encimi Flashcards
haloencim=
haloencim= apoencim + kofaktor
kofaktor:
-kovinski ion
-koencim (organska molekula)
prostetična skupina = stalno vezana
kosubstrat= začasno
delitev encimov na 6 razredov
-OKSIDOREDUKTAZE
prenos e, npr. oksidaza, lahktat dehidrogenaza
-TRANSFERAZE
prenos skupin, večina potrebuje koencim
kinaza (prenos fosfatne sk.), DNA polimeraza
-HIDROLAZE
cepitev vezi z vstopom vode
proteaza, DNaza, RNaza
-LIAZE
katalizirajo nastanek dvojne vezi
-IZOMERAZE
katalizirajo strukturne spremembe znotraj iste molekule
-LIGAZE
katalizirajo spojitev dveh molekul (kovalentna vez) ob sočasni hidrolizi ATP
endo
eksopeptudaze
endopeptidaze: cepijo noter
eksopeptidaze: cepijo na koncu (aminopeptidaze, karboksipeptidaze)
aktivno mesto
majno področje, razpoka, specifično
vezava substrata z nekovalentnimi reverzibilnimi interakcijami
model kjuč ključavnica
model inducirane prilagoditve
več mehanizmov katalize
-kislinsko bazna
-kovinski ioni
-kovalentna
kislinsko bazna kataliza
v aktivnem mestu -NH3+ in -COOH
akceptor, donor protona, elektrostatske interakcije, stabilizacija prehodnega stanja
kataliza s kovinskimi ioni
lahko vezani na E ali S (Na, K, Mg, Cu, Zn, Fe, Ni)
z nabojem držijo substrat v pravilni usmeritvi
polarizira vez, sodeluje pri prenosu elektronov, stabilizira negativni naboj intermediata
kovalentna kataliza
nukleofilna funkcionalna skupina se poveže z S
nastan začasen kovalentni intermediat
razpad kovalentnega intermediata
npr. serinska proteaza
kofaktorji- kovinski ioni
neproteinska komponenta v aktivnem mestu
esencialni in potrebni v majhnih koičinah
metaloencimi (30%)
Fe-S klastri/gruče
kofaktorji koencimi
neproteinska komponenta v aktivnem mestu
-kosubstrati: šibko vezani
-prostetske skupine: tesno vezane
po reakciji ne iztopajo iz encima
večina koencimov se sintetizira iz prekurzorjev→ vitaminov
naštej kosubstrate
ATP
NAD+ (anabolične r.) in NADP+ (katabolične)
koencim A
tetrahidrofolat
ubikinon (Q)
naštej prostetske skupine
FAD in FMN
tiamin pirofosfat (TPP)
peridoksal fosfat (PLP)
biotin
adenozil kobalamin/ metilkobalamin
lipoamid
reverzibilni inhibitorji
se vežejo na encim in od njega tudi oddisocirajo
-kompetitivni: vežejo na aktivno mesto
podobni substratu,
vpliva le na Km, ne pa na v max
-akompetitivni in mešani
inhibitor se veže na drugo mesto, E in S se hkrati vežeta
model MWC
model KNF
pri oligomernih proteinih: iz več podenot
MWC= usklajen model
načelo vse ali nič
podenote so vse v obliki T ali R
KNF= sekvenčni model (možna oblika RT)
vsaka enota se samostojno konformacijsko spremeni, spremembe so zaporedne
poveča afiniteto za vezavo naslednnje molekule S
celično uravnavanje encimske aktivnosti
kovalentne modifikacije (na aktivnem mestu v encimu)
aktavna in neaktivna oblika
-proteolitočen razcep: proteolitična cepitev na točno določenem mestu
-izoencimi: katalizirajo isto reakcijo, imajo različne kinetične lastnosti
