pas tout de suite.

45
Q

Quelles sont les exonucléases associées à la coupure en 5’ du mésappariement?

A

Exo VII ou Recj

46
Q

Quelles sont les exonucléases associées à la coupure en 3’ du mésappariement?

A

Exo I

47
Q

Quelles sont les noms des protéines associées au remplacement des mésappariements dans les procaryotes ?

A

MutS, MutL et MutH

48
Q

Quelles sont les noms des protéines associées au remplacement des mésappariements dans les eucaryotes ?

A

MSH et MLH qui sont les homologues de MutS et MutL

49
Q

La protéine Dam existe-elle chez les eucaryotes?

A

Non

50
Q

Comment les exonucléases font-elles pour dégrader le brin fils lors d’un mésappariement chez les eucaryotes?

A

En utilisant les césures temporaires des fragments d’Okazaki sur le brin retardé ou alors les origines de réplications où la ligase n’a pas encore lié sur le brin avancé

51
Q

Qu’est ce qu’une altération ?

A

C’est une modification après que l’ADN soit répliqué. C’est une modification chimique de l’ADN

52
Q

Quelles sont les trois altérations hydrolytiques et quelles sont leur caractéristiques?

A

La désamination de la cytosine( perte du groupe amine transforme la cytosine en uracile), l’hydrolyse de la guanine (perte de la guanine pour une base apurique) et la désamination de la 5-méthylcytosine( perte du groupe amine transforme la méthylcytosine en thymine)

53
Q

Quelles sont les substances mutagènes et leur effet?

A

Les agents antioxydants ou les radicaux libres. Ils modifient les bases pour les rendre aptes à s’apparier avec d’autres bases que celle avec qui elle est associée

54
Q

Quels sont les deux effets possibles des radiations ionisantes?

A

La fusion de deux pyrimidine qui arrêtent la polymérase ou des cassures bicaténaires

55
Q

Qu’est ce que l’inversion directe des altérations ?

A

Des enzymes spécialisées sont capable de reconnaitre directement les bases altérées et d’inverser l’altération

56
Q

Qu’est ce que la photolyase?

A

C’est une protéine qui reconnait les dimères de pyrimidine et clive le cyclobuthane qui les lie à l’effet du soleil. Pas présent chez la majorité des animaux

57
Q

Que fais la méthyltransférase dans la réparation de l’altération des bases?

A

Elle catalyse le groupement méthyl de la méthylguanine vers une de ses cystéines

58
Q

Comment fonctionne l’excision des bases par les ADN glycosylases?

A

Les ADN glycosylases sont des enzymes spécialisées qui reconnaissent différentes altérations spécifiques et qui clivent les bases. Il reste donc un nucléotide apurique qui est clivé en 5’ par une endonucléase AP puis en 3’ par une autre. Les nucléotides sont ensuite remplacés par la polymérase et réparé par la ligase

59
Q

Comment fonctionne la réparation par excision des nucléotides?

A

Le complexe UvrA et UvrB parcoure l’ADN et reconnait les déformations de l’hélice. Quand ils en découvrent, UvrA quitte le complexe. UvrB sépare les deux brins d’ADN. UvrC est recruté et coupe l’ADN des deux côtés. UvrD libère le fragment et l’ARN polymérase I et la ligase répare la brèche.

60
Q

Qu’est ce que le mécanisme de ligature directe des extrémités non homologues?

A

C’est la réparation directe d’une cassure bicaténaire. On reconnait les extrémités libre, on dégrade les nucléotides, on rapproche les brins et on les lie. Fait perdre quelques nucléotides.

61
Q

Comment répare-t-on des coupures bicaténaires?

A

Par mécanisme de réparation homologue. Ce sont les recombinases qui s’assurent de ce processus.

62
Q

Qu’est ce que la synthèse translésionnelle?

A

C’est une autre façon de réparer les dimères de pyrimidine ou les sites apuriques qui n’ont pas été réparés avant. Ce sont les polymérases de la famille Y qui réparent à travers les lésions sans se soucier de l’appariement des bases

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