Att utforska proteiner Flashcards

1
Q

Vad betyder proteom?

A

Proteinversionen av ett genom. Består av alla de proteiner som uttrycks av en cell under specifika förhållanden. Proteinet beror på celltyp, näring, omgivning m.m.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Nämn kemiska egenskaper för renframställning.

A
  • Laddning på aminosyror

- Löslighet (hydrofoba/hydrofila aminosyror)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Nämn fysiska egenskaper för renframställning.

A
  • Storlek (antal aminosyror)

- Struktur (interaktioner mellan aminosyror)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom gelfiltrering.

A

Har med storlek att göra.
Det finns gelkulor i filtret, vilket gör att de små molekylerna i substansen kommer gå in i gelkulorna och ha längre elueringstid än de större molkeylerna som rinner rätt igenom.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom jonbyteskromatografi.

A

Har med laddning att göra.
Har man en katjonbytare kommer dra till sig positiva joner medan de negativa jonerna rinner ut och tvärtom.

Ex. En polysackarid är negativt laddad.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom affinitetskromatografi.

A

Glukosbindande proteiner har hög affinitet till glukos. Genom att använda sig av pärlor som drar sig till glukos som samtidigt är bundna till protein, kan man med hjälp av att tillsätta extra glukos släppa denna bindning emellan och få ut glukosbindande proteinet med glukos inbundet.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom dialys.

A

Används vid buffertbyte och ej vid proteinrening.
Man använder sig av ett semipermabelt membran (dialysmembran) där man gör sig av med mindre proteiner än de man vill ha.
Det finns olika membran beroende på storleken på proteinet man vill ha.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom SDS-PAGE.

A

Separation med avseende på storlek.
SDS är ett detergent som gör att proteinet sträcks ut och får en negativ laddning. PAGE är gelen som finns i gelelektroforesen.

Denna kan associera med alla typer av proteiner och bidrar med hög negativ laddning, vilket kommer göra proteinets egen laddning obetydligt och endast storleken ger betydelse i vandringen genom gelen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom isoelektrisk fokusering.

A

Renframställning men avseende på pH.
Proteiner vandrar tills de når sin pI (isoelectric point).
Ex. protein med pI 9 är positiv vid pH under 9.
Högt pH=negativt laddad
Lågt pH=positivt laddad

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom 2D-elektrofores.

A

Kombination av isoelektrisk fokusering och SDS-PAGE. Först görs isoelektrisk fokusering och därefter SDS-PAGE vinkelrätt mot första körningen. Detta ger en högre upplösningsförmåga.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom analytisk ultracentrifugering.

A

Rening med avseende på massa.
Ex. rena ribosomer från mitokondrien i en cell.
Genom användning av g-kraften tvingar man partiklarna färdas genom en vätska. Efter minuter/timmar kan man samla upp de olika separerade molekylerna.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom masspektrometri.

A

Molekylmassa-bestämning.
Prov –> joniseringskammare (proteinet delas upp och blir laddade ex. CH3+) –> magnet (jonerna blir påverkade av magneten)
Ju lättare fragment, desto lättare transporteras det.
–> detektor –> masspektrum.
Ger fingeravtryck av molekylen och då kan man kura ut vad man har för molekyl.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad menas med peptid-analys?

A

Bestämma ett proteins aminosyrasekvens.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom Edman-degradering.

A

Analys av sekvensen av aminosyror i en primär aminosyrasekvens.
Phenyl isothiocyanat reagerar med de oladdade aminogrupperna utan att resten av peptiden påverkas. Först binder den, och sedan lossnar aminosyran från peptidkedjan.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Vad menas med blottning?

A

Detektering av specifika proteiner i ett prov. Från ett SDS-PAGE överför man proteinerna till ett membran. Antikroppar används sedan till att påvisa vilket protein det är, visa var det ligger och storleken på den.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vad menas med monoklonal?

A

Antikropp binder till en enda antigen.

17
Q

Vad menas med polyklonal?

A

Antikropp binder till flera olika antigen.

18
Q

Beskriv kortfattat metoden bakom ELISA.

A

Metoden bygger på bidningen mellan en antikropp och antigen.
Indirect ELISA: Antigen ligger i vtnlösning. Antikroppar med enzym tillkopplat binds till. Enzymet gör så det blir en färgförändring. Ju fler antikropp-antigen-komplex desto starkare färg.
Sandwich ELISA: Antikroppar ligger i vtnlösning. Antigen binder till antikropp. Antikroppar med enzym binder till antigen vilket leder till färgförändring.

Ingen färgning= inga antigen/antikropp som passar ihop

19
Q

Vad finns det för olika användningar av syntetiskt tillverkade proteiner?

A
  • Agera som läkemedel (inhibitorer)
  • Agera som antigen för stimulering av vissa antikroppar
  • Isolera receptorer (indentifiering av receptorer på celler genom syntetisering av olika protein.
20
Q

Vad är röntgen-krisallografi? Vad finns det för fördelar respektive nackdelar med denna metod?

A

Kristallisering av protein –> fast struktur. Röntgenstrålningen bryts genom kristallen och dessa strålar kan detekteras så man kan bygga upp en elektrondensitetkarta. Utifrån den byggs en strukturmodell.
Fördel: Bra upplösning, struktur på stora molekyler
Nackdel: Måste ha kristaller, osäkert om strukturen påverkas av kristallbildningen.

21
Q

Vad är NMR? Vad finns det för fördelar respektive nackdelar med denna metod?

A

Proteinet ligger i en lösning. Proteinet utsätts för ett starkt magnetfält så atomkärnorna börjar spinna. Denna växelverkan överförs till ett frekvensplan och så byggs en strukturmodell utifrån detta.
Fördel: Kan se rörelse, större omfång av konfirmationer.
Nackdel: Måste vara i lösning, klarar ej stora molekyler och sämre upplösning.