Chapitre 5- nucléotides et acides nucléiques Flashcards
Différence entre nucléoside et nucléotide ?
NucléoSides : composés d’une base azotée liée à un sucre.
NucléoTides:
* Contient groupes phosphate.
* Jouent un rôle crucial dans la formation des acides nucléiques et dans les processus énergétiques, tandis que les nucléosides servent de précurseurs.
Qui travaillait sur la structure de l’ADN? (indice : 2 personnes)
Wilkins et Franklin
Qui furent les modélisateurs du modèle qu’on connait de l’ADN en regardant/analysant travaux faits ?
Watson et Crick
Comment différencier purine et pyrimidines?
Grosse molécule = petit nom.
- Les PURINES on 2 cycles et pas de y dans leur noms.
- Les PYRIMIDINES on juste 1 cycle et un y dans leur noms (sauf uracile)
Positions des éléments dans les purines et les pyrimidines ?
Purines : on pars d’en haut, antihoraire, puis au 2e cycle, pars d’en haut puis sens horaire.
Pyrimidines : on pars d’en bas et on compte dans sens horaire.
Le lien entre le sucre et
la base azotée permet
deux conformations :
syn et anti. Expliquer ces conformations.
Syn : tourne dans sens horaire.
Anti : tourne dans sens antihoraire.
Expliquer comment se fait l’élongation des nucléotides (colonne vertébrale, positions et sens)
Le phosphate α qu’on trouve sur le
carbone 5’ du nucléotide se colle au
-OH en 3’ du nucléotide précédent.
Élongation : 5’ vers 3’
Colonne vertébrale de l’ARN = alternance sucre et acide phosphorique.
Liens formés par pyrimides et purines?
Les purines font chacune
des ponts hydrogènes avec
l’une des pyrimidines.
A forme 2 ponts H avec T ou U
G forme 3 ponts H avec C
Expliquer la complémentarité de l’ADN.
Il y a toujours autant de A que de T, autant de G que de C.
Les deux brins de l’ADN sont antiparallèles ou parallèles ?
antiparallèles
Les deux brins forment une hélice de…?
Pas droit.
Les formes possibles d’hélices d’ADN?
Forme A : Compressé. Quand ADN est précipité (déshydrater).
Forme B : normal.
Forme Z : Irrégulières.
Mesurer l’ADN en longueur et en masse ?
Longueur : paire de bases (pb). Par exemple, une pb peut être A-T ou C-G.
Masse : on compte, par paire de base, 660 g / mol. Donc si un bout fait 123 pb : 123 x 660 = 81 800 g/mol.
Comment peut-on séparer les deux brins d’ADN?
En brisant les ponts
hydrogènes. Par exemple, en chauffant. L’ADN se dénature dans ce cas (il faut le refroidir pour se renaturer, c’est une hybridation).
Plus l’ADN est long, ou plus il est riche en GC, et plus le Tm est
bas ou élevé?
Élevé.
Équation du Tm (temperature of melting)
Tm = (nrb de G ou C x 4°C) + (nrb de A ou T x 2°C)
L’ADN peut absorber la lumière. Expliquer comment cette absorbance permet d’évaluer la concentration de l’ADN dans une
solution.
Absorbance mesuré en DO (densité optique).
1 DO = 50 ng/µL.
Donc, si par exemple, une solution donne une DO de 1,5, on peut faire une règle de trois pour trouver une concentration d’ADN de 75 ng/μL.
Quel est le Tm (temperature of melting) ?
La température à laquelle 50% des
molécules d’ADN présentes sont dénaturées.
Quelle subtance est essentiel pour la synthèse du dTMP à partir de dUMP ?
L’acide folique.
Expliquer comment du dUMP se rend à de la dTMP.
Grâce à de la Thymidylate synthase, un ion H s’ajoute au CH2 initiale de la molécule, se qui créer du dTMP.
La FdUMP cause quoi lors de la production de dTMP?
De l’inhibition compétitive. Le Thymidylate synthase se concentre sur le FdUMP et donc, la production de dTMP cesse.
L’ADN a combien de paires de bases par tour?
Environ 10.
Expliquer la synthèse naturelle et artificielle (chimique) de l’ADN
Naturelle : avec enzyme ADN polymérases, utilise ancien brin d’ADN comme modèle.
Artificielle (chimique) : pompes commandées par ordi, synthèse se fait par colonne et bouteilles contiennent produits chimiques nécessaires. Ajout de nucléotïdes un par un, synthèse se fait à l’envers (de 3’ à 5’) premier nucléotïde est déja accroché à colonne.
Amorce définition?
Cours fragment d’ADN, ARN ou extrémité d’un très long brin, comme un chromosome
Différence entre transcription de l’ARN et synthèse de l’ADN?
l’ARN n’a pas besoin d’amorces.
Types d’ARN ?
ARN messager (ARNm) : message codé.
ARN de transfert (ARNt) : transporteur d’acides aminés.
ARN ribosomique (ARNr) : infrastructure du ribosome.
Qu’est-ce qu’un anticodon et comment s’apparie-t-il à un codon?
Un anticodon est une séquence de trois nucléotides sur l’ARNt (de transfert) qui s’associe à un codon de l’ARNm (messager) lors de la traduction.
Qu’est-ce que les sites de restriction?
Séquences spécifiques où les endonucléases reconnaissent et coupent l’ADN.
Que’est-ce qu’une endonucléase?
Enzyme qui coupe l’ADN.
Que fait une ligase?
Relie les fragments d’ADN coupé par l’endonucléase avant.
Expliquer comment la puromycine agit comme antibiotique et comme poison.
La puromycine interrompt prématurément la synthèse des protéines en se liant au ribosome, bloquant ainsi la production de protéines essentielles.
Quand s’effectue la traduction des protéines?
La traduction des protéines s’effectue lorsque le ribosome lit l’ARNm et assemble les acides aminés dans l’ordre dicté par les codons, formant ainsi une chaîne polypeptidique.
Fonctions des sites A, P et E du ribosome?
A : reçoit l’ARNt portant le prochain acide aminé.
P : maintient l’ARNt avec la chaîne en cours d’élongation.
E : permet la sortie de l’ARNt après le transfert de son acide aminé.
Étapes de la synthèse chimique de l’ADN
1 - Enlève groupements dymethyl trityl en ajoutant acetonitrile.
2 - Activation du prochain nucléotide avec tetrazole.
3 - Acétile les C qui n’ont pas réagis pour éviter trous.
4 - Oxydation du groupement phosphite en phosphate.
5 - Détritylation de la 2e base avec un acide faible.
6 - On passe ammoniac chaud pour couper groupements non nécessaires.
Que font les endonucléases ?
- Reconnaissent et coupent une séquence précise.
- Peuvent laisser des bouts francs.
- Coupures presque toujours symétriques.
(a) Indiquez le mécanisme par lequel le 5-fluorouracile peut agir comme drogue anti-cancéreuse. (b) Quel effet secondaire s’attend-on à rencontrer avec ce produit?
(a) Bloque une enzyme importante, la thymidine synthétase, ce qui arrête la production de dTTP, nécessaire à la division cellulaire.
(b) Ralentit croissance des cellules cancéreuses, mais affecte aussi les cellules normales. Peut causer diarrhée et anémie.
Considérant le mécanisme de synthèse des pyrimidines, quel argument permet d’appuyer la
théorie selon laquelle l’ARN serait apparu avant l’ADN?
L’UMP (vient de l’uracile, qui est dans l’ARN) est à la base de la synthèse de toutes les pyrimidines, incluant le dTTP.
Quelle paire de base est la plus forte? Lesquelles sont les plus faibles?
G-C est la plus forte car elle a trois ponts hydrogènes.
A-T et A-U (dans l’ARN) n’ont que
deux ponts hydrogènes donc sont plus faibles.
Qu’arrive-t-il si une base azotée de l’ARN est coupée de son ribose?
Rien, il manque juste une base azotée à une position.
Lors de la synthèse d’un brin d’ADN par une ADN polymérase, à quelle position s’attachera la
prochaine molécule? Au phosphate ou au sucre?
Au sucre (en position 2 en comptant à partir de la première extrémité à droite, pas à partir du O en haut).
