Akut mikrobiologi Flashcards
Luftvägsdiagnostik: provtagning
Sputum Nasofarynxprov Trakealsekret Bronksköljvätska (BAL) Urinprov kan behövas Blodprov
Rangordna sputum/nasofraynx/BAL vid luftvägsdiagnostik.
BAL bäst, men kräver att patienten är intuberad.
Sputum har bättre represntativitet för nedre luftvägarna jmf med nasofarynx.
Nasofarynxprov tas ifall patienten inte kan hosta upp sputum.
Ska man ta urinprov vid luftvägsdiagnostik? Varför?
Urinprov kan behövas för luftvägsdiagnostik. Vid sepsis generellt vet man inte alltid var primärlokalen är och därför är urin viktigt.
Sepsisdiagnostik: provtagning
Blododling x2
+ fokal diagnostik (luftväg, urin, sår…)
Vad bör remissen till laboratoriet innehålla?
- Kortfattad symtombild (immunosuppression, protes)
- Anamnesens tidsperspektiv
- Ev utlandsvistelse
- Pågående/planerad antibiotikabehandling
Varför är det viktigt att skriva en bra remiss till laboratoriet?
Klinisk information påverkar
• hur provet tas omhand på laboratoriet
• hur ev fynd bedöms/tolkas
Hur går diagnostiken till vid sputum/nasofarynxprov och trakealsekret/BAL?
Odling och PCR.
Vilken information kan man få med odling?
- bakterier
- svamp
- resistensbestämning
Vilken information kan man få med PCR?
- snabbt svar
- bred diagnostik = många patogener samtidigt
- även svårodlade agens som virus och intracellulära bakterier
Hur går odlingsdiagnostik till?
- Provet utodlas manuellt eller automatiskt.
- Odlingen inkuberas ffa över natten.
- Avläsning av plattorna.
Vilken teknik används för artbestämning efter odling?
MALDI-Tof
Vilken teknik används för art-resistensbestämning efter odling?
VITEK
Vilka tekniker används för resistensbestämning efter odling?
Diskdiffusion: odla på plattan, lägg diskar med Ab och mät hämningszonen runt disken.
E-test: för att få fram minsta inhibitoriska koncentrationen = MIC
Hur går MALDI-ToF diagnostiken till?
MALDI-ToF innebär att man odlar ut kolonier på en platta, sätter en koloni i en brunn och sätter in detta chip i ett instrument.
Det man får ut är en artbestämning som baserar sig på förekomsten av olika proteiner i preparaten.
Vad är MALDI-ToF?
Matrix-assisted laser desorption/ionization är en snabb, billig enkel artbestämning av bakterier och svampar.
Vad är det man egentligen får ut av MALDI-ToF?
Ett spektrogram på en bild på de molekyler (proteiner/peptider, sockerarter) som finns i organismen. Bilden kan sedan jämföras med en databas och på så vis arbestämma.
Vad är PCR?
PCR är molekylärbiologisk diagnostik där man amplifierar specifika nukleotidsekvenser.
Hur går PCR till?
Amplifiering av DNA/RNA med antingen singel eller multiplex analys.
Detektion
Kvantifiera med standardkurva
• Mycket virus ger en tidig kurva
• Lite måste man köra PCR längre och kurvan kommer senare.
Vad görs med urinprover?
Odling
• bakterier
• resistensbestämning
Antigendetektion • S. pneumoniae • Legionella pneumophila • snabbtest • ofta ytantigen
Hur går antigen-detektion med immunkromatografi till?
Prov blandas med konjugerade ak (med guldpartikel på).
Blandningen droppas på ett membran som har fixerade ak mot antigen vi letar efter på.
Provblandningen diffunderar igenom membranet och antigenen som är bundna med detektions ak fäster till ak på membranen, via vilka de sedan kan detekteras.
Vad görs med blododlingar?
Blododling sker på fyra flaskor - två tillfällen, två flaskor (en aerob en anaerob).
Flaskorna inkuberas i skåpet som detekterar flaskorna hela tiden. Om en flaska visar tillväxt larmar skåpet.
När skåpet larmar tar vi ut testet och gramfärgar & mikroskopierar.
Svar till kliniken blir då morfologi och gramfärgning. Sedan fortsätter man men art- och resistensbestämning (MALDI-ToF & resistensodling)
Provtagning vid Meningit/encefalitdiagnostik
Vid klinisk misstanke för meningit eller encefalit är det viktigt med cerebrospinalvätska lumbalpunktion
+ blododling.
Kan man odla CSF efter man gett antibiotika?
Ja, har lite längre tid på sig innan CSF-odlingen förstörs av IV-Ab än vid urinprov.
Vad talar mononukleär respektive polynukleär övervikt för i CSF?
Mononukleär → virus.
Polynukleär → bakterier.
Ytterligare diagnostik vid meningitmisstanke?
Csv/S-Borrelia-ak Csv--Odling Urinodling Csv--CNS-infektioner (PCR) Csv--Herpes simplex-DNA Tick-borne encephalitis (TBE)-ak Csv-Varicella zoster-DNA Övriga analyser
Vilken diagnostik görs på CSV?
Odling
• bakterier
• resistensbestämning
PCR
• snabbt svar
• bred diagnostik
• även svårodlade agens (borrelia, virus)
Serologi
• indirekt detektion (ak)
• svårfångade agens
• samtidigt serumprov
Vad är grundprincipen för serologisk diagnostik?
Antikroppar riktade mot de antikroppar man vill finna hos patienten.
Därefter tillsätter man antigen med en sekundär märkt antikropp för att se resultatet. Detta kan vara enzym och substrat som ger färgomslag eller fluorescerande ämnen.
Vilka olika serologiska diagnostiker finns?
ELISA/EIA (kvantitativ): graden av fluoroscering ger ett mått på ak-koncentration
Immunoblot (kvalitativ): pappersstrip med antigen mot ak man söker som man doppar i provet, finns det ak kan man få svar på detta.
Multiplex bead array (kvant + kval): kan mäta ak mot flera antigen samtidigt och sen får man en kvantifiering. DYR och SVÅR.
Vilka begränsningar finns det med serologi?
- Påvisar inte smittämnet, utan ak mot detta.
- Det tar tid att bilda ak (1-2v)
- Efter infektionen finns IgG kvar, i vissa fall livslångt. Kan vara svårt att avgöra om ak man mäter är gamla eller nya, man måste tolka serologin i kombo mot kliniska bilden.
- Risk för ospecifika bindningar mellan Ak och antigen, av betydelse för IgM ffa. IgM är inte lika specifika som IgG-ak, IgM kan vara lite klibbiga och riskerar att binda ospecifikt. Större problem i serumprover än i likvor.
mikrobiologisk diagnostik vid sepsis och pneumoni-misstanke
Blododling (aerob) Blododling (anaerob) Bronkodling, sköljvätska Legionella-ag urin Luftvägsblock 32 agens Mykoplasma, Pertussis, TWA... Nasofarynxodling Pneumokock-ag urin Urinodling Influense/RS-virus
