Basgruppsfall 5 - Translationen i lönnmördarens tjänst Flashcards
Vilket är det centrala dogmat inom molekylär biologi?
Det centrala dogmat är att flödet av genetisk information går från DNA till RNA till protein.
Vad blir slutresultatet av transkriptionen?
messenger RNA (mRNA)
Vad är det som transkriberas? Vilket enzym är det som genomför transkriptionen?
Det är generna i genomet som transkriberas till RNA. Det är RNA-polymeras II som genomför transkriptionen.
I vilken riktning rör sig polymeras?
Den rör sig i 5’ till 3’- riktning. En nukleotid kan bara adderas i 3’ änden!
Kräver RNA-polymeras, likt DNA-polymeras, en primer för att starta?
Nej.
Vad finns före varje DNA-sekvens som skall transkriberas?
Före varje DNA-sekvens som skall transkriberas så finns det en en promotor (del av genen som kommer innan första exonet). I promotorn finns en TATA-box som innehåller A- och T-nukleotider. Den finns ungefär 25-30 nukleotider före starten.
Vad krävs för att transkriptionen skall starta?
För att transkriptionen skall starta så krävs det transkriptionsfaktorer. En sådan transkriptionsfaktor innehåller TATA-binding protein (TBP), vilket binder till TATA-boxen. Efter det ansluter ytterligare transkriptionsfaktorer.
Till slut så ansluter RNA-polymeras II, som blir fosforylerat av en transkriptionsfaktor (energi krävs med andra ord). Efter ett antal fosforyleringar så kan polymeraset släppa, och påbörja transkriptionen.
Vad händer med transkriptionsfaktorerna efter att transkriptionen startat?
De flesta lämnar och hjälper till att initiera transkription på andra platser.
Hur sker elongeringen i transkriptionen?
RNA-polymeras II vandrar längs med DNA-kedjan och bildar ett primärt mRNA genom att fästa komplementära kvävebaser efter mallkedjan av DNA. DNA-helixen öppnas och stängs med samma hastighet i replikationsbubblan så att det hela tider är ungefär 17 baser oparade.
I vilket riktning läser RNA-polymeras av DNA-strängen? I vilken riktning byggs det nya transkriptet på?
RNA-polymeras läser av DNA-strängen i 3’ till 5’ på template strand.
RNA-polymeras bygger det nya transkriptet i 5’ till 3’- riktning. NYA NUKLEOTIDER KAN ENDAST FÄSTAS PÅ 3’!!
Hur får RNA-polymeras sin energi för att kunna bygga på nukleotider?
Det får den genom fosforylering av trifosfaten ATP, CTP, GTP samt UTP (man klyver alltså bindningarna härmellan, och använder sedan AMP, CMP, GMP och UMP som byggstenar).
Det finns tre posttranskriptionella modifieringar, vilka tre är det? Beskriv dem ytterst kortfattat.
Polyadenylering = fästande av en poly-A-svans.
Capping = 5’ änden består av en reaktiv fosfatgrupp. Den skyddas därför med en 5’ cap.
Splicing = klipper bort introner.
Beskriv polyadenyleringen.
När transkriptionen närmar sig slutet av en gen så sker polyadenylering. Det finns signaler i genomet som visar var 3’ änden av mRNA finns. Detta får cleavage stimulation factor (CstF) och cleavage and polyadenylation specicity factor (CPSF) till att binda in. De klipper av mRNA-strängen, och lockar poly-A polymerase (PAP) till att addera ungefär 200 adeninnukleotider till den avklippta 3’ änden av strängen.
Efter att adeninnukleotider har fästs av PAP till mRNA, vad sker?
Poly-A-binding proteins hjälper till att bestämma längden på svansen av A-nukleotider, och bidrar även med stabilitet.
Beskriv capping.
Capping sker när transkriptionen har syntetiserat ungefär 25-30 nukleotider av mRNA. Ett enzymkomplex katalyserar adderingen av 5’ capen.
Varför sker 5’ capping?
Det sker för att hjälpa mRNA i transporten till ribosomen, samt för att positionera den rätt vid translationen. Den skyddar även mRNA mot reaktiv fosfat.
Vad är exoner? Vad är introner?
Exonor är vad som bevaras i samband med splicing, det är det “meningsfulla” DNA:t.
Introner är vad som klipps bort i samband med splicing, det är det “värdelösa” DNA:t.
Vad innebär splicing?
Att introner klipps bort.
Vad är det som sköter splicingen?
Splicingen sköts av snRNA (small nuclear RNA), som består av proteiner och formar snRNP (snorps!). snRNP känner av platsen där splicingen skall ske genom “splicing sites”, vilket är specifika kvävebaser i gränsen mellan intronerna och exonerna.
Hur sker själva splicingen?
Splicingen går till genom att snRNPs binder in till “splicing sites”, och bildar en spliceosom. Branch point A har en fri 2’ OH som gör en nukleofil attack på 3’ änden av ena exonen. Detta frigör den exonen, som nu har en fri 3’ OH vilken i sin tur gör en nukleofil attack på 5’ änden. Detta frigör lariatstrukturen, och ligas sammanfogar exonerna.
Vad innebär alternativ splicing?
Alternativ splicing innebär att exonerna i mRNA kan sammanfogas på olika sätt. Med hjälp av regulatoriska proteiner så kan olika varianter komma till uttryck i olika celler/vävnader.
Det finns tre olika typer av RNA-
polymeras, vilka? Vad gör de?
RNA-polymeras I: transkriberar för gener som kodar för tRNA.
RNA-polymeras II: transkriberar för de flesta gener som kodar för proteiner och mRNA, därav att fokus oftast ligger på detta RNA-polymeraset.
RNA-polymeras III: transkriberar för gener som kodar för rRNA.
Beskriv de tre stegen av transkription kortfattat.
Initiering - består av att RNA-polymeras II fosforyleras med hjälp av transkriptionsfaktorer som har bundit in till en promotorregion (TATA-box).
Elongering - består av att RNA-polymeras jobbar med att bygga det nya transkriptet i 5’ till 3’- riktning. Nukleotider kan endast adderas i 3’ änden. Trifosfater används som energikälla.
Terminering - med hjälp av specifika sekvenser i genomet så klipps mRNA av och poly-A-svansen adderas.
Vad är det som översätts i samband med translationen?
Det är nukleotiderna i mRNA (A, C, G och U) som översätts till aminosyror.
