Week 2: Kanker op DNA niveau

Question 1

Wat betekent stochastisch?

Answer 1

Per toeval

Question 2

Wat zijn purines?

Answer 2

Adenine en guanine

Question 3

Wat zijn pyrimidines?

Answer 3

Cytosine, thianine en uracil

Question 4

Wat is een transitie?

Answer 4

Van een purine naar een purine (of van pyrimidine naar pyrimidine)

Question 5

Wat is een transversie?

Answer 5

Van een purine naar een pyrimidine of andersom

Question 6

Noem 5 oorzaken van DNA schade

Answer 6

Foutieve replicatie
Chemische instabiliteit
Chemische verbindingen
Biologische stoffen
Fysische agentia

Question 7

Noem 4 voorbeelden van chemische instabiliteit

Answer 7

Depurinatie
Deaminase
8-oxoguanine
BPDE

Question 8

Wat is depurinatie?

Answer 8

Deletie van 1 bp, door hydrolyse

Question 9

Wat is deaminase?

Answer 9

Van een C naar een U (dat wordt uiteindelijk een T

Question 10

Wat is 8-oxoguanine?

Answer 10

Door O2 radicalen verandert de complementariteit (GC -> 8GA)

Question 11

Wat doet BPDE?

Answer 11

Verstoort DNA dubbelhelix

Question 12

Noem een voorbeeld van fysische agentia

Answer 12

UV verandert het DNA door dimeerlinkings te vormen

Question 13

Hoeveel beschadigingen zijn er per cel per dag?

Answer 13

75.000

Question 14

Noem 2 manieren om schade te herstellen

Answer 14

Base excisie reparatie (BER)
Nucleotide excisie reparatie (NER)

Question 15

Noem de 3 stappen van BER en benoem door wel eiwit dit wordt gedaan

Answer 15

Herkennen: DNA glycosylase (scannen en blijven hangen)
Excisie: endonuclease (herkent AP-site en geeft knip)
Herstel: DNA polymerase + ligase

Question 16

Wanneer wordt NER gebruikt?

Answer 16

Bij grotere adducten die helixverstorend zijn

Question 17

Noem de 4 stappen van NER

Answer 17

Herkennen door herkenningseiwitten of CSB tijdens transcriptie
Openen van het DNA
Verwijderen van de schade door een grote knip en excisie van een groot deel
Herstel

Question 18

Welke 2 vormen van NER heb je?

Answer 18

Globaal genoom NER (traag)
Transcriptie gekoppeld NER

Question 19

Hoe werkt transcriptie gekoppeld NER?

Answer 19

CSB bindt en duwt RNA poly terug, waardoor de schade vrijkomt en verwijderd kan worden

Question 20

Noem 2 aandoeningen die ontstaan door een defect in NER

Answer 20

Xeroderma pigmentosum
Cockayne syndroom (CS)

Question 21

In welke NER zit een defect bij xeroderma pigmentosum?

Answer 21

Globaal genoom NER

Question 22

In welke NER zit een defect bij Cockayne syndroom?

Answer 22

Transcriptie gekoppeld NER

Question 23

In welk gen zit een defect bij xeroderma pigmentosum?

Answer 23

XP genen

Question 24

In welk gen zit een defect bij cockayne syndroom?

Answer 24

CS genen

Question 25

Wat is het verschil tussen xeroderma pigmentosum en cockayne syndroom?

Answer 25

Bij XP is er een >2000x verhoogde kans op huidkanker Bij CS is er een versnelde veroudering en geen verhoogde kans op huidkanker

Question 26

Welke 2 templates kunnen er gebruikt worden bij DNA schade?

Answer 26

Complementaire streng Zusterchromatide/homoloog chromosoom

Question 27

Bij welke 3 situaties gebruik je de complementaire streng als template?

Answer 27

Mismatched bp Intrastrengs crosslinks Enkelstrengs DNA breuk

Question 28

Bij welke 2 situaties gebruik je een zusterchromatide/homoloog chromosoom als template?

Answer 28

Interstrengs crosslink Dubbelstrengs DNA breuk

Question 29

Op welke 2 manieren kan je dubbelstrengs DNA repareren?

Answer 29

Niet homologe DNA-eindverbinding/recombinatie Homologe recombinatie

Question 30

Hoe werkt niet homologe DNA-eindverbinding?

Answer 30

De 2 stukken DNA worden direct aan elkaar gezet en er wordt geen template gebruikt, hierdoor wordt wel een kleine deletie veroorzaakt

Question 31

Bij welke cellen wordt voornamelijk niet homologe recombinatie gebruikt? En waarom?

Answer 31

Immuuncellen (B-cellen) Bij B-cellen zijn verschillende segmenten in het DNA, door de deleties die telkens plaatsvinden kunnen er oneindig veel combinaties gemaakt worden en zijn er ook veel mogelijkheden voor antilichamen

Question 32

Door welk eiwit wordt dsDNA breuken in B-cellen veroorzaakt?

Answer 32

RAG1/RAG2

Question 33

Wanneer kan homologe recombinatie plaatsvinden?

Answer 33

Tijdens de S en G2 fase

Question 34

Hoe werkt homologe recombinatie?

Answer 34

Uitwisseling DNA tussen DNA moleculen, hiervoor worden voornamelijk zusterchromatiden gebruikt. Als er schade optreedt worden nucleotides door RAD51 weggehaald om staarten te maken en vervolgens wordt hier met een template de schade hersteld

Question 35

Van welke eiwitten/genen hangt het gedrag van RAD51 af?

Answer 35

BRCA1 en BRCA2

Question 36

Wanneer moet je iemand met verdenking op lynch syndroom doorverwijzen?

Answer 36

Als er 1 eerstegraads fam lid is <50 met CRC Als er 3+ 2e graads fam lid is <50 met CRC Dragers van het lynch gen (MLH1, MSH2, MSH6 of PMS2)

Question 37

Hoeveel % van CRC wordt veroorzaakt door lynch?

Answer 37

5%

Question 38

Welke therapie voor CRC kan je alleen gebruiken bij lynch en niet bij andere vormen van CRC?

Answer 38

Immuuntherapie

Question 39

Hoe wordt lynch overgedragen?

Answer 39

AD

Question 40

Wat is het life-time risico op CRC?

Answer 40

Tot 70%

Question 41

Wat is het life-time risico op endometriumcarcinoom?

Answer 41

55%

Question 42

Welke screeningen zijn nodig bij lynch?

Answer 42

CRC en gyn

Question 43

Wat is de behandeling voor lynch geassocieerd carcinoom?

Answer 43

Gehele colectomie, behalve bij >60, waar een partiële resectie overwogen kan worden

Question 44

Hoe werkt chemo op DNA level?

Answer 44

Schade in DNA, ds breuken en interstrand crosslinks

Question 45

Wat doet een topoisomerase?

Answer 45

Haalt DNA uit elkaar, vooral bij replicatie

Question 46

Waar zorgt de remming van een topoisomerase voor?

Answer 46

Bevriezing complex en ds breuk

Question 47

Welk eiwit zorgt voor reparatie ss breuken?

Answer 47

PARP-1

Question 48

Waar zorgt een PARP-1 remmer voor?

Answer 48

Verhoogd aantal ss breuken. waardoor er meer ds breuken tijdens replicatie komen

Question 49

Van welke recombinatie zijn ds breuken door parpremmers afhankelijk?

Answer 49

Homologe recombinatie

Question 50

Waarom heeft een normale cel geen last van een PARP-1 remmer?

Answer 50

BRCA gen is aanwezig, waardoor RAD51 de HR kan doen

Question 51

Wat is het effect van een PARP-1 remmer in tumorcellen?

Answer 51

PARP-1 remmer doodt BRCA deficiënte cellen

Question 52

Waarom werkt een PARP-1 remmer minder in borstkanker?

Answer 52

BRCA deficiënte hebben vaker POLQ, een derde recombinatie techniek

Question 53

Hoe werkt hyperthermie op tumorcellen?

Answer 53

Lokaal verwarmen naar 41-42 graden, waardoor er minder RAD51 ophoopt op de DNA schade, omdat het BRCA-2 eiwit onstabiel wordt bij een verhoogde temp

Question 54

Icm welk ander middel werkt hyperthermie?

Answer 54

PARP-1 remmer, omdat je door de hyperthermie de cellen eigenlijk BRCA deficiënt maakt, waardoor de PARP-1 remmer wel werkt

Question 55

Hoeveel waterstofbruggen zitten er tussen A en T?

Answer 55

2

Question 56

Hoeveel waterstofbruggen zitten er tussen C en G?

Answer 56

3

Question 57

Hoe werkt PCR?

Answer 57

Denaturatie bij 90-95 graden, de strengen gaan uit elkaar Hybridisatie bij 50-60 graden, primer komt erop Elongatie bij ongeveer 72 graden, taq-poly plaatst nieuwe nucleotiden

Question 58

Wat is single molecule NGS?

Answer 58

Sequentie van afzonderlijke moleculen wordt bepaald

Question 59

Wat is massively parallel NGS?

Answer 59

in 1x groot aantal moleculen sequencen (snel)

Question 60

Wat zijn reads?

Answer 60

Sequentie van 1 molecuul

Question 61

Welke 2 NGS methodes heb je?

Answer 61

Amplicon enrichment Hybridization capture

Question 62

Hoe werkt ampicon enrichment?

Answer 62

PCR + adapters aan de uiteinden

Question 63

Hoe werkt hybridization capture?

Answer 63

Reads gebruiken om bepaald stuk DNA te markeren, waarna pull down plaatsvindt

Question 64

Wat is coverage?

Answer 64

Hoeveel x afgelezen, hoe hoger hoe deeper

Question 65

Wat is VAF?

Answer 65

Variant allel frequentie, aantal keer variant t.o.v. referentie

Question 66

Wat is WGS en WES?

Answer 66

Whole genome sequencing en Whole exome sequencing

Question 67

Wat is incidentie?

Answer 67

Nieuwe gevallen in periode/populatie

Question 68

Wat is prevalentie?

Answer 68

Bestaande gevallen/populatie

Question 69

Wat is de crude rate?

Answer 69

Ruwe incidentiecijfers

Question 70

In welk gen zit FAP?

Answer 70

APC gen

Question 71

In welk gen zit lynch?

Answer 71

MLH1, MSH2, MSH6 en PMS2

Question 72

Vanaf welke leeftijd screening voor CRC bij lynch en om de hoeveel jaar?

Answer 72

25 jaar, om de 2 jaar

Question 73

Vanaf welke leeftijd screening voor CRC bij FAP en om de hoeveel jaar?

Answer 73

10-12 jaar, screening om 2 jaar

Question 74

Wat is compound heterozygoot?

Answer 74

Patient met 2 gemuteerde allelen met verschillende mutaties in beiden

Question 75

Wat is NBS?

Answer 75

Nijmegen Breakage Syndroom

Question 76

Hoe erft NBS over?

Answer 76

AR

Question 77

Wat is incomplete penetrantie?

Answer 77

Bij AD wel mutatie hebben maar geen ziekte (en dus drager zijn)

Question 78

Wat is een aneuploïde cellijn?

Answer 78

Geen veelvoud van 46 chromosomen/cel

Question 79

Welke 6 fases zijn er in de mitose en wat is kenmerkend?

Answer 79

Interfase: Terugkeer normale vorm Profase: chromosoomcondensatie Prometafase: geen kernmembraan Metafase: regelmatige ordening van de chromosomen in equatoriale vlak Anafase: migratie van de chromatiden naar de polen Telofase: chromosomale decondensatie