Chapitre 2 Flashcards
Comment sont organisés dans les gènes dans une bactérie?
En opérons et en un seul ADN circulaire
Qu’est ce qu’un opéron?
C’est un promoteur suivi de plusieurs protéines et une seule séquence régulatrice
Les transcrits ‘une bactérie sont ils polycistroniques?
Oui
Comment les génomes de eucaryotes et des procaryotes sont-ils différents?
Le génôme des procaryotes est entièrement situé dans un chromosone circulaire et il est contenu dans le noyau chez les bactéries
Combien de chromosomes possède l’humain ?
23 ou 24
Que sont les plasmides?
Ce sont des petits ADN circulaires indépendants du chromosome. Ils ne possèdent pas de gènes importants mais souvent avantageux.
Lequel des eucaryotes ou des procaryotes sont entièrement haploïdes?
Les procaryotes
Que sont les archaebactéries?
Un entre deux, elles possèdent des génomes circulaires, mais beaucoup de similarités avec les eucaryotes
Qu’est ce que la densité génétique?
C’est le nombre de gènes qu’on trouve dans un nombre fini d’ADN
La densité génétique augmente ou diminue-t-elle au fil de l’évolution ?
Elle diminue, le génome augmente mais nombre de gène augmente beaucoup moins rapidement
Comment s’explique la diminution de la densité génétique?
L’ajout de séquences non-codantes dans le génome des eucaryotes
Qu’utilise-t-on pour arrêter la réaction à un nucléotide spécifique dans la réaction de Sanger?
Un ddNTP
Comment peut-on s’assurer d’avoir des ADN identiques avec la méthode de Sanger?
On fabrique manuellement une amorce qui sera donc la même pour tous les ADN simple brin, ce qui fait que la polymérase répliquera toujours à partir du même endroit
Expliquer les étapes de la méthode de Sanger (sans l’analyse)
- Hybridation de l’ADN monocaténaire à une amorce radiomarquée
- Séparation en 4 tubes dans lesquels on a de la polymérase et des dNTP et une sorte de ddNTP par tube
On a donc des ADN identiques coupés à toutes sortes de différents endroits
Comment peut-on analyser les brins donnés par la méthode de Sanger?
On a donc toutes sortes de tailles de brin identique. On fait un tri de la taille par électrophorèse ou de manière automatique avec des capillaires et des longeurs d’ondes et ensuite on peut savoir, en triant du plus petit au plus long, quelle est la séquence de l’ADN
Comment règle-t-on le problème du fait que pour faire la méthode de Sanger, on a besoin de connaitre une petite partie de l’ADN et on en a besoin en très grande quantité ?
On construit un banque avec des plasmides. L’ADN est fragmenté et les fragments sont attachés à un vecteur plasmidique constant dont on connait la séquence. On insère les plasmides dans des bactéries et on les fait se reproduire en colonies. On a donc plusieurs colonies avec chacune un bout du génome. On a donc au final la totalité de l’ADN répliqué et ils sont attachés à un bout qu’on connait, qui sera l’amorce.
Pourquoi une fois le séquençage effectué on a quand même des défis?
Parce que l’assemblage est difficile à cause des séquences répétées. On connait la séquence, mais pas la longueur de toutes les régions
Qu’est ce que la transposition?
C’est une forme spécifique de recombinaison pendant laquelle les éléments génétiques se déplacent dans l’ADN génomique
Quels sont les 3 types de transposons?
Les transposons ADN, les rétrotransposons viraux et les rétrotransposons non viraux
Quelle est la structure d’un transposon?
C’est un gène codant pour une transposase avec des sites de répétition inverse (même séquence de 5’ vers 3’, mais sur l’autre brin) de chaque côté et des séquences de répétition directe un peu plus loin (qui sont une conséquence de la réplication et ne font pas partie du transposon)
Comment fonctionne la transposition non réplicative?
- La transposase reconnait les séquences inversées et s’y lie.
- L’ADN est clivé par la transposase à la frontière des répétitions inverses
- L’ADN cible est clivé asymétriquement par les deux 3’OH libres du transposon
- La polymérase vient répliquer les morceaux manquants à cause de l’asymétrie de la coupure, ce qui crée la répétition directe
Quelle est la structure des rétrotransposons viraux?
Une protéine qui code pour une transposase et une séquence LTR (répétition directe) typique des rétrovirus
Comment fonctionne les rétrotransposons viraux?
- Ils sont transcrits en ARN
- Ils sont rétrotranscrits en ADN (donc répliqués)
- Ils sont insérés dans l’ADN cible par une intégrase
Quelle est la structure des rétrotransposons non viraux? Quel est leur autre nom?
Possèdent deux séquences codantes (ORF1 et ORF2) ainsi que des séquences répétées. On les appelle les éléments LINE
Comment fonctionnent les rétrotransposons non viraux?
- ORF 1 et 2 sont traduits dans le cytoplasme par l’ARN transcrit
- Elles se lient à l’ARN et le ramènent dans le noyau
- La queue poly A de l’ARN permet de cliver un ADN cible
- Les A de la queue se lient avec les T de l’ADN pour faire une amorce d’une copie d’ADN complémentaire au transposon
- Cet ARN complémentaire sert ensuite de matrice pour un autre brin d’ADN, qui lui sera exactement pareil au transposon
Quelle est la différence principale entre les rétrotransposons viraux et non viraux?
Les viraux codent un ADN double brin qui est intégré directement et les non viraux codent un ARN qui s’intègre dans l’ADN et sert de matrice à un nouveau brin d’ADN qui lui aussi sert de matrice
À quel phénomène associe-t-on la multiplication des protéines à même fonction ?
Au fait que si un gène est entre deux transposons, alors il est possible que la transposase qui reconnait les motifs de répétition ait amené le gène avec les transposons dans leur aventure
Quel transposon est le plus présent dans le génome humain et quel rôle lui attribue -t-on ?
Les éléments LINE. On pense qu’ils sont responsables de la transmission d’exons dans leurs transcriptions
Quel phénomène a un impact majeur sur l’accessibilité des protéines?
Le compactage de l’ADN
Qu’est ce que la chromatine?
C’est l’ensemble des protéines, de l’ADN et de l’ARN qui se trouvent compactés dans le noyau
Comment s’appelle la chromatine non condensée ? Et la condensée ?
La euchromatine et l’hétérochromatine
Sous quelles formes se trouve la chromatine en interphase?
En fibre condensée de 20 nm ou en fibre étendue de 10 nm
Qu’est ce qui permet à l’euchromatine de passer continuellement d’une de ses formes à l’autre?
Les remodeleurs d’ADN
Quelle est la structure d’un nucléosome?
Un coeur de huit histones. Une partie d’ADN enroulé 1.65 fois autour du noyau. Un brin d’ADN qui relie les nucléosomes entre eux nommé intercalaire
Quelle est la structure du noyau du nucléosome?
Deux dimères H2A et H2B et un tétramère H3 et H4 (2 copies de chaque). Les histones sont chargées positivement (grâce à des acides aminés), ce qui permet d’interagir avec l’ADN
Comment se fait l’assemblage des nucléosomes?
Le tétramère H3H4 se lie à l’ADN. Les deux dimères se joignent ensuite.
Qu’est ce qui permet la compaction et la décompaction de la fibre 30 nm?
Toutes les histones ont une extension N terminale qui sort de l’ADN appelée queue et qui permet la compaction et la décompaction en plus de l’action des histones H1
Avec quelle partie de l’ADN les histones interagissent-elles?
Les parties constantes soit le sucre et le phosphate
À quoi sert l’histone H1?
Elle interagit avec l’ADN intercalaire et rapproche les nucléosomes entre eux en plus de les organiser
Quelles sont les options pour accéder à l’ADN quand il est sous forme de chromatine?
Les enzymes peuvent ouvrir le complexe en détachant temporairement l’ADN du nucléosome (remodelage), elles peuvent ajouter des protéines au complexe pour neutraliser les queues N terminales et diminuer leur affinité à l’ADN, elles peuvent faire glisser le nucléosome, complètement défaire le complexe et le refaire,etc.
Quand les histones sont-elles produites?
Juste avant la réplication on produit beaucoup d’histones qui viennent se mettre sur l’ADN nouvellement répliqué. On a donc une alternance de vieux et de nouveaux histones
