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MMD1042 - Module 3 - JD > 1- Transcription > Flashcards

1- Transcription Flashcards

1
Q

Que fait la réplication

A

ADN –> ADN

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Q

Que fait la transcription

A

Transforme l’ADN en ARN

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Q

Que fait la Traduction

A

ARN –> Protéine

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4
Q

Comment fonctionne l’ARN polymérase

A
  • Synthétise l’ARN de 5’ à 3’
  • Synthétise une copie complémentaire du brin matrice (qui est lu de 3’ à 5’)
  • L’ARN a la séquence du brin d’ADN codant, mais avec des ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides et des U au lieu de T
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5
Q

Quelle est la structure de l’ARN

A

À cause des intéractions entre les bases, elle a une structure secondaire et tertiaire

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6
Q

Différence entre le pentose de l’ARN et ADN

A

ARN a un OH au C2

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7
Q

Différence entre uracile et thymine

A

Uracile: CH
Thymine: CH3

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8
Q

Que sont les pseudoknot

A

Appariement de bases entre deux régions simple-brin de boucles dans la structure secondaire de l’ARN

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9
Q

Décrit l’Action de l’ARN polymérase

A
  • Déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par l’ARN polymérase
  • Reformation de la double hélice en arrière de l’ARN polymérase
  • Courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement (hétéroduplex)
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10
Q

Caractéristiques de l’ARN polymérase

A
  • Synthétise l’ARN en copiant d’un brin matrice d’ADN
  • Transcrit de 5’ à 3’ (Brin matrice d’ADN est lu du 3’ –> 5’)
  • Pas besoin d’Amorce
  • Transcription n’A pas à être aussi précise que la réplication puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit
  • Crée des liens phosphodiesters entre les nucléotides à son site actif
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11
Q

Comment l’ARN polymérase sait où commencer ou terminer la transcription?

A
  • Séquences sur l’ADN signalent l’initiation et terminaison
  • Promoteur = initiation de la transcription
  • Terminateur = terminaison de la transcription
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12
Q

De quoi a besoin la polymérase pour initier et terminer la transcription

A

Facteurs protéiques et signaux dans l’ADN

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13
Q

Que fait le facteur sigma et qu’est-ce qu’un facteur?

A
  • Chez les procaryotes, Sigma s’associe à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription avant de se lier au promoteur
  • Sigma est un facteur (protéine) nécessaire à l’initiation de la transcription qui permet la sélection du promoteur du gène à transcrire
  • Il y a plusieurs facteur sigma chez les procaryotes
  • Facteur = Protéine
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14
Q

Où est recrutée et relachée l’ARN polymérase

A

Recrutée: Promoteur, avec le facteur sigma
Relâchée: Signal de stop, il y a arrêt de la transcription

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15
Q

Quand est relaché le facteur sigma

A

10 nucléotides après l’initiation de la transcription

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16
Q

Qu’est-ce que la séquence consensus ou canonique

A
  • Ordre calculé des nucléotides (acide nucléique) ou aa (protéines) le plus fréquent trouvés à chaque position dans un alignement de séquences donné
  • Représente les résultats d’alignements de séquences multiples dans lesquels des séquences apparentées sont comparées les unes aux autres
  • Des pourcentages des motifs (séquence qui as une structure spécifique) de séquences similaires sont ainsi calculés pour chaque position
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17
Q

Que reconnaissent les facteurs sigma

A
  • Une paire de courts motifs (séquences) conservés: appelés boites -10 et -35 à cause de leur distance du site d’initiation de la transcription
  • La position de cette séquence consensus (canonique) dicte le brin à utiliser ainsi que le sens de la transcription
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18
Q

Qu’est-ce que la séquence consensus des promoteurs

A
  • Séquence idéale obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chaque position
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19
Q

Qu’est-ce qu’un promoteur fort

A
  • Plus la séquence d’un promoteur est similaire à la séquence consensus (idéale) plus grande sera l’affinité du facteur sigma et plus grande sera l’efficacité d’initiation de la transcription
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20
Q

Où est le point de repère de l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription pour les procaryotes

A
  • La séquence TATAAT (-10)
  • Soit, située environ 10 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription
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21
Q

Comment se fait la reconnaissance du promoteur par l’ARN polymérase avec le facteur sigma

A

Liens chimiques faibles

22
Q

Décrit la transcription procaryotee

A

1) Le facteur sigma s’associe à l’ARN polymérase avant la transcription. Ce complexe ira se fixer sur le promoteur.
2) Le contact de l’ARN polymérase avec le promoteur entraine l’ouverture locale de la double hélice d’ADN : bulle de transcription
3) Initiation de la synthèse d’ARN à 50 ribonucléotides/seconde
4-5) Relâchement du facteur sigma après la synthèse d’une chaine de +/- 10 ribonucléotides ET élongation
6) Rencontre du signal de terminaison: il s’agit de la forme que prend l’ARN grâce aux appariements locaux intramoléculaires. Lorsque l’ARN se met sous cette forme, cela indique à l’ARN polymérase qu’elle doit être relâchée
7) L’ARN polymérase se détache, libérant l’ARN, à cause d’un signal de terminaison: arrêt de la transcription
8) L’ARN polymérase peut ensuite aller retrouver un autre facteur sigma pour enclencher une nouvelle transcription

23
Q

De quoi est composé le signal de terminaison, où se retrouve-il et qu’est ce qu’il favorise chez les procaryote?

A
  • À l’extrémité 3’ de l’ARN néo-synthétisée se trouve le signal de terminaison de la transcription encodée par l’ADN. La séquence d’ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation d’une tige-boucle riche en G-C (hairpin, épingle à cheveux) suivi d’une série de U qui crée une contrainte au niveau du complexe de l’ARN polymérase
  • Cela favorise le détachement de l’ARN polymérase
24
Q

Combien d’ARN polymérase chez les eucaryotes

A
  • 3 et produisent plusieurs types d’ARN
  • ARNm qui codent pour les protéines (ARN polymérase II)
  • ARNr qui composent les ribosomes (ARN polymérase I)
  • ARNt qui servent d’adaptateur lors de la synthèse protéique (ARN polymérase III)
  • Petits ARN qui sont utilisés dans différents processus cellulaires (ARN polymérase III) comme les snRNA et snoRNA
25
Q

Décrit le promoteur pour l’ARN polymérase II chez les eucaryotes

A
  • Beaucoup plus complexe que pour les procaryotes
  • La boite TATA située 25 pb en amont du site d’initiation de la transcription (-25) sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription
  • Des facteurs généraux de la transcription (GTF) avec l’ARN polymérase II reconnaissent et se lient à la boite pour former le complexe d’initiation de la transcription
  • D’autres séquences d’ADN conservées à -80 pb (la CAAT box) et à -100 pb (la GC box) font partie du promoteur basal et augmentent son efficacité. Ces séquences sont impliquées dans la régulation de la transcription des gènes et sont liées par des facteurs généraux de la transcription (GTF) et par des facteurs (protéines) activateurs spécifiques
26
Q

Quels sont les basal transcription factors ou les facteurs généraux de la transcription (GTF) qui reconnaissent et se lient aux séquences conservées des promoteurs eucaryotes d’ARN Pol I

A
  • GTF (facteurs de transcription généraux)
  • TFIID: composé de la sous-unité TBP qui reconnait la boite TATA et de la sous-unité TAF qui reconnait les autres séquences d’ADN près de l’origine de transcription et régule la liaison à l’ADN pour la TBP
  • TFIIB: positionne correctement l’ARN pol au site de début de transcription
  • TFIIF: stabilise les interactions de l’ARN pol avec TBP et TFIIB, aide à attirer TFIIE et TFIIH (la régule aussi)
  • TFIIE: attire et régule TFIIH
  • TFIIH: sépare les brins d’ADN au site de début de transcription, phosphoryle Ser5 de l’ARN pol CTD; libère ARN pol du promoteur
27
Q

Que sont les autres séquences d’ADN impliquées dans la régulation des gènes

A

Des facteurs spécifiques d’activation se lient à des séquences enhancers, haussant la puissance du promoteur
Des facteurs spécifiques de répression se lient à des séquences silencer, baissant la puissance du promoteur

28
Q

Où sont les enhancers/silencers

A

Pevent être à des milliers de pb en amont ou aval du promoteur

29
Q

Comment agissent les enhancers/silencers sur le promoteur

A

Peuvent agir car la molécule d’ADN peut se courber, ils peuvent donc être proches même s’ils sont linéairement loin du promoteur

30
Q

Décrit l’initiation dans les eucaryotes

A
  • Promoteur est caractérisé par la boite TATA en -25, à laquelle des facteurs généraux de transcription (GTF) s’associent. GTF+ARN polymérase II forment le complexe d’initiation de la transcription
  • General Transcription Factors (GTF), aussi appelés TFII pour transcription factors II
31
Q

À quoi se fixe l’ARN polymérase (eucaryote)

A
  • C’est les facteurs généraux de transcription TFIID et TFIIB qui s’associent à l’ADN du promoteur en premier
  • Et ensuite au niveau du promoteur l’ARN polymérase se fixe à la boite TATA que via les GTF et ne reconnait pas le promoteur directement
32
Q

Décrit l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription au promoteur

A
  • Reconnaissance de la boite TATA (-25) par TFIID (complexe contenant TBP)
  • Recrutement de TFIIB par TFIID qui est lié à L’ADN
  • Recrutement de l’ARN pol II + des facteurs généraux de transcription TFIIF, TFIIE, TFIIH
  • TFIIH cause une séparation des deux brins de l’ADN (fonction hélicase)
  • TFIIH effectue une phosphorylation de la queue C-terminale de l’ARN polymérase II, ce qui cause la libération des autres facteurs de transcription TFIIB TFIIE TFIIF TFIIH, ce qui annonce à l’ARN pol que tout est en place pour commencer la transcription et l’élongation de la chaîne d’ARN
    C’est le signal de départ du début de la synthèse de l’ARN
33
Q

Est-ce que TFIID avec son TBP est libéré par la transcription

A

Non. continuent dans le processus d’élongation

34
Q

Qu’est-ce qui se lie à la queue C-terminale phosphorylée de l’ARN polymérase II

A

Facteurs de maturation de pré-ARNm comme capping factors, polyadenylation factors, splicing factors

35
Q

Comment se fait la terminaison chez eucaryotes

A
  • Est couplée à la polyadénylation
  • Le Terminateur est une séquence dans le pré-ARNm transcrit qui est aussi le signal de polyadénylation: AAUAAA
  • Pré-ARNm est clivé et polyadénylé et alors la polymérase se détache
36
Q

Qu’est ce qui assure une
régulation stricte de l’abondance de l’ARN dans la cellule

A
  • L’ARN est constamment synthétisé et dégradé
  • Par la régulation au niveau de l’initiation de la synthèse (transcription) et il y a aussi régulation au niveau de sa dégradation
  • Dans le cytoplasme des eucaryotes la demi-vie des ARNm est de quelques minutes à quelques heures
37
Q

Demi-vie moyenne de la plupart des ARNm et ce que représente une demie-vie

A
  • Moyenne = 4,8 min
  • Demi-vie = le temps que ça prend pour arriver à 50% de la quantité initiale
38
Q

Pourquoi réguler la transcription

A

Pour que les cellules et les organismes s’adaptent aux conditions changeantes de l’environnement
- Cette adaptation implique les changements des patrons d’expression des gènes, certains étant induits, d’autres réprimés

39
Q

Que permet la régulation de la transcription

A

Permet l’expression d’un gène au « bon moment », selon les besoins de la cellule

40
Q

Quel est l’effet de l’efficacité de la transcription

A

Détermine quantité d’ARN produit, donc quantité de protéines traduites

41
Q

Est-ce que tous les gènes sont transcrits (exprimés) avec la même efficacité (procaryotes et eucaryotes)?

A

Non

42
Q

Comment est régulé le taux de transcription d’un gène

A

Au niveau de l’initiation par la séquence du promoteur et les facteurs de transcription spécifiques qui s’y attachent

43
Q

Il y a t’il une variabilité de la vitesse d’élongation de la transcription

A

Non, reste toujours la même

44
Q

Comment la transcription est inhibée

A

Par des facteurs protéiques tels que des réprésseurs qui se lie à des séquences Silencer qui empêchent l’assemblage des facteurs généraux de transcription (GTF) et de la polymérase sur le promoteur

45
Q

Comment transcription est activée

A
  • Facteurs protéiques activateurs se lie à des séquences Enhancer et peuvent recruter des facteurs généraux de la transcription et l’ARN pol II, attirent des complexes de remodelage de la chromatine qui la décondense ou attirer des modificateurs de la chromatine
  • Les répresseurs font le contraire
46
Q

Les facteurs protéiques spécifiques se lient où?

A

À des régions de contrôle spécifique de la transcription sur l’ADN en amont du promoteur (et même en aval du gène)

47
Q

Que comprennent les facteurs spécifiques de transcription

A
  • Un domaine de liaison à l’ADN
  • Un domaine d’activation (protéine d’activation) ou un domaine de répression (protéine de répression)
48
Q

Décrit les hormones glucocorticoïdes

A
  • Dans le cas d’effort physique, il y a production de glucocorticoïdes, favorisant la transformation du glycogène (réserve énergétique) en glucose.
  • Cette transformation est possible grâce à la présence de l’enzyme convertissant le glycogène
  • Cette enzyme n’est pas constamment présente dans la cellule, elle est synthétisée seulement a besoin. Sa synthèse est modulée par la présence de glucocorticoïdes
49
Q

Comment est le complexe d’initiation pour les gènes

A
  • Identique pour la transcription de tous les gènes
  • Facteurs de transcription et complexes protéiques spécifiques se liant aux régions régulatrices des gènes sont dans des combinaisons spécifiques pour chaque gène
50
Q

Qu’est ce qui déterminent la vitesse d’initiation de la transcription et cette vitesse est-elle variable?

A

Les facteurs de transcription (TF) qui se lient à l’ADN et complexes protéiques qui se lient à ces facteurs déterminent la vitesse d’initiation de la transcription qui varie d’un gène à l’autre et d’une condition à une autre

MMD1042 - Module 3 - JD (18 decks)

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