Genome structure

Question 1

Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de anafase?

Answer 1

De chromosoomparen liggen op verschillende polen, ze zijn net uit elkaar getrokken.

Question 2

Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de profase?

Answer 2

De chromosomen liggen verspreid in de kern, ze zijn net zichtbaar.

Question 3

Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de interfase?

Answer 3

De chromosomen zijn nog niet zichtbaar.

Question 4

Hoe liggen de chromosomen t.o.v. elkaar in de metafase?

Answer 4

In de metafase liggen de chromosoomparen op één vlak in het midden.

Question 5

Welke twee vormen kan DNA aannemen en wat is de functie hiervan?

Answer 5

DNA kan de vorm aannemen van een hetero- of euchromatine. Heterochromatine is compact opgewonden DNA en is transcriptioneel niet actief. Euchromatine is het tegenovergestelde.

Question 6

Een kern is zo georganiseerd dat geproduceerd RNA makkelijk de kern kan verlaten, op welke manier wordt dit vergemakkelijkt?

Answer 6

De plekken waar euchromatine aanwezig is, zijn ook de plekken die in contact staan met kernporieën.

Question 7

Hoe wordt DNA genoemd dat constant in heterochromatine is?

Answer 7

Constitutieve heterochromatine

Question 8

Noem van klein naar groot de verschillende structuren waar je DNA in kan aantreffen:

Answer 8

Dubbele helix DNA –> spiraliseert tot nucleosoom –> nog compactere nucleosoom wordt chromatine –> vormen chromatine coil –> nog compacter vormen ze een chromatine coiled coil –> chromatide

Question 9

Welke histonen komen samen met DNA tot een corecomplex en hoeveel kopieën zijn er van de histonen?

Answer 9

Er is een kopie van H2A, H2B, H3 en H4. Ze vormen samen met DNA een octamerisch complex.

Question 10

Wat maakt dat histonen kunnen binden met DNA?

Answer 10

Histonen zijn positief geladen door de aanwezigheid van lysine op de N-terminus, DNA negatief door de fosfaatgroepen.

Question 11

Wat is core DNA en linker DNA?

Answer 11

Core DNA is het DNA dat om de histonen is gewikkeld, linker DNA is het stukje DNA tussen histonen.

Question 12

Wat gebeurd er als je H1 uit het chromatine complex haalt?

Answer 12

De chromatine kan zich niet vormen doordat condensatie niet meer mogelijk is.

Question 13

Waarom is de N-terminus van histonen belangrijk?

Answer 13

Die is belangrijk voor de regulatie van de toegankelijkheid van het DNA.

Question 14

Wat gebeurd er als lysine wordt gemodificeerd door acetylatie?

Answer 14

De lading van lysine wordt neutraal, de histonen binden niet meer met het DNA en DNA wordt toegankelijk.

Question 15

Waar zorgt acetylatie meestal voor?

Answer 15

Activatie gentranscriptie

Question 16

Waar zorgt methylatie meestal voor?

Answer 16

Onderdrukking gentranscriptie.

Question 17

Van welke soort draaiing is er bij supercoiling sprake en m.b.v. welke enzymen wordt dit gedaan?

Answer 17

Van een plectonemic en solenoidale draaiing, dit gaat m.b.v. topoisomerases.

Question 18

Waar is de concentratie topoisomerases het hoogst?

Answer 18

Rondom het centromeer van de chromosoom

Question 19

Wat blijft er over als je alle histonen in de metafase weghaalt?

Answer 19

De protein scaffold.

Question 20

Hoe worden de DNA-loops genoemd die vastzitten aan de scaffold? Welke eigenschap hebben ze en hoe worden ze ook wel genoemd?

Answer 20

Scaffold (of matrix) attachment regions (SARs of MARs). Ze zijn AT-rijk en worden daarom ook wel AT-queue genoemd.

Question 21

Op welke twee manieren kunnen MARs/SARs de genregulatie beïvloeden?

Answer 21

Enhancer eiwitten scannen DNA, maar kunnen niet voorbij MARs/SARs. De afstand van een enhancer kan dus beperkt worden door MARs/SARs.
SARs kunnnen ook voor rearrangement van de DNA-loops zorgen. Waarbij de loop eerst 2 genen bevat, maar door verplaatsing van MARs/SARs bevat een loop opeens maar 1 gen.

Question 22

Wanneer wordt SAR een insulator genoemd?

Answer 22

Als SAR een gen in een DNA-loop isoleert, waardoor de hoeveelheid genen die een enhancer activeert beperkt wordt.

Question 23

Wat is het principe van karyotypering?

Answer 23

Je zorgt dat cellen mitotisch worden en in de metafase terecht komen. Chromosomen zijn dan sterk gecondenseert wat je met een lichtmicroscoop zichtbaar kan maken.

Question 24

Wat is het principe van spectral karyotypering (wat wil je onderzoeken)?

Answer 24

Je wilt weten waar de chromosomen qua locatie in de cel liggen, dit zie je het best in de interfase. Je zorgt dat cellen in de interfase komen en behandelt ze dan met probes die specifiek zijn voor de verschillende chromosomen.

Question 25

Welke twee stappen ondergaat DNA voor het maken van bandpatronen?

Answer 25

Eerst behandelen met trypsine, chromosomale eiwitten worden hierdoor geknipt. DNA opent zich meer. Hierna behandeld met een Giemse-kleuring, heeft een specifiek affiniteit voor A-T rijke gebieden. Deze gebieden kleuren dan donkerder en representeren heterochromatines.

Question 26

Hoe ontstaan polytene chromosomen?

Answer 26

De chromosomen ondergaan mitose en stoppen voordat celdeling plaatsvindt. Dit proces herhaalt zich een aantal keer. De kopieën kunnen met elkaar hybridiseren, waardoor er grotere chromosomen ontstaan.

Question 27

Welke DNA-elementen zijn er in de core sequentie van een centromeer te onderscheiden? Wat zijn eigenschappen van deze elementen?

Answer 27

CDE1-CDE4.

• CDE1 en 3 zijn hoog geconserveerd, worden herkend door een computer.
• CDE2 is AT-rijk.
• CDE4 is 100-135 bp lang met een variabele sequentie.

Question 28

Welk complex kan aan CDE4 binden en wat doet het?

Answer 28

Het kinetochoor, het werkt als verbinding tussen centromeer en de microtubuli van de mitotic spindle.

Question 29

Hoe stabiliseert het telomerisch DNA zichzelf?

Answer 29

Het telomerisch DNA heeft een G- en een C-rijke streng. De G-rijke streng heeft een overlap en maakt hierom een loop, hierdoor wordt een deel van die streng displaced. De kleine loop die hierdoor ontstaat heet de D-loop. Als gevolg hiervan maakt de C-rijke streng ook een (T-loop) om weer te kunnen binden met zijn complementaire G-streng.

Question 30

Door welke factoren wordt de loop gestabiliseert?

Answer 30

Door Telomeric Repeat Binding Factor 1 en 2.