Biophy : Modélisation moléculaire Flashcards
Qu’est-ce que modéliser ?
- Représenter
- Expliquer
→ Données expérimentales par une fonction mathématique
Que permet la modélisation ?
- Prévoir un comportement
- Prédire une propriété
→ Gain de temps
Qu’est-ce que la modélisation moléculaire ?
→ Couteau suisse :
* Prédiction structurale
* Amarrage moléculaire
* Visualisation de la molécule 3D
Que doit on faire avec les différentes données pour représenter en 3D une molécule ?
Combiner et hyérarchiser
Quelles sont les données que l’on utiliser pour faire de la représentation 3D de données moléculaires ?
- Données géométriques
- Propriétés chimiques
- Propriété physique
- Propriétés dynamiques
- Propriétés mécanique
Quelle est la + petite particule représentée en modélisation moléculaire ?
Atome
Quelles sont les informations atomiques utilisées en modélisation moléculaire et où les trouve-t-on ?
- Nature : format numérique
- Géométrie
- Topologie et connectivité
- Type
→ Champs de force
Quels sont les paramètres de modélisation moléculaire possédant des standards de représentation ?
→ Information de type “atomique”
→ Information de type “moléculaire”
Quelles sont les information de type atomique qui sont régulée par des standards de représentation ?
- Elément chimique
- Ordre de liaison
- Valence
- Géométrie
Quelles sont les information de type moléculaires qui sont régulée par des standards de représentation ?
- Nature de la molécule
- “Famille” structurale
Couleur utilisée pour oxygène ?
Rouge
Couleur utilisée pour azote ?
Bleue
Couleur utilisée pour hydrogène ?
Blanc
Couleur utilisée pour soufre ?
Jaune
Couleur utilisée pour carbone ?
- Noir
- Bleu ciel
- Vert
Comment sont classé en modélisation les AA ? ?
Selon les propriété physico chimique de leur chaines latérales
Couleur utilisée pour définir des AA cycliques ?
Vert
Couleur utilisée pour Définir l’hydrophobicité ?
Hydrophile : vert
Hydrophobe jaune
Couleur utilisée pour les charges des AA ?
Positif : bleu
Négatif : rouge
Bibliothèques de données utiles pour pharmaciens ?
- VMD
- Chimera
- Ligantscout
Qu’est ce que la topologie ?
Connectivité entre atomes
Comment est réalisée a topologie en modélisation moléculaire ?
- 1 point par atome
- 1 bâtonnet = 1 liaison chimique
→ Format boule bâton
Que permetent de connaitre les “bâtonnets” ?
Les informations de topologie et de valence
Comment les logiciels parviennent ils à relier les point sans utiliser la chimie ?
Par calcul :
Si ditance A-B < 2 A° il y a une liaison