Week 3: Kanker op chromosomaal niveau Flashcards
Wat is het Philadelphia chromosoom?
Het 22 gedeelte van de t(9;22)
Welke genen fuseren bij een t(9;22)?
BCR-ABL
Waar codeert ABL voor?
Kinase
Wat doet imatineb?
Blokkeert ATP bindingsplek op de ABL
Waardoor kan je resistent raken tegen imatineb?
Mutaties in het ABL-I gedeelte
Uit welke 4 onderdelen bestaat de celcyclus? En wat is de functie van de onderdelen?
G1: groeifase
S: verdubbeling DNA
G2: klaarmaken voor deling
M: mitose
Wat is een dicentrisch chromosoom?
Een chromosoom met 2 centromeren, door een gebroken DNA molecuul
Hoe loopt het af met een dicentrisch chromosoom?
In 50% van de gevallen wordt het chromosoom uit elkaar getrokken
Wat zijn numerieke afwijkingen?
Chromosoom erbij of eraf
Hoe komt een numerieke afwijking?
Chromosomen zitten nog niet vast met de centromeren, maar het signaal wordt niet doorgegeven waardoor het chromosoom niet uit elkaar wordt getrokken en er dus teveel in de ene cel en te weinig in de andere cel
Waar komen acentrische delen meestal terecht?
In micronuclei die meestal afgebroken worden
Wat is chromothripsis?
Chromosomen breken in kleine stukjes en gaan weer random aan elkaar
Wat is genamplificatie?
Klein gen neemt groter gedeelte chromosoom in
Wat is een dubbel minuut chromosoom?
Kleine gedeeltes extrachromosomaal DNA
Hoe ontstaat een dicentrisch chromosoom?
Als de telomeren op zijn wordt NHEJ uitgevoerd waardoor een dicentrisch chromosoom ontstaat
Wat doet een T-loop?
Zorgt voor bescherming tegen NHEJ
Wat is een Hayflick limiet?
Telomeren geven signaal als ze te kort worden
Wat is de functie van cycline D?
Activatie van de celcyclus in G1
Wat is de functie van cycline E?
Overgang naar en voortgang van S-fase
Wat is de functie van cycline A?
Progressie door S-fase
Wat is de functie van cycline B?
Overgang naar M-fase
Hoe werken cyclines?
Binden aan cycline afhankelijke kinases (CDK)
Hoe werken CKI?
Cycline afhankelijke remmers werken door te binden aan het cycline/CDK complex en verminderen kinase activiteit
Welke 5 checkpoints zijn er?
Restrictiepunt in G1
G1/S
Intra S
G2/M
Anafase
Wat is de functie van het restrictiepunt checkpoint?
Besluiten om replicatie te starten
Wat is de functie van het G1/S checkpoint?
DNA schade herkennen voor replicatie
Wat is de functie van intra S checkpoint?
DNA schade tijdens replicatie
Wat is de functie van het G2/M checkpoint?
DNA schade en of de replicatie volledig was
Wat is de functie van het anafase checkpoint?
Of de chromosomen goed gerangschikt zijn
Welk eiwit is verantwoordelijk voor het restrictiepunt checkpoint?
RB
Welk eiwit is verantwoordelijk voor het G1/S checkpoint?
p53
Welk eiwit is verantwoordelijk voor het intra S checkpoint?
ATM
Welk eiwit is verantwoordelijk voor het anafase checkpoint?
BUB-1
Hoe werkt het restrictiepunt checkpoint?
Een groeifactor geeft het signaal tot celdeling, waardoor E2F bindt aan pRB en actief wordt waardoor p16 (CKI) actief wordt en cycline E actief wordt
Hoe wordt cycline D geactiveerd en wat activeert het?
EGF activeert cycline D door RAS, cycline D activeert vervolgens het cycline D/CK4 complex
Hoe werkt het G1/S checkpoint?
Bij DNA schade, gaat p53 omhoog, waardoor p21 (CKI) verhoogd wordt en cycE/CDK2 verlaagd
Hoe werkt ATM in een normale cel?
ATM activeert CHK2, waardoor cycA/CDK2 geremd wordt
Wanneer wordt ATM geactiveerd?
DNA schade
Wat is RDS?
Radioresistente DNA fenotype, wanneer het intra S checkpoint niet werkt
Welk essay kan je gebruiken om te kijken of het intra S checkpoint werkt?
3H-thymidine inbouwen, dit wordt vaak bij AT ingebouwd
Hoe heet het gebied waar de microtubili binden op het chromosoom?
Kinetochoren
Wat is de functie van BUB-1?
BUB-1 checkt de spanning van de spanningsgevoelige eiwitcomplexen bij de kinetochoren
Wat is het Nijmegen Breakage Syndrome?
Een nbs-1 of RAD50 deficiëntie, normaal gesproken binden deze eiwitten aan dsbreuken en fixen ze deze, waardoor ATM omhoog gaat
Wat is photoentrainment?
Gelijkzetten van de interne klok met licht-donker cyclus
Welk gebied in de hersenen is verantwoordelijk voor het slaap-waak ritme?
Supra chiastische nucleus (SCN)
Waar zorgt de uitschakeling van Cry-1 voor?
Kortere dag
Waar zorgt de uitschakeling van Cry-2 voor?
Langere dag
Waar zorgt de uitschakeling van beide Cry genen voor?
Aritmie
Hoe werkt het moleculair mechanisme van de interne klok?
Bmal-1 samen met de clockeiwitten activeren de E-box, de E-box activeert de Cry-genen, de per genen (die samen voor de CP-eiwitten coderen die de E-box remmen) en Rev-erbalfa, die de Bmal/clock eiwitten activeren
Hoe wordt iemand een ochtend of avondmens?
Snelheid van de klok
Hoeveel % van de genen staat onder invloed van de circadiane klok?
20
Hoe kan de interne klok gebruikt worden voor kankertherapie?
De klok en de celcyclus zijn gekoppeld in een normale cel en ontkoppeld in een kankercel, waardoor je therapie tegen G1 cellen kan gebruiken terwijl normale cellen in de G2 fase zitten bijvoorbeeld
Welke 2 technieken voor moleculaire cytogenetica zijn er?
FISH
Array (SNP)
Hoe worden de cellen voor de FISH gekweekt?
Beenmerg of bloed met blasten wordt afgenomen, vervolgens worden er AML groeifactoren toegevoegd en een mitose remmer, tenslotte wordt het in een hypotone vloeistof gedaan waardoor cellen zonder kernenvelop opzwellen
Welke 3 typen bandering zijn er?
G-bandering
R(everse)-bandering
Q-bandering
Welke 3 chromosomale afwijkingen zijn gebalanceerd structureel?
Translocatie
Inversie (binnen chromosoom)
Insertie
Welke 4 chromosomale afwijkingen zijn niet gebalanceerd structureel?
Deletie
Amplificatie
Niet-gebalanceerde translocaties
Gen mutaties
Hoe wordt de korte arm van een chromosoom genoemd? En zit deze boven of onder?
p-arm, boven
Hoe wordt de lange arm van een chromosoom genoemd en zit deze boven of onder?
q-arm, onder
Waar staat FISH voor?
Fluorescentie in situ hybridisation
Hoe werkt FISH?
DNA wordt gedenatureerd en een probe wordt toegevoegd, waardoor het DNA opgelicht kan worden
Noem 3 nadelen aan FISH
Detecteert alleen antwoorden op gestelde vragen
Gelimiteerde sens
Niet teveel targets
Noem 2 vormen van een probe
Fusieprobe, bij translocatie fuseren 2 probes
Break apart probes: bij gebroken gen zijn er 2 kleuren
Waar staat LOH voor?
Loss of heterozygotie
Hoeveel eiwitcoderende genen zijn er?
19.804
Hoeveel RNA-only genen zijn er?
25.134
Wat is een proteoom?
Volledige set eiwitten gecodeerd door genoom
Hoe kan je genexpressie meten?
Op glaasjes met microarrays
Hoeveel van de eiwitcoderende genen zijn heterozygoot voor 1 of meer varianten?
44%
Noem 6 voordelen van NGS
Groot dynamisch bereik
Gebruik alternatieve promotor
Alternatieve splicing
Allel-specifieke gen expressie
Mutatiedetectie
Ontdekking nieuwe exons, niet coderende RNAs en microRNA
Wat zegt meer over de genexpressie, de hoeveelheid eiwit of mRNA? En waarom?
Hoeveelheid eiwit, mRNA zorgt niet alleen voor eiwitsynthese
Hoe werkt massaspectometrie?
Eiwitmengsel wordt in kleine stukjes geknipt door trypsine
Laser wordt op de stukjes gemikt en sommige gaan in de gasvorm en gaan van positieve, naar negatieve naar vacuumbuis naar detector
Waar knipt trysine?
Voor arginine of lysine
Wat is metabolomics?
Kijken welke metabolieten voorkomen
Noem 5 stappen van metabolomics
Sample preparaten
Massa spectometrie
Identificatie met computer
Herkennen patroon
Wat is de biomarker
Wat doet microRNA
Wordt afgeschreven uit het DNA en wordt op maat geknipt door Drosha en Dicer en wordt vervolgens geimplanteerd in het RISC complex waardoor het mRNA remt
Wat doet siRNA?
Hetzelfde als microRNA, maar is synthetisch gemaakt
Wat doet colchicine?
Remt microtubili
Wat is chromosomale painting?
Totale/gedeeltes chromosomen op laten lichten
Wat is SKY en waar staat het voor?
Spectrale KarYotypering, multicolor analyse waarbij elk chromosoom een andere kleur krijgt
Tussen hoeveel mbs zit het bovenste chromosoom meestal?
0-20
Waar zit het TP53 gen?
Tussen 7,7 en 7,8 mb op chromosoom 17
Wat is de functie van het APC eiwit
Remt de celcyclus
Wat is CGH en hoe werkt het?
Mega tabel waarbij in de kolommen de tumoren staan en in de rijen de plaatsen op het chromosoom, waarbij rood staat voor winst en blauw voor verlies
in welke richting wordt DNA aangemaakt?
5 -> 3
Wat doet een T-loop?
Verbergt open uiteinde van DNA voor enzymen
Wanneer komt telomerase activiteit voor in de tumorigenese?
Late stap
Waar staat PAGE voor?
Polyacrylic gel electroferese
hoe werkt PAGE?
Eerst vindt lysis van het celmembraan plaats, vervolgens worden de eiwitten in een gel matrix gestopt die de grote van de kleine eiwitten scheidt
Welke 2 vormen van PAGE heb je? En leg uit hoe ze werken
Non-denaturing/native PAGE, waarbij charge, mass en shape invloed hebben omdat het eiwit niet gedenatureerd wordt
Denaturing/SDS-PAGE, waarbij alleen de massa uitmaakt, omdat het eiwit door SDS wordt gedenatureerd
Wat is paclitaxel?
Stof die bindt aan tubiline waardoor tubiline niet kan depolariseren waardoor er geen vrij tubiline is en geen microtubili
Waarom kan HR niet in de mitose?
DNA is al gecondenseerd
Welke base is het meest nodig in de cel?
Adenine
Waar staat FACS voor en wat is het?
Fluorescence Activated Cell Sorting, cellen worden gekweekt en propidium iodide wordt toegevoegd, wat in de kern bindt aan DNA, vervolgens gaan de cellen los door een laserbeam
Wanneer kan FACS niet gebruikt worden?
Solide tumoren
Wat is EdU?
Wordt in plaats van T ingebouwd en geeft de S-fase aan
Waar kan je p-H3 voor gebruiken?
Aantal cellen in mitose
Waar kan je cycline A voor gebruiken?
S of G2 fase aantonen