Epigenetik Flashcards
Kök hücreler
Totipotent (4. Bölünmeye kadar)
Politotent
Multipotent
Unipotent
Epigenetik
DNA dizisinde değişim olmaksızın, kromozomda/ DNA da stabil kalıtılabilir fentotipik değişimlerdir.
Epigenomik değişimlerin tümü DNA daki
Epigenetik kod farklı hücrelerde farklı fenotipleri koruyan epigenetik özellikler
Fosforilasyon
Ser, thr, tyr e
HDA geri dönüşümlü
Protein kınaz ve fosfatazlar tarafından
Nitrasilasyon
Histon deasitilazların sistein redüzünden NO grubu eklenmesi
Reprösörlerin ayrılmamasına neden olur.(-)
Ubikitinasyon
Lizin redüzüne bağlanır.
E1 E2 E3 enzimleri tarafından gerçekleştirirler. Proteozom yolağına sokar
Transkripsiyon gerçekleşir oluşan proteinlerin yıkımı!!
Sumolasyon
Sumo 1 2 3 prtleri ubukitin ile birleşip engeller
Kovalent olmayan histon modifikasyonlar
Histon takası ve kalıtımı Kromotin tamiri Nonkoding RNA etkileşimi Diğer ajanlarla etkileşim Uzak mesafe kromozom etkileşimleri Teratojenler heterokromotin ve histon modifikasyonlarını etkiler
DNA metilasyonu
CpG kümesinde sitozinin 5. Carbonunun metillenmesi (Gen kontrol mekanizması) DNA metiltransferaz Metil verici s-adenozil metiyonin (sam) Kalıtsaldır. CpG dışı metilasyonlar embriyonik kök hücrelerde gözlenir. X inaktivasyonu Genomik imriting (baskılama) Sporodit (kendiliğinden çıkan) kanserler
RNA interference (RNAi)
20-22nk çift zincirli kodlama yapmayan (antisens) RNA ların
mRNA yı parçalayarak veya engelleyerek yaptığı sessizleştirme
miRNA
İnsanlarda %60 etkili 22nk Her genden sentezlenebilir.(özgün) Pasha ve drosha Dicer Denatüre olup
Hem intron hem ekzondan sentezlenir.
miRNA geninden Transkribe olup saç tokası şekli oluşturur.
Drosha ve Dicer ile kesilir. 22nk çift iplikli olgun miRNA oluştururlar. RISC ile birleşince birbirlerinden ayrılırlar.
Bu komplex mRNA komplemente olur. Bloklayıp degrede eder
piRNA
Eşey hücrelerindeki tranpozabıl elementleri susturarak ekspresyonu düzenler. (Olumlu) (eşey hücresini korurlar)
siRNA da aynı görevli
IncRNA
Uzun kodlama yapmayan RNA lar
X inaktivasyonu (metile eder)(xıst bölgesi 100kb)
Bazıları kırmızı kan hüc. Gelişimini durdurur.
Aktivasyon yapabilir.
XIST inaktive yerden transkribe olur ve susturur.
TSIX aktiften olur.
piRNA
ncRNA (k. Kodlamayan) ve piwi etkileşimli RNA (piRNA)
Transpozabıl elementleri sustururlar.
Şaperon katlamaları
Doğru katlanmayan protein fonksiyon yapamaz. Translasyonel düzenleme
HSP70
Sonra HSP60
Prionlar
Kendini çoğaltan küçük proteinler.
Prot. Çökelmesine sebep olur.
Katlanınca amoyloid birikim olur(toksik etki)
Özellikle sinir hücrelerinde
Kromozom pozisyon etkisi
Genin yerinin değişimi ekspresyonunu etkilemektedir.
Bakterilerde zayıftır.
Yapısal genler (lac opeironu)
Lac Z (beta galaktosidaz) Lac Y (permeaz) Lac A (transasetilaz)
Lac opeiron içeriği
Yapısal genler
Operatör
Promotör
Bunun dışında çok öncesinde represör kodlayan i geni bulunur.
Agouti geni
Farelerde modifiye besinlerle beslenmişlerin agouti geninden önceki geni(transposon) metillenir ve normal siyah fareler oluşur.
Normal besinlerle beslenenlerde metillenme olmaz ve obez sarı fareler oluşur.
Transkripsiyonel epigenetik mekanizmalar
Kromotin yeniden şekillenmesi
Histon modifikasyonları
DNA metillenmesi
Transkripsiyon sonrası epigenetik mekanizmalar
Kodlamayan RNA’lar
Prionlar (hat. Prt kat.)
Kromozom poz. Etkisi
Doğrudan gen ifadesini kontrol
DNA düzeyinde
Kromotin düzeyinde modifikasyonlar
Asetilasyon
HAT-HDAC
Hipoasetilasyon: Histon açılmamış. İnaktif
N ucundaki lizin
Antisens RNA
Kodlamayan RNA lar
Dolaylı etkiler
Dolaylı kontrol edenler
RNA interence
Histon kodu
Her dokuya özgü modifikasyonların tümü
Genin aktiflik derecesini belirler
Histon Metilasyonu
Histondaki lizinlere (1-3) tane metillenerek açık ya da kapalı hale gelmesi
Krossing overda
Histon da değiştirilir.
DNA metilasyonu
CpG kümesindeki sitozinin 5.C metillenmesi
Genelde gen susturur.
DNA metiltransferaz
S adenozil metiyonin (SAM) metil verici
Metillenen C deaminasyonla T ye dönüşebilir.
CpG dışındakiler embriyonik Kök hücrelerde olabilir.
Metilasyon kanıtları
X inaktivasyonu
Genomik imrinting (baskılama)
Kanser(baskılayıcının susturulmasıyla)
Metilasyon kanıtları
X inaktivasyonu
Genomik imrinting (baskılama)
Kanser(baskılayıcının susturulmasıyla)
siRNA
Loobu dicerle kesilip
RISC ile komplemente RNA yı keser.
Adenilasyonu etkileyip blocklayabilir
Chaperone
Proteinlerin işlevi için doğru katlanması şart
