Week 5 - NGS I

Question 1

NGS

Answer 1

Next generation sequencing of Massive parallel sequencen

Question 2

Wat doet NGS

Answer 2

miljoenen sequenties van 200 - 300 bp tegelijkertijd bepalen.

Question 3

Sanger sequencen

Answer 3

1 primer met fluorchroom
ddnNTPs - stop amplificatie
PCR
Verschillende lengtes

Question 4

Welke stappen NGS?

Answer 4

Library preparation - DNA klaarmaken voor sequentie
Amplificatie - Emulsie PCR of Bridge amplification.
Sequencen - Pyro, synthisis, Ph veranderingen
Data analyse

Question 5

Emulsie PCR

Answer 5

Systeem gerobotiseerd. Worden beads gebruikt met waterdruppels in olie. In de waterdruppel zitten alle grondstoffen voor PCR amplificatie. Aan de oppervlakte bead zitten veel primers op. Deze is complimentair aan adapters. Andere primer zit vrij in de oplossing. Een molecuul DNA. Als laatste stap worden beads op een plaat gelegd.

Question 6

Bridge Amplificatie

Answer 6

Library preparation. DNA is enkelstrengs gemaakt. Adapters binden aan complimentaire primers op flow cel. DNA word eerst geamplificeerd met TAQ pol. Het DNA word weer enkelstrengs en volgt wasstap. De rechterstreng wordt weggewassen. Er is nog maar een ssDNA fragment en zal een verbinding maken (bridge) met een andere primer wat weer geamplificeerd wordt. Uiteindelijk moeten de reverse strands weggeknipt

Question 7

Library preparation

Answer 7

Genoom in stukken knippen mbv restrictie enzymen. Hierdoor kunnen adapters (universeel, bekende sequentie volgorde) makkelijker binden aan DNA.