Virus Flashcards
Vad innebär virulens?
- Specifik egenskap som mikroorganismen har som ger upphov till ökad förmåga att överleva och föröka sig
- Alltså kan även virus som inte ger symptom ha goda virulensegenskaper
- Patogena virus har förmågan att överleva (hög virulens) men har förmågan att inducera starkt immunsvar också
Var är epidemologi?
Läran om hur sjukdomar sprider sig i samhället
Vad är ett virus?
Hur många och vilka typer av proteiner har det?
- Obligat parasit – beroende av levande celler för replikation
- Virus har i regel 10-15 proteiner, ofta multifunktionella (i början en funktion, senare en annan)
Vad kallas den fysiska viruspartikeln?
Virion
Vilka två typer av kapsider finns det?
Vad innebär tropism?
- Den/de organ/celler som ett virus har specificitet för
- Bred tropism ex jonkanaler som receptor (finns hos många celler)
- Smal tropism ex vissa kolhydratstrukturer som kanske bara finns på leverceller (hepatit)
Hur kan viruset ta sig in i cellen?
- Kan smälta in
- Receptormedierad endocytos (kan sedan frigöras därifrån)
- En del virus mer komplexa
- Kan fästa till huvudsaklig receptor men behöver coreceptor också att smälta samman med, (HIV, Herpes),
- kemokinreceptor Co-receptor för HIV-1, vissa saknar en funktionell sådan och blir därmed immuna
- Kan också mutera och byta co-receptor (HIV t ex, olika individer påverkar viruset (mutationer) byter tropism)
- Kan fästa till huvudsaklig receptor men behöver coreceptor också att smälta samman med, (HIV, Herpes),
Hur sker virusets replikation?
8 steg
På vilka två vanliga sätt kan viruset lämna värdcellen?
- Måste hitta något att fästa till (ofta receptor, eller annan struktur
- Penetration (endosom, eller penetrera på annat sätt)
- Uncoat – klär av sig kapsiden (har sönder den helt eller delvis) kan ske genom dissociation, virala enzymer eller värdcellsenzymer
- Transkription, +RNA/DNA tillverkar virala proteiner, eller – RNA/DNA som görs om translateras till virala proteiner
- Translation
- Syntetisera ny arvsmassa och virusproteiner (4-6 sker i symbios)
- Ansamlas monteras till nya viruspartiklar kapsider
- Egress viruset lämnar för att spridas till nästa cell (avknoppar (virusfabrik ev) eller får cellen att brista (lysera) och viruset fälls ut i virusmoln
Vad är signifikant för pluspolariserat RNA?
Är likt mRNA och kan därför läsas av direkt till proteinsyntes
Vad är signifikant för minuspolariserat RNA?
Vad är den beroende av som är vad?
Okänt för värdcellen och kräver därför RNA-beroende RNApolymeras, både transkriptas och replikas, antingen färdigt i viruspartikeln eller kodat som pluspolariserat RNA. Virusets egna polymeras är snabba och har få/inga proofreading-mekanismer vilket ger många mutationer
Varför replikeras ett pluspolariserat RNA i regel snabbare än ett minuspolariserat?
-
Pluspolariserat RNA: Är likt mRNA och kan därför läsas av direkt till proteiner
- är snabbare då det inte kräver mellansteg
Hur fungerar ett retrovirus?
Har +RNA men kodar för ett omvänt transkriptas som är ett RNA-beroende DNA-polymeras som bildar en komplementär DNA-sträng från en RNA-mall. Detta DNA-fragment kan integreras i värdcellens genom (mha enzymet integras) och kan då använda värdens maskineri för replikation, proteinsyntes mm
Hur fungerar dubbelsträngat RNA?
Samma mekanismer som plus- och minuspolariserat RNA
Vad är signifikant för DNA-virus?
Vad kräver det?
Hur ser tidsaspekten ut gällande replikering och varför?
- Enkel (s) eller dubbelsträngat (ds) (vanligast)
- Kräver DNA-beroende DNApolymeras, enhancer, transkriptionsfaktorer och promoter. Detta kan antingen vara värdcellens eller virusets.
- Då DNA-virus måste integreras i genomet tar det längre tid att replikeras och utöva verkan genom translation osv än för RNA virus.
- Tiden mellan avklädning och viral proteinsyntes kallas eclipse period och under denna period kan virusinfektionen inte upptäckas av kroppens immunförsvar.
Varför finns vRNA-beroende RNA-polymeras och vad gör det?
Både plus- och minus-RNA virus är beroende av RNA-beroende RNA-polymeras för replikation av arvsmassan.
Vad gör ett vDNA-polymeras?
Vad gör ett omvänt RNA-polymeras?
Vad gör vProteaser?
- vDNA-polymeras hos DNA-virus (förökar och replikerar viralt DNA)
-
vOmvänt RNA-polymeras hos retro och hepadnavirus (finnns i vår arvsmassa)
- Omvänt transkriptas som bygger om till DNA som kan integreras i våra kromosomer som sedan ger RNA
- vProteaser, enzymer som klipper upp proteiner så de kan gå ihop och bygga upp nya kapsider och virus
Vad styrs replikationsförmågan av hos ett virus?
- Värdspecificitet (humana virus är humanspecifika, alla djurarter har egna varianter
- Mottaglighet (vi är olika mottagliga, olika mängder av cellreceptorer, vissa är defekta, saknar receptor eller har felaktiga receptor (blir då resistenta), t ex mot en viss typ av HIV (CCR5-delta 32 är en muterad receptor (gör CCR5 icke funktionell) vanligare hos människor i Norden vilket leder till immunitet mot HIV-1
Vilka fyra resultat av viruset kan virusinfektion i mottaglig cell ge (kan ske i samma kropp)?
- Produktiv – i rätt celler, ger nya infektiösa virus
- Restriktiv – cellen tillåter inte viruset att föröka sig, blir ingen spridning, kortvarig
- Abortiv – ökänt slarviga, inget infektiöst virus producerat, pga mutationbenägenhet
- Latent – etablera sig och leva i harmoni, symbios med cellen (kan ge sjukdom hos gammal)
Vilka öden har cellen vid virusinfektion?
- Transformation till tumörcell (förlorar kontroll över celldelning), ex retrovirus
- Lysis – cellen blir utmattad och brister
- Persistent – virus i harmoni med cellen utan att skada den nämnvärt, förökar sig hela tiden milt – herpes ex
- Latent – arvsmassa i cellens kärna, uttrycker väldigt lite virusprotein eller inget – (kan finnas resten av livet), kan aktiveras och infektionen bryter ut
Vilka tre faser har viruset?
- Fäster först till cellvägg
- Eklipsperiod (letar sig fram till cellulära strukturer där syntesen kan komma igång)
- Intracellulär till extracellulär
Vilka skillnader finns mellan bakterie och virus gällande
Tillväxt utanför cell?
Självständig proteinsyntes?
Yttre höljen?
Mottaglighet för antibiotika?
Reproduktionssätt?
Nukleonsyra?
Vad är ett endogent retrovirus?
- Humana endogena retrovirus är de 8 % av vårt genom som liknar och troligen härstammar från retrovirus. Dock replikeras endast 0,1-0,5 % av dem
Hur är influensaviruset uppbyggt?
Latinskt namn?
Influensa (Orthomyxoviridae)
-
-ssRNA-virus av 3 typer: Influensa A och B med genom i 8 segment och influensa C med genom i 7 segment
- Höljeförsedd
- Subtyper av influensa A beror av kombinationerna av de olika höljeproteinerna (spikes) de har, HA/Hemagglutinin (18 olika) och NA/Neuroaminidas (11 olika)
-
H1N1, H2N2 och H2N3 är ex på humananpassade
- Det röda på bilden är RNA-beroende RNA polymeras
- Helikal kapsid, membranförsett (troligen deriverat från värdcell)
Vad innebär det att influensaviruset har genetisk drift?
Ge också ett exempel när detta kan gynna viruset
- Saknar RNA-proofreading-enzymer varför mutationer är vanliga (1/10 000 nukleotider = nästan varje nytt RNA-virus är mutant)
- Stjälklängd – En mild icke patogen influensa kan cirkulera i stora anläggningar med ex kyckling varpå aminosyror byggs på i stjälklängder på ex NA
Vad bildas antikroppar mot gällande influensaviruset?
- Bildas i regel mot hemaglutenin
Vad är influensavirusets RNA-beroende RNA-polymeras uppbyggt av?
- Byggs upp av subenheterna PB1, PB2 och PA
Vilka är influensavirusets virulensfaktorer?
- NA (ex dess stjälklängd), HA, RNA-beroende RNA-polymeras (PB2 framför allt, kan vara extra snabb (flera potenser) att producera RNA) och M2
-
NS1 – blockerar RNA (syntes av interferoner i cellen och interferonreceptorer / även apoptosblock)
- Kan också spridas till andra celler och påverka deras förmåga att reagera på infektionen
- Var extra stark vid spanska sjukan
- Längden på HA och NA avgör patogeniciteten, där långa proteiner är mer aggressiva
Vilken struktur har herpesviruset?
- dsDNA-genom
- Icosahedral kapsid
- Ytterligare hölje med tegumentprotiner
- Innehåller bland annat virala proteiner som behövs för att manipulera cellen
- Membran av fett (envelope), med glykoproteiner
- Stort virus 150-200 nm
Vilket förlopp har herpesviruset?
Förlopp
- Efter inbindning (HSV-1 t ex fäster med glykoproteiner till heparansulfat), kommer närmre och kan fussionera med hjälp av fettlöslig del, kläs viruset av till DNA som kan migrera till cellkärna där replikation av DNA- samt transkription av virala gener sker
- Vid symptomatisk infektion transkriberas gener som leder till cellens undergång
- Men i vissa värdceller ackumuleras latency-associated transcript (LAT) vilket gör att den kan finnas kvar då den läggs i genomet sovandes (gökägg) i perfiera neurala celler som kan aktiveras vid sänkt immunförsvar
- Inga symptom
- Syntes av herpesvirusproteiner sker i tre stadier
- Immidiate-early
- Sker initial avläsning av viralt mRNA, dessa proteiner går tillbaka in i cellkärna för att stödja replikation och mer proteinsyntes (reglerar Early och Late-gener)
- Early
- Replikering av viruset
- Late
- Dessa proteiner formar kapsid och ytreceptorer på nytt virus (bygger upp nytt virus), som paketeras i kärnan
- Immidiate-early
- Kan sedan knoppa av först från nukleus och ytterligare del av hölje från golgi och cellmembranet (olika grad av höljen på virusen)
Vilka olika typer av virusinfektioner finns det?
- Akut självbegränsande infektion (influensa)
- Kroniska – tillfrisknar med en liten produktion (hepatit B)
-
Latent – helt tyst men kan aktiveras långt senare (herpes), (bältros)
- Kroniska och latenta kan aktiveras vid sänkt immunförsvar
- Neurotropa, börjar ofta infektera respiratoriska membran, letar sig sedan fram i nervbanor och planterar sig i neuron, finns där som små gökungar (stress eller läkemedel kan aktivera dem på nytt) och virus kan vandra tillbaka med nervbanan och ger bältros eller nya blåsor dit nervände når) (VZV (vattkoppor), HSV (herpes))
- Kronisk infektion efter akut infektion (HIV/AIDS)
- Kroniska långsamma infektioner – ingen akut fas, även prionliknande sjukdomar
Beskriv virusets core – nukleoprotein – kärna
- RNA eller DNA
- dubbelsträngat (ds) eller enkelsträngat (ss)
- linjärt (lättare infiltrera genom) eller cirkulärt (lättare för polymeras att läsa av)
- omgiven av kapsid (tät proteinstruktur)
Vad består kapsiden (skalet) av och vilken form har den (vem är mest stabil)?
- Består av ett antal identiska proteinenheter (”bollar”) kapsomerer
- Kapsidens form antingen helikal-eller oftast ikosaedral då den är mest stabil
Kärnan plus kapsiden
Nukleokapsid
Vad är ett matrixprotein hos viruset?
- Stödjande hölje under yttre hölje
Vad innebär ett naket virus?
- Bara nukleinsyra och kapsid.
- Tåliga mot syra och torka
Vad innebär ett enveloped virus?
-
Kapsid med omslutande lipidmembran (stulits från cell)
- Viktigaste virulensfaktorn (styr hur virus hittar fram liksom
-
Höljeprotein (spikes) är en proteinenhet som sticker ut ur virion-ytan, består oftast av glykoprotein
- Kan ibland skjutas iväg men sitter oftast fast
- Kallas peplomer på adenovirus
- Mindre tåliga och måste smittas via ”vätska”, ex aerosol, avföring, blod
- eter förstör höljeförsedda virus, (en typ av typtestning)
Ge tre exempel på DNA-virus
Adenovirus, parvovirus, herpes
Ge tre exempel på RNA-virus
Ortomyxo (influenza) och paramyxo (mässling), HIV
Vilka två typer av RNA samt DNA-virus finns det avseende kapsid?
RNA
- Ikosahedral – fotboll – kan vara nakna eller inte
- Helikal – tub – har alltid hölje
DNA
- De flesta DNA är ikosahedrala
- Comlex är speciell, liknar inte de andra (smittkoppor – utrotat)
Herpes - kapacitet att utveckla latent eller kronisk infektion, vilka herpesvirus tillhör alfa-herpesvirus?
Vad infekterar de?
- Herpes simplex (genus) typ I och II (HSV-1, HSV-2), samt varicella zooster (vattenkoppar) (nr 3)
- Infekterar sensoriska neuron och förmågan att ligga latent (HSV-1 Kan förekomma i många olika celler)
- Snabbt replikerande
Vilka herpesvirus hör till betatypen?
- CMV (nr 5), cytomegalovirus, ca 70 % av befolkningen. Ligger ofta latent och är ofarlig så länge man inte är immunologiskt nedsatt. Infekterar B-, T-celler, monocyter mm. CMV bredast. Kan ge problem hos äldre, blodsjukdomar, lunginflammation
- Bredast av dessa
- Herpesvirus 6 (pussar från föräldrar)
- Herpes 7 (cancer- och AIDS-patienter)
- Långsam replikation
Vilka herpesvirus hör till gammatypen?
- EBV (Epstein-Barr-virus) (nr 4)
- Infekterar B-celler och kan ligga latent i minnesceller. Har dålig replikationsförmåga. Körtelfeber
- Herpesvirus 8 (ger godartade tumörer hos HIV-patienter (AIDS)
- Långsam replikation
- EBV bredast
Hur kan herpesvirus störa/lura immunförsvaret?
- Proteiner täpper igen TAP-systemet, förhindrar presentation av virala peptider på MHC klass I. (HSV-1)
- Virala cytokiner
- Ger Th2-immunsvar, immunsvaret stimuleras till B-celler och antikroppsproduktion som inte når virus då de är intracellulära (kan nås när de sprids och tillfälligt är extracellulära, men detta stoppar inte en viral infektion)
- Bildar miljö runt cellen, tillåter inte att cytotoxiska T-celler hittar dit
- Har förmågan att bilda syncyticum, vilket gör att de kan spridas ”icke-extracellulärt” och därmed inte upptäcks lika lätt av värdens immunförsvar
- EBV kan ex störa transport till proteasom