Week 7 Particularités ADN et Profil partiel

Question 1

Qu’est un allèle irrégulier ?

Answer 1

Quand il manque un ou plusieurs nucléotides des séquences de répétition

Question 2

Comment note-t-on les allèles irréguliers ?

Answer 2

[Les nombre de répétitions totales].[le nombre de nucléotides restants de la section irrégulier]

9.3

Question 3

Que faut-il penser si on voit un pic d’un allèle qui n’est pas sur l’échelle ?

Answer 3

Il faut vérifier qu’il n’y ait pas d’artefacts téchniques. Comme par ex: Pourrait être une addition A incomplète. Mais dans ce cas le problème devrait être généralisé sur toute l’échelle

Pourrait être aussi un allèle irrégulier

Pourrait aussi être une délétion dans la séquence bordante

Question 4

Que sont les caractéristiques de l’allèle D185S51 ?

Answer 4

Le petit allèle peut en-dehors de la gamme d’allèles et le grand allèles peut faire pareil

Question 5

Que peut créer un deséquilibre dans les piques ?

Answer 5

Une mutation dans le milieu sit d’amorce

Question 6

Que peut créer un seul pique ou un allèle dropout ?

Answer 6

Une mutation dans le site de liaison de l’amorce qui fait que l’amorce ne peut pas se lier

Question 7

Qu’est qu’un allèle muet ou nul ?

Answer 7

Un individu possédant un tel allèle apparaît faussement homozygote

Question 8

Que sont les deux causes de profils partiels ?

Answer 8

• Des inhibiteurs de la PCR
• L’ADN est dégradé

Question 9

Comment savoir si le profil partiel est dû aux inhibiteurs de la PCR ?

Answer 9

Si les allèles drop-outs ne corrèle pas avec la taille des allèles

Question 10

Que sont des exemples d’inhibiteurs de PCR ?

Answer 10

l’heme(sang), la mélanine(peau et cheveux), la myoglobine (tissues musculaires), colorant indigo (jeans)

Question 11

Que sont les mécanismes qui inhibitent la PCR ?

Answer 11

• Les inhibiteurs se lient à l’ADN et empêchent la PCR
• Ils intéragissent avec la polymérase et bloquent son activité (ils réduisent la quantité de ions Mg2+ qui sont nécéssaires pour le fonctionnement de la polymérase)

Question 12

Comment remèdier a l’interférence de la présence d’inhibiteurs ?

Answer 12

1. On rajoute plus d’ADN polymérase pour compenser celle qui est bloquée par les inhibiteurs
2. Ajouter une protéine qui va servir de piège à inhibiteurs (BSA Bovine Serum Albumine a une grande affinité pour les inhibiteurs)
3. Moins de volume d’extrait d’ADN

Question 13

Comment savoir si le profil partiel est dû a l’ADN dégradé ?

Answer 13

Les Allèles plus grands sont plus petits voir inexistants (allèle drop-out)

Question 14

Pourquoi les STRs longs sont plus affectés par la dégradation que les petits ?

Answer 14

Car les sites de liaisons d’amorces sont plus loins pour les STRs longs car la séquence qu’on cherche à amplifier est plus long et donc à plus de chance d’être dégradé

Question 15

Que sont des remèdes à l’impacte de la dégradation de l’ADN ?

Answer 15

1. On rajoute plus d’ADN et plus de cycles dans la PCR
2. On utilise des marqueurs Mini STR

Question 16

Que sont des mini STR ?

Answer 16

Se sont des kits qui utilisent des amorces qui se lient plus proches de la séquence de STR.

Question 17

Comment savoir si c’est un profil de mélange ?

Answer 17

Il y a une addition des pics en commun entre individus ou 3 pics

Question 18

Comment peut-on utiliser la hauteur des pics pour attribuer des allèles à des individus ?

Answer 18

En regardant la taille des pics. Souvent les pics de la même taille appartiennent au même individu (majeur et mineur)

Question 19

Que sont des techniques si on à un profil de mélange masculin et féminin ?

Answer 19

• Si les cellules mâles sont des spermatozoïdes, on peut procèder avec une extraction différentielle pour faire un profil autosomal
• Si se sont d’autres cellules, on peut faire une extraction standard puis faire un profil STR-Y