Aula 4 - Estrutura Proteínas Flashcards
Quais os níveis de organização estrutural de uma cadeia polipéptídica?
estrutura primária, secundária, terciária e quaternária
Como se dispõe a estrutura primária?
sequência de aminoácidos
Como se dispõe a estrutura secundária?
arranjos específicos em pequenas regiões (localmente) devido a angulos de torção favoráveis
Como se dispõe a estrutura terciária?
arranjo organizado dos elementos da estrutura secundária
Como se dispõe a estrutura quaternária?
arranjo espacial das diferentes estruturas terciárias
Quais os arranjos específicos da estrutura secundária?
hélice alfa, cadeia beta e voltas ou loops
O que é um random coil?
é algo que se forma na estrutura secundária aleatoriamente e que não tem uma forma específica
Quando se forma a hélice alfa?
quando resíduos de aminoácidos consecutivos têm angulos phi e psi de -60 e -50 e há zonas alternadas rigidas da ligação peptídica e zonas de mobilidade
Quais as características da hélice alfa?
os grupos R estão orientados para fora da hélice (de modo a grupos R possam interagir com grupos R de outra hélice)
enrolamento para a direita
3,6 resíduos por volta
extremidades polares
resíduos hidrófilos orientados para o exterior
Existem mais hélices sem ser alfa?
Sim. Hélice pi (+ condensada) e hélice 3.10 (+ larga)
Quando se formam cadeias beta?
quando resíduos de aminoácidos consecutivos têm angulos phi e psi de -140 e 130
Quais as características das cadeias beta?
grupos R orientados para fora da cadeia em direções opostas (não há interações)
cada cadeia tem 5-10 aminoácidos
Como se formam folhas beta?
Quando cadeias beta se encontram perto uma da outra e têm tendência a associar-se com pontes de hidrogénio
Qual a diferença entre cadeia beta anti-paralela e paralela?
antiparalela - as cadeias beta associam-se anti paralellamente e as pontes de hidrogénio mais curtas e paralelas entre si
paralela- associam-se de forma paralela, as pontes de hidrogénio estão mais longas. É mais instável
Quais as características das voltas ou loops?
alteram a direção da cadeia polipéptidica
aminoácidos preferenciais (glicina por ser pequena e prolina por estar em cis)
Como é baseada a classificação das voltas?
número de aminoácidos que constituem as voltas, podendo ser mais apertadas ou mais largas
Quais as voltas ou loops mais comuns?
voltas beta (4 aminoácidos) e voltas gama
Como resulta a estrutura terciária?
arranjo dos elementos da estrutura secundária
O que são motivos/estrutura suprasecundária?
combinações de 2 a 4 estruturas secundárias sucessivas que contactam entre si com um arranjo geométrico específico e que estão normalmente associados a uma função
Dê exemplos de estruturas supra-secundárias
zinc finger (liga-se ao DNA) ou hélice hoop hélice
O que são domínios?
são semelhantes às estruturas suprasecundárias só que em vez de terem apenas 2-4 estruturas secundárias têm muito mais e estão associados a uma função específica
Quais os domínios que existem?
alfa e beta e todas as combinações que podem haver com alfa e beta
Todas as proteínas têm estrutura:
primária, secundária e terciária
Como se forma a estrutura quaternária?
quando se associam 2 ou mais cadeias polipeptídicas/subunidades
O que é uma proteína monomérica?
Proteína que tem 1 subunidade/cadeia polipeptídica, logo não apresenta estrutura quaternária
O que é uma proteína multimérica?
Proteína que tem 2 ou mais subunidades/cadeias polipeptídicas, logo apresenta estrutura quaternária
Dentro das proteínas multiméricas, o que é uma proteína homomérica?
subunidades iguais entre si
Dentro das proteínas multiméricas, o que é uma proteína heteromérica?
subunidades diferentes entre si
As proteínas homoméricas e heteroméricas podem ainda ser classificadas de acordo:
com os eixos de simetria
Quais as forças que estabilizam a estrutura das proteínas?
ligações não covalentes (interações iónicas ou pontes salinas, pontes H, forças de van der walls e interações hidrófobas) e ligações covalente (pontes de enxofre)
Quando se formam pontes salinas?
estabelcem-se quando um resíduo carregado positivamente (base) está perto de um aminoácido carregado negativamente (ácido)
O que significa uma ligação ser intracaternária?
ligação dentro da cadeia polipeptídica
Como ocorre a formação de pontes de enxofre?
oxidação cisteína forma ponte dissulfureto
As pontes de enxofre são ligações fortes?
Não é muito forte, se estiver num ambiente redutor facilmente é reduzida
