Aminosyrors 3D-struktur Flashcards
Beskriv primärstrukturen för aminosyror.
Sekvens av ihopkopplade aminosyror med peptidbindningar.
Beskriv sekundärstrukturen för aminosyror.
Formen som aminosyra-sekvensen bildar genom inter- och intramolekylära bidningar. Vanligast är α-helixar eller β-flak.
Beskriv tertiärstrukturen för aminosyror.
Struktur som är beroende av aminosyrornas egenskaper. Hydrofoba proteiner kommer vika sig inåt, och hydrofila kommer vika sig utåt.
Beskriv kvartärstrukturen för aminosyror.
Polypeptidkedjor som samverkar med varandra och bildar protein.
Vad menas med en subenhet?
En polypeptidkedja.
Beskriv konfirmationen av ett α-helix.
Polypeptiden har ringlat ihop sig och bildat en helix.
3,6 aminosyror per varv
Vanligast med skruvning åt höger.
Denna struktur uppstår då karbonylgruppen bildar en vätebindning med 4 aminorester framför.
Även disulfidbryggor kan ha en betydelse för denna konfirmation.
Beskriv konfirmationen av ett β-flak.
Två eller flera β-strängar bildar ett flak. Flaken bildas genom vätebindningar och kan antingen vara anti-parallella eller parallella.
Vilket β-flak är mest stabil och varför?
Det parallella flaket är mest stabil då den innehållet flest vätebindingar.
Beskriv en sjukdom som beror på felveckade proteiner och namnge de strukturer som bildas av felveckade proteiner.
Creutzfield-Jacobs disease är sjukdom som beror på felveckade proteiner som heter prioner. Prioner kan ge upphov till amyloida sjukdomar.
PrPc (frisk) + PrPsc (sjukdomsframkallande) –> amyloida fibriller eller amorfa aggregat.
Beskriv veckningsprocessen av ett protein.
- Startar med random-coil
- Hydrofoba effekten tvingar in hydrofoba sidokedjorna i en globulär struktur. Detta kallas för molten globule.
- Ett färdigveckat protein får en nativ konfirmation: mest stabila tillståndet.
Beskriv termodynamiken bakom proteinveckning.
Proteinveckning är en spontan reaktion vilken kommer göra att vi har ett lågt ΔG. Eftersom vi går mot en mer ordnad struktur kommer ΔS öka, vilket gör att den fria energin också ökar vilket gör att ΔG är densamma.
Beskriv Christian B Anfinsens experimet.
Han denaturerade proteinet med urea. Urea bryter ner den tredimensionella strukturen men inte de kovalenta bindningarna. Sedan tillförde han ett ämne som var H-donator så disulfidbryggorna bröts. Sedan togs urea bort samt ett ämne som tog H, och proteinet veckades tillbaka hur det var.
Rita “the folding landscape”
Rita. Ska se ut som ett upp och nedvänt berg.
Random coil
Molten globule
Native confirmation
Vad är “coils” (loopar)?
På ytan av α-helixar eller β-flak som utvecklar kontakter med ligander. Står därmed för proteiners funktioner och kontakten med andra molekyler. De är även mer rörliga än α-helixarna eller β-flaken.
Vad är β-turns (reverse turn)?
På ytan av α-helixar eller β-flak som utvecklar kontakter med ligander. Står därmed för proteiners funktioner och kontakten med andra molekyler. De är även mer rörliga än α-helixarna eller β-flaken.
Turnen stabiliseras av vätebindningar mellan två aminosyror.
