Comparative Genomics Flashcards
Wat is het principe van parsimonie?
Dat de volgorde van soortvorming met het minst aantal evolutionaire veranderingen de meest waarschijnlijk volgorde is.
De meest simpele verklaring is het meest waarschijnlijk om waar te zijn.
De aanname dat een trait maar 1 keer kan ontstaan.
Wat is een phylogenetic tree?
Een weergave van de evolutionaire verbanden tussen organismen.
Wat is homologie transfer?
Als de sequentie vergelijkbaar is en de functie ook.
Wanneer spreek je van synteny?
Als er op chromosomale segmenten vergelijkbare sequenties vindbaar zijn die niet gelimiteerd zijn tot enkele genen, maar verschillende genen omvatten zodat ook de volgorde van genen in de chromosomen geconserveerd zijn.
Hoe maak je een syntenic map en welke genome browser kan hierbij helpen?
Ze kunnen gemaakt worden vanuit sequentie alignments tussen genomen van twee organismen. Ensembl kan hierbij helpen.
Wat is phylogenetic footprinting?
Het identificeren van belangrijke niet-coderende DNA sequenties vanuit het vergelijken van soorten.
Wat is phylogenetic shadowing?
Met behulp van phylogenetic footprinting nieuwe evolutionaire genen identificeren die bijdragen aan biologische functies
Noem een voorbeeld van phylogenetic shadowing.
Door genomische alignments te vinden tussen primaten, apen en mensen zijn ze erachter gekomen dat bepaalde genen die betrokken zijn bij cognitie en spraakontwikkeling bij de mens positieve selectie zijn ondergaan.
Wat doet positieve selectie met de overlevingskans van een organisme?
Het heeft een positief effect erop.
Hebben genen die onder negatieve selectie vallen meer niet-neutrale of neutrale variaties hebben?
Veel neutrale variatie.
