Translasyon Flashcards
Svedeg birimi (S)
Ultrasantrifüjde bi molekülün büyüklüğüne göre çökme hızının ölçüsüdür.
İntiation faktör (başlama)
IF 1-2-3
Elongation
Uzama
Termination and relase
Sonlanma ve bırakma
RF 1-2-3
Dejenere yapı
1 aanın birden fazla kodona sahip olması.
Wooble (sendeleme) hipotezi
- Baz eşlesmesinde gevşek davranır.
61 taneden daha az tRNA vardır. Yaklaşık 50-55 tane
Aminoasit aktivasyonu
AA+ATP = aminoaçil AMP
Aminoaçil tRNA sentetaz: (mg bağımlı) her aa için 1 tane
Aktifleşmiş complex AMİNOAÇİL - tRNA
tRNA daki ribozun 3. Csindeki OH ile aa Karboksil grubu arasında ester bağı oluşur. Su açığa çıkar.
20 tane sentetaz vardır!
Metionin tRNAsı
2 çeşittir. İlk ve diğerleri
IF3
Alt birimlerin etkileşmesini engeller
IF 1
A bölgesine bağlanıp ilk aa nın p bölgesine girmesini sağlar.
Shine dalgarno
Prok.
Başlama kodonundan önce
30S ribozomun 16S rRNA su ile uyum.
mRNA da bulunur bu diziler
IF 2
N formilmetiyonin getirici
GTP harcanır.( Alt birimleri birleştirmek için)
elF3
40s alt birime bağlanıp üst birim bağlanmasını engeller.
elF6 aynısını büyük alt birimde yapar
43 S komplex
elF2-GTP tRNAmet elF3 ve 40s alt birim
5’ şapkasını tanıyan
elF4F alt birimlerinden elF4E
elF4A
Helikaz
Önemli kıvırma komplexi= kalite kontrol
PABp
elF4G (bağlantı kuran)
elF4E
elF 1
Taramayı kolaylaştırır
AUG BULANA KADAR
elF5B katılması
GTP hidroliziyle komplexin ayrılmasını sağlar.
Sonrasında büyük alt birim bağlanır
EF-Tu
A bölmesine AA getirir. GTP harcanır.
Ef - TS GTP dönüştüren
Peptit bağı oluşumu
Büyük alt birimdeki peptidil transferaz tarafından
(Ribozim)(23S rRNA görevli)
P deki ester bağı çözünür. Amid bağı oluşur. (peptit bağı)
Pdekinin Karboksili A dakinin amini arasında
EF-G
Translokasyonu GTP enerjisiyle sağlar. (Adan Pye kayma) 1 GTP harcanır
Ökaryot notu
Ökaryor ribozomunda E bölmesi yoktur P bölmesinden direkt atılırlar.
Pro. Sonlanması
Durdurucu kodon A bölmesine gelince sonlanma başlar.
RF 1 uaa uag
RF 2 uaa uga kodonlarını tanır.
Bağlanınca peptidil transferaz hidrolaz olup ester bağını keser.
Rf 3 kolaylaştırma yapar.
En son ribozom ayrışmasını RF A bölmesine bağlanıp gerçekleştirir.EF-G bölme E ye kadar kaydırıp 2GTP harcar.
Ökaryot sonlanması
eRF1 tüm kodonları tanır.
eRF3 (GTPaz) ile sonlanmayı gerçekleştirir.
Protein katlanma prtnleri
Isı şoku proteinleri (HSP , şaperonlar) Hsp 70 (ko-translasyonel) Hsp 60 (post-translasyonel) (kafes modeliyle)
Prokaryot ve Ökaryotlarda aynıdır.
ATP harcanarak iş yaparlar
Prokaryotlarda başlangıç eş zamanlı
Sitoplazmada transkripsiyon devam ederken Translasyon da benzer bir hızla başlar.
İlk bulunan aminoasitler
Phe (UUU)
Lys (AAA)
Pro (CCC)
Glisin (GGG) stabil değildi. İlk deneylerde bulunamadı
tRNA
D loop
T loop
Antikodon loop
Ve 3’ ucunda CCA olmalı
İnozin
İnozin hipoksantinin toutomerisi
Yukarda çift bağ O yerine OH var
C-A-U ile eşleşebiliyot tRNA da iken
Ribozom
Bakterilerde =70s
30S (16S rRNA + 21 prt)
50S (23S + 5S + 34 prt)
Ökaryotlarda = 80s
40S (18S + 33prt)
60S (28S + 5.8S + 5S + 49prt)
Transkribe olan Pre rRNA ya dışardan proteinler gelip tutunur. Komplike şekilde Sitoplazmaya çıkarlar.
5S dışardan gelir. (kromozom 1)
Monosistronik
Sadece farklı ekzon birleştirme varyasyonlarıyla çeşitlilik olur.
Bakterilerde polisstronik. Zaman kazandırır.
N formilmetiyonin
Amino grubundan formik asitle amid bağıyla bağlanmış metiyonin
Prokaryotlarda başlangıç kodonu
Prokaryotlarda sonlanma
RF 1 UAA ve UAG yı tanır
RF2 UAA ve UGA yı tanır
RF3 yardımcı olur.
Bunlar A bölgesine uyarlar
Sonlanma sırasında 2GTP harcanır.
Ökaryotlarda ilk tanınma
5’ ucunda prokaryotlardan farklı olarak Cap yapısı vardır
Kozak dizisi başlangıç kodon unun etrafında yer alır.
İlk aa metiyonindir ama çoğu zaman aminopeptidazlarla kesilir. Başka bir aa ile başlar protein genelde.
Ribozomlar 2 farklı yerdedir. Bu proteinin kaderini belirler. ER de (disülfit bağı korunur)
elF4E
Prokaryotlardan farklı olarak ilk başta 5’ uçtaki şapkayı tanır
40s alt üniteyi getirir.
mRNA ilmiklenmesi
elF4E şapkayı (m7G) tanır
PABP (poli A bağlanan Prot.)
elF4G bunları bağlayıp ilmek yapan
Daha sonra elF2 aa getirir
Tanınmadan sonra elF5B GTP harcayarak komplexi dağıtır.
Başlangıçta GTP harcayan elF2 ve elF5B
Scanning
Tarama
elF2 katılmış komplex AUG bulana kadar tarama yapıyor
Bulduktan sonra elF5B tarafından komplex dağılır.
Tarama enerji isteyen bir olaydır (ATP)
Polizom
rRNA nın yarı ömrü bitene kadar sentez yapılır. 10-100 ribozomla
Yarı ömrü (poli A uzunluğu belirler)
Protein yapılanması
Primer yapı ilk dizidir.
Çıkar çıkmaz aralarında H. Bağlarıyla sekonder yapı oluşur.alfa heliks ve beta tabakalar şeklinde.
Tersiyer yapı moleküller arası etkileşimler ve disülfit bağlarıyla oluşur. Bunlara domein denir. (etkileşimler domeinler arasında olur.)
Domein etkileşimleriyle özel katlantılar oluşturmuş, ayrıldığında yapısı bozulmayan segmentlerdir.
Quarterner yapı yan grup etkileşimleriyle olur. Birden fazla subunit etkileşmeyen R kalmayana kadar bir araya gelir.
Protein katlanma hastalıkları
Kistik fibrozis
Alzheimer
Parkinson…
Ve yaşlanma (heterojen ve daha tolere edilebilir.)
(nörolojik ve kaslarda daha büyük sorun)
Post-translasyonel modifikasyonlar
Fosforilasyon (ser-thr-try) (genelde aktifleştirme)
Glikozilasyon (Asn-Ser-Thr)
Ubikitinasyon (Lys)
Sumolasyon
Disülfit bağları (cys)
Asetilasyon
Lipidasyon
Metilasyon
Hidroksilasyon
Kesilme/kırılma (kesilince Aktifleşen proteinler var)
Metallerle komplex oluşturma (hemoglobin)
Karbonhidrat yan zincir vs takılabilir.
Antibiyotikler bakteri
Tetracycline ( A bölgesine oturup bloklar)
Streptomycin (elengation basamağı bloke)
Chloramphenicol (peptidil transferaz bloke)
Mitokondriyi de etkilerler. Endosimbiyotik Hipotez kanıtlarından biri.
Puromcycin - Ökaryotlarda da var
Ökaryot antibiyotiği
Cycloheximide (translokasyon blokasyonu)
If 2 GTPsi ne zaman yıkılır.
Üst birim alt birime Bağlanınca yıkım gerçekleşir.
eRF1a
EF-Tu görevini yapan Ökaryot enzimi
RNA processing
Sadece Ökaryotlarda olur
Fleksibite
Esneklik
wooble Hipotez
Assembly
Proteinler nükleolusa girerek rRNA lara assembly olur.
Daha sonra beraber Ribozom oluşturup çıkarlar çekirdekten
Translasyon sonlanması not
Durdurucu kodon tanınınca su molekülü peptidil transferaz aktivitesini değiştirerek peptit bağının yıkımını sağlar.
