week 2 Flashcards
Wat voor ziekte is kanker?
Opeenstapeling mutaties (stochastisch)
Kanker = ouderdomsziekte, vanwege opstapeling mutaties
Wat zijn puntmutaties?
- Kleine veranderingen op basepaar niveau
- Transities (purine –> purine (A/G); pyrimidine –> pyrimidine (C/T)) (A wordt G of C wordt T bv)
- Transversies (purine –> pyrimidine of vice versa)
- Kleine inserties/deleties
Wat zijn chromosomale afwijkingen?
- Grote veranderingen; waar te nemen op chromosomaal niveau
- Translocaties
- Amplificaties
- Deleties
- Numerieke afwijkingen
Wat kunnen de oorzaken zijn van DNA schade?
- Chemische instabiliteit
- Chemische verbindingen
- Biologische stoffen
- Fysische agentia
- Foutieve replicatie
Wat voor soort DNA beschadigingen zijn er?
- Chemische adducten
- Intrastreng crosslinks
- Interstreng crosslinks
- DNA strengbreuken
- Basepaar mismatches
Wat gebeurt er bij deaminatie van basen?
–> verandering complementariteit (replicatie induceert mutatie)
Welke chemische adducten verstoren de DNA dubbelhelix niet?
- Spontane hydrolyse
- Deaminatie
- Oxidatieve DNA schade
Wat zijn endogene stoffen?
- Endogene stoffen: zuurstof; oxidatieve DNA schade
Zuurstofradicalen: geproduceerd door metabole processen (energie productie)
Reactive Oxygen Species (ROS)
Wat is benzo(a)pyreen?
- Benzo(a)pyreen: aanwezig in sigarettenrook
Metabolisch geactiveerd: wordt omgezet in cellen in benzo(a)pyreen diol epoxide (BPDE) –> dit is de boosdoener –> kan binden aan DNA
Dit leidt dus weer tot verandering in complimentariteit (replicatie induceert mutatie)
Wat zijn de kenmerken van BPDE?
- Veroorzaakt chemische adducten die de DNA dubbelhelix verstoren
- BPDE reageert voornamelijk met G residue
- Tegenover G-BPDE wordt een A residue ingebouwd (ipv C)
- Veroorzaakt dus puntmutatie
Wat doet UV?
UV: intrastreng DNA beschadigingen door straling
UV veroorzaakt pyrimidine dimeren –> intrastreng, dus binnen 1 streng
Welke 2 soorten excisie (uithalen) reparatie mechanismen zijn er?
- Base Excisie Reparatie (BER)
- Nucleotide Excisie Reparatie (NER)
Wat is BER?
- Enzymatisch proces
- Herstel van kleine adducten (oxidatieve DNA schade, deaminatie van basen, ssDNA breuken)
Welke 3 stappen zijn er in de DNA schade reparatie?
- Herkenning DNA schade (DNA glycosylase)
- Excisie DNA schade (DNA glycosylase & AP-endonuclease)
- Herstel (DNA polymerase en ligase)
Wat houdt stap 1 van de DNA schade reparatie in?
DNA schade herkent door een schade-specifieke DNA glycosylase
* Deaminatie: uracil DNA glycosylase (UNG)
* UNG verwijdert ongewenste uracil
* Creëert een abasische plaats (AP) (plaats zonder een purine of pyrimidinebase)
Wat doen glycosylases?
- Glycosylases scannen het DNA
- Herkenning vreemd nucleotide door ‘base flipping’
Wat doet OGG1?
Oxidatieve DNA schade: 8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)
* OGG1 hydrolyseert de N-glycosyl verbinding tussen deoxyribose en 8-oxoG * Creëert een abasische plaats (AP)
Hoe gaat BER?
- DNA schade herkent door een schade-specifieke
DNA glycosylase; creëert een abasische plaats - Endonuclease herkent AP-site en maakt een
knip in het DNA; AP-site wordt verwijdert. - Herstel: DNA polymerase en ligase
Wat is NER?
Herstel van grote adducten (cyclopyrimidine dimeren; 6-4 fotoproducten; bulky adducten)
Wat zijn de stappen van NER?
- Herkkenning van de DNA schade
- Openen van omringende DNA
- Verwijderen DNA schade (en aangrenzende gebieden van dezelfde streng)
- Herstel: DNA synthese/ligatie
Hoe wordt de dubbel helix geopend?
Dan komen eiwitten zoals XPG om een knip te maken in het DNA –> DNA schade weggehaald
Daarna hersteld door ligase
Maar er kan ook gebeuren dat de transcriptie geblokkeerd wordt –> zie rechterplaatje
Alle complexen terugduwen zodat DNA schade weer kan worden hersteld
Wat is XP en wat zijn de klinische symptomen?
Xeroderma pigmentosum (XP): autosomaal recessief
Wat zijn de klinische symptomen van XP?
* Zongevoeligheid
* Droge, harde huid
* Pigmentatie afwijkingen
* Cataract
* Huidkanker (>1000x↑)
* Versnelde neurologische achteruitgang
Wat is de oorzaak van XP?
- Ten minste 8 genen XPA,XPB,.. XPG
Hoe worden kinderen met XP genoemd en wat moeten ze allemaal doen?
Kinderen met XP worden ook wel ‘children of the moon’ genoemd
* rigoreuze bescherming tegen blootstelling aan UV- en zonlicht * speciale beschermende kleding (ESA/ NASA * regelmatige dermatologische controle en behandeling (incl. chirurgie) * Camp Sundown