Chapitre 5 - Taxinomie et classification Flashcards
Études des relations phylogénétiques
- Évolution des êtres vivants à partir d’un ancêtre commun
- Taxinomie: décrit et définit les taxons qui servent à classer et nommer les organismes selon un ensemble de règles
- Systématique: Classification des taxons dans un certain ordre hiérarchique. Mène à une présentation pyramidale
- Phylogénie: Classe les organismes en hiérarchie démontrant leur parenté évolutive. Mène à une représentation sous forme d’arbre
Taxinomie
Science de la classification, caractéristiques commune entre les organismes
La classification des organismes permet:
- Regrouper les organismes similaires
- Identifier des organismes qui ont préalablement été classés
- Établir des critères d’identification de nouvelles espèces et les nommer
- Obtenir de l’information sur la proximité évolutive des organsimes
Genre?
Composé d’espèces génétiquement apparentées, mas qui présentes des différences
Espèce eucaryote?
Ensemble d’organismes étroitement apparentés et pouvant produire des descendants fertiles
Espèce procaryote?
Population des cellules bactériennes ayant des caractéristiques semblables
Classification et nomenclature scientifique
- chaque organisme possède un nom scientifique latin unique
- Genre prend TOUJOURS une lettre majuscule
- Épithète spécifique : JAMAIS de lettre majuscule
- Abréger sa première lettre
Classification des organismes procaryotes
- Distinction entre les espèces procaryotes
- Distinction entre les membres d’une espèce procaryote (souches bactériennes)
- Nomenclature des souches
Qui est considéré comme le père de la taxinomie?
Carl von Linné
Système de Woese
-Les recherches de Woese étaient basées principalement sur l’ARN de la petite sous-unité ribosomale
-Étudie les archées: conlut eucaryotes éloignés des procaryotes. Archées sont plus près évolutivement des eucaryotes
-Suggère les domaines et propose un 3 domaine (archées)
ARN ribosomal?
- copie segment adn
- Fonction structurale importante au niveau du ribosome
- Séquence très conservée dans l’évolution des organismes
- Relativement petit et facile à séquencer
- idéal pour comparer et classifier organisme
Ou sont les virus et autres agents acellulaires?
- virus exclus des 5 règnes de Whittaker et des 3 domaines de Woese
- Espèce virale: population de virus ayant des caractéristiques similaires et une niche écologique spécifique
Aujourd’hui..
syst fondé sur l’hypothèse que les êtres vivants descendent d’un ancêtre commun
Arbre phylogénique (cladogramme)
- regroupement selon propriétés communes: ancêtre commun, conservations/divergences des caractéristiques
- utilisation des génomes (ARNr): fréquence mutations, moment de divergence
Comment comparer des caractéristiques microbiennes?
- culture pure
- revient ultimement à la composition génétique
Bergey’s manual of systematic bacteriology
- référence pour la classification des bactéries
- basée sur le séquençage de l’ARNr 16S
- abondance de nouvelles informations
- reclassification = changement dans le nom
Classification vs identification
C: Plusieurs caractéristiques à déterminer (taxons)
I: technique la plus rapide possible
Méthodes de classification ou d’identification
- Méthodes traditionnelles: Caractères morphologiques, caractères tinctoriaux, épreuves biochimiques, épreuves sérologiques
- Méthodes moléculaires: Composition des bases de l’adn, séquençage de l’ARNr
Caractères morphologiques
- Étude bactéries individuelles d’une culture pure
- Microscope: Forme, taille, groupements, structures
- pas suffisant pour une identification formelle
Caractères tinctoriaux
- Utilisation de colorants
- Colorations différentes (coloration de gram/coloration acido-alcoolo-résistance)
- résultats des colorations en fct de la composition chimique de la paroi
Épreuves biochimiques
- tests faisant ressortir la présence d’enzymes spécifiques
(fermentation des sucres, oxydase, catalase, production de H2S)
Sérologie
Étudie le sérum sanguin et les réponses immunitaires chez un hôte animal
Épreuves sérologiques
Permet de différencier des souches (sérotypes ou sérovars)
Test agglutination sur lame avec des antisérums de m.o connus?
- agglutination des bactéries et formation d’agrégats (apparence granuleuse)
- bactéries ne forment pas d’agrégats (mélange homogène)
Composition des bases de l’ADN
- Évaluation de la teneur en G+C de l’ADN (%)
- Si diffère de plus de 5 ou 10% = pas apparentés
- cette donnée ne peut pas être interprétée seule
Séquençage de l’ARN ribosomal
-pour les espèces, similitude supérieure à 97% quant à la séquence d’ARNr 16s
- plus de 5% de différence permettent de constituer un nouveau genre
Avantages séquence de arn ribosomal
- présent dans toutes les cellules de microorganismes
- peu de variation temporelle
- analyse possible sans faire croître les microorganismes et rapide
