Chapitre 4 Flashcards
Quelle sont les différences principales entre l’ADN et l’ARN polymérase?
L’ARN polymérase éjecte le brin une fois transcrit, elle apparie les ribonucléotides, elle n’a pas besoin d’amorce et est moins précise
Le nombre de copies d’un gène transcrit est-il constant?
Non, pas du tout
Quelle est la diffénce structurelle en les deux polymérases?
Les deux brins de l’ADN sont traités dans le même complexe pour la transcription et séparément pour la réplication
Quelles sont les 3 ARN polymérases chez les eucaryotes ?
ARN pol I, II et II
Quels ARN sont transcrit par la pol I?
ARNr 28s, 18S et 5.8S
Quels ARN sont transcrits par pol II?
Les ARNm et plusieurs snARN
Quels ARN sont transcrits par pol III?
ARNt, ARNr 5S et 7S
Les ARNP sont elles similaires entre les espèces? Et leur sous-unités?
Oui, mais pas leur sous unités
À quoi servent les ARNP à une seule sous unité et quel organisme en possède ?
Certains bactériophages et les mitochondries. Elles servent aux réactions in vitro, notamment dans les plasmides
Quelles sont les 3 étapes de la transcription?
Initiation, élongation et terminaison
Quelles sont les 4 étapes de l’intiation ?
- L’ARNP se lie àla séquence du promoteur
- L’ADN est ouvert sur 14 nt (bulle de transcription
- Les rnucléotides initiaux sont assemblés sur la matrice
- L’extrémité 5’ doit s’échapper de l’ARNP et former ainsi le complexe ternaire stable
Qu’est ce qui détermine l’orientation du gène dans la transcription ?
Le sens du promoteur
Comment se déroule l’initiation de la transcription chez les procaryotes en général ?
- La polymérase se lie au promoteur em conformation fermée
- La conformation change pour former le complexe ouvert
- En changeant de conformation on crée la bulle de transcription
- On assemble les 2 premiers rnucléotides complémentaires dans le site actif de la pol
- On ajoute les 10 autres nucléotides pour former le complexe ternaire stable
- L’extrémité du transcrit sort du complexe
Quelle est l’étape de la transcription qui échoue le plus souvent ?
Lorsque le transcrit s’échappe du complexe
Quelle sous unité chez Ecoli force la transcription à commencer seulement au promoteur?
La sous unité sigma
Comment nomme-t-on l’ARNP associée au facteur sigma?
L’holoenzyme
Quel est le facteur le sigma le plus répandu chez Ecoli et que reconnait-il ?
Le facteur sigma 70 reconnait deux séquences de 6 nucléotides séparés par 17 nucléotides
Comment nomme-t-on les deux séquences de 6 nucléotides reconnues par sigma 70?
La boite -35 et la boite -10
Quel est le numéro du premier nucléotide transcrit?
+1
Comment s’appellent les deux brins de l’ADN lors de la transcription et lequel sera exactement le même que lARN?
Le brin matrice et le brin codant et c’est le brin codant qui sera identique à l’ARN
Comment a-t-on réussi à déterminer les séquences de promoteurs ?
Par consensus. On sait que le promoteur reconnait une composition chimique donc on a des raisons de penser que les séquences sont les mêmes. On a aligné un très grand nombre de séquences et essayé d’identifier les nucléotides qui reviennent le plus souvent Ce sont ces nucléotides qui forment la séquence consensus.
Comment peut-on déterminer la force d’un promoteur et de quoi dépend-elle?
À partir du nombre de transcrits générés dans un temps donné. Elle dépend de l’affinité de la sous unité sigma pour la séquence du promoteur
Quelle est la structure de la sous unité sigma ?
La région alpha qui reconnait les éléments UP. La région 2 qui fait contact avec la boite -10 et sépare les deux brins. La région 4 qui fait contact avec la boite -35
Expliquer comment l’isomérisation de l’ARNP se fait
Quand l’ARNP avec sigma se lie à l’ADN, la région 2 ouvre l’ADN mais encombre le site actif. Alors le complexe change de conformation et expulse la région1 qui coupe le canal de sortie de l’ADN
Qu’est ce qui empêche souvent l’ARNP de passer en phase d’élongation ?
La sous unité sigma (région 3.2) qui bloque encore le canal de sortie
Le complexe sigma est-il présent dans le complexe ternaire stable ? Pourquoi?
Non car elle bloque le canal de sortie. L’expulsion de sa région 3.2 affaibli sa liaison à l’ARNP donc elle est souvent expulsée au complet
Comment se déroule l’élongation ?
L’ADN passe à travers le site actif de la polymérase et se rassemble après la bulle de transcription
Quels sont les deux types de terminaison de la transcription chez les procaryotes?
Intrinsèque (rho indépendant) ou rho Dépendant
Quelles sont les 2 caractéristiques de la terminaison intrinsèque ?
Une série de U et une région riche en GC capable de former une tige boucle
Quels sont les deux phénomènes qui permettent l’arrêt de la transcription rho indépendante?
- Dès que la région GC est transcrite, la tige boucle va avoir tendance à se former (même avec les nucléotides non transcrits encore dans la polymérase) ce qui va affaiblir la polymérase et causer l’arrêt
- L’ARN est ensuite retenu par une série de U et A qui ont des liens faibles, donc l’ARN se dissocie
Que se passe-t-il si la tige boucle n’est pas suivie de U dans la terminaison rho indépendante ?
La transcription reprend
Quelles sont les caractéristiques du facteur rho?
C’est un hexamère qui se lie à l’ARN simple brin et qui se déplace en son log en hydrolysant l’ATP
Comment se passe la terminaison rho dépendante ?
- Il faut des régions rut situées après les sites de terminaison de la traduction qui sont des régions riches en C
- S’associe ainsi sur l’ARN et cause la dissociation de la polymérase
Quels sont les deux conditions qui font que le facteur rho ne peut pas s’associer à l’ARN?
S’il y a des ribosomes ou si l’ARN est apparié
Quest ce que le domaine carboxy terminal de l’ARN pol II ?
C’est une structure spécialisée sur l’ARNP II qui possède des répétitions en tandem d’acide aminés qui est impliqué dans le recrutement de facteurs qui modifient l’ARN en cours de synthèse
Par quoi est contrôlé de CTP?
Par la phosphorylation
Qu’est ce que la boite TATA?
C’est un site chez les eucaryotes qui détermine le site d’‘initiation de la transcription qui est reconnu par des facteurs de transcription généraux
Est- ce que la transcription se fait directement à la boite TATA ?
Non, souvent 25 nt en aval
Quel est le plus grand facteur de transcripton général
?
TFIID
Quelle est la structure de TDIID et la fonction de ses éléments?
TBP et 13 TAF. Il interagit fortement avec la boite TATA via TBP ce qui cause une déformation de l’hélice. Les TAF reconnaissent les autres éléments du promoteur
Est-ce plus facile de trouver les promoteurs chez les eucaryotes ?
Non car il y a plus d’espace entre les gènes
Quelles sont les étapes de l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription chez les eucaryotes in vitro?
- Le CTD de TBP de replie comme une selle autour de l’ADN dans la région TATA et établi un contact avec le sillon mineur
- L’association TFDII et ADN forme une plateforme pour recruter les autres facteurs
- TFII A et B arrivent
- TFIIB se lie à TFIID et à l’ADN
- La direction de TFIIB donne la direction de la transcription
- TFIIF et l’ARNP arrivent
- TFIIE se lie au complexe pour crééer un site de liaison pour TFIIH
- TFIIH arrive et on peut commencer l’initiation
Une fois que TFIIH est arrivée, l’initiation peut commencer. Que se passe-t-il?
- TFIIH est une hélicase qui déroule l’ADN en hydrolysant de l’ATP. 2. L’ADNP peut commencer à synthétiser.
- THIIH phosphoryle la queue CTD de la polymérase quand elle s’éloigne du complexe ce qui permet la dissociation des facteurs généraux
Quel est l’ordre d’apparition des facteurs de transcription généraux chez les eucaryotes in vitro ?
- TBP
- TFIIAet TFIIB
- Le complexe PolII et TFIIF
- TFIIE
- TFIIH
Quels facteur supplémentaire sont nécessaires à l’initiation de la transcription in vivo et pourquoi ?
Le complexe médiateur, les modificateurs de nucléosomes et les remodeleurs de chromatine car dans la cellule l’ADN est associée aux nucléosomes
Qu’est ce que le complexe médiateur?
C’est un énorme complexe protéique qui s’associe avec la Pol II et d’autres facteurs de transcription . Il amplifie le promoteur
Quelle est la sous unité du complexe médiateur qui est essentielle à la transcription par la Pol II ?
Srb4
Qu’est ce qui permet le recrutement des facteur d’élongation chez les eucaryotes ?
La phosphorylation de CTD
Comment se nomme le promoteur de la Pol I et pour quel gène code-t-il?
La séquence UCE et c’est pour le précurseur des ARNr
Comment se nomment les éléments qui contrôlent la transcription de la Pol I et les protéines qui l’effectuent?
L’élément central et UCE. Les protéines sont le complexe UAF et TBP
Quels sont les promoteurs et les facteurs de transcription pour la Pol III?
Les promoteurs sont des promoteurs internes. Les ARNt ont des boites A et B qui contrôlent et ARNr 5S a la boite C. Les facteurs sont TFIIB et C pour ARNt et on ajoute TFIIA pour l’ARN5S.
Quelle est la polymérase qui transcrit dans les mitochondries?
Une ARNP semblable à celle des procaryotes qui est codée par L’ARN nucléaire
Quels éléments permettent de dire que les choroplastes sont d’origine procaryote?
Les séquences de protomères alpha beta et beta’ homologues à ceux de E coli
Comment se déroule la terminaison de la polymérase I?
Elle dépend d’un facteur de terminaison spécifique qui se lie à une séquence spécifique
Comment se déroule la terminaison de la polymérase III?
La terminaison se passe quand l’enzyme transcrive une série de U qui rend le tout instable
Comment se déroule la terminaison de la polymérase II?
- L’exonucléase RatI est recrutée au CTD par la liaison de Rtt103
- Lorsque le site de polyadénylation est transcrit, l’ARN est clivé
- Rat I se lie au bout restant du transcrit attaché à la polymérase et le dégrade
Quelles sont les conditions pour la terminaison de la PolII?
Il faut que la séquence dictant le clivage et le site de polyadénylation soient dépassés
