NGS II

Question 1

Manieren om Data te analyseren

Answer 1

Pyroseqencing

Question 2

Pyrosequencing

Answer 2

Methode voor nucleotide volgorde te bepalen door het vrijkomen van licht. Dit komt door chemische reactie in het DNA bij het inbouwen van nucleotide (PPi) vrijkomt. Licht dat vrijkomt wordt geanalyseerd

Question 3

Reactie die plaatsvindt bij pyrosequencing

Answer 3

pyrophosphate (PPi) > ATP –> afbraak luciferine —> licht

Question 4

Waarom wordt er maar 1 nucleotide aan alle beads blootgesteld?

Answer 4

Op deze manier kan bepaald worden welke nucleotide er is ingebouwd.

Question 5

Apyrase

Answer 5

Breekt overige nucleotiden af in cel.

Question 6

Voordelen en nadelen pyrosequencen

Answer 6

VOOR: geautomatiseerd, snel, accuraat
NA: kleine stukken DNA, relatief duur, lastig bij herhalende nucleotides.

Question 7

Sequencen bij synthesis

Answer 7

Chip met miljoenen stukjes DNA. Cluster van hetzelfde DNA (moet ssDNA zijn). Bij elke stap word een nucleotide toegevoegd. mbv laser kan nucleotide gedetecteerd worden

Question 8

Voor- en Nadelen SBS

Answer 8

Voor: Geen last van dezelfde nucleotides achter elkaar
Na: onnauwkeurig met langere fragmenten –> fluoriscentie wordt lastiger om te verwijderen.

Question 9

Semiconductor sequencing

Answer 9

dNTP wordt ingebouwd en daar komt waterstof ion vrij. Daardoor komt een voltage verandering en kan daarmee de sequence te bepalen.

Question 10

Forensisch belang NGS

Answer 10

onderzoeken NFI
mitochondriaal DNA, herkomst, eeneiige tweelingen onderscheiden, uiterlijke kenmerken, STR, leeftijd, celtype bepaling.

Question 11

Vierde generatie sequencing

Answer 11

Oxford nanopore; apparaat met twee kamers gescheiden door een membraan. Daarin bevindt zich een nanopore waar ssDNA doorheen kan. Er vind voltage verandering plaats.
geen amplificatie meer nodig, geen nucleotide labelling, portable.
voordeel: snel, lange seqiences toepasbaar.