9 QTLs - clase Flashcards
Locus de rasgo cuantitativo
Locus que se correlaciona con la variación de un rasgo cuantitativo en el fenotipo de una población de organismos
¿Qué rasgos pueden ser de carácter cuantitativo? (3)
La producción, calidad y resistencia a enfermedades o sequía
¿Un QTLs sólo se encuentran en un mismo cromosoma?
Nel, los QTLs se pueden encontrar en diferentes cromosomas
Los QTLs se correlacionan con rasgos de tipo:
Continuo (no discreto)
Característica de de cómo se ven afectados los rasgos cuantitativos
Son multifactoriales:
Están influenciados por varios genes polimórficos y por condiciones ambientales
¿Sólo un QTL afecta al fenotipo?
Nel, 1 o + QTLs pueden influenciar en un rasgo o fenotipo
¿Qué se busca en el análisis de QTLs?
Identificar diferencias en el genoma que puedan estar relacionadas con un carácter de interés
Marcadores genéticos
Representan diferencias genéticas entre individuos o especies
¿Los marcadores genéticos son genes de interés?
No, los marcadores no representan a genes de interés pero actúan como señales para indicar la PRESENCIA de los mismos
Tags
Marcadores que se encuentran cerca de los genes de interés (ligados estrechamente)
¿Los marcadores afectan al fenotipo? Explique por qué
No, los marcadores no afectan al fenotipo del carácter que se está analizando porque sólo están cerca de los genes que controlan al fenotipo
¿Qué son los mapeos de ligamiento?
Son mapas que indican la posición y la distancia relativa entre marcadores a lo largo de los cromosomas
3 cosas principales que se necesitan para el análisis de QTLs
1-Determinar los marcadores genéticos
2-Generar de un mapa genético
3-Detección estadística de un QTL
2 ejemplos de marcadores genéticos
AFLPs
SNPs
¿Por qué no se buscan diferencias en los genes?
Porque pude ser que se analicen genes conservados que no tienen muchas diferencias observables; con el análisis de QTLs primero SE BUSCA DIFERENCIAS y LUEGO se analiza la relación de esas diferencias con el fenotipo
¿Qué se hace en el mapeo de QTLs?
Se construye un mapa de ligamiento
¿Qué se necesita para hacer un mapa de ligamiento?
Se necesita una población de plantas que se segregan (o sea, población derivada de reproducción sexual)
¿Las líneas parentales seleccionadas para la población de mapeo son idénticos o diferentes?
Deben diferenciarse en un o más rasgos de interés para poder identificar varios marcadores polimórficos bien distribuidos en todo el genoma
Los tamaños de población utilizados general/ varían entre:
50-250 individuos
Poblaciones de mapeo:
F2
F1xF1
Derivadas de híbridos F1 autofecundados que fueron derivados del cruce de dos padres contrastante
Poblaciones de mapeo:
Retrocruzamiento (BC; backcrossing)
F1 x P1 o P2
Derivadas del cruce del híbrido F1 con uno de los padres
Poblaciones de mapeo:
Líneas endogámicas recombinantes (RIL; recombinant interbred lines)
Derivadas de cruzar varias veces plantas F2 (endogamia) por 7-8 generaciones
Poblaciones de mapeo:
Las poblaciones dobles haploides (DH)
Derivadas de la regeneración de plantas por la inducción de la duplicación de cromosomas a partir de los granos de polen
¿Qué se usa para hacer el mapa de ligamiento?
El mapa de ligamiento se prepara mediante programas informáticos, usando una codificación de datos para cada marcador en cada individuo
¿Cómo se asignan los marcadores a los grupos de ligamiento?
Se usan razones de probabilidad que se expresa como el logaritmo de la relación (Valor LOD)
¿Quiénes sugirieron valores LOD? 2 personas jeje
Lander y Kruglyak sugirieron valores LOD
LOD score
Logaritmo de las probabilidades de que dos genes o loci se encuentren ligados y por lo tanto se hereden unidos con más frecuencia de lo habitual
¿Cómo se representa el valor LOD?
Se representa por la letra “Z”
¿Cómo se evalúa el valor LOD? (3 opciones)
Z > o = a 3 se considera ligamiento
Z < -2 se afirma que no existe ligamiento
-2 > Z > 3 no se puede asegurar si hay o no ligamiento (falta análisis)
¿Cómo se calcula el valor LOD?
logaritmo en base 10 de la razón entre la probabilidad de que los loci se encuentren ligados con una frecuencia de recombinación específica (R), respecto a una no recombinación
¿Qué se requiere para hacer un mapeo fino?
Un mapeo fino es más dificil porque se requieren más eventos de recombinación para separar los genes que codifican al rasgo de marcadores que están cercanos a éstos
Una vez que se han identificado un set de QTLs, ¿se usan todos?
No, se usan los que tienen efecto fuerte en el fenotipo para clonación posicional
clonación posicional
aislamiento de segmentos de ADN que se superponen parcialmente y que se van localizando a lo largo del cromosoma para identificar un gen candidato
