Chapitre 1: introduction Flashcards
Expliquez brièvement les postulats de Kock.
- les même micro-organisme sont présents dans chaque cas de maladie
- ils sont isolés depuis les tissus d’un animal mort et une culture purifiée est préparée
- cette culture est inoculée dans l’animal vivant
- la maladie se reproduit
- on retrouve les mêmes micro-organismes
Vrai/faux
Les bactéries datent d’il y a 3,5 milliards d’années.
Vrai
Où les retrouve-t-on?
- 60% biomasse terretre
- ubiquitaires
- flore humaine (10 fois plus que nos cellules! 1-3% masse totale du corps)
Vrai/Faux
Il existe plus de 4000 espèces de bactéries décrites dont plus d’un milliers commensales humaines, ayant une diversité moléculaire supérieure à celle des eucaryotes.
Vrai
De combien de gènes le génome bactérien est-il constitué?
1000 à 5000 gènes/bactérie
Quelle est la fréquence de mutation dans une bactérie?
1 cellule par 10^6x temps de doublement (20 min)
Quelle proportion d’échange génétique y a-t-il chez les bactéries?
15 à 30% des gènes sont étrangers (empruntés à d’autres espèces)
Qu’est-ce que la métagénomique?
Science qui étudie le contenu génétique d’un échantillon issu d’un environnement naturel complexe
Qu’est-ce que la microbiote?
Ensemble micro-organismes vivant dans un environnement spécifique
Qu’est-ce que le microbiome?
Ensemble de l’environnement en tant qu’habitat fonctionnel qui inclut les microorganismes, génomes..
Qu’est-ce que le métagénome?
Somme du matériel génétique encodé par l’ensemble des organismes présent dans cet environnement
Comment fait-on le microbiome humain?
- séquençage des microbiotes (oral, cutané, vaginal..)
- 300 personnes saines
Vrai/faux
On recense environ 5000 espèces au total qui constitue le microbiome humain.
Faux, 10 000 espèces
Comment les bactéries perçoivent le monde qui l’entoure?
Système de transduction de signaux à 2 composants = antennes sensibles aux changement du milieu
Comment les bactéries communiquent?
- Via des phéromones
- lactones
- perception de la densité de population
Comment les bactéries réagissent?
- mobilité (flagelle)
- protection: biofilm
- adaptation rapide (stress): hypermutation
Quelles sont les caractéristiques principales des bactéries?
- 1/10 um
- nucléoïde: pas de véritable noyau
- ADN circulaire avec des protéines HU pour eubactéries
- pas de mtc
- pas de chloroplastes
- organisation en cellules isolées
- division simple
De quoi est composée la paroi cellulaire?
- peptidoglycanes (chaînes glucidiques)
- N acétyl-glucosamine (NAG) et N acétyl-muramique (NAM) lié à un tetra-peptide
Qu’est-ce que le super méga-génome?
Totalise la somme de tous les gènes et de toutes les infos génétiques connues
De quoi est composé la classe des procaryotes?
- archées
- bactéries
Comment se fait la synthèse de la paroi?
- dans le cytoplasme: une enzyme passe N-acétyl et penta-peptide de l’autre côté de la membrane en faisant un flap
- à l’extérieur (ou périplasme si gram-): transglycosylation, lien glucide glucide
-transpeptidation par PBP (cibles antibiotiques): lien
=>direct chez gram -
=>penta-glycine chez gram+
De quoi est composée l’enveloppe des bactéries Gram+ ?
- mb plasmique
- peptidoglycane (90% masse)
- ac.téichoïque: régulent entretien peptidoglycane
- ac.lipoteichoÏque (ancre paroi dans mb, facteur virulence ++, active complément)
- protéines de surface (dans muréine)
De quoi est composée l’enveloppe des bactéries Gram- ?
- mb plasmique
- peptidoglycane (5/20% enveloppe)
- espace périplasmique
- mb externe
- lipopolysaccharide
- lipoprotéines de Braun (ancre mb externe)
- OMP
- systèmes de sécrétion transpariétal
Qu’est-ce que le lipopolysaccharide (LPS)?
- facteur de virulence important
- composé de lipide A qui est une endotoxine très puissante et active le complément
- antigène O: chaîne polysaccharidique
Qu’est-ce que l’OMP (outer membrane protein)?
- OmpA: ancre mb externe
- protéines de surface
- porines (OmpF ou OmpC)f
Comment se fait la sécrétion chez les gram+?
- ABC transport
- sortase couplée à des ATPases
- reconnaissance des protéines : Sec (pas encore de structure 3D) et PAT
Comment se fait la sécrétion chez les gram- ?
- ABC transporteurs lié à OMP (porines) avec un canal appelé MPF
- Sec et PAT couplés avec des sécrétines
Décrire les pompes de types I et II chez les gram -
- sécrétions extra-cellulaire
- transports de petites molécules: ions, médicaments.., protéines de petites tailles
Décrire les pompes de types III et IV appelés injectosomes.
Donnez un exemple.
-molécules effectrices injectées directement dans les cellules cibles
- complexes “aiguilles”
- interaction entre molécule sensorielle et récepteur de cellules cibles
-ouverture d’un canal sécrétoire avec formation d’un pore dans une cellule cible
-transfert de molécules directement dans cytosol de la cellule cible
=> type III salmonella, shigella, yersinia
=> type IV helicobacter pylori
Citez quelques structures facultatives chez les bactéries.
- flagelle (antigène H)
- capsule (antigène K)
- pili/fimbriae
De quoi est composé le flagelle?
- cylindre creux+crochet
- anneaux fixé au LPS
- moteur à hélice actionné par une pompe à ions, tourne dans les 2 sens
- ressemble à sécrétion type 3 à 4 anneaux)
Quelle est la vitesse du flagelle?
60x longueur propre de la bactérie/sec
Qu’est-ce qu’une bactérie monotriche?antitriche?
- monotriche: un flagelle
- antitriche: 2 flagelles
Qu’est-ce qu’un lophotriche (spirochètes)?
- flagelle dans espace périplasique
- structure spiralée
Quelles sont les caractéristiques du pili?
- nature protéique
- pas de rotation
- surtout gram -
- ancré dans la mb externe ou dans les 2 mb
- adhésion à la cellule hôte
- facteurs de virulence très importants
- mouvement de glissement
=> différent du pilus sexuel!
Quelles sont les caractéristiques du glycocalyx ou capsule ?
- nature polysaccharidique
- gram - et +
- considéré comme un facteur de virulence
- protection de la phagocytose, desiccation, phages et détergents
- antigénique
- impliquée dans l’adhésion
- très dense, difficile à colorer (halo autour)
Qu’est-ce qu’un spore?
- formes persistante d’une cellule végétative
- paroi épaisse
- faible teneur en H20
- résistance élevée aux agents chimiques et physiques
- végétatif en milieu favorable
=> bacillus, clostridium
Comment est formé le spore?
- division cellulaire asymétrique
- septum entre spore et soeur
- pré-spore: spore englobé dans la bicouche
- couche de peptidoglycane autour pré-spore
- puis couche peptique débarrassée de son eau
- sporange entre en apoptose et libère le spore
Comment fait-on la coloration des grams?
- échantillon fixé à l’alcool
- 1ère coloration
- décoloration
- recoloration
- cristal violet dans le gram (+ et -)
- traitement à l’iodine, complexe avec cristal => piégé dans cellule
- décoloration avec l’alcool
Comment différencie-t-on les gram + et - dans la coloration?
-décoloration ne marche pas chez gram + car très grosse paroi
-gram - seront décolorés car petite couche
=> recoloration avec safarin
=> gram - de couleur différente
Quelles sont les bactéries qui font exceptions au Gram?
- clamydias
- mollicutes
- mycobactéries
Pourquoi les clamydias sont une exception?
- pas de peptidoglycanes
- ne prennent pas le gram
- limite bactérie/virus
Pourquoi les mollicutes sont une exception ?
- pas de paroi
- déformables
- ne prennent pas le gram
Pourquoi les mycobactéries sont une exception?
- paroi épaisse et résistance
- ne se colore pas à la coloration avec le cristal violet
- coloration à chaud avec fuchsine, puis acide fort puis éthanol puis bleu deMeth
- apparaît rose sur fond bleu
Quelles sont les différentes morphologies des bactéries?
-coques (amas, chaînettes)
=>staphylocoque
-bacilles droites => streptocoque
-bacilles incurvés (gram- seulement)
Vrai/faux
Les actinomycètes sont des bactéries.
Vrai
Quelles sont les 4 types de croissance selon l’atmosphère?
- aérobie strict
- aéro-anaérobie (peuvent choisir)
- anaérobie strict: s’éloignent de l’oxygène
- micro-aérobie: un peu d’O2 mais pas trop
Comment mettre en évidence des streptocoques?
Type d’hémolyse
- B hémolytiques: digère tout
- A hémolytique : digestion partielle
- G: absence d’hémolyse
Comment différencier le streptocoque doré et blanc?
Chercher la présence de coagulase
