Chapitre 2 Flashcards
Comment sont organisés dans les gènes dans une bactérie?
En opérons et en un seul ADN circulaire
Qu’est ce qu’un opéron?
C’est un promoteur suivi de plusieurs protéines et une seule séquence régulatrice
Les transcrits ‘une bactérie sont ils polycistroniques?
Oui
Comment les génomes de eucaryotes et des procaryotes sont-ils différents?
Le génôme des procaryotes est entièrement situé dans un chromosone circulaire et il est contenu dans le noyau chez les bactéries
Combien de chromosomes possède l’humain ?
23 ou 24
Que sont les plasmides?
Ce sont des petits ADN circulaires indépendants du chromosome. Ils ne possèdent pas de gènes importants mais souvent avantageux.
Lequel des eucaryotes ou des procaryotes sont entièrement haploïdes?
Les procaryotes
Que sont les archaebactéries?
Un entre deux, elles possèdent des génomes circulaires, mais beaucoup de similarités avec les eucaryotes
Qu’est ce que la densité génétique?
C’est le nombre de gènes qu’on trouve dans un nombre fini d’ADN
La densité génétique augmente ou diminue-t-elle au fil de l’évolution ?
Elle diminue, le génome augmente mais nombre de gène augmente beaucoup moins rapidement
Comment s’explique la diminution de la densité génétique?
L’ajout de séquences non-codantes dans le génome des eucaryotes
Qu’utilise-t-on pour arrêter la réaction à un nucléotide spécifique dans la réaction de Sanger?
Un ddNTP
Comment peut-on s’assurer d’avoir des ADN identiques avec la méthode de Sanger?
On fabrique manuellement une amorce qui sera donc la même pour tous les ADN simple brin, ce qui fait que la polymérase répliquera toujours à partir du même endroit
Expliquer les étapes de la méthode de Sanger (sans l’analyse)
- Hybridation de l’ADN monocaténaire à une amorce radiomarquée
- Séparation en 4 tubes dans lesquels on a de la polymérase et des dNTP et une sorte de ddNTP par tube
On a donc des ADN identiques coupés à toutes sortes de différents endroits
Comment peut-on analyser les brins donnés par la méthode de Sanger?
On a donc toutes sortes de tailles de brin identique. On fait un tri de la taille par électrophorèse ou de manière automatique avec des capillaires et des longeurs d’ondes et ensuite on peut savoir, en triant du plus petit au plus long, quelle est la séquence de l’ADN
Comment règle-t-on le problème du fait que pour faire la méthode de Sanger, on a besoin de connaitre une petite partie de l’ADN et on en a besoin en très grande quantité ?
On construit un banque avec des plasmides. L’ADN est fragmenté et les fragments sont attachés à un vecteur plasmidique constant dont on connait la séquence. On insère les plasmides dans des bactéries et on les fait se reproduire en colonies. On a donc plusieurs colonies avec chacune un bout du génome. On a donc au final la totalité de l’ADN répliqué et ils sont attachés à un bout qu’on connait, qui sera l’amorce.
Pourquoi une fois le séquençage effectué on a quand même des défis?
Parce que l’assemblage est difficile à cause des séquences répétées. On connait la séquence, mais pas la longueur de toutes les régions
Qu’est ce que la transposition?
C’est une forme spécifique de recombinaison pendant laquelle les éléments génétiques se déplacent dans l’ADN génomique
Quels sont les 3 types de transposons?
Les transposons ADN, les rétrotransposons viraux et les rétrotransposons non viraux
Quelle est la structure d’un transposon?
C’est un gène codant pour une transposase avec des sites de répétition inverse (même séquence de 5’ vers 3’, mais sur l’autre brin) de chaque côté et des séquences de répétition directe un peu plus loin (qui sont une conséquence de la réplication et ne font pas partie du transposon)
Comment fonctionne la transposition non réplicative?
- La transposase reconnait les séquences inversées et s’y lie.
- L’ADN est clivé par la transposase à la frontière des répétitions inverses
- L’ADN cible est clivé asymétriquement par les deux 3’OH libres du transposon
- La polymérase vient répliquer les morceaux manquants à cause de l’asymétrie de la coupure, ce qui crée la répétition directe
Quelle est la structure des rétrotransposons viraux?
Une protéine qui code pour une transposase et une séquence LTR (répétition directe) typique des rétrovirus
Comment fonctionne les rétrotransposons viraux?
- Ils sont transcrits en ARN
- Ils sont rétrotranscrits en ADN (donc répliqués)
- Ils sont insérés dans l’ADN cible par une intégrase
Quelle est la structure des rétrotransposons non viraux? Quel est leur autre nom?
Possèdent deux séquences codantes (ORF1 et ORF2) ainsi que des séquences répétées. On les appelle les éléments LINE
