Transkripsiyon Flashcards

1
Q

Trans. Rep. Farkı

A

Tüm iplik kalıp olmaz. Primer ihtiyacj yok.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

RNA üretim yerleri

A

rRNA nükleolusta

Diğerleri nükleoplazmada

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Histon asetilasyonu

A

N ucundaki lizin asetillenir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Prokaryot polimerazın alt birimleri

A

2a b b’ w ve sigma
b’ katalitik birim
W bir araya getiren(kararlı yapı)
Sigma holoenzim yaparak bağlanacağı yeri tanır.özgün bağlanma sağlar.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Pribnow kutusu

A

-10 TATAAT

Kararlı DNA-RNA Pol. Komplexi oluşur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

-35 bölgesi (TTGACA)

A

RNA Pol yerini tanıyıp bağlanma yeri.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Sentezin başlaması

A

Kararlı bi yapı oluştuktan sonra pribnow kutusundan sonra 10nk açılır. sentez başladıktan sonra sigma ayrılır.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Sonlanma

A

RHO suz saç firketesi yaparak ayrılma. Poli Udan

Rholu: helikaz yapısında, atpye ve rnaya bağlı 2 bölümü var.
ATP hidrolizi ile eşleşmeyi bozar.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

RNA Pol 1

A

28s 5.8s 18s rRNA sentezi.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

RNA Pol 2

A

mRNA snRNA miRNA IncRNA scRNA

Doğrudan etkileşemez. İlk TF2D alt birimlerinden Tata bağ. Prt. (TBP), TF2B hem tbp hem dnaya bağlanır. Belki TF2A ve sonra TF2F ve Pol . TF2E ve H la komplex tamamlanır.Tf2H helikaz etkisine sahip. Dnayı açar. Ve polimerazı Karboksil ucundan fosforilleyip başlatır. 60-70nk sonra H ve E ayrılır.(fosforillenme TF ile bağlantı kopmasına sadece F bin kalmasına sebep olur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

RNA Pol 3

A

tRNA snRNA scRNA 5S rRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Ök. RNA sentezi sonlanması

A

Poli A dan sonra veya torpedo modelinde ekzonükleazlar gelip keser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Ök. RNA İşlenme

A

Capping.(koruyucu ve tanıma) 7-metilguanozin
Poli Adenilasyon: AAUAAA dizisinden sonra CA yerinden kesilip 200 A takılır.
Splicing. 5’ uçta GU donörü ve 3’ AG skseptörü var. snRNA ve snRNP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Ök. rRNA transkripsiyonu

A

UBF, SL1 ve Pol 1
5.8 18 28

İşlenmesi snoRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Pol 3 transkripsiyonu

A

Önce TBP ve TF3B ortak
tRNAda TF3C ve Pol 3
5s rRNAda TF3c TF3a ve Pol 3
snRNada Snap Pol 3

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

tRNA işlenmesi

A

RNaz P ve D (hem RNA hem prt)
3’ uca CCA eklenir.
Bazlar modifiye edilebilir.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Bakterilerde negatif kontrol (laktoz opeironu)

A

Laktoz yokluğunda bir represör operatöre bağlanıp engellerken
Laktoz varken represörü inaktive eder ve trans. Gerçekleşir.
Represörü i kodlar.
Lac Z (beta galaktosidaz)
Lac y (permeaz)
Lac A (transasetilaz)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Pozitif kontrolü

A

Glukoz varsa o kullanılır. Lac baskılanır. Yoksa lac sentezi olur
Glikoz metabolizesi a ketogluterat ve bu adenilil siklazı baskılar. Tersinde baskılayamaz cAMP artar ve CAPa bağlanır. CAP komplexi promötör bölgeye TF nin bağlanmasını kolaylaştırır.

19
Q

Ök. Trans. Düzenleyici bölgeler

A

Remodeling
Regülatör elementler:
Cis acting= promötör enhanser silenser respond
Trans acting TF (dışardan bağlantıya girer)

20
Q

Kondenzasyon

A

Yoğunlaşma

21
Q

-80den önce GC kutusu

A

C metillenir kondenzasyons sebep olur. Dokulardaki aktif gen bölgesinde metillenmemiştir.

22
Q

Enhanser

A

Hızlandırıcı, özgüllüğü ve belli konumu yok. Başlangıçta 2000nk kadar uzakts olabilir. TF ler aracılığıyla komplexle bağlantı kurar
(Kohesin ilmeği) ile kıvrımlar yaptırabilir.

23
Q

Trans acting elementler

A

TF ler 2 loblu. Bir bölüm DNA diğeri komplexe

24
Q

Bağlanma bölümleri (domain) yapıları

A

Çinko parmak: a sarmal ve beta tabaka içeren ilmikler.steroid hormon düzenleyiciileri de içerir
Lösin fermuar yapısı: 2 polipeptit çapraz yapar.
Helix turn helix : 3.sü tabanda diğerleri üstte
Helix lup helix: çift protein çift lup heliks

25
Q

Ökaryotik represörler

A
  1. Regülatör diziye bağlanarak engelleyenler

2. TFlere ya da Mediyatörlere bağlanıp engel olur

26
Q

Transkripsiyon sonrası düzenleme

A

A RNA procesing
B RNA transportu
C mRNA degradasyonu
D translasyon sırasında

27
Q

A alternatif kesip çıkarma (splicing)

A

Fibronektin geninin karaciğer ve fibroblaslsrds farklı kesimlere uğrar.

28
Q

A RNA düzeltme (editing)

A

ApoB geni

29
Q

Translasyonel kontrol

A

Ferritin regülasyonu. Yeterli demir alınmadığında baskılayan respond element

30
Q

RNA aracılığıyla baskılama (RNA İNTERFERENS)

A

siRNA 22nk RNA indükleyen susturucu complekse bağlanır
Çift iplikten dicer ile kesilir sonra denatüre olur ve RISC
degrede veya bloke

miRNA hayvanlarda 20nk bloke ve degrede

31
Q

Ribozim

A

RNA nın katalitik fonksiyona sahip olması

32
Q

rho

A

ATP harcayarak RNA-DNA eşleşmesini bozar.

33
Q

TF2H

A

DNA yi açar. pol2 yi COOH ucundan fosforlayıp transkripsiyonu başlatır. 60-70 sentez den sonra TF2F hariç TF ler ile bağlantısı kopar.

34
Q

ribozim

A

katalitik RNA
peptidil transferaz (23S)
RNAi

35
Q

snRNP

A

100-200nk snRNA lardan oluşur.(U1-2-4-5-6)

ATP kullanarak intronları uzaklaştırır. daha sonra uçlar birleştirilir (splicing)

36
Q

tRNA işlenmesi

A

Rnaz P ve D sırayla 5 ve 3’ uçtan keserek uzaklaştırılır.

tRNA nükleotidiltransferaz 3’ uca CCA eklemesi yapar.

37
Q

snoRNA

A

rRNA ların işlenmesinen sorumludur.

38
Q

RNA’ların dışarı çıkması

A

mRNA işlendikten sonra proteinlerle
rRNA içeride proteinlerle etkileşip Ribozom şeklinde
tRNA aminoaçil tRNA sentetazla birleşip GTP harcayarak dışarı çıkarlar

39
Q

Ökaryotlarda transkripsiyon sonlanması

A

3’ uçtaki poli A (AAUAAA) bölgesini geçince gerçekleşir

Başka bir modelde ekzonükleaz kesmesini söyleyen torpedo modelidir.

40
Q

Prokaryotlarda RNA polimeraz yapısı

A

2 alfa, 1w(üstte), 1b ve 1b’ (üst birimin altındaki) ve bir alt birim sigma tarafından oluşturulur. Sigma dışındakiler KOR polimeraz oluşturur.

41
Q

Polimeraz 2 komplexi

A

İlk olarak TATA Bağ. Protein ve arkasından TBP A. Prtler gelerek ilk yapışmayı sağlar (TF2D). Ardından TF2B sonra TF2F ve polimeraz 2 yapıya katılır. Sonrasında TF2 E ve H yapıya katılır.
TF2H C ucu fosforilasyonu ve iplik açılımı gibi önemli aktivite ye sahiptir.

42
Q

Polimeraz 1 komplexi

A

UBF ve ardından SL1 polimeraz 1ün bağlnamsını sağlar.

43
Q

Polimeraz 3 komplexi

A

5S rRNA için sırasıyla TF3(A-C-B) ve polimeraz 3 bağlanır.
tRNA için ise A yoktur diğerleri aynı sırayla bağlanır.
snRNA için ise C yerine SNAP vardır, A yine yoktur.

44
Q

Poli A kuyruk eklenmesi

A

Dizide (AAUAAA) noktasından 30-35 nk sonrasındaki CA dan iplik kesilip 200 nk uzunluğunda poli A takılır.