Akut mikrobiologi

Question 1

Luftvägsdiagnostik: provtagning

Answer 1

Sputum
Nasofarynxprov
Trakealsekret
Bronksköljvätska (BAL)
Urinprov kan behövas
Blodprov

Question 2

Rangordna sputum/nasofraynx/BAL vid luftvägsdiagnostik.

Answer 2

BAL bäst, men kräver att patienten är intuberad.

Sputum har bättre represntativitet för nedre luftvägarna jmf med nasofarynx.

Nasofarynxprov tas ifall patienten inte kan hosta upp sputum.

Question 3

Ska man ta urinprov vid luftvägsdiagnostik? Varför?

Answer 3

Urinprov kan behövas för luftvägsdiagnostik. Vid sepsis generellt vet man inte alltid var primärlokalen är och därför är urin viktigt.

Question 4

Sepsisdiagnostik: provtagning

Answer 4

Blododling x2

+ fokal diagnostik (luftväg, urin, sår…)

Question 5

Vad bör remissen till laboratoriet innehålla?

Answer 5

• Kortfattad symtombild (immunosuppression, protes)
• Anamnesens tidsperspektiv
• Ev utlandsvistelse
• Pågående/planerad antibiotikabehandling

Question 6

Varför är det viktigt att skriva en bra remiss till laboratoriet?

Answer 6

Klinisk information påverkar
• hur provet tas omhand på laboratoriet
• hur ev fynd bedöms/tolkas

Question 7

Hur går diagnostiken till vid sputum/nasofarynxprov och trakealsekret/BAL?

Answer 7

Odling och PCR.

Question 8

Vilken information kan man få med odling?

Answer 8

• bakterier
• svamp
• resistensbestämning

Question 9

Vilken information kan man få med PCR?

Answer 9

• snabbt svar
• bred diagnostik = många patogener samtidigt
• även svårodlade agens som virus och intracellulära bakterier

Question 10

Hur går odlingsdiagnostik till?

Answer 10

1. Provet utodlas manuellt eller automatiskt.
2. Odlingen inkuberas ffa över natten.
3. Avläsning av plattorna.

Question 11

Vilken teknik används för artbestämning efter odling?

Answer 11

MALDI-Tof

Question 12

Vilken teknik används för art-resistensbestämning efter odling?

Answer 12

VITEK

Question 13

Vilka tekniker används för resistensbestämning efter odling?

Answer 13

Diskdiffusion: odla på plattan, lägg diskar med Ab och mät hämningszonen runt disken.
E-test: för att få fram minsta inhibitoriska koncentrationen = MIC

Question 14

Hur går MALDI-ToF diagnostiken till?

Answer 14

MALDI-ToF innebär att man odlar ut kolonier på en platta, sätter en koloni i en brunn och sätter in detta chip i ett instrument.
Det man får ut är en artbestämning som baserar sig på förekomsten av olika proteiner i preparaten.

Question 15

Vad är MALDI-ToF?

Answer 15

Matrix-assisted laser desorption/ionization är en snabb, billig enkel artbestämning av bakterier och svampar.

Question 16

Vad är det man egentligen får ut av MALDI-ToF?

Answer 16

Ett spektrogram på en bild på de molekyler (proteiner/peptider, sockerarter) som finns i organismen. Bilden kan sedan jämföras med en databas och på så vis arbestämma.

Question 17

Vad är PCR?

Answer 17

PCR är molekylärbiologisk diagnostik där man amplifierar specifika nukleotidsekvenser.

Question 18

Hur går PCR till?

Answer 18

Amplifiering av DNA/RNA med antingen singel eller multiplex analys.
Detektion
Kvantifiera med standardkurva
• Mycket virus ger en tidig kurva
• Lite måste man köra PCR längre och kurvan kommer senare.

Question 19

Vad görs med urinprover?

Answer 19

Odling
• bakterier
• resistensbestämning

Antigendetektion
• S. pneumoniae
• Legionella pneumophila
• snabbtest
• ofta ytantigen

Question 20

Hur går antigen-detektion med immunkromatografi till?

Answer 20

Prov blandas med konjugerade ak (med guldpartikel på).

Blandningen droppas på ett membran som har fixerade ak mot antigen vi letar efter på.
Provblandningen diffunderar igenom membranet och antigenen som är bundna med detektions ak fäster till ak på membranen, via vilka de sedan kan detekteras.

Question 21

Vad görs med blododlingar?

Answer 21

Blododling sker på fyra flaskor - två tillfällen, två flaskor (en aerob en anaerob).

Flaskorna inkuberas i skåpet som detekterar flaskorna hela tiden. Om en flaska visar tillväxt larmar skåpet.

När skåpet larmar tar vi ut testet och gramfärgar & mikroskopierar.

Svar till kliniken blir då morfologi och gramfärgning. Sedan fortsätter man men art- och resistensbestämning (MALDI-ToF & resistensodling)

Question 22

Provtagning vid Meningit/encefalitdiagnostik

Answer 22

Vid klinisk misstanke för meningit eller encefalit är det viktigt med cerebrospinalvätska lumbalpunktion
+ blododling.

Question 23

Kan man odla CSF efter man gett antibiotika?

Answer 23

Ja, har lite längre tid på sig innan CSF-odlingen förstörs av IV-Ab än vid urinprov.

Question 24

Vad talar mononukleär respektive polynukleär övervikt för i CSF?

Answer 24

Mononukleär → virus.

Polynukleär → bakterier.

Question 25

Ytterligare diagnostik vid meningitmisstanke?

Answer 25

Csv/S-Borrelia-ak
Csv--Odling
Urinodling
Csv--CNS-infektioner (PCR)
Csv--Herpes simplex-DNA
Tick-borne encephalitis (TBE)-ak
Csv-Varicella zoster-DNA
Övriga analyser

Question 26

Vilken diagnostik görs på CSV?

Answer 26

Odling
• bakterier
• resistensbestämning

PCR
• snabbt svar
• bred diagnostik
• även svårodlade agens (borrelia, virus)

Serologi
• indirekt detektion (ak)
• svårfångade agens
• samtidigt serumprov

Question 27

Vad är grundprincipen för serologisk diagnostik?

Answer 27

Antikroppar riktade mot de antikroppar man vill finna hos patienten.
Därefter tillsätter man antigen med en sekundär märkt antikropp för att se resultatet. Detta kan vara enzym och substrat som ger färgomslag eller fluorescerande ämnen.

Question 28

Vilka olika serologiska diagnostiker finns?

Answer 28

ELISA/EIA (kvantitativ): graden av fluoroscering ger ett mått på ak-koncentration

Immunoblot (kvalitativ): pappersstrip med antigen mot ak man söker som man doppar i provet, finns det ak kan man få svar på detta.

Multiplex bead array (kvant + kval): kan mäta ak mot flera antigen samtidigt och sen får man en kvantifiering. DYR och SVÅR.

Question 29

Vilka begränsningar finns det med serologi?

Answer 29

• Påvisar inte smittämnet, utan ak mot detta.
• Det tar tid att bilda ak (1-2v)
• Efter infektionen finns IgG kvar, i vissa fall livslångt. Kan vara svårt att avgöra om ak man mäter är gamla eller nya, man måste tolka serologin i kombo mot kliniska bilden.
• Risk för ospecifika bindningar mellan Ak och antigen, av betydelse för IgM ffa. IgM är inte lika specifika som IgG-ak, IgM kan vara lite klibbiga och riskerar att binda ospecifikt. Större problem i serumprover än i likvor.

Question 30

mikrobiologisk diagnostik vid sepsis och pneumoni-misstanke

Answer 30

Blododling (aerob)
Blododling (anaerob)
Bronkodling, sköljvätska
Legionella-ag urin
Luftvägsblock 32 agens
Mykoplasma, Pertussis, TWA...
Nasofarynxodling
Pneumokock-ag urin
Urinodling
Influense/RS-virus