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Genómica > Análisis genómicos > Flashcards

Análisis genómicos Flashcards

1
Q

De acuerdo al Instituto Nacional de Cáncer de EE.UU., ¿qué es un recurso de muestras biológicas?

A

Colección de muestras humanas y datos asociados con fines de investigación, la entidad física donde se almacena la colección y todos los procesos y políticas relevantes.

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2
Q

¿Qué comprende la “ciencia de la bioespecimen”?

A

Protocolos y prácticas involucradas en la recolección, procesamiento y almacenamiento de las muestras.

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3
Q

¿Con qué fin se recolectan las muestras biológicas?

A

Para el control y cuidado normal del paciente, estudios de investigación básica, clínica y epidemiológica.

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4
Q

¿Qué cosas se deben saber antes de la recolección de las muestras?

A
  • Objetivos del estudio.
  • Si otros análisis de laboratorio se beneficiarán con esa recolección.
  • Qué tipo de muestra biológica se requiere.
  • Cuántos especímenes se recogerán.
  • Qué cantidad se requiere de muestra por cada espécimen.
  • Si se debe de almacenar en alícuotas más pequeñas para no descongelar a una más grande.
  • Si las muestras se almacenarán desde antes del análisis.
  • Si las muestras deben de trasladarse para su análisis.
  • Si ya se sabe que recipientes de almacenamiento usar, etiquetar y codificar.
  • Qué datos se recopilarán del estudio y si una computadora o sistema puede hacerlo.
  • Tener consentimiento informado apropiado, la privacidad, regulaciones éticas y legales están establecidas adecuadamente.
  • Si los fondos son suficientes para hacer el estudio.
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5
Q

¿Qué sistema se usa para la recolección de sangre?

A

Becton-Dickenson Vacutainer.

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6
Q

¿Cuál es el mejor enfoque para el manejo de unamuestra?

A

Recolectar, estabilizar (congelar o fijar) y procesarlas lo más rápido posible.

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7
Q

Ventajas de la recolección de saliva / células bucales.

A
  • Es más barato.
  • Gran fuente de ADN.
  • Los px lo prefieren antes que la toma de sangre.
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8
Q

¿Cómo se separa la sangre para sus diferentes análisis?

A

En fracciones:
- Plasma.
- Capa leucocitaria.
- Glóbulos rojos.

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9
Q

¿Qué hace la crioconservación?

A

Preservar los linfocitos viables para la recuperación posterior del ADN o para que el virus de Epstein-Barr cree líneas celulares linfoblastoides como fuente de cantidades limitadas de ADN.

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10
Q

¿Qué crioprotector se usa en la crioconservación?

A

Dimetilsulfóxido.

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11
Q

¿Cómo es el procesamiento de células bucales a partir del protocolo de enjuague bucal?

A

Mediante centrifugación de la suspensión celular, resuspensión en un tampón, y se procesan inmediatamente o se congelan para uso futuro.

*Se puede extraer el ADN, aunque estas muestras incluyen mucho ADN bacteriano y se recomienda PCR en tiempo real.

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12
Q

¿Cómo es la extracción de DNA?

A

Se considera la extracción con fenolcloroformo.
Se usa PCR en tiempo real, y para medir la calidad y cantidad de ADN las técnicas verían desde la absorbancia de 260-280 nm o fluorescencia.

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13
Q

¿Qué indica la relación A260 / A280?

A

Es una medida aproximada de la pureza del DNA y la contaminación de proteínas.

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14
Q

V / F : El ARN es más estable que el ADN y es más fácil de extraerlo intacto.

A

FALSO; el ARN es menos estable y más dificil de extraerlo intacto.

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15
Q

¿Qué métodos se usan para la cuantificación de mRNA en una célula?

A

El análisis por Northern blot y RT-PCR.

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16
Q

¿En qué consiste el análisis por Northern blot?

A

Una sonda radioactiva en solución se une con un mRNA inmovilizado en un soporte.

17
Q

¿En qué consiste el análisis por RT-PCR?

A

El mRNA se copia a cDNA y se genera un intermediario de doble cadena por la relación de transcripción reversa y posterior amplificación de la cadena por la reacción de la polimerasa.

18
Q

¿Qué son los microarrays?

A

El posicionamiento preciso en un soporte sólido de elementos que funcionen como detectores moleculares en altas densidades.

19
Q

¿Qué permiten los microarreglos / micromatrices?

A

El depósito de miles de puntos conteniendo genes o parte de genes sobre un portaobjetos para su estudio paralelo; y por eso es posible tener una visión instantánea de actividad de genomas completos o de un grupo selecto de genes.

20
Q

Fundamento de la función de los estudios de microarrays.

A

Se combinan las técnicas de hibridización de ácidos nucleicos y detección por fluorescencia.

*Sólo donde haya hibridización, habrá fluorescencia, y su intensidad será proporcional al nivel de expresión del gen en estudio.

21
Q

Condición indispensable para el diseño de los microarrays.

A

Que cada porción inmovilizada del gen lleve si cédula de identidad para que sea fácilmente distinguible de otros.

22
Q

¿Cómo es el proceso de los microarrays de ácidos nucleicos / cDNA?

A

Sondas = se producen en laboratorios por la amplificación selectiva de cDNAs (100-3000 nucleotidos), por PCR en placas de 96 pocillos.

Las amplificaciones se purifican, se verifica su calidad y cantidad y se depositan por capilaridad en portaobjetos de vidrio.

23
Q

¿Cómo es el proceso de los microarrays de oligonucleótidos?

A

Sondas = porciones de DNA sintético de cadena simple; cortas (15-25 nucleótidos) o largas (50-120 nucleótidos).

Pueden ser presintetizados y depositados en portaobjetos por robots, o sintetizados in situ y depositados por ink jet o fotolitografía (DNA chips).

24
Q

¿Cómo es el proceso de los microarrays de proteínas?

A

Sondas = anticuerpos fijados a portaobjetos de vidrio.
Blancos = suero o tejido.

Está restringida por la dificultad de fabricar e inmovilizar estructuras 3D y detectar interacciones de proteína plegadas, y además no hay colorantes fluorescentes para cuantificar a estas moléculas.

25
Q

¿Cómo es el proceso de los microarrays de tejidos?

A

Con una aguja hueca se toman muestras milimétricas de los tejidos en parafina. Luego se depositan en un nuevo bloque de parafina y se cortan 100-500 veces y se ponen en un portaobjetos.

26
Q

¿Qué pasa en la PCR tradicional?

A

La detección y cuantificación de la secuencia amplificada se realizan al final de la reacción, después del último ciclo de PCR; se usa también electroforesis en gel y análisis de imagen.

27
Q

¿Qué pasa en la PCR cuantitativa en tiempo real?

A

El producto de la PCR se mide en cada ciclo mediante fluorescencia, esto permite determinar la cantidad inicial del objetivo con gran precisión.

28
Q

¿Cómo funcionan las PCR?

A

Amplifican el ADN exponencialmente, duplicando el número de moléculas diana con cada ciclo de amplificación.

29
Q

Ventajas de la PCR en tiempo real:

A
  • Capacidad para monitorear el progreso de las reacciones de PCR individuales a medida que ocurren en tiempo real.
  • Capacidad para medir con precisión la cantidad de amplicón en cada ciclo = cuantificación precisa de la cantidad de material.
  • Mayor rango dinámico de detección.
  • La amplificación y detección se producen en un solo tubo, lo que elimina las manipulaciones posteriores a la PCR.
30
Q

Pasos de PCR en tiempo real:

A
  • Desnaturalización: alta temperatura para “fundir” el dsDNA en cadenas simples.
  • Anneling: las secuencias complementarias pueden hibridarse.
  • Extensión: optima actividad de la ADN polimerasa (70-72ºC), la extensión del cebador se produce a velocidades de hasta 100 bases por segundo.
31
Q

¿Cuáles son los parámetros de la PCR en tiempo real?

A
  • ADN polimerasa.
  • dNTPs.
  • Concentración de magnesio.
  • Buena técnica experimental.
  • Diseño de primers de PCR en tiempo real.
32
Q

¿Qué es la baseline de la RT-PCR?

A

Es el nivel de señal durante los ciclos iniciales de la PCR.

33
Q

¿Qué es el threshold (límite) de la RT-PCR?

A

El umbral de la reacción es el nivel de señal que refleja un aumento estadísticamente significativo sobre la señal de la línea base calculada.

34
Q

¿Para qué sirve la curva estándar?

A

Para derivar información sobre el desempeño de la reacción, así como varios parámetros de reacción.

Genómica (12 decks)

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