8- Technologies de l'ADN Flashcards

1
Q

Que sont les enzymes de restriction

A

Endonucléases coupant l’ADN bicaténaire à des endroits caractérisés par des séquences spécifiques, dites sites de restriction. Majoritairement des séquences palindromiques

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2
Q

Pourquoi les bactéries ont des enzymes de restriction

A

Défense contre les virus des bactéries (bactériophages) en coupant l’ADN étranger en morceaux

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3
Q

Que peut former la coupure par des enzymes de restriction

A

Bouts collants (le lien phosphodiester coupé n’est pas au milieu du site de restriction) ou francs

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4
Q

Comment peut-on séparer et identifier les fragments d’ADN coupés après la digestion avec des enzymes de restriction

A

Séparés selon la taille parélectrophorèse sur gel d’Agarose

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5
Q

Comment migre l’ADN suite à l’application du champ électrique dans le gel d’Agarose

A

Vers le pôle +, car l’ADN est -
Plus petit ira plus vite, donc + loin

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6
Q

Comment se fait la détection des fragments d’ADN dans un gel

A

Bromure d’éthidium, un agent intercalant (cancérigène) qui est une molécule fluorescente s’intercalant dans la double hélice, et rayons UV
OU
ADN marqué radioactivement (p32)

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7
Q

Comment joindre les bout coupés par une enzyme de restriction

A

Ligase

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8
Q

Qu’est-ce que la ligation

A

Joindre 2 bouts d’ADN
Création d’ADN recombinant au labo en rejoignant n’importe quels fragments d’ADN avec une ligase
Marche pour les bouts collants et francs (efficacité 100x plus faible)

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9
Q

Qu’est-ce que le cloning

A

Ligation d’un fragment d’ADN dans un vecteur qui se réplique de façon autonome comme un plasmide

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10
Q

C’est quoi un plasmide

A

Cercle d’ADN bicaténaire qui peut se répliquer de manière autonome dans un organisme hôte
Il a une origine de réplication fonctionnelle et les gènes spécifiques qui codent pour des protéines nécessaires à sa réplication

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11
Q

que contient le plasmide utilisé comme vecteur

A

Origine de réplication
Gène de sélection (résistance à des antibios) pour sélectionner bactéries contenant le vecteur
Sites de restriction dans lesquels on peut insérer des fragemtns d’ADN
Site de multiclonage : plusieurs sites de clonage en ligne pour faciliter le clonage de fragments d’ADN)

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12
Q

Qu’est-ce qu’une transformation

A

Insérer un plasmide dans une souche de bactérie ou de levure
Efficacité de 1/2000, sélectionne cellules ayant le plasmide grâce à l’antibio

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13
Q

Quelles sont les utilisations possibles de l’ADN amplifié

A

Préparer une grande qté d’insert afin de le séquencer
Poursuivre un autre clonage avec ce plasmide
Production de protéines recombinantes (insuline humaine, GH humaine), facetris de coagulation, immunogènes pour vaccins, lactase, etc

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14
Q

Qu’est-ce que GFP

A

Protéine flurorescente de méduse
Fusions de gènes avec GFP permettent d’étudier in vivo:
niveaux de transcription des gènes
niveaux de traduction
Localisation cellulaire de protéines
co-localisation cellulaire

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15
Q

Que permettent les protéines fluorescentes de différentes couleurss

A

Co-localisation de protéines et de structures cellulaires

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16
Q

Quelles sont les composantes essentielles d’une réaction de polymérisation de l’ADN in vitro?

A

ADN simple brin obtenu par dénaturation thermique
Dépent d’une matrice - obtenu de la dénaturation thermique d’ADN
Besoin d’amorce - Oligonucléotides ADN ou ARN, 3’ du brin d’ADN en polymérisation

17
Q

Que se passe-t’il à l’ADN avec la hausse de la température

A

Passe de double à simple brin et l’absorbance monte
Même effet observé avec hausse de pH
Point d”inflexion=Tm

18
Q

Que se passe-t’il pour la dénaturation d’un ADN poly A-T vs G-C

A

Poly G-C a besoin de plus d’énergie, car 3 ponts-H au lieu de 2, donc T plus haute requise
ADN WT entre les 2

19
Q

Qu’est-ce que l’hybridation

A

L’ADN dénaturé (simple brin) peut se renaturer (hybridation) en ADN double brin lorsqu’on revient aux bonnes conditions (initiales)

20
Q

quelle est la méthode de Sanger

A

Aussi appelée didéoxy
Moyen pour détecter une mutation dans un gène par exemple
On ajoute quelques didéoxyribonucléotides (ddNTP) qui ont un H au lieu de OH au bout 3’, ce qui arrête la réaction de polymérisation
1. Séparation des brins et ajout d’amorce
2. Ajout des amorces, dG, dA, dT, et dC, un des dNTP est marqué pour détection. Ajout d’un des ddNTP par tube et ADN polymérase
3. Séparation sur gel des fragements et détection des brins synthétisés par extension de l’amorce
4. Lecture de la séquence sur gel

21
Q

Comment est l’amorce dans la méthode du didéoxy

A

15 à 30 nucléotides, c’est un oligonucléotide complémentaire au brin d’ADN matrice l’amorce est radioactive ou fluorescente. Pol permet ajoutdes dNTP et polymérise en 3’ de l’amorce

22
Q

Comment se fait un cycle de PCR

A

Réaction de polymérisation en chaîne
1. Séparation des brins (95°)
2. Hybridation des amorces (55°)
3. Synthèse par la Taq1 ADN polymérase (72°)

23
Q

Comment se fait l’amplification par PCR

A

20-30 cycles de 5 minutes
Taq pol extraite d’une bactérie thermophile

24
Q

Dans une réaction de PCR, combien de molécules d’ADN on obtient, à partir d’une seule molécule d’ADN, après 10 cycles, 20 cycles, 30 cycles?

A

10 = 1024
20 = 1 048 576
30 = 1 073 741 842

25
Quelle est l'utilisation du PCR en médecine légale
STR et VNTR Copies d'ADN du père et de la mère sont analysées. Si les deux copies du VNTR/STR n'ont pas le même nombre de séquences répétées on voit deux bandes après le gel d'électrophorèse Plus le STR ou VNTR testé est polymorphique (nombre de séquences répétées très variable selon les individus), plus il est utile dans ce test de profil génétique Permet de déterminer qui est le vrai père ou la vraie mère p/e
26
Que sont les SNP
Polymorphisme de nucléotide simple Représentent 90% des variations génétiques humaines
27
Comment est l'ADN de 2 personnes prisent au hasard
99,9% identique Restant sont des variations qui caractérisent chaque individu Variations, cependant, peuvent fortement affecter le risque de maladie Sites de séquence d'ADN ou les indivius diffèrent selon une seule base d'ADN=polymorphismes de nucléotides simples
28
Quantité de SNP
1/300 nucléotides Environ 10 millions au total Créent un motif d'ADN unique pour cette personne
29
Différence entre SNP et mutation
SNP: variation de base d'ADN simple trouvée dans + de 1% de la population (donc une variante dans la pop et pas un cas aléatoire) Mutation: variation de base d'ADN simple trouvée dans - de 1% de la population
30
SNP sont liés à quoi
Traits génétiques comme la couleur des yeux, cheveux, performance musculaire, comportement social, hérédité et susceptibilité à des maladies, réponse individuelle à des médicaments
31
Que peuvent faire les SNP pour la santé
Déterminer les probabilité d'avoir un cancer (femmes ayant un variant dans le gène BRCA-1 sont 7x plus susceptibles d'êtres atteintes du cancer du sein), fibrose kystique (si on manque CTT si on est homozygote pour cet allèle), ...
32
Types de SNP
Causatifs: causent un trait génétique, une maladie, une susceptibilité, différence de réponse à un traitement Liés: à proximité d'un gène causant un trait génétique, une maladie, une susceptibilité, une différence de réponse à un traitement. Ne causent pas des traits mais servent de marqueurs Des régions codantes: peuvent affecter la séquence et fonction des protéines Des régions non-codantes: peuvent affecter l'épissage du pré-ARNm, la régulation d'un gène, niveau d'expression
33
But du projet HapMap
Réduire le nombre de SNP requis pour examiner l'ensemble du génome pour l'association avec un phénotype réduire de 10 millions de SNR à 500 000 SNP étiquettes Permet des études du génome beaucoup plus efficaces et complètes pour trouvr des régions avec des gènes qui affectent les maladies Seront utilisés en médecine personnalisée
34
Que permettra HapMAp
Identifier des différences génétiques dans la population qui permettront de prédire la susceptibilité à des maladies Développer des tests génétiques pour prédire si un individu développera une maladie particulière Offrir un traitement individualisé pour prévenir ou délayer le commencement de la maladie
35
Pourquoi développer la médecine personnalisée
Plus de 106 000 personnes meurent aux USA de réactions adverses à des medicaments prescrits correctement 2,2 millions souffrent d'effets secondaires graves L'utilisation d'analyses moléculaires pour aider les médecins dans le choix du traitement de la maladie d'un patient pour qu'il soit le plus efficace dans le contexte génétique et environnemental du patient =Médecine spécialisée