Analisis proteómicos Flashcards
¿Cuál es la primera conclusión sobre las comparaciones de secuencias de proteínas?
Las secuencias de proteínas se pueden agrupar en grupos o familias según la similitud de secuencia.
¿Cuál es la segunda conclusión sobre las comparaciones de secuencias de proteínas?
esta similitud puede limitarrse a tramos cortos de secuencia.
(verdadero/falso)
Estas regiones de secuencia conservadas no son generalmente regiones de importancia
funcional.
FALSO, si son de importancia
¿Cuál es el objetivo de las técnicas de clusterings?
identificar grupos de secuencias que son mayormente similares entre ellas y menormente
similares a las secuencias en otras agrupaciones
(verdadero/falso)
Todos los miembros de una superfamilia, familia o subfamilia, están relacionados evolutivamente.
verdadero
(verdadero/falso)
Los miembros de una superfamilia generalmente
tienen una estructura similar, aunque puede que no sea posible detectar la similitud de secuencia.
verdadero
(verdadero/falso)
Los miembros de una subfamilia tienen una clara
similitud de secuencia y pero no la misma función.
FALSO, si tienen la misma función
cuando hacemos análisis de clusters lo podemos analizar por patrones y perfiles. ¿De qué trata este análisis?
Construido a partir de múltiples alineaciones de secuencias evolutivamente relacionadas.
Incluyen secuencias de consenso, perfiles de expression regulares (PSSM) y modelos
ocultos de Markov (HMM).
(verdadero/falso) Cuando hacemos análisis de clusters lo podemos analizar por subsecuencias conservadas.
verdadero
¿Cuáles son las 2 formas de hacer análisis por patrones y perfiles?
Tipo de Análisis de clusters en dónde se analizan dominios:
análisis de subsecuencias conservadas
¿Qué son los dominios?
son tramos de secuencia que aparecen como módulos dentro de las proteínas.
(verdadero/falso)
Los motivos representan zonas conservadas entre las secuencias que suelen asociarse a
características funcionales del grupo de secuencias.
verdadero
Una vez que se ha construido un motivo o patrón de un grupo de secuencias puede utilizarse para:
1) Para asociar una nueva secuencia con la familia de secuencias que lo ha generado (si presenta el motivo es de la familia y puede que comparta sus funciones)
2) Para buscar secuencias que pertenezcan a una familia.
(verdadero/falso) la expresión de proteínas es un proceso dinámico.
verdadero
(verdadero/falso)
Las proteínas que se utilizan para funciones
específicas siempre pueden expresarse o
activarse.
Falso, no siempre pueden expresarse o activarse.
¿Cómo se expresan muchas proteínas?
de una manera dependiente del tipo de célula.
(verdadero/falso) La secuencia y estructura de las proteínas se utilizan para descubrir motivos que predicen la función de las proteínas.
verdadero
¿Para qué sirve el historial evolutivo y secuencias conservadas de proteínas?
para identificar residuos reguladores clave
¿Para qué sirve el perfil de expresión de las proteínas?
para revelar la especificidad del tipo de célula y cómo se regula la expresión
¿Para qué sirven las modificaciones postraduccionales?
: la fosforilación,
acilación, glicosilación y ubiquitinación sugieren
localización, activación y / o función
¿Para qué sirven las interraciones con otras proteínas?
la función se puede extrapolar al conocer la función de los socios de union.
¿Para qué sirve la localización intracelular?
puede aludir a la función de la proteína.
Las interacciones de proteínas se caracterizan
fundamentalmente como:
estables o transitorias
(verdadero/falso) las interacciones proteína-proteína pueden ser fuertes o débiles.
verdadero
¿A qué se asocial las interacciones proteína-proteína estables?
son aquellas asociadas con
proteínas que se purifican como complejos de
múltiples subunidades, y las subunidades de estos
complejos pueden ser idénticas o diferentes.
Ejemplos de interacciones de múltiples subunidades que forman complejos estables (interacciones fuertes):
- hemoglobina
-ARN polimerasa
¿Cómo se unen las proteínas entre sí en las interacciónes débiles?
mediante una combinación de
enlaces hidrófobos, fuerzas de van
der Waals y puentes salinos en
dominios de unión específicos en
cada proteína.
¿En dónde generalmente se dan las interraciones débiles?
en la superficie de las proteínas
Cuando hay interacciones proteina-proteína se generan reacciones biológicas como:
- alteración de las propiedades cinéticas de las enzimas
- canalización de sustratos
- se crean nuevos sitios de unión
- se inactivan o destruyen proteínas
- cambia la especificidad de una proteína (alosterismo)
La co-inmunoprecipitación tiene una interacción:
estable o fuerte
¿Qué es la co-inmunoprecipitación (co-IP?
es una técnica popular para determinar interacciones entre proteínas
se lleva a cabo de la misma manera que una inmunoprecipitación (IP) de una proteína
única, excepto que la proteína diana precipitada por el anticuerpo, también llamado “cebo
(bait)”, se usa para co-precipitar un complejo asociado de unión / proteína , o “presa
(prey)”, de un lisado celular. ¿Cuál es?
Co-IP
¿Qué tipo de interacción tienen los pull.down essay?
estable o fuerte
¿Cúal es la similitud entre los pull down essay y los Co-IP?
debido al uso de una matriz
de soporte para purificar proteínas que interactúan.
son ideales para estudiar interacciones fuertes o estables o para las que no hay anticuerpos
disponibles para la co-inmunoprecipitación:
pull-down essays
¿Qué tipo de interraciónven las crosslinking protein interactión analysis? (entrecuzamiento de proteínas)
débiles
(verdadero/falso) los ensayos pull-down utilizan una proteína “cebo” para purificar cualquier proteína en un lisado que se une al cebo.
verdadero
(verdadero/falso) El entrecruzamiento de proteínas que interactúan es un método para estabilizar o unir permanentemente los componentes de los complejos de interacción.
verdadero
¿Qué tipo de interración ven las crosslinking protein interactión analysis?
¿Qué tipo de interración ven las far-westen blot?
débiles
(verdadero/falso) el analisis far westen blot en la detección de interacciones proteína-proteína mediante el uso
de proteínas marcadas en lugar de anticuerpos.
verdadero
¿Cuál es la diferencia entre un western blot y un far westen blot?
el análisis far-western blot
difiere del análisis western blot, ya que las interacciones proteína-proteína se detectan mediante incubación por
electroforesis proteínas con una proteína de cebo etiquetada y purificada en lugar de un anticuerpo específico de la
proteína blanco, respectivamente.
