XII - Metodi di analisi Flashcards
Con quale tra queste metodologie è possibile studiare l’ereditarietà dei caratteri multifattoriali con elevata produttività…
Genome Wide Association Studies (GWAS)
In quali situazioni viene utilizzata l’analisi di linkage?
Analisi indiretta di una malattia con marcatori del DNA
Tutte le seguenti affermazioni sulla ARMS-PCR sono errate, tranne…
Utilizza oligonucleotidi progettati specificamente per una mutazione
Quale dei seguenti costituisce uno svantaggio del sequenziamento dell’intero genoma rispetto al sequenziamento delle sole regioni codificanti?
Al momento è più costoso
L’intensità di un segnale peptidico m/z in uno spettro di massa…
Solo la 2 (riflette la capacità di ionizzare del peptide nella miscela)
Per l’analisi dei polimorfismi di lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP) si effettua il trasferimento da un gel di agarosio a un filtro di nitrocellulosa di…
DNA denaturato
Cosa significa MPF?
Maturation promoting factor
Quale delle seguenti metodiche permette di effettuare un’analisi trascrittomica di un determinato tipo cellulare o tessuto nel modo più globale e meno restrittivo possibile?
RNA-seq
Carla, che è sana ed ha un fratello con albinismo (malattia autosomica recessiva) sposa Giovanni, anche lui sano, con padre albino. Per accertare che sia Carla sia Giovanni siano entrambi portatori sani di mutazioni del gene dell’albinismo, quale esame co
Test del DNA per l’analisi del gene della tirosinasi
L’elettroforesi bidimensionale è una tecnica che accoppia l’elettroforesi in SDS con…
Focalizzazione isoelettrica
La consulenza genetica è…
Non direttiva
La metanalisi è una tecnica clinico-statistica quantitativa che permette di:
combinare i dati di più studi condotti su di uno stesso argomento, generando un unico dato conclusivo per rispondere a uno specifico quesito clinico
La tecnica di yeast two hybrid screening permette di…
studiare l’interattoma di una data proteina
Quale tra i seguenti test genetici è il più indicato per identificare un’anomalia cromosomica?
Array-CGH
A chi si deve la scoperta del primo polimorfismo in linkage con una malattia monogenica e la sua applicazione in ambito diagnostico prenatale?
A Y.W. Kan, che nel 1978 descrisse un polimorfismo in linkage con il difetto genico responsabile dell’HbS
Quale dei seguenti costituisce uno svantaggio del sequenziamento dell’intero genoma rispetto al sequenziamento delle sole regioni codificanti?
Produce un’elevata mole di dati che deve essere analizzata
Quale delle seguenti non è una indicazione per l’analisi del cariotipo?
Consanguineità tra coniugi
La Comparative Genomic Hybridization (CGH) convenzionale è una tecnica che…
non permette una buona visualizzazione delle alterazioni telomeriche
Si indichi l’affermazione errata. La spettrometria di massa tandem:
Nessuna delle risposte
Quali delle seguenti sonde sono comunemente utilizzate per la diagnosi di aneuploidie su amniociti non coltivati?
CEP
I metodi diretti di analisi del DNA includono:
sequenziamento del DNA
Nell’analisi HPLC di miscele di peptidi, quale tipo di separazione si usa più comunenemente?
Fase inversa
Un organismo transgenico:
contiene almeno una sequenza di DNA esogeno stabilmente inserita nel proprio genoma
Si indichi quale delle seguenti affermazioni è errata
Il Western blot è una tecnica di analisi indiretta del DNA
La FISH su amniociti non coltivati, con sonde centromeriche, viene utilizzata comunemente per la ricerca in tempi brevi di:
Aneuploidie
Una volta ottenuta la sequenza di un gene responsabile di una malattia genetica, come fa il genetista ad avere la prova che quello è veramente il gene responsabile di quella determinata malattia?
Tutte le risposte
Si indichi la definizione non corretta relativa alla coltura di popolazioni batteriche.
Incubazione
Quale delle seguenti tecniche è la più efficace per definire la localizzazione cromosomica di una microduplicazione?
FISH con sonde LSI
L’antigene per valutare la presenza di un clone PNH nei globuli rossi è:
CD59
Si indichi quale delle seguenti affermazioni riguardo all’utilizzo di Xenopus laevis come modello animale per lo studio delle patologie umane è errata.
La maturazione delle uova è promossa dall’estradiolo
Le più comuni metodiche per la ricerca di mutazioni ignote includono:
DHPLC
Per stabilire l’esistenza di una disomia uniparentale, quale dei seguenti marcatori e tecniche non è utile?
Nessuna delle risposte
Indicare quale delle seguenti affermazioni è errata riguardo gli enzimi di restrizione:
riconoscono sequenze palindromiche lunghe circa 20 nucleotidi
Quanti gruppi di linkage esistono nel genere umano?
23
Il Transmission Disequilibrium Test (TDT) è un metodo basato sull’analisi di:
Nessuna delle risposte
La tecnica di ARMS-PCR prevede:
utilizzo di oligonucleotidi che hanno in posizione 3’ complementarità imperfetta con una sequenza controllo e perfetta con una mutazione (o viceversa)
La sindrome di Joubert è caratterizzata da eterogeneità genetica, con almeno 20 geni già conosciuti. Se sospettate una sindrome di Joubert ma non siete in grado di individuare il tipo specifico in un paziente, quale approccio diagnostico sarà preferibile?
Targeted resequencing
Quale delle seguenti non può essere una causa di mancato riconoscimento di linkage?
Nessuna delle risposte
Il Southern blot usa:
Enzimi di restrizione
In uno studio di associazione, se il gene-malattia e il marcatore in studio sono su cromosomi diversi:
ci sarà assortimento indipendente e frequenza di ricombinazione di 0,5
Il Transmission Disequilibrium Test (TDT) è un metodo basato sull’analisi:
Di nuclei familiari
La tecnica FISH viene utilizzata per effettuare la diagnosi di tutte le seguenti sindromi, tranne una. Quale?
Sindrome di Noonan
Un individuo ha ritardo mentale, dismorfismi facciali ed un altro difetto congenito. In assenza di altre informazioni, quale delle seguenti tecniche non è appropriata per effettuare una diagnosi?
FISH con sonde locus-specifiche
Nel caso di un paziente nel quale si sospetta una malattia genetica, ma non c’è nessun indizio che possa guidare la diagnosi molecolare, cosa può fare il genetista?
Sequenziamento di tutte le regioni codificanti del paziente e dei suoi genitori
La spettrometria di massa tandem nel campo delle malattie metaboliche ereditarie non permette di dosare:
Acidi grassi
Cosa si intende per modelli animali di tipo xenograft?
Trapianto di cellule di un altro organismo in topi immunosoppressi
Quale tipo di sonda utilizzereste sospettando una cromosomopatia in un soggetto con ritardo psicomotorio?
Telomerica
Quale delle seguenti metodiche non può essere utilizzata per rivelare la presenza di una mutazione puntiforme?
Reazione a catena della polimerasi (PCR) con oligonucleotidi di innesco (primer) fiancheggianti la zona della mutazione, seguita da elettroforesi per rivelare la presenza di un prodotto di amplificazione
Quando è possibile applicare l’approccio del gene candidato nel processo che porta all’identificazione di un gene responsabile di una malattia genetica?
Quando si hanno sufficienti informazioni sulla funzione del gene
In un bambino che presenta ritardo mentale e malformazioni congenite, in assenza di uno specifico sospetto diagnostico, quali delle seguenti sonde utilizzereste per un’analisi FISH?
Telomeriche
Il Western blot usa:
Anticorpi diretti contro una proteina
La diagnosi prenatale di trisomie o monosomie cromosomiche si effettua su:
cellule contenute nel liquido amniotico (amniociti)
Mediante l’array-CGH con una risoluzione di 1 megabase si è dimostrata un’alterazione cromosomica segmentale in circa:
il 10% degli individui con deficit intellettivo e dimorfismi
Cosa è necessario nell’identificazione di un gene responsabile di una malattia genetica utilizzando l’approccio del clonaggio per posizione?
Identificare l’intervallo minimo che deve contenere il gene
Quale delle seguenti affermazioni circa l’esperimento di Gurdon non è esatta?
Cellule germinali anucleate possono essere complementate solo con nuclei di cellule staminali adulte
La metodica dei microarray prevede:
l’analisi simultanea di migliaia di geni
La determinazione sierologica del fenotipo HLA di classe I e II si ottiene mediante tecniche di:
linfocitotossicità
Quale delle seguenti tecniche di citogenetica molecolare può essere convenientemente utilizzata per la diagnosi di duplicazioni?
CGH
La definizione corretta di “gene targeting” è:
sostituzione mirata di un gene in un cromosoma
Un marcatore genetico si dice in linkage con il locus di una malattia quando:
è stato trovato un valore di Lod Score massimo > 3
Gli ASO sono:
oligonucleotidi usati come sonde allele-specifiche
La sequenza permette di diagnosticare tutti i seguenti tipi di difetti, tranne:
delezione del gene in eterozigosi
L’analisi molecolare delle malattie mendeliane si può eseguire con tutti i seguenti metodi, tranne:
Cariotipo
L’analisi di linkage:
permette l’identificazione di loci-malattia
La tecnica del Western blot prevede:
l’interazione di un anticorpo con una proteina immobilizzata su una membrana
Quale delle seguenti metodiche consente di determinare simultaneamente i livelli di espressione di tutti i trascritti in un dato tipo cellulare o tessuto?
RNA-seq
Quale delle seguenti metodiche consente di effettuare un’analisi del proteoma?
Spettrometria di massa
La resistenza alla proteina C attivata:
è tipica del fenotipo Leiden
Quale dei seguenti è un approccio per l’identificazione di geni responsabili di malattie genetiche?
Tutte le risposte
Quale delle seguenti mappe è la più dettagliata?
Mappa di sequenza
E’ possibile marcare il DNA in vivo con tutti i seguenti isotopi, tranne uno. Quale?
35S
Per mappare un gene-malattia mendeliano all’interno del genoma:
si può effettuare un’analisi di linkage nelle famiglie informative
Le sonde molecolari painting cromosoma-specifiche consentono di:
identificare un singolo cromosoma o segmenti di uno specifico cromosoma
La metodica DHPLC permette:
l’identificazione indiretta di mutazioni
E’ possibile effettuare una diagnosi prenatale di emofilia B:
analizzando la mutazione nota della famiglia in un campione di DNA estratto dai villi coriali
Il test parametrico è un test statistico che si può applicare in presenza di:
una distribuzione normale dei dati
Quale dei seguenti costituisce uno svantaggio sia del sequenziamento dell’intero genoma che del sequenziamento delle sole regioni codificanti?
Producono risultati di rilevanza medica oltre quelli cercati che possono avere un impatto sulla vita del paziente (incidental findings)
La presenza di specifici geni mutanti non può essere rilevata mediante:
Mutagenesi sito-diretta
Un microarray è un congegno compatto che:
permette di ottenere informazioni di identità e quantità su migliaia di molecole
Il test che verifica l’ipotesi che fratelli affetti ereditino una regione più frequentemente di quanto atteso sulla base dell’ipotesi della segregazione indipendente dei caratteri si chiama:
ASP
Qual è la percentuale di rischio di aborto dopo l’amniocentesi?
0.6
Il chip a DNA permette di:
identificare sostituzioni nucleotidiche
Nella cromatografia a scambio ionico:
è possibile separare composti in base alla loro capacità di interazione con un opportuno scambiatore carico negativamente o positivamente
La Comparative Genomic Hybridization (CGH) consente di identificare:
alterazioni cromosomiche sbilanciate
Quale delle seguenti tipologie di sequenziamento basate sulla procedura di next generation sequencing può risultare più efficace per l’identificazione di geni responsabili di malattie genetiche?
Sequenziamento globale delle sequenze codificanti
Il fattore V di Leiden:
Nessuna delle risposte
A cosa serve la mutua informazione?
A capire se due geni, date le loro espressioni, possono interagire o meno
Quando fu istituito per legge lo screening neonatale in Italia?
1992
Se si esamina la cromatina corrispondente al gene della b-globina adulta per la sensibilità alla DNasi, in quale dei seguenti tipi cellulari esso risulterà più sensibile?
Cellule eritroidi adulte
Il transmission disequilibrium test (TDT) serve a:
evitare la possibilità di associazioni spurie dovute alla stratificazione della popolazione
La tecnica FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) consente:
la caratterizzazione di riarrangiamenti cromosomici complessi, sia bilanciati che sbilanciati
La tecnica del Southern blot prevede:
il legame di una sonda con una sequenza di DNA complementare immobilizzata su una membrana
I metodi indiretti di analisi del DNA includono tutti i seguenti, tranne:
sequenziamento del DNA
In una reazione di PCR, quale dei seguenti parametri non è importante per la progettazione di una coppia di primer specifici per una determinata sequenza di DNA che si vuole amplificare?
Tipo di mutazione puntiforme che si vuole mettere in evidenza
La tecnica di ibridazione ASO prevede l’uso di:
oligonucleotidi complementari alla sequenza da identificare
La ricerca di mutazioni a-talassemiche non può essere effettuata mediante:
Western blot
La risoluzione della tecnica di CGH-array dipende, tra l’altro:
dal numero di sonde presenti sull’array
La diagnosi indiretta di una malattia genetica si effettua:
tramite l’utilizzo di marcatori polimorfici del DNA
Oltre allo zebrafish ( Danio rerio ), quale altra specie di pesci è considerata un valido organismo modello per studi di genetica dello sviluppo?
Oryzias latipes
Il rischio di aborto dopo una tecnica di diagnosi prenatale invasiva è sovrapponibile tra biopsia dei villi coriali ed amniocentesi e si attesta nell’ordine di:
0.5%
Quale problema va considerato nell’organizzare lo studio funzionale dei geni di zebrafish?
La potenziale ridondanza funzionale dei paraloghi
Le tecniche di ibridazione del DNA prevedono:
complementarità tra la sequenza della sonda e la sequenza da identificare
Quale dei seguenti modelli è largamente usato per gli studi di genomica funzionale?
Nematode
Il chip a DNA usa:
l’ibridazione del DNA del probando con oligonucleotidi
Il sequenziamento del DNA di nuova generazione pone tutti i seguenti problemi, tranne:
di accensione e spegnimento del complesso apparato per il sequenziamento
L’acronimo FLAER indica:
aerolisina fluorescente
La resistenza alla proteina C attivata:
Nessuna delle risposte
Nell’elettroforesi:
il DNA a pH neutro carico negativamente migra verso l’anodo o polo positivo
Quale delle seguenti affermazioni sulla citogenetica molecolare è corretta? (1) Consiste nell’applicazione di tecniche di biologia molecolare alla citogenetica. (2) Serve ad identificare e caratterizzare riarrangiamenti cromosomici e marker. (3) Non può essere effettuata su cellule in interfase.
1 e 2
Una mappa di restrizione permette di predire:
numero, grandezza e ordine dei frammenti ottenuti da una digestione endonucleasica
La strategia di analisi detta “discovery and validation”:
è una metodica utilizzata nell’ambito delle “analisi supervised”
Quale delle seguenti affermazioni sul rischio genetico è corretta?
Tutte le risposte
Esattamente quale elemento di una molecola proteica è identificato dal test al biureto?
Il legame peptidico
Quale tipo di test genetico offrireste a sorelle di ragazzi affetti da distrofia muscolare di Duchenne che vogliono avere dei figli?
Test di portatore
La spettrometria di massa tandem nel campo delle malattie metaboliche ereditarie permette di dosare:
Tutte le risposte
Quale delle seguenti metodiche non è utile per la validazione di geni candidati ad essere responsabili di malattie genetiche?
Nessuna delle risposte
La risoluzione della tecnica di CGH-array dipende, tra l’altro:
Dalla distanza genomica tra le sonde del DNA
L’analisi di classificazione serve a trovare:
geni o gruppi di geni che caratterizzano una data situazione
Quale dei seguenti è un metodo diretto per la ricerca di mutazioni?
PCR seguita da taglio di restrizione
Un’analisi del tipo “profilo di espressione”:
misura l’espressione di migliaia di geni alla volta
Una sonda per ibridazione non:
viene usata per il Western blot
Quale, tra le seguenti metodiche, è in grado di identificare la presenza di una variazione di sequenza non nota in un segmento di DNA?
DHPLC
Marco, 35 anni, è affetto da sindrome di Marfan (autosomica dominante) e la mutazione responsabile è stata identificata nel suo DNA. Lui e la moglie, sana e incinta, richiedono una consulenza genetica per conoscere il rischio che il figlio sia affetto da sindrome di Marfan e le possibilità di diagnosi prenatale. La diagnosi prenatale in questo caso:
è possibile mediante test genetico diretto
Quale di questi blot non esiste?
Eastern blot
La cromatina di una cellula epatica viene sottoposta a digestione con DNasi. Il DNA viene poi purificato e tagliato con un enzima di restrizione. I frammenti così ottenuti vengono separati per elettroforesi e trasferiti su nitrocellulosa. Quale delle seguenti sonde molecolari non rivelerà sensibilità alla DNasi?
Gene per la b-globina
Le attuali tecniche di sequenziamento ad alta processività consentono di:
Tutte le risposte
L’analisi del DNA si effettua per tutti i seguenti scopi, tranne:
definizione anatomo-patologica di una malattia
