Replikasyon Flashcards
Endonükleaz ve ekzonükleaz
Ortadan nükleotit çıkarma
Baştan ve sondan çıkarma
Komplementer
Tamamlayıcı
Prokaryotlarda rep.
20 DNA A prt bağlanmasıyla başlar
Giraz ve helikaz olan DNA B ile devam eder.
Primeri DNA G sentezler.
Polimeraz 3 kesikli ve kesintisiz sentezi yapar.
Pol 1 Primer rnayı 5-3 ekzonükleaz aktivitesiyle çıkarıp yenisini yapar. Ligaz bağlar. 5’-3’ ve 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi sadece Pol 1de
Orjin 245bçliktir. 1 tanedir.
Prokaryot rep enzimleri
Pol 3 asıl sentezi yapan ve hata olduğunda 3’-5’ ekzonükleaz yapan.
Pol 1 primeri çıkarıp yerine sentez yapan ve iki yönlü ekzonükleaz aktivitesi
Pol 2-4-5 onarım ve tamirden sorumlu.
DNA G primer
DNA B helikaz
SSB (tek zincir stabil proteini)
Topo 1, Gyraz
Ökaryot rep. Enzimleri
Polimeraz alfa -delta-epsilon. Mitokondride gama. Geriye kalanlar onarımda
Baz kesip çıkarma
Deaminasyonla değişmiş baz spesific glikozilazıyla çıkarılır. Geriye kalan deoksiribofosfat (deoksiribozit) AP endonükleaz ile kesilip polimeraz 1 (ökaryotta beta) le doldurulur. Ligazla birleştirilir.
Oligoükleotit kesip çıkarma
Eksinükleazlar tarafından büyük parça iki taraftan kesilip helikaz ve polimeraz 1 (insanda epsilon) ve ligaz işiyle biter
Yanlış eşleşme onarımı
Metillenmemiş yeni DNA üzerinde Mut S-L komplex üstüne H gelip metil adenin karşısından keser ve helikaz ve ekzonükleazlar tarafından kesilir Pol ve ligaz.
MSH 2ve 6 (MutS) tanır MLH1 ve PMS2 (MutL) , ,helikaz ve ekzonükleaz çıkarır.
Direkt onarım
Fotoaktivasyon insanda yok.
DNA alkilasyon onarımı DNA metiltransferaz içindeki sistein kalıntısının metili almasıyla olur.
Remodeling
Kromotin açılması
Histon asetilasyonu
Lizine asetil eklenmesi + yükünü azaltır ve dnaya afinitesini de azaltmış olur.
Prokaryot ve ökaryot farkları
Lagginin zincir uz. 2000/200 Ökaryotlarda enzim daha fazla Orjin sayısı (1-30.000) Enzim çeşitleri Polimeraz snyde 1000nk/50nk Çembersel DNAlarda Telomer sorunu yoktur.
Replizom
Rep. çatalındaki tüm protein komplexi
3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Delta epsilon gama
ARS (bağımsız replike olabilen diziler)
Ökaryotlsrda orjin. 11bç çekirdeği içine alan 100bç uzunluğundaki bölgeler.
Maya ARS elemanı
ACS (ars konsensüs dizisi)(sequence)
ACS ve B1e ORC(o. Tsnıma komplexi) bağlanır.
Sonra ek proteinler ve MCM helikaz getirilir
RFC VE PCNA
Kıskaç yükleyen ve kayan kıskaç
Ökaryor rep. Önemli
Polimeraz a primeri sentezleyip daha sonra birkaç nük. Ekleyip lagging ipliği deltaya bırakır.
Prokaryotlarda Primer uzk.
Pol 1 tarafından çıkarılır yerine sentez yapılır. Ligaz gelir birleştirir.
Ökaryot Primer uzak.
RNazH primeri tanır. Ekzonükleazla birlikte çıkarır.
polimeraz ve ligaz tamamlar.
Telomeraz
Komplementer RNA dizisi içerir. Telomer bölgesini uzatır.
Virüslerde ters transkriptaz
Somatik hücrelerde yokkk (eşey, Kök ve kanser hücrelerinde var)
Telomer bölge Rnaz H tarafından çıkarılan baştaki primerin
3-OH başlangıcı olmadığından polimeraz tarafından direkt sentezlenememesi sonucu oluşur.
Proofreading
Replike sırasında 3’-5’ yönünde nük. çıkarılması
PCR
DNA nın in vitro çoğaltılması
Su 2 Primer (özgün DNA içerikli) (sadece bakılacak gen için) Taq polimeraz (sıcaklığa dayanıklı) MgCl2 dNTP Kalıp DNA
Sıcak değişikliğiyls 95°de Denatüre edilip primer bağlanması sağlanır.
Canlıdan canlıya genetik madde aktarımı
Ökar. Rekombinasyon kros over bölgelerinde gerçekleşir
Prok. Transformasyon ,transfeksiyon, transdiksüyon
Jel Elektroforezi
Pcrdan sonra DNA parmak izinin çıkarılması
Jel elektroforezi, saflaştırılmışnükleik asitveproteinlerinmolekül ağırlığı, miktarı ve alt tiplerinin saptanmasında yaygın olarak kullanılan moleküler bir inceleme yöntemidir.

Jel eletroforezi
Yöntemin avantajı; basit ve hızlı olmasının yanında diğer yöntemlerle yeterli düzeyde ayrılamayan nükleik asit parçacıklarının ayrılmasını sağlamasıdır.
En çok kullanılan jel elektroforezi yöntemleriagaroz jel elektroforezivepoliakrilamid jel elektroforezidir. Nükleik asitler için genellikle agaroz jel, proteinler için ise poliakrilamid jel elektroforezi kullanılmaktadır.
Replikasyon için gerekli koşullar
Remodeling Kalıp DNA Enzim Nükleotitler (dATP...) Mg
Histon proteinleri
H1-2A-2B-3-4
Kğtlesi DNA nınkine eşittir.
Histon dışı proteinler rep. Ve transkripsiyonda görev alır. Sonradan yapıya katılır. (dinlenimde yapıda değil.)
Helikaz
Hekzamerik proteindir
Çift zincirin açılmasını sağlar
Replizom
Replikasyon çatalındaki proteinli yapıların hepsi
Pol 4-5
Translezyon enzimlerdir
Hatayı görmezden gelip devam ederler. Daha sonra hatalı baz çıkarılır
Yalnız polimeraz 1in
5’-3’ ekzonükleaz aktivitesi var
Transformasyon
Bakterilerin ortamdan DNA moleküllerini alıp kendi yapısına katması
Transdüksiyon virüs(faj) aracılığıyla gen transferi
Önemli!!!
Primer hem Kesintilide hem kesintisiz zincirin başında vardır.
Prokaryotlarda Replikasyon iki tarafa doğru da ilerler.
DNA B
Helikaz
DNA G
Primaz
DNA A
Başlatıcı
PCR
Başlangıçta DNA ısıtılarak (95°) Denatüre olması sağlanır. Ardından thermus aquaticustan alınan polimeraz (Taq polimeraz) ve onun öncesinde gene özgün bir çift DNA primeri takılır. Karışım biraz soğutulup sentezin yapılması sağlanır. İşlem için su, MgCl2, trifosfatlı Nükleotitler gerekir.
Translezyon sentezi
Timin dimeri normal Replikasyonu bloklar
Ancak Pol 4-5 gibi polimerazlar geçici sentez yapıp bunları görmezden gelip devam ederek rep. Bitirir. Bu dimer daha sonradan çıkarılır.
RFC
Kıskanç yükleyen protein tarafından PCNA ipliğe takılarak polimeraza yapışır ve stabilize ederek aktivitesini sağlar
SSB
Ökaryotlarda RPA
Helikaz tarafından açılan zincirlere tutunup açık kalmasını sağlayan önemli proteinler
