Week 3: Kanker op chromosomaal niveau Flashcards

1
Q

Wat is het Philadelphia chromosoom?

A

Het 22 gedeelte van de t(9;22)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Welke genen fuseren bij een t(9;22)?

A

BCR-ABL

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Waar codeert ABL voor?

A

Kinase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat doet imatineb?

A

Blokkeert ATP bindingsplek op de ABL

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Waardoor kan je resistent raken tegen imatineb?

A

Mutaties in het ABL-I gedeelte

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Uit welke 4 onderdelen bestaat de celcyclus? En wat is de functie van de onderdelen?

A

G1: groeifase
S: verdubbeling DNA
G2: klaarmaken voor deling
M: mitose

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Wat is een dicentrisch chromosoom?

A

Een chromosoom met 2 centromeren, door een gebroken DNA molecuul

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hoe loopt het af met een dicentrisch chromosoom?

A

In 50% van de gevallen wordt het chromosoom uit elkaar getrokken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat zijn numerieke afwijkingen?

A

Chromosoom erbij of eraf

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hoe komt een numerieke afwijking?

A

Chromosomen zitten nog niet vast met de centromeren, maar het signaal wordt niet doorgegeven waardoor het chromosoom niet uit elkaar wordt getrokken en er dus teveel in de ene cel en te weinig in de andere cel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Waar komen acentrische delen meestal terecht?

A

In micronuclei die meestal afgebroken worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat is chromothripsis?

A

Chromosomen breken in kleine stukjes en gaan weer random aan elkaar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat is genamplificatie?

A

Klein gen neemt groter gedeelte chromosoom in

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is een dubbel minuut chromosoom?

A

Kleine gedeeltes extrachromosomaal DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hoe ontstaat een dicentrisch chromosoom?

A

Als de telomeren op zijn wordt NHEJ uitgevoerd waardoor een dicentrisch chromosoom ontstaat

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Wat doet een T-loop?

A

Zorgt voor bescherming tegen NHEJ

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is een Hayflick limiet?

A

Telomeren geven signaal als ze te kort worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat is de functie van cycline D?

A

Activatie van de celcyclus in G1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Wat is de functie van cycline E?

A

Overgang naar en voortgang van S-fase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Wat is de functie van cycline A?

A

Progressie door S-fase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Wat is de functie van cycline B?

A

Overgang naar M-fase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hoe werken cyclines?

A

Binden aan cycline afhankelijke kinases (CDK)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hoe werken CKI?

A

Cycline afhankelijke remmers werken door te binden aan het cycline/CDK complex en verminderen kinase activiteit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Welke 5 checkpoints zijn er?

A

Restrictiepunt in G1
G1/S
Intra S
G2/M
Anafase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Wat is de functie van het restrictiepunt checkpoint?

A

Besluiten om replicatie te starten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Wat is de functie van het G1/S checkpoint?

A

DNA schade herkennen voor replicatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Wat is de functie van intra S checkpoint?

A

DNA schade tijdens replicatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Wat is de functie van het G2/M checkpoint?

A

DNA schade en of de replicatie volledig was

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Wat is de functie van het anafase checkpoint?

A

Of de chromosomen goed gerangschikt zijn

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Welk eiwit is verantwoordelijk voor het restrictiepunt checkpoint?

A

RB

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Welk eiwit is verantwoordelijk voor het G1/S checkpoint?

A

p53

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Welk eiwit is verantwoordelijk voor het intra S checkpoint?

A

ATM

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Welk eiwit is verantwoordelijk voor het anafase checkpoint?

A

BUB-1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

Hoe werkt het restrictiepunt checkpoint?

A

Een groeifactor geeft het signaal tot celdeling, waardoor E2F bindt aan pRB en actief wordt waardoor p16 (CKI) actief wordt en cycline E actief wordt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Hoe wordt cycline D geactiveerd en wat activeert het?

A

EGF activeert cycline D door RAS, cycline D activeert vervolgens het cycline D/CK4 complex

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

Hoe werkt het G1/S checkpoint?

A

Bij DNA schade, gaat p53 omhoog, waardoor p21 (CKI) verhoogd wordt en cycE/CDK2 verlaagd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Hoe werkt ATM in een normale cel?

A

ATM activeert CHK2, waardoor cycA/CDK2 geremd wordt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Wanneer wordt ATM geactiveerd?

A

DNA schade

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Wat is RDS?

A

Radioresistente DNA fenotype, wanneer het intra S checkpoint niet werkt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

Welk essay kan je gebruiken om te kijken of het intra S checkpoint werkt?

A

3H-thymidine inbouwen, dit wordt vaak bij AT ingebouwd

41
Q

Hoe heet het gebied waar de microtubili binden op het chromosoom?

A

Kinetochoren

42
Q

Wat is de functie van BUB-1?

A

BUB-1 checkt de spanning van de spanningsgevoelige eiwitcomplexen bij de kinetochoren

43
Q

Wat is het Nijmegen Breakage Syndrome?

A

Een nbs-1 of RAD50 deficiëntie, normaal gesproken binden deze eiwitten aan dsbreuken en fixen ze deze, waardoor ATM omhoog gaat

44
Q

Wat is photoentrainment?

A

Gelijkzetten van de interne klok met licht-donker cyclus

45
Q

Welk gebied in de hersenen is verantwoordelijk voor het slaap-waak ritme?

A

Supra chiastische nucleus (SCN)

46
Q

Waar zorgt de uitschakeling van Cry-1 voor?

A

Kortere dag

47
Q

Waar zorgt de uitschakeling van Cry-2 voor?

A

Langere dag

48
Q

Waar zorgt de uitschakeling van beide Cry genen voor?

A

Aritmie

49
Q

Hoe werkt het moleculair mechanisme van de interne klok?

A

Bmal-1 samen met de clockeiwitten activeren de E-box, de E-box activeert de Cry-genen, de per genen (die samen voor de CP-eiwitten coderen die de E-box remmen) en Rev-erbalfa, die de Bmal/clock eiwitten activeren

50
Q

Hoe wordt iemand een ochtend of avondmens?

A

Snelheid van de klok

51
Q

Hoeveel % van de genen staat onder invloed van de circadiane klok?

A

20

52
Q

Hoe kan de interne klok gebruikt worden voor kankertherapie?

A

De klok en de celcyclus zijn gekoppeld in een normale cel en ontkoppeld in een kankercel, waardoor je therapie tegen G1 cellen kan gebruiken terwijl normale cellen in de G2 fase zitten bijvoorbeeld

53
Q

Welke 2 technieken voor moleculaire cytogenetica zijn er?

A

FISH
Array (SNP)

54
Q

Hoe worden de cellen voor de FISH gekweekt?

A

Beenmerg of bloed met blasten wordt afgenomen, vervolgens worden er AML groeifactoren toegevoegd en een mitose remmer, tenslotte wordt het in een hypotone vloeistof gedaan waardoor cellen zonder kernenvelop opzwellen

55
Q

Welke 3 typen bandering zijn er?

A

G-bandering
R(everse)-bandering
Q-bandering

56
Q

Welke 3 chromosomale afwijkingen zijn gebalanceerd structureel?

A

Translocatie
Inversie (binnen chromosoom)
Insertie

57
Q

Welke 4 chromosomale afwijkingen zijn niet gebalanceerd structureel?

A

Deletie
Amplificatie
Niet-gebalanceerde translocaties
Gen mutaties

58
Q

Hoe wordt de korte arm van een chromosoom genoemd? En zit deze boven of onder?

A

p-arm, boven

59
Q

Hoe wordt de lange arm van een chromosoom genoemd en zit deze boven of onder?

A

q-arm, onder

60
Q

Waar staat FISH voor?

A

Fluorescentie in situ hybridisation

61
Q

Hoe werkt FISH?

A

DNA wordt gedenatureerd en een probe wordt toegevoegd, waardoor het DNA opgelicht kan worden

62
Q

Noem 3 nadelen aan FISH

A

Detecteert alleen antwoorden op gestelde vragen
Gelimiteerde sens
Niet teveel targets

63
Q

Noem 2 vormen van een probe

A

Fusieprobe, bij translocatie fuseren 2 probes
Break apart probes: bij gebroken gen zijn er 2 kleuren

64
Q

Waar staat LOH voor?

A

Loss of heterozygotie

65
Q

Hoeveel eiwitcoderende genen zijn er?

A

19.804

66
Q

Hoeveel RNA-only genen zijn er?

A

25.134

67
Q

Wat is een proteoom?

A

Volledige set eiwitten gecodeerd door genoom

68
Q

Hoe kan je genexpressie meten?

A

Op glaasjes met microarrays

69
Q

Hoeveel van de eiwitcoderende genen zijn heterozygoot voor 1 of meer varianten?

A

44%

70
Q

Noem 6 voordelen van NGS

A

Groot dynamisch bereik
Gebruik alternatieve promotor
Alternatieve splicing
Allel-specifieke gen expressie
Mutatiedetectie
Ontdekking nieuwe exons, niet coderende RNAs en microRNA

71
Q

Wat zegt meer over de genexpressie, de hoeveelheid eiwit of mRNA? En waarom?

A

Hoeveelheid eiwit, mRNA zorgt niet alleen voor eiwitsynthese

72
Q

Hoe werkt massaspectometrie?

A

Eiwitmengsel wordt in kleine stukjes geknipt door trypsine
Laser wordt op de stukjes gemikt en sommige gaan in de gasvorm en gaan van positieve, naar negatieve naar vacuumbuis naar detector

73
Q

Waar knipt trysine?

A

Voor arginine of lysine

74
Q

Wat is metabolomics?

A

Kijken welke metabolieten voorkomen

75
Q

Noem 5 stappen van metabolomics

A

Sample preparaten
Massa spectometrie
Identificatie met computer
Herkennen patroon
Wat is de biomarker

76
Q

Wat doet microRNA

A

Wordt afgeschreven uit het DNA en wordt op maat geknipt door Drosha en Dicer en wordt vervolgens geimplanteerd in het RISC complex waardoor het mRNA remt

77
Q

Wat doet siRNA?

A

Hetzelfde als microRNA, maar is synthetisch gemaakt

78
Q

Wat doet colchicine?

A

Remt microtubili

79
Q

Wat is chromosomale painting?

A

Totale/gedeeltes chromosomen op laten lichten

80
Q

Wat is SKY en waar staat het voor?

A

Spectrale KarYotypering, multicolor analyse waarbij elk chromosoom een andere kleur krijgt

81
Q

Tussen hoeveel mbs zit het bovenste chromosoom meestal?

A

0-20

82
Q

Waar zit het TP53 gen?

A

Tussen 7,7 en 7,8 mb op chromosoom 17

83
Q

Wat is de functie van het APC eiwit

A

Remt de celcyclus

84
Q

Wat is CGH en hoe werkt het?

A

Mega tabel waarbij in de kolommen de tumoren staan en in de rijen de plaatsen op het chromosoom, waarbij rood staat voor winst en blauw voor verlies

85
Q

in welke richting wordt DNA aangemaakt?

A

5 -> 3

86
Q

Wat doet een T-loop?

A

Verbergt open uiteinde van DNA voor enzymen

87
Q

Wanneer komt telomerase activiteit voor in de tumorigenese?

A

Late stap

88
Q

Waar staat PAGE voor?

A

Polyacrylic gel electroferese

89
Q

hoe werkt PAGE?

A

Eerst vindt lysis van het celmembraan plaats, vervolgens worden de eiwitten in een gel matrix gestopt die de grote van de kleine eiwitten scheidt

90
Q

Welke 2 vormen van PAGE heb je? En leg uit hoe ze werken

A

Non-denaturing/native PAGE, waarbij charge, mass en shape invloed hebben omdat het eiwit niet gedenatureerd wordt
Denaturing/SDS-PAGE, waarbij alleen de massa uitmaakt, omdat het eiwit door SDS wordt gedenatureerd

91
Q

Wat is paclitaxel?

A

Stof die bindt aan tubiline waardoor tubiline niet kan depolariseren waardoor er geen vrij tubiline is en geen microtubili

92
Q

Waarom kan HR niet in de mitose?

A

DNA is al gecondenseerd

93
Q

Welke base is het meest nodig in de cel?

A

Adenine

94
Q

Waar staat FACS voor en wat is het?

A

Fluorescence Activated Cell Sorting, cellen worden gekweekt en propidium iodide wordt toegevoegd, wat in de kern bindt aan DNA, vervolgens gaan de cellen los door een laserbeam

95
Q

Wanneer kan FACS niet gebruikt worden?

A

Solide tumoren

96
Q

Wat is EdU?

A

Wordt in plaats van T ingebouwd en geeft de S-fase aan

97
Q

Waar kan je p-H3 voor gebruiken?

A

Aantal cellen in mitose

98
Q

Waar kan je cycline A voor gebruiken?

A

S of G2 fase aantonen