Acides nucléiques Flashcards
Qu’est-ce que Mendel a postulé comme hypothèse ?
Il postule l’existence de gènes
Quels sont les trois concepts qu’a établit Mendel ?
Dominant/récessif
Homozygote/hétérozygote
Génotype/phénotype
Quelle est la règle de Chargaff ?
Il y a autant de C que de G et autant de T que d’A dans l’ADN
Quelle est la structure de l’ADN ?
Une double hélice
En quoi consiste la double hélice ? Donner son sens
Deux brins antiparallèles (sens 5’-3’ en direction inverses) de synthèse inverse
La double hélice s’enroule vers la droite ou vers la gauche ?
Vers la droite
Que signifie “antiparallèle”
Orientés parallèlement l’un à l’autre, mais en sens opposé
S’il y a trois cadres de lecture possibles sur un brin, combien il y en aura pour l’ADN double brin ?
6
Quel est le sens de lecture ?
5’-3’
Quel est le sens de lecture reverse ?
3’-5’
Quel est le sens de lecture complémentaire ?
3’-5’
Quel est le sens de lecture reverse complémentaire ?
5’-3’
Quelle forme de l’ADN est biologiquement pertinente?
La “forme B”
Combien y a-t-il de formes de l’ADN qui ne sont pas biologiquement pertinentes ? Les nommer
2 formes : “forme A” et “forme Z”
Où sont situés les sucres et phosphates sur l’ADN ? Sont-ils hydrophiles ou hydrophobes ?
En périphérie. Hydrophiles, les phosphates sont chargés négativement au pH physiologique
Où sont situées les bases sur l’ADN ? Sont-elles hydrophiles ou hydrophobes ? Comment sont-elles disposées
À l’intérieur, hydrophobes. Disposées pratiquement perpendiculaires à l’axe de l’hélice
Quel est le diamètre d’une double hélice
Environ 20A (1A = 1 Angstöm = 0,1nm)
Combien y a-t’il de phosphates et de sucres par tour d’hélice
10 phosphates et 10 sucres par tour d’hélice
L’ADN possède un ou plusieurs sillon(s) ? Le(s) nommer. Dû à quoi ?
Deux : sillon majeur et sillon mineur. Dû à l’asymétrie de structure des nucléotides
Les bases sont principalement accessibles aux protéines dans quel sillon ?
Sillon majeur
Comment sont liés les deux brins de l’ADN double brin ?
Uniquement par des liens hydrogènes entre bases
Quelles sont les deux paires possibles dans l’ADN double brin (comment sont-ils liés). Laquelle est la plus stable ?
Paire A-T (2 liens hydrogènes)
Paire G-C (trois liens hydrogènes) => la plus stable
Quels liens requiert davantage d’énergie pour les briser ?
G-C plutôt que A-T
Faut-il beaucoup d’énergie pour séparer les bases ? Pourquoi ?
Non parce que elles sont liées par des liens hydrogènes
Comment les bases sont-elles séparées ?
Peut se faire par la température sinon des enzymes s’en chargent
Qu’est-ce qui est requis pour la réplication et pour la lecture/transcription ?
Défaire de l’ADN double brin en simple brins
Que permet la structure en double hélice ?
Permet une conservation et réplication exacte de l’information
Quel est le plus stable chimiquement entre l’ADN et l’ARN
L’ADN est extraordinairement stable chimiquement
Que protège la stabilité de l’ADN ?
Protège surtout les bases des nucléotides, qui sont à l’intérieur de la double hélice. Donc le sens!
Quels sont les mutagènes ?
Des agents chimiques, et des rayons (UV, X, radioactifs)
Existe-t-il des mécanismes de réparation ?
Oui
Nommer les étapes
Où est-ce que les mutations s’accumulent ?
Dans des cellules somatiques
Que sont les cellules somatiques?
Cellules non germinales, qui ne sont pas transmises
À quoi participent les mutations ?
Participent au vieillissement, ainsi qu’à la cancérogenèse
L’ADN contenue dans une cellule est-elle courte ou longue ?
Longue
Quelle est la taille d’ADN dans un génome haploide ?
1m d’ADN
Que permet la compaction de l’ADN ?
Permet de garder certaines régions de l’ADN accessibles aux enzymes de la réplication, de la transcription et de la réparation et d’autres régions non-accessibles à celles-ci
Nommer ces étapes de compaction de l’ADN
Combien y a-t-il de nucléosomes dans l’ADN ?
6x
Combien y a-t-il de fibres dans l’ADN ?
40x
Combien y a-t-il de chromosomes dans l’ADN ?
23 x2
Combien y a-t-il d’histones dans les nucléosomes ? Les nommer
4 : H2A, H2B, H3 et H4
Combien y a-t-il d’histones dans les fibres ? Les nommer
5 : H2A, H2B, H3, H4 et H1
Comment sont organisées les fibres de 30nm
En boucles de 700nm
Quelle est la compaction maximale des chromosomes mitotoques?
Environ 10000-50000x
L’ADN s’assemble en quoi ? Combien
En 46 chromosomes chez l’humain
Qu’est-ce qu’une hétérochromatine ?
ADN plus compacté, transcriptionellement inactif, (hauts degrés de méthylation dans certaines régions de l’hétérochromatine)
Qu’est-ce qu’une euchromatine ?
chromatine moins condensée (en interphase), une partie est active dans la transcription
Le nombre de chromosomes est le même entre espèces. Vrai ou Faux ?
Faux, le nombre de chromosomes est disparate entre espèces
Dans une cellule en interphase, les chromosomes occupent différents territoires. Vrai ou Faux?
Vrai
Le rôle et les propriétés de l’ADN sont beaucoup plus flexibles que l’ARN. Vrai ou Faux?
Faux, le rôle et les propriétés de l’ARN sont beaucoup plus flexibles
L’ARN existe sous forme de double brin ou de simple brin?
Simple brin
Est-ce que l’ARN peut contenir de l’information?
Oui, tout comme l’ADN
L’ARN forme des bouts d’hélice se formant entre quoi?
Entre bases du même simple brin
L’ARN peut conférer une structure beaucoup plus complexe (et irrégulière) que l’ADN. Vrai ou Faux?
Vrai
Comment peuvent être des ARN correctement repliées
Des “machines globulaires”, similaires aux protéines
Quelle est la différence de base azotée entre l’ADN et l’ARN ?
L’ADN contient de la thymine tandis que l’ARN contient de l’uracil
Quelle est la différence de pentose entre l’ADN et l’ARN ? Quelle en est la conséquence?
L’ADN contient du 2’-désoxyribose et l’ARN du ribose (avec OH en position C2’). Cela rend l’ARN beaucoup plus vulnérable à l’hydrolyse
Comment est-ce qu’il pourrait y avoir hydrolyse de l’ARN ?
La fonction hydroxyl en C2’ peut attaquer le phosphate du lien diester, menant au bris de la chaine et à la formation d’un diester cyclique de phosphate (ouvert par hydrolyse)
Est-ce que les règles de Chargaff s’appliquent à l’ARN ? Pourquoi ?
Non car l’ARN existe majoritairement sous forme de simple brin
Le pourcentage de G, A, U et C varie-t-il dans l’ARN et si oui de quoi en quoi ?
Oui, il varie d’un tissu à l’autre, et d’une condition physiologique à l’autre dans une même espèce
Qui a des plus grandes contraintes structurales entre l’ADN et l’ARN ?
L’ADN a des contraintes structurales plus grandes que l’ARN
Qu’est-ce qu’il peut se former lors du repliement de l’ARN ?
Des paires de bases et des interactions à trois bases
Comment se passent les intéractions à trois bases?
Par des liaisons hydrogène supplémentaires, qui compensent la distorsion dans des régions double brin hélicoïdal lorsque l’ARN se replie
À quoi servent les interactions à trois bases ?
À stabiliser la structure tertiaire
Combien existe-t-il de classes d’ARN ?
Trois
Quelles sont les différentes classes d’ARN?
L’ARN messager (ARNm)
L’ARN ribosomique (ARNr)
L’ARN de transfert
Définir l’ARN messager (ARNm)
Produite par transcription à partir de la matrice de l’ADN. Elle sert comme information à la traduction d’un gène
Définir l’ARN ribosomique (ARNr) et définir le ribosome
Composant structural du ribosome. Le ribosome est la grande machine qui fait de la traduction, et donc la production des protéines
Définir l’ARN de transfert (ARNt)
Intervient lors de la traduction en protéine : c’est elle qui reconnait la séquence de l’ARNm, et apporte l’acide aminé voulu
Qu’est-ce qu’est central pour l’ARNm ?
Le contenu en information (la séquence)
Que contient l’ARNm autre que le contenu en information (la séquence) ? Nommer 3 exemples
De nombreux éléments structuraux qui contiennent des “directives” quant à son emploi (ex: leur transport, leur durée de vie, la fréquence de leur traduction, etc…)
Que signifie CDS ?
Coding sequence
Que signifie UTR ?
Untranslated region
Est-ce que chez les eucaryotes tout est utile pour être traduit dans l’ARN ? Quel est le terme pour ça ?
Chez les eucaryotes, l’ARN est “processée”, c’est-à-dire que pas tout est utile pour être traduit
Qu’est-ce qui sont épissés dans l’ARNm ?
Différents bouts de séquence codants “exons”
Que signifie épissé ?
“Splicing” (assembler)
Qu’est-ce qui sont enlevés dans l’ARNm ?
Les “introns” non-codants
L’épissage des exons et l’enlevage des introns se passent de façon variée ou non ? Donnant lieu à quoi ?
De façon variée, donnant lieu à des protéines différentes
Donner les caractéristiques de l’ARNr
Longue, grande, a une structure tridimensionnelle complexe
Qu’est-ce qui détermine la séquence de l’ARNr ?
Clairement l’aspect structural
Donner les caractéristiques de l’ARNt
Petits, avec une forme caractéristique
Que portent les ARNt et que reconnaissent-ils ?
Elles portent un acide aminé spécifique, et reconnaissent les codons sur l’ARNm
Y-a-t-il davantage de codons ou d’ARNt
Il y a davantage d’ARNt que de codons (redondances)
Qu’est-ce qu’un anticodon ?
3 nucléotides
Qu’est-ce qu’est α sur cette image ?
Un anticodon (3 nucléotides)
Qu’est-ce qu’est β sur cette image ?
Un site de fixation de l’acide aminé
Y-a-t-il d’autres classes d’ARN que l’ARNm, l’ARNt et l’ARNr ?
Oui
Quelles sont les autres classes d’ARN autre que l’ARNm, l’ARNr et l’ARNt ?
Les ARN catalyiques, les ARN guides, snRNAs (petits ARN nucléaires) et ncRNAs (ARNs noncodantes)
Quelle classe d’ARN peut avoir des activités enzymatiques ? Quels en sont les substrats ?
Les ARN catalytiques peuvent avoir des activités enzymatiques (ribozymes), dont les substrats sont pour la plupart d’autres ARN
Quel type d’activité peuvent avoir les ARN catalytiques ?
Peuvent avoir des activités enzymatiques dont les substrats sont pour la plupart d’autres ARN
Y-a-t-il d’autres ARN impliqués dans des fonctions entourant l’expression génique (tout de la transcription à la traduction) ?
Oui
Quelle est “L’hypothèse du monde à ARN” (RNA world) concernant l’ARN ?
Propose un monde (abiotique) dans lequel l’ARN se réplique, s’autogère, et forme des “machines” qui sont utiles à cette fin. Les protéines et l’ADN seraient survenus seulement plus tard
“L’hypothèse du monde à ARN” (RNA world) a été avancée suite à quoi ? Est-elle favorisée par les chercheurs aujourd’hui ?
Dans les années 80, suite à la découverte des ARN catalytiques. Elle est aujourd’hui favorisée par beaucoup de chercheurs
Y-a-t-il des “organismes” qui codent leur génome sous forme ARN ? Quels sont les plus connus ?
Oui. Les plus connus sont les virus à ARN, tel que le VIH ou COVID-19
Quel est l’intru de l’ADN ?
La mitochondrie
Les eukaryotes sont-ils aérobiques ? Grâce à quoi ? Pourquoi ?
Oui, grâce à la mitochondrie. Cette organelle a son propre génome (ou presque)
La mitochondrie est le siège de quoi ? Expliquer
Le siège de la respiration : l’utilisation de l’O2 pour produire de l’énergie sous forme d’ATP
La mitochondrie serait le résultat d’une symbiose entre quoi et quoi ?
Entre une bactérie (capable d’utiliser l’oxygène) et un eukaryote primitif (qui l’aurait ingéré)
