uvod, aminokisline, proteini Flashcards
enota angstrom
kcal/mol v kJ/mol
1A = 10-10m
1kcal/mol = 4,18kJ/mol
zakaj DNA bolj stabilna od RNA
na 2’ C atomu ima deoksiriboza samo H, zato bolj stabilna
riboza ima OH
virusi podvojevanje genoma
virusi genom v obliki RNA
podvojevanje:
-reverzna transkriptaza (virusni encim)
RNA → DNA-RNA hibrid → ssDNA → dsDNA
-replikaza (podvoji RNA, RNA-RNA vijačnica)
start
stop kodon
degeneriran genetski kod
start: AUG
stop: UAA, UAG, UGA
degeneriran genetski kod= za eno ak je več kodonov
kateri od kodonov se pojavi, vpliva na to kako hitro se bo protein sintetiziral
prekinjenje kodirajoče regije v DNA
evkariontska celica:
-EKSONI: se ekspresirajo, kodirajoče regije (12-150 baz→ 40-50ak)
-INTRONI: nekodirajoče regije (50-20000baz)
nekovalentne vezi:
elektrostatske vezi
H vezi
Van der Waalsove
hidrofobne interakcije
aminokisline
katere se vgrajujejo v proteine
fiziološki pH
absorbcijski spekter
transmitanca
v proteine vgrajujejo L-ak
fiziološki pH= 704 zwitterion (ion dvojček)
His pKa blizu fiziološkega, in vivo v dveh ionskih oblikah
A: aromatske ak (Trp, Tyr), pi elektroni absorbirajo pri 280nm
transmitanca (kar gre skozi, največ 1)
teža ak ostanka
zapis
položaj stranske verige
ak ostanek = 110Da
zapis N konec proti C koncu
stranska veriga v trans položaju
določanje primarne strukture AK
-EDMANOVA RAZGRADNJA
cepimo 1 ak ostanek (reagent feniltioizocinat)
identifikacija nastalega feniltiohidantoinskega derivata
preostanek proteina v nov ciklus
-AVTOMATSKI ANALIZATOR - SEKVENATOR
zaporednje 50ak, potrebna predhodna fragmentacija
HPLC kolona, za vsak ak ostanek določen čas
-FRAGMENTACIJA PROTEINOV NA TOČNO DOLOČENIH MESTIH
kemijske cepitve (CNBr) cianogen bromid cepi za Met
encimske cepitve na karboksi/aminski strani
homologi
statistična analiza zaporedij
za zaporedja daljša od 100 ak, kakšno mora biti ujemanje %
-PARALOGI (mioglobin, hemoglobin)
znotraj enega speciesa
nastali z podvojitvijo gena
ni nujno enaka funkcija
skupen evolucijski izvor
-ORTOLOGI (mioglobin ovca, mioglobin krava)
v različnih speciesih
podobne/ identićne funkcije
statistična analiza: gledamo ujemanja pri vseh možnih drsenjih/ slajdanjih
uporaba vrzeli: gap (zaradi inserci in delecij)
pogostost zamenjav (Ile → Val)
>25% sta homologa
<15% ne gre za signifikantno podobnost
peptidne vezi
C-N vez krajša: 1,32A
resonanca
6 atomov v ravnini→ rrotacija N-Ca in Ca-C
rotacija okrog peptidne vezi NI mogoča
možne samo določene kombinacije kotov: Ramachandrov diagram
sekundarne strukture
-a VIJAČNICA
stabilizirana z H vezmi (4. NH skupina donor za 1. CO)
H vezi vzporedne, iz strukture štrlijo R
en obrt 3,6ak in 5,4A
skoraj vedno desna vijačnica
fibrilarni proteini
destabilizirajo jo: ak z velikimi R, nabite R (če je enak naboj), Pro (ne sodeluje pri H vezi), več Gly destabilizira
-b STRUKTURA
paralelne ploskve: H vezi pod kotom
antiparalelne: stabilnejše, H vezi v liniji
preference ak z majhnimi R
-b ZANKE
veriga spremeni smer, 4 ak ostanki, H vez med 1. in 4.
zelo pomembna pri globuralnih proteinih
Pro in Gly
-sigma ZAVOJ
večje zanke 6 do 11 ostankov, namenjene interakcijam in prepoznavanju
kako se zvijajo proteini
ali se lahko nativni protein razvije
spektroskopska metoda
bolj kompleksni proteini rabijo pomoč pri zvijanju:
šaperon
šaperonin (sodček), ATP
razvitje proteina:
-reducenti (prekinitev disulfidnih mostičkov)
-denaturanti: organska topila (etanol, acetob), urea, detergenti, kislie, baze
razbijejo se nekovalentne interakcije
cirkularni dikroizem (CD)= spektroskopska metoda, značili CD spektri ek. struktur in denaturiranega proteina
krožna polarizirana svetloba
različna absorbanca tiste ki se vrti levo ali desno
določanje 3D strukture
-rentgenska difrakcijska analiza
snop rentgenskih žarkov, gledamo uklon
-NMR (jedrska magnetna resonanca)
kateri atomi v proteinu so si blizu
mioglobin in hemoglobin
biološka vloga
struktura
afiniteta do O2
Hb alosterija
-biološka vloga:
Mb lokalna rezerva kisika, srce in skeletne mišice
Hb prenos kisika na daljše razdalje, eritrociti
-struktura: pretežno a vijačnica
Mb monomer
Hb oligomer HbA (odrasel dve a in dve b), HbF (fetus, dve a in dve gama)
vse imajo hidrofobni žep
prostetična skupina HEM, planarni obroči z Fe2+
-afiniteta do O2
Mb: hiberbolična odvisnost, večja afiniteta, hitro veže O2, shranjevalec
Hb: manjša afiniteta, prenašalec, kooperativni efekt (vezava O2 premakne Fe v ravnino)
T (tense) kisika ni vezanega
R (relaxed) vezan kisik
2,3-bifosfoglicerat, veže na Hb, stabilizira T, produkt glikolize
v fetusu ga je manj
Hb-alosterija
na Hb se veže druga molekula, ampak ne na aktivno mesto
-homotropni, pozitivni: O2
heterotropni, negativni: 2,3-BFG, CO2
