Att utforska proteiner Flashcards
Vad betyder proteom?
Proteinversionen av ett genom. Består av alla de proteiner som uttrycks av en cell under specifika förhållanden. Proteinet beror på celltyp, näring, omgivning m.m.
Nämn kemiska egenskaper för renframställning.
- Laddning på aminosyror
- Löslighet (hydrofoba/hydrofila aminosyror)
Nämn fysiska egenskaper för renframställning.
- Storlek (antal aminosyror)
- Struktur (interaktioner mellan aminosyror)
Beskriv kortfattat metoden bakom gelfiltrering.
Har med storlek att göra.
Det finns gelkulor i filtret, vilket gör att de små molekylerna i substansen kommer gå in i gelkulorna och ha längre elueringstid än de större molkeylerna som rinner rätt igenom.
Beskriv kortfattat metoden bakom jonbyteskromatografi.
Har med laddning att göra.
Har man en katjonbytare kommer dra till sig positiva joner medan de negativa jonerna rinner ut och tvärtom.
Ex. En polysackarid är negativt laddad.
Beskriv kortfattat metoden bakom affinitetskromatografi.
Glukosbindande proteiner har hög affinitet till glukos. Genom att använda sig av pärlor som drar sig till glukos som samtidigt är bundna till protein, kan man med hjälp av att tillsätta extra glukos släppa denna bindning emellan och få ut glukosbindande proteinet med glukos inbundet.
Beskriv kortfattat metoden bakom dialys.
Används vid buffertbyte och ej vid proteinrening.
Man använder sig av ett semipermabelt membran (dialysmembran) där man gör sig av med mindre proteiner än de man vill ha.
Det finns olika membran beroende på storleken på proteinet man vill ha.
Beskriv kortfattat metoden bakom SDS-PAGE.
Separation med avseende på storlek.
SDS är ett detergent som gör att proteinet sträcks ut och får en negativ laddning. PAGE är gelen som finns i gelelektroforesen.
Denna kan associera med alla typer av proteiner och bidrar med hög negativ laddning, vilket kommer göra proteinets egen laddning obetydligt och endast storleken ger betydelse i vandringen genom gelen.
Beskriv kortfattat metoden bakom isoelektrisk fokusering.
Renframställning men avseende på pH.
Proteiner vandrar tills de når sin pI (isoelectric point).
Ex. protein med pI 9 är positiv vid pH under 9.
Högt pH=negativt laddad
Lågt pH=positivt laddad
Beskriv kortfattat metoden bakom 2D-elektrofores.
Kombination av isoelektrisk fokusering och SDS-PAGE. Först görs isoelektrisk fokusering och därefter SDS-PAGE vinkelrätt mot första körningen. Detta ger en högre upplösningsförmåga.
Beskriv kortfattat metoden bakom analytisk ultracentrifugering.
Rening med avseende på massa.
Ex. rena ribosomer från mitokondrien i en cell.
Genom användning av g-kraften tvingar man partiklarna färdas genom en vätska. Efter minuter/timmar kan man samla upp de olika separerade molekylerna.
Beskriv kortfattat metoden bakom masspektrometri.
Molekylmassa-bestämning.
Prov –> joniseringskammare (proteinet delas upp och blir laddade ex. CH3+) –> magnet (jonerna blir påverkade av magneten)
Ju lättare fragment, desto lättare transporteras det.
–> detektor –> masspektrum.
Ger fingeravtryck av molekylen och då kan man kura ut vad man har för molekyl.
Vad menas med peptid-analys?
Bestämma ett proteins aminosyrasekvens.
Beskriv kortfattat metoden bakom Edman-degradering.
Analys av sekvensen av aminosyror i en primär aminosyrasekvens.
Phenyl isothiocyanat reagerar med de oladdade aminogrupperna utan att resten av peptiden påverkas. Först binder den, och sedan lossnar aminosyran från peptidkedjan.
Vad menas med blottning?
Detektering av specifika proteiner i ett prov. Från ett SDS-PAGE överför man proteinerna till ett membran. Antikroppar används sedan till att påvisa vilket protein det är, visa var det ligger och storleken på den.