Transkripsiyon Flashcards
Trans. Rep. Farkı
Tüm iplik kalıp olmaz. Primer ihtiyacj yok.
RNA üretim yerleri
rRNA nükleolusta
Diğerleri nükleoplazmada
Histon asetilasyonu
N ucundaki lizin asetillenir
Prokaryot polimerazın alt birimleri
2a b b’ w ve sigma
b’ katalitik birim
W bir araya getiren(kararlı yapı)
Sigma holoenzim yaparak bağlanacağı yeri tanır.özgün bağlanma sağlar.
Pribnow kutusu
-10 TATAAT
Kararlı DNA-RNA Pol. Komplexi oluşur.
-35 bölgesi (TTGACA)
RNA Pol yerini tanıyıp bağlanma yeri.
Sentezin başlaması
Kararlı bi yapı oluştuktan sonra pribnow kutusundan sonra 10nk açılır. sentez başladıktan sonra sigma ayrılır.
Sonlanma
RHO suz saç firketesi yaparak ayrılma. Poli Udan
Rholu: helikaz yapısında, atpye ve rnaya bağlı 2 bölümü var.
ATP hidrolizi ile eşleşmeyi bozar.
RNA Pol 1
28s 5.8s 18s rRNA sentezi.
RNA Pol 2
mRNA snRNA miRNA IncRNA scRNA
Doğrudan etkileşemez. İlk TF2D alt birimlerinden Tata bağ. Prt. (TBP), TF2B hem tbp hem dnaya bağlanır. Belki TF2A ve sonra TF2F ve Pol . TF2E ve H la komplex tamamlanır.Tf2H helikaz etkisine sahip. Dnayı açar. Ve polimerazı Karboksil ucundan fosforilleyip başlatır. 60-70nk sonra H ve E ayrılır.(fosforillenme TF ile bağlantı kopmasına sadece F bin kalmasına sebep olur.
RNA Pol 3
tRNA snRNA scRNA 5S rRNA
Ök. RNA sentezi sonlanması
Poli A dan sonra veya torpedo modelinde ekzonükleazlar gelip keser
Ök. RNA İşlenme
Capping.(koruyucu ve tanıma) 7-metilguanozin
Poli Adenilasyon: AAUAAA dizisinden sonra CA yerinden kesilip 200 A takılır.
Splicing. 5’ uçta GU donörü ve 3’ AG skseptörü var. snRNA ve snRNP
Ök. rRNA transkripsiyonu
UBF, SL1 ve Pol 1
5.8 18 28
İşlenmesi snoRNA
Pol 3 transkripsiyonu
Önce TBP ve TF3B ortak
tRNAda TF3C ve Pol 3
5s rRNAda TF3c TF3a ve Pol 3
snRNada Snap Pol 3
tRNA işlenmesi
RNaz P ve D (hem RNA hem prt)
3’ uca CCA eklenir.
Bazlar modifiye edilebilir.
Bakterilerde negatif kontrol (laktoz opeironu)
Laktoz yokluğunda bir represör operatöre bağlanıp engellerken
Laktoz varken represörü inaktive eder ve trans. Gerçekleşir.
Represörü i kodlar.
Lac Z (beta galaktosidaz)
Lac y (permeaz)
Lac A (transasetilaz)
Pozitif kontrolü
Glukoz varsa o kullanılır. Lac baskılanır. Yoksa lac sentezi olur
Glikoz metabolizesi a ketogluterat ve bu adenilil siklazı baskılar. Tersinde baskılayamaz cAMP artar ve CAPa bağlanır. CAP komplexi promötör bölgeye TF nin bağlanmasını kolaylaştırır.
Ök. Trans. Düzenleyici bölgeler
Remodeling
Regülatör elementler:
Cis acting= promötör enhanser silenser respond
Trans acting TF (dışardan bağlantıya girer)
Kondenzasyon
Yoğunlaşma
-80den önce GC kutusu
C metillenir kondenzasyons sebep olur. Dokulardaki aktif gen bölgesinde metillenmemiştir.
Enhanser
Hızlandırıcı, özgüllüğü ve belli konumu yok. Başlangıçta 2000nk kadar uzakts olabilir. TF ler aracılığıyla komplexle bağlantı kurar
(Kohesin ilmeği) ile kıvrımlar yaptırabilir.
Trans acting elementler
TF ler 2 loblu. Bir bölüm DNA diğeri komplexe
Bağlanma bölümleri (domain) yapıları
Çinko parmak: a sarmal ve beta tabaka içeren ilmikler.steroid hormon düzenleyiciileri de içerir
Lösin fermuar yapısı: 2 polipeptit çapraz yapar.
Helix turn helix : 3.sü tabanda diğerleri üstte
Helix lup helix: çift protein çift lup heliks
Ökaryotik represörler
- Regülatör diziye bağlanarak engelleyenler
2. TFlere ya da Mediyatörlere bağlanıp engel olur
Transkripsiyon sonrası düzenleme
A RNA procesing
B RNA transportu
C mRNA degradasyonu
D translasyon sırasında
A alternatif kesip çıkarma (splicing)
Fibronektin geninin karaciğer ve fibroblaslsrds farklı kesimlere uğrar.
A RNA düzeltme (editing)
ApoB geni
Translasyonel kontrol
Ferritin regülasyonu. Yeterli demir alınmadığında baskılayan respond element
RNA aracılığıyla baskılama (RNA İNTERFERENS)
siRNA 22nk RNA indükleyen susturucu complekse bağlanır
Çift iplikten dicer ile kesilir sonra denatüre olur ve RISC
degrede veya bloke
miRNA hayvanlarda 20nk bloke ve degrede
Ribozim
RNA nın katalitik fonksiyona sahip olması
rho
ATP harcayarak RNA-DNA eşleşmesini bozar.
TF2H
DNA yi açar. pol2 yi COOH ucundan fosforlayıp transkripsiyonu başlatır. 60-70 sentez den sonra TF2F hariç TF ler ile bağlantısı kopar.
ribozim
katalitik RNA
peptidil transferaz (23S)
RNAi
snRNP
100-200nk snRNA lardan oluşur.(U1-2-4-5-6)
ATP kullanarak intronları uzaklaştırır. daha sonra uçlar birleştirilir (splicing)
tRNA işlenmesi
Rnaz P ve D sırayla 5 ve 3’ uçtan keserek uzaklaştırılır.
tRNA nükleotidiltransferaz 3’ uca CCA eklemesi yapar.
snoRNA
rRNA ların işlenmesinen sorumludur.
RNA’ların dışarı çıkması
mRNA işlendikten sonra proteinlerle
rRNA içeride proteinlerle etkileşip Ribozom şeklinde
tRNA aminoaçil tRNA sentetazla birleşip GTP harcayarak dışarı çıkarlar
Ökaryotlarda transkripsiyon sonlanması
3’ uçtaki poli A (AAUAAA) bölgesini geçince gerçekleşir
Başka bir modelde ekzonükleaz kesmesini söyleyen torpedo modelidir.
Prokaryotlarda RNA polimeraz yapısı
2 alfa, 1w(üstte), 1b ve 1b’ (üst birimin altındaki) ve bir alt birim sigma tarafından oluşturulur. Sigma dışındakiler KOR polimeraz oluşturur.
Polimeraz 2 komplexi
İlk olarak TATA Bağ. Protein ve arkasından TBP A. Prtler gelerek ilk yapışmayı sağlar (TF2D). Ardından TF2B sonra TF2F ve polimeraz 2 yapıya katılır. Sonrasında TF2 E ve H yapıya katılır.
TF2H C ucu fosforilasyonu ve iplik açılımı gibi önemli aktivite ye sahiptir.
Polimeraz 1 komplexi
UBF ve ardından SL1 polimeraz 1ün bağlnamsını sağlar.
Polimeraz 3 komplexi
5S rRNA için sırasıyla TF3(A-C-B) ve polimeraz 3 bağlanır.
tRNA için ise A yoktur diğerleri aynı sırayla bağlanır.
snRNA için ise C yerine SNAP vardır, A yine yoktur.
Poli A kuyruk eklenmesi
Dizide (AAUAAA) noktasından 30-35 nk sonrasındaki CA dan iplik kesilip 200 nk uzunluğunda poli A takılır.
