Whole genome sequencing

Question 1

Hoe groot kunnen de inserties zijn voor YACs, BACs, PACs?

Answer 1

tot 2000 kb, 300 kb en 300 kb.

Question 2

Beschrijf kort de stappen van hierarchical shotgun sequencing (HUGO)

Answer 2

Genomisch DNA gefragmenteerd - BACs library maken van gekloneerd fragmenten - gekeken naar overlap en naar de shortest tiling path - deze klonen worden nogmaals gefragmenteerd - gekeken naar overlap - contig vorming

Question 3

Wat zijn de voor- en nadelen van whole-genome shotgun sequencing by Celera?

Answer 3

Voordelen: geschikt voor kleinere genomen, minder tijdrovend
Nadelen: niet praktisch, genoom bevat veel repetitieve sequenties.

Question 4

Wat is een fysieke map en wat is een genetische map?

Answer 4

Fysieke map vertoont de locatie van genen in basenparen, genetische map vertoont locatie van genen in centiMorgans (recombinatiefrequentie)

Question 5

Welke markers kun je gebruiken voor het maken van een fysieke map?

Answer 5

RFLPs, SSLPs (microsatellieten) of SNPs

Question 6

Wat zijn RFLPs?

Answer 6

Restriction Fragment Lenght Polymophism, variatie die ervoor zorgt dat een knipplek ontstaat of verdwijnt.

Question 7

Wat zijn SSLPs (microsatellieten)?

Answer 7

Simple Sequence Length Polymorphism, repeterende korte sequenties.

Question 8

Wat zijn SNPs?

Answer 8

Single Nucleotide polymorphism, variatie binnen één nucleotide.

Question 9

Wat is fingerprinting?

Answer 9

Je maakt inserties in een DNA-fragment, het bandenpatroon via gelelektroforese met elkaar vergelijken. Hieruit kan de volgorde van DNA-fragmenten gevonden worden.

Question 10

Wat is het probleem (2) bij gelelektroforese en fingerprinting?

Answer 10

Twee restrictiefragmenten kunnen dezelfde grootte hebben, maar een andere sequentie hebben. En ook repetitieve elementen zorgen voor vertekening.

Question 11

Wat is positional cloning?

Answer 11

Het identificeren van een gen aan de hand van de positie in het genoom.

Question 12

Beschijf kort chromosome walking

Answer 12

Je begint bij een gen waarvan de locatie en sequentie bekend is (marker gen), de chromosoomsequentie wordt gefragmenteerd en gekloneerd. De kloon met het marker gen wordt een probe mee gemaakt, deze kan binden met het opvolgende stukje. Dit proces wordt herhaald totdat je bij de bekende sequentie en (on)bekende locatie bent gekomen.

Question 13

Wat is genoom annotatie?

Answer 13

Het aanwijzen van de locaties van genen in het genoom, incl. exonen, intronen, regulatoire sequenties en repetitieve elementen.

Question 14

Hoe veel genen bevat het humane genoom?

Answer 14

25-40.000 genen

Question 15

Wat zijn expressed sequence tags (ESTs) en hoe lang zijn ze?

Answer 15

Het zijn tags die worden gebruikt om onderscheid te maken tussen coderende exonen en andere DNA sequenties. Ze zijn 500-800 nt lang

Question 16

Hoe maak je expressed sequence tags ESTs?

Answer 16

mRNA zuiveren uit weefsel, cDNA library vormen. Willekeurig cDNA klonen selecteren en hiervan beide uiteinden (of een van) sequencen.

Question 17

Het gebruik van expressed sequence tags heeft 2 voordelen en 2 nadelen. Wat zijn deze?

Answer 17

Voordeel: relatief goedkope manier om coderende genen te vinden. ESTs geven daarnaast een indicatie in hoe verre bepaalde sequenties in een bepaald weefsel en/of ontwikkeling voorkomen.
Nadeel: geen info over regulatoire sequenties, locatie genen en zal je nooit het gehele genoom kunnen sequencen.