Chapitre 4- les protéines Flashcards
Différence entre constitution, conformation et configuration ?
CONSTITUTION : le contenu en atomes d’une molécule.
CONFORMATION : l’un des arrangements possibles d’une molécule, sans qu’il y ait de bris entre les liens (on a plutôt une rotation autour d’un lien)
CONFIGURATION : l’arrangement spatial stable d’une molécule. Pour passer d’une configuration à
l’autre, il faut briser et reformer des liens.
Les chaînes de carbone liées per des liens simples s’appellent des…?
alcanes.
Différencier un alcane, un alcène et un alcyne.
Alcane : finit en ‘ane’. Lien simples (sigma).
Alcène : finit en ‘ène’. Liens simples et doubles (sigma et pi).
Alcynes : finit en ‘yne’. Liens triples. Quand dessiner en crochets, fait tout droit, dans même angle.
Différence entre acide fort et acide faible ?
Acide fort = se dissocie beaucoup
Acide faible = dissocie très peu.
Plus le pH est bas, ions H+ plus ou moins présents ?
Plus présents.
Nom de cette formule : HCOOH ?
Acide formique
Nom de cette formule : CH3COOH ?
Acide acétique
Définition d’un état de transition ?
Moment clé dans une réaction chimique où les réactifs sont transformés en produits.
La température à laquelle 50% d’un bout d’ADN est séparé est
appelé le ….?
Tm (Temperature of melting).
Plus l’ADN est long, ou plus il est riche en GC, et plus le Tm est
élevé.
Dans une hélice alpha, un pont hydrogène qui stabilise la structure globale est relié à une autre résidu en quel position ?
En position n+4.
Quel résidu est le moins fréquent dans les hélices alpha?
Proline.
Comment agit un agent réducteur (ex.: beta-mercaptoethanol) pour aider à défaire
la structure tertiaire d’une protéine?
Brise les ponts disulfures (se fait en conditions acide)
Nature des polypeptides (éléments qui les rends positifs, négatifs, hydrophobes) ?
- Plus positif si beaucoup de K, R et H.
- Négatif si beaucoup plus de D et E.
- Hydrophobe si beaucoup W (pense à water)
Étapes du séquençage des protéines ?
[quand on connait masse peptide, on peut déterminer contenu protéique]
1- Composition globale en a.a.
2- Identification des bouts.
3- Fragmentation (coupure avec un agent).
5- Seconde coupure (autre agent).
6- Agencement.
Les variations entre les angles phi (Ф) et psy selon différentes structures (pour quelques) ?
hélice a : phi ~ -57 et psy ~ -47
feuillet beta parallèle : phi ~ -119 et psy ~ 113
feuillet beta ANTIparallèle : phi ~ -139 et psy ~ 135
Dessiner un polypeptide à pH différents
1 - faire squeltte ( N-C-C-N-C-C…)
2 - Dessiner acides aminés.
3 - Changer groupements carboxyles et amine.
Attention :
pH acide = COOH et NH₃⁺
pH basique : COO⁻ et NH₂
