Transkripsiyon

Question 1

Trans. Rep. Farkı

Answer 1

Tüm iplik kalıp olmaz. Primer ihtiyacj yok.

Question 2

RNA üretim yerleri

Answer 2

rRNA nükleolusta

Diğerleri nükleoplazmada

Question 3

Histon asetilasyonu

Answer 3

N ucundaki lizin asetillenir

Question 4

Prokaryot polimerazın alt birimleri

Answer 4

2a b b’ w ve sigma
b’ katalitik birim
W bir araya getiren(kararlı yapı)
Sigma holoenzim yaparak bağlanacağı yeri tanır.özgün bağlanma sağlar.

Question 5

Pribnow kutusu

Answer 5

-10 TATAAT

Kararlı DNA-RNA Pol. Komplexi oluşur.

Question 6

-35 bölgesi (TTGACA)

Answer 6

RNA Pol yerini tanıyıp bağlanma yeri.

Question 7

Sentezin başlaması

Answer 7

Kararlı bi yapı oluştuktan sonra pribnow kutusundan sonra 10nk açılır. sentez başladıktan sonra sigma ayrılır.

Question 8

Sonlanma

Answer 8

RHO suz saç firketesi yaparak ayrılma. Poli Udan

Rholu: helikaz yapısında, atpye ve rnaya bağlı 2 bölümü var.
ATP hidrolizi ile eşleşmeyi bozar.

Question 9

RNA Pol 1

Answer 9

28s 5.8s 18s rRNA sentezi.

Question 10

RNA Pol 2

Answer 10

mRNA snRNA miRNA IncRNA scRNA

Doğrudan etkileşemez. İlk TF2D alt birimlerinden Tata bağ. Prt. (TBP), TF2B hem tbp hem dnaya bağlanır. Belki TF2A ve sonra TF2F ve Pol . TF2E ve H la komplex tamamlanır.Tf2H helikaz etkisine sahip. Dnayı açar. Ve polimerazı Karboksil ucundan fosforilleyip başlatır. 60-70nk sonra H ve E ayrılır.(fosforillenme TF ile bağlantı kopmasına sadece F bin kalmasına sebep olur.

Question 11

RNA Pol 3

Answer 11

tRNA snRNA scRNA 5S rRNA

Question 12

Ök. RNA sentezi sonlanması

Answer 12

Poli A dan sonra veya torpedo modelinde ekzonükleazlar gelip keser

Question 13

Ök. RNA İşlenme

Answer 13

Capping.(koruyucu ve tanıma) 7-metilguanozin
Poli Adenilasyon: AAUAAA dizisinden sonra CA yerinden kesilip 200 A takılır.
Splicing. 5’ uçta GU donörü ve 3’ AG skseptörü var. snRNA ve snRNP

Question 14

Ök. rRNA transkripsiyonu

Answer 14

UBF, SL1 ve Pol 1
5.8 18 28

İşlenmesi snoRNA

Question 15

Pol 3 transkripsiyonu

Answer 15

Önce TBP ve TF3B ortak
tRNAda TF3C ve Pol 3
5s rRNAda TF3c TF3a ve Pol 3
snRNada Snap Pol 3

Question 16

tRNA işlenmesi

Answer 16

RNaz P ve D (hem RNA hem prt)
3’ uca CCA eklenir.
Bazlar modifiye edilebilir.

Question 17

Bakterilerde negatif kontrol (laktoz opeironu)

Answer 17

Laktoz yokluğunda bir represör operatöre bağlanıp engellerken
Laktoz varken represörü inaktive eder ve trans. Gerçekleşir.
Represörü i kodlar.
Lac Z (beta galaktosidaz)
Lac y (permeaz)
Lac A (transasetilaz)

Question 18

Pozitif kontrolü

Answer 18

Glukoz varsa o kullanılır. Lac baskılanır. Yoksa lac sentezi olur
Glikoz metabolizesi a ketogluterat ve bu adenilil siklazı baskılar. Tersinde baskılayamaz cAMP artar ve CAPa bağlanır. CAP komplexi promötör bölgeye TF nin bağlanmasını kolaylaştırır.

Question 19

Ök. Trans. Düzenleyici bölgeler

Answer 19

Remodeling
Regülatör elementler:
Cis acting= promötör enhanser silenser respond
Trans acting TF (dışardan bağlantıya girer)

Question 20

Kondenzasyon

Answer 20

Yoğunlaşma

Question 21

-80den önce GC kutusu

Answer 21

C metillenir kondenzasyons sebep olur. Dokulardaki aktif gen bölgesinde metillenmemiştir.

Question 22

Enhanser

Answer 22

Hızlandırıcı, özgüllüğü ve belli konumu yok. Başlangıçta 2000nk kadar uzakts olabilir. TF ler aracılığıyla komplexle bağlantı kurar
(Kohesin ilmeği) ile kıvrımlar yaptırabilir.

Question 23

Trans acting elementler

Answer 23

TF ler 2 loblu. Bir bölüm DNA diğeri komplexe

Question 24

Bağlanma bölümleri (domain) yapıları

Answer 24

Çinko parmak: a sarmal ve beta tabaka içeren ilmikler.steroid hormon düzenleyiciileri de içerir
Lösin fermuar yapısı: 2 polipeptit çapraz yapar.
Helix turn helix : 3.sü tabanda diğerleri üstte
Helix lup helix: çift protein çift lup heliks

Question 25

Ökaryotik represörler

Answer 25

1. Regülatör diziye bağlanarak engelleyenler | 2. TFlere ya da Mediyatörlere bağlanıp engel olur

Question 26

Transkripsiyon sonrası düzenleme

Answer 26

A RNA procesing B RNA transportu C mRNA degradasyonu D translasyon sırasında

Question 27

A alternatif kesip çıkarma (splicing)

Answer 27

Fibronektin geninin karaciğer ve fibroblaslsrds farklı kesimlere uğrar.

Question 28

A RNA düzeltme (editing)

Answer 28

ApoB geni

Question 29

Translasyonel kontrol

Answer 29

Ferritin regülasyonu. Yeterli demir alınmadığında baskılayan respond element

Question 30

RNA aracılığıyla baskılama (RNA İNTERFERENS)

Answer 30

siRNA 22nk RNA indükleyen susturucu complekse bağlanır Çift iplikten dicer ile kesilir sonra denatüre olur ve RISC degrede veya bloke miRNA hayvanlarda 20nk bloke ve degrede

Question 31

Ribozim

Answer 31

RNA nın katalitik fonksiyona sahip olması

Question 32

rho

Answer 32

ATP harcayarak RNA-DNA eşleşmesini bozar.

Question 33

TF2H

Answer 33

DNA yi açar. pol2 yi COOH ucundan fosforlayıp transkripsiyonu başlatır. 60-70 sentez den sonra TF2F hariç TF ler ile bağlantısı kopar.

Question 34

ribozim

Answer 34

katalitik RNA peptidil transferaz (23S) RNAi

Question 35

snRNP

Answer 35

100-200nk snRNA lardan oluşur.(U1-2-4-5-6) | ATP kullanarak intronları uzaklaştırır. daha sonra uçlar birleştirilir (splicing)

Question 36

tRNA işlenmesi

Answer 36

Rnaz P ve D sırayla 5 ve 3' uçtan keserek uzaklaştırılır. | tRNA nükleotidiltransferaz 3' uca CCA eklemesi yapar.

Question 37

snoRNA

Answer 37

rRNA ların işlenmesinen sorumludur.

Question 38

RNA'ların dışarı çıkması

Answer 38

mRNA işlendikten sonra proteinlerle rRNA içeride proteinlerle etkileşip Ribozom şeklinde tRNA aminoaçil tRNA sentetazla birleşip GTP harcayarak dışarı çıkarlar

Question 39

Ökaryotlarda transkripsiyon sonlanması

Answer 39

3' uçtaki poli A (AAUAAA) bölgesini geçince gerçekleşir | Başka bir modelde ekzonükleaz kesmesini söyleyen torpedo modelidir.

Question 40

Prokaryotlarda RNA polimeraz yapısı

Answer 40

2 alfa, 1w(üstte), 1b ve 1b' (üst birimin altındaki) ve bir alt birim sigma tarafından oluşturulur. Sigma dışındakiler KOR polimeraz oluşturur.

Question 41

Polimeraz 2 komplexi

Answer 41

İlk olarak TATA Bağ. Protein ve arkasından TBP A. Prtler gelerek ilk yapışmayı sağlar (TF2D). Ardından TF2B sonra TF2F ve polimeraz 2 yapıya katılır. Sonrasında TF2 E ve H yapıya katılır. TF2H C ucu fosforilasyonu ve iplik açılımı gibi önemli aktivite ye sahiptir.

Question 42

Polimeraz 1 komplexi

Answer 42

UBF ve ardından SL1 polimeraz 1ün bağlnamsını sağlar.

Question 43

Polimeraz 3 komplexi

Answer 43

5S rRNA için sırasıyla TF3(A-C-B) ve polimeraz 3 bağlanır. tRNA için ise A yoktur diğerleri aynı sırayla bağlanır. snRNA için ise C yerine SNAP vardır, A yine yoktur.

Question 44

Poli A kuyruk eklenmesi

Answer 44

Dizide (AAUAAA) noktasından 30-35 nk sonrasındaki CA dan iplik kesilip 200 nk uzunluğunda poli A takılır.