Databases and Analysis tools

Question 1

Wat voor informatie bevat GenBank?

Answer 1

Informatie over eiwitten en nucleotide sequenties.

Question 2

Wat voor informatie bevat Protein Data Bank?

Answer 2

Informatie over 3D-structuren van eiwitten, kernzuren en carbohydraten.

Question 3

Noem sequence retrieval systems.

Answer 3

NCBI, Ensembl, European Molecular Biology Labaratory (EMBL), DNA Databank of Japan (DDBJ), UCSC Genome Bioinformatics site

Question 4

Wat kan je opzoeken bij Entrez en wat voor resultaten geeft het je?

Answer 4

Je kan eigenlijk alles opzoeken, van nucleotide tot eiwit en organisme. De database is crosslinked en geeft je links naar andere gerelateerde onderwerpen.

Question 5

Uit welke database komen de sequenties die gevonden kunnen worden in Entrez?

Answer 5

Uit onder andere GenBank, zij hebben informatie van allerlei sequenties vanuit geannoteerde genomen.

Question 6

GenBank is de afgelopen jaren gegroeid in het aantal sequenties die zij bieden. Waarom is dit ook nadelig?

Answer 6

Omdat het een overvloed aan informatie geeft, één zoekterm kan resulteren in meerdere, verschillende zoekresultaten.

Question 7

Wat geeft RefSeq voor oplossing voor de overvloed aan informatie?

Answer 7

Zij geven sequenties die niet in overvloed voorkomen, RefSeq is een database die voornamelijk wordt gebruikt voor genen die coderen voor verschillende transcripten via alternatieve splicing.

Question 8

Waaraan is de GenBank file format te herkennen?

Answer 8

GenBank geeft een scala aan informatie, dit gaat puntsgewijs. Hierin wordt o.a. de definitie, versie, souce, CDS (coderende sequentie) gegeven.

Question 9

Welk file format wordt gebruikt als compactere versie van de sequentie gegeven door GenBank?

Answer 9

FASTA file format

Question 10

Welke databases zijn crosslinked met Entrez?

Answer 10

EMBL, DDBJ, taxonomy database, genome database, molecular modeling database.

Question 11

Wat doet de ORF finder?

Answer 11

Dit is een grafisch analyse tool die alle mogelijke ORFs van een selecteerbare minimale lengte van de sequentie kan vinden.

Question 12

Wanneer spreek je van homoloog gen?

Answer 12

Wanneer de genen een gemeenschappelijke voorouder hebben.

Question 13

Wanneer spreek je van paraloge sequenties?

Answer 13

Wanneer een sequentie homoloog is, maar door omgeving bijv. muteert en een andere functie krijgt.

Question 14

Wanneer spreek je van orthologe sequenties?

Answer 14

Als uit een gemeenschappelijke voorouder twee soorten ontstaan die eenzelfde sequentie/functie hebben.

Question 15

Wanneer spreek je van analoge sequentie?

Answer 15

Twee soorten hebben een gen met soortgelijke functie, maar horen niet tot dezelfde evolutionaire tak.

Question 16

Wat is dot matrix analyse?

Answer 16

Een grafische methode om mogelijke volgorde tussen twee nucleotide- of aminozuursequenties te weergeven.

Question 17

Welke browser gebruik je om een DNA-sequentie aan een soort te matchen?

Answer 17

BLAST

Question 18

Welke browser gebruik je om informatie te vinden over een gen (functie, locatie etc.)

Answer 18

Ensembl

Question 19

Welke browser gebruik je om sequenties te vinden met weinig/geen redundantie?

Answer 19

RefSeq

Question 20

Welke browser gebruik je om te bepalen of een mutatie neutraal of pathogeen is?

Answer 20

ClinVar en Database of Genomic Variants