nukleinske kisline Flashcards
nukleotidi
nukleozidi
nukleinske k
nukleotidi= sušikova baza+ sladkor + ena ali več fosfatnih skupin
nukleozidi= sladkor + baza (N9 ali N1) povezani z glikozidno vezjo
nukleinske k= polimeri nukleotidov povezani z 3’ 5 ‘ fosfodiesterskovezjo
zaporedje zapisujemo 5’ → 3’
krajše zaporedj nukleotidov= oligonukleotidi
tri oblike heliksa DNA
hiperkromni efekt
B, A (desna) in Z (levi)
B prevladuje
A ob dehidraciji (stisnjena v smeri osi)
Z kratki segmenti
hiperkromni efekrt: denaturirana DNA absorbira močneje kot nativna
nukleosom
nukleosom= histon (8) + navita DNA (147bp)
pri bakterijah DNA krožna dodatno zvita na drugačen način: katalizirajo topoizomeraze
NUKLEAZE
oz. fosfodiesteraze
DNaza, RNaza
endo in eksonukleaze
tip A cepijo vez s 3’OH, tip B cepijo s 5’OH
restrikcijske nukleaze (restriktaze)= najbolj specifične
→ bakterijski encimi, prepoznajo palindromska zaporedja (4 do 8nt)
replikacija
encimi in potek
nova veriga gre 5’→3’
-GIRAZA: (topoizomeraza), odvije DNA
3 koraki: cepi eno izmed verig, se prestavi preko te cepitve, ponovno veže DNA
-HELIKAZA: razprtje DNA, prekine H vezi (s hidrolizo ATP), spremeni se afiniteta do druge verige
-PROTEINI SSB: vežejo na enoverižno DNA, stabilizirajo izpostavljene regije (zaščita pred nukleazami)
-PRIMAZA (=RNA polimeraza) sintetizira kratko zaporedje RNA, prosta 3’ OH skupina, omogoča delovane DNA polimeraze III (pri vodilni to naredi 1x, pri zaostajoči za vsak okazikijev fragment)
-DNA POLIMERAZA
DNA polimeraza III podaljšuje verigo
DNA polimeraza I z eksonukleazno aktivnostjo odstrani RNA primer v smeri 5’→3’
-DNA LIGAZA
katalizira nastanek fosfodiesterske vezi (ATP)
DNA polimeraza
bakterije
evkarionti
bakterije
DNA polimeraza III: glavni podvojevalni encim
polimerazi I in II kontrolno branje, popravljanje napak
polimeraza I (posebnost!): eksonukleaza v obe smeri
polimeraza II: eksonukleaza
evkarionti
DNA polimeraza III, 10 podenot
podenota beta objame DNA
obe verigi se sintetizirata istočasno z eno asimetrično DNA polimerazo III→ zanka zaostajoče verige
prosti konci DNA
prosti konci= telomeri
vzdržujejo stabilnost genoma, nekodirajoče TTAAGGG ponovitve, na 3’ koncu
telomere se z vsako celično delitvijo skrajšajo (replikativno staranje)
telomeraze so aktivne le v embrionalnih in rakavih celicah (nesmrtne celice)
telomeraza= proteini + RNA, podaljšajo 3’ konec→ DNA polimeraza lahko konča zaporedje
vodilna veriga se prepiše do konca, zaostajoča pa se ne more (zaradi RNA primerja)
popravljalni sistemi mutacij
spontane mutacije
pei E. coli→ v sintetizirani DNA metilacija citozinov
popravljalni mehanizem ve, da je napaka v nemetilirani verigi
endonukleaza cepi eno fosfodiestersko vez, odstranitev nukleotida z eksonukleazo
spontane mutacije:
-odcepitev baz: purinske paaze hidrolizirajo ib N-glikozidni vezi (depurinacija)
-deaminacija heterocikličnih baz: odstrani se aminska skupina (C→U)
-tavtomerija baz : C se poveže z A
transkripcija
opis
iniciacija
terminacija
na regijo DNA (promotor) se veže RNA polimeraza
baza ki se prva prepiše: +1
RNA polimeraze potrebujejo ATP; GTP; CTP; UTP
potrebujejo Mg ione, NE potrebujejo začetnega oligonukleotida!
RNA pol I: rRNA
RNA pol II: geni
RNApol III: tRNA
iniciacija: promotorska regija (TATAA aliHognes)
vezava na promotorsko regijo → razprtje vijačnice → prepisovalni mehurček
RNA polimeraza NE popravlja napak
terminacija transkripcije
E. coli:
-protein ro: veže na RNA, potuje dokler ne prepozna zaporedja, prekine hibrid DNA/RNA
-lasnična zanka: zaporedje DNA narekuje nastanek lasnične zanke na RNA, poruči interakcija med RNA in RNApol
evkarionti mRNA
zorjenje mRNA
procesiranje mRNA na C-končno domeno največje podenote RNA polimeraze II
-dodajanje 7mG-kape: doda se na 5’konec
označitev zrele mRNA, zaščita pred ekdonukleazami
-izrezovanje intronov→ kompleks spliceosom (snRNA+proteinski faktorji = snRNP)
značilna zaporedja za izrozovanje intronov, kompleks katalizira tudi spajanje eksonov
-poliadenilacija 3’ konca: zrela mRNA dodan poli-A rep (ščiti pred razgradnjo)
-alternativno spajanje eksonov→ povečan nabor proteinov z določenimi funkcijami
