Translacja i potranslacyjna modyfikcja białek Flashcards
Czego wymaga przeniesienie informacji z DNA na RNA?
komplementarności zasad azotowych
Czego wymaga przeniesienie informacji z RNA na polipeptyd?
kodu genetycznego
Jakie są cechy kodu genetycznego?
- trójkowy
- nienakładający się
- ciągły (bezprzecinkowy)
- ramka odczytu - wybór kodonu AUG
- uniwersalny
- jednoznaczny
- zdegenerowany
Co to znaczy, że kod genetyczny jest trójkowy?
znaczy to że trzy leżące obok siebie nukleotydy tworzą kodon (triplet) - pojęcie to dotyczy sekwencji nukleotydów w mRNA
Co oznacza, że kod genetyczny jest nienakładający się?
Rybosom nie cofa się do poprzedniego nukleotydu odczytując kodony mRNA. Informacja zakodowana jest w kolejnych trójkach nukleotydów i nie występują sytuacją, w kótrej jeden z nukleotydów jest częścią dwóch sąsiednich kodonów.

Co przedstawia, proszę ja Ciebie, ten rysunek?

różne możliwości występowania ramki odczytu
Co to znaczy, że kod genetyczny jest uniwersalny?
znaczy to, że dotyczy wszystkich organizmów
Co to za związek?

selenocysteina
Co to znaczy, że kod genetyczny jest jednoznaczny?
dany kodon koduje tylko jeden aminokwas
Co to znaczy, że kod genetyczny jest zdegenerowany?
jeden aminokwas może być kodowany przez kilka kodonów
Czego dotyczy zasada tolerancji?
zawsze musi być zachowana zgodność jedynie między dwoma pierwszymi nukleotydami kodonu (mRNA) i antykodonu (tRNA)
Co to jest antykodon i kaj się znajduje?
jest to sekwencja trzech nukleotydów, których zasady są komplementarne do zasad kodonu danego aminokwasu na mRNA
znajduje się w tRNA
Z czego składa się tRNA?

Którą częścią tRNA łączy się z mRNA (i z którą jego częścią)?
antykodon (tRNA) łączy się z kodonem (mRNA)

Jakie znasz zmodyfikowane zasady tRNA?
- tiourydyna
- inozyna
- rybotymidyna
- pseudourydyna
- dihydrourydyna
Co to jest?

inozyna
Co to jest za związek?

rybotymidyna
Co to jest za związek?

pseudourydyna
Co to jest za związek?

dihydrourydyna
Za co odpowiedzialne jest ramię akceptorowe tRNA?
za wiązanie aminokwasu
Za co odpowiedzialne jest ramię antykodonowe tRNA?
za rozpoznawanie kodonów w mRNA
Jaki enzym katalizuje reakcję przyłączenia aminokwasu do tRNA?
syntetaza aminoacylo-tRNA

Jaka jest dość istotna zdolność syntetaz aminoacylo-tRNA?
sprawdzanie poprawności wprowadzonego aminokwasu i korekcja błędów
Czy amiokwas ma jakiś wpływ na to co dzieje się po przyłączeniu go do tRNA?
nie, od chwili przyłączenia to tRNA decyduje o dalszych losach aminokwasu (aminokwas nie jest rozpoznawany)
Co to jest translacja?
proces syntezy łańcucha polipeptydowego białek na matrycy mRNA
Czy translacja jest chaotyczna, czy przebiega w określonym porządku?
jest to proces, który przebiega w określonym porządku
najpierw przebiega inicjacja, następnie wydłużanie łańcucha polipeptydowego, czyli elongacja, a na końcu zakończenie syntezy czyli terminacja
W jakim kierunku odbywa się biosynteza łańcucha polipeptydowego podczas translacji?
od N-końca do C-końca łańcucha polipeptydowego
W jakim kierunku rybosomy “czytają” mRNA?
od 5’ do 3’
Gdzie odbywa się translacja i co to znaczy?
translacja odbywa się na polirybosomach (nazywanych również polisomami
oznacza to, że jedna cząsteczka mRNA może być “czytana” jednocześnie przez kilka rybosomów
W jaki sposób odbywa się wydłużanie łańcucha polipeptydowego podczas translacji?
odbywa się poprzez dodawanie aminokwasów do końca C polipeptydu recydującego poprzez tRNA na rybosomach
Jak wygląda polisom(polirybosom)?

Gdzie w mRNA zachodzi inicjacja u prokaryota podczas translacji?
sekwencja Shine-Dalgarno
Kodon stary to (nazwa aminokwasu i sekwencja):
AUG - metionina
Wymień etapy inicjacji (w translacji):
- Rybosom dysocjuje na podjednostki 40S i 60S
- Powstaje kompleks zwany kompleksem preinicjacyjnym. Kompleks ten tworzą: inicjujący tRNA, którym jest Met-tRNAi, GTP, eIF-2 oraz podjednostka 40S.
- Do kompleksu preinicjacyjnego wiązany jest mRNA. Powstaje kompleks inicjacyjny 40S.
- Podjednostka 60S asocjuje z kompleksem inicjacyjnym 40S tworząc kompleks 80S.
Opisz pierwszy etap inicjacji (w translacji):
rybosom dysocjuje na podjednostki 40S i 60S

Opisz drugi etap inicjacji (w translacji):
Powstaje kompleks zwany kompleksem preinicjacyjnym. Kompleks ten tworzą: inicjujący tRNA, którym jest Met-tRNAi, GTP, eIF-2 oraz podjednostka 40S.

Opisz trzeci etap inicjacji (w translacji):
Do kompleksu preinicjacyjnego wiązany jest mRNA. Powstaje kompleks inicjacyjny 40S (48S).

Opis czwarty etap inicjacji (w translacji):
Podjednostka 60S asocjuje z kompleksem inicjacyjnym 40S tworząc kompleks inicjacyjny 80S.

Z czego pochodzi energia konieczna do wytworzenia inicjującego biosyntezę białka kompleksu 80S?
z hydrolizy GTP związanego z eIF-2
Co ma na celu cykl eIF-2 i jak przebiega??
Jest to odtworzenie kompleksu eIF-2-GTP po hydrolizie GTP podczas inicjacji translacji. GDP musi zostać wymieniony na GTP. Dokonanie tej wymiany jest rolą czynnika inicjującego eIF-2B, nazywannego również czynnikiem wymiany nukleotydu (guanine nucleotide exchange factor - GEF).

Co to jest elongacja?
proces wydłużania łańcucha polipeptydowego, który odbywa się w trakcie biosyntezy białka w rybosomie

Wymień etapy elongacji:
- wprowadznie następnego aminoacylo-tRNA do miejsca A
- hydroliza GTP, zmiana konformacji rybosomu
- tworzenie wiązania peptydowego

Opisz pierwszy etap elongacji:
wprowadznie następnego aminoacylo-tRNA do miejsca A

Opisz drugi etap elongacji:
hydroliza GTP, zmiana konformacji rybosomu

Opisz trzeci etap elongacji:
tworzenie wiązania peptydowego

Jak odczytywany jest mRNA podczas translacji?
od końca 5’ do końca 3’
W jakim kierunku zachodzi synteteza łańcucha polipeptydowego podczas translacji?
N → C
od końca NH2(N) do końca COOH (C)
Jak wygląda tworzenie wiązania peptydowego podczas translacji?

Przez co katalizowana jest reakcja powstawania wiązania peptydowego?
transferazę peptydylową
Gdzie znajduje się transferaza peptydylowa?
w sekwencji 23S rRNA dużej podjednostki rybosomu bakteryjnego, a przypuszczalnie w obrębie 28S rRNA u eukariota
Z czego pochodzi energia potrzebna do wytworzenia wiązania peptydowego?
pochodzi z ATP hydrolizowanego w trakcie reakcji aktywacji aminokwasu
Co to jest terminacja?
zakończenie translacji
Które kodony to kodony terminacji?
UAA, UAG, UGA
Jak przebiega terminacja?
- utworzenie kompleksu białkowy czynnik terminacyjny-GTP
- hydroliza GTP
- peptydylotransferaza działa jak hydrolaza

Przez co produkowane są antybiotyki?
produkowane są naturalnie przez mikroorganizmy - bakterie, promienice i grzyby
od wielu lat (przeszło 60) także (sztucznie) syntetyzowane przez człowieka
Jak działają antybiotyki (ogólnie)?
- bakteriobójczo
- bakteriostatycznie
poprzez hamowanie różnych etapów biosyntezy białka
Jaki jest problem adaptacji antybiotyków?
selekcja szczepów opornych
Jakie znasz inhibitory transkrypcji?
- rifampicyna
- α-amanityna
Jaką stałą sedymentacji ma streptomycyna i jak działa?
30S
powoduje błędny odczyt mRNA, hamuje inicjację łańcucha peptydowego
Jak działa tetracyklina?
hamuje wiązanie aa-tRNA do podjednostki rybosomu
Gdzie znajduje się puromycyna i jak działa?
50S i 60S
powoduje przedwczesną terminację
Gdzie występuje chloramfenikol i jak działa?
50S
blokuje transferaze peptydylową (brak tworzenia nowych wiązań peptydowych)
Gdzie występuje cykloheksimid i jak działa?
50S
blokuje transferaze peptydylową (brak tworzenia nowych wiązań peptydowych)
Wymień znane Ci inhibitory biosyntezy białka u eukariota:
- rycyna
- α-sarcyna
- toksyna błonicy
Skąd pochodzi i jak działa rycyna?
to inhibitor biosyntezy białka
pochodzi z: rącznik pospolity, trująca roślina, olej rycynowy z owoców
N-glikozylaza, usuwa adeninę z 28S rRNA (podjednostka 60S)
Skąd pochodzi i jak działa α-sarcyna?
jest to inhibitor biosyntezy białka
pochodzi z grzybów
endonukleaza - przecina 28S rRNA (podjednostka 60S)
Co syntetyzują “wolne” (cytoplazmy) rybosomy?
Synteza białek:
- cytozolu
- mitochondriów
- jądrowych
- peroksysomów
- wewnętrznej strony błony komórkowej
Co syntetyzują “zakotwiczone” (siateczki szorstkiej) rybosomy?
Synteza białek:
- siateczki śródplazmatycznej
- lizosomów
- zewnętrznej strony błony komórkowej
- wydzielnicze (pozakomórkowe)
Na czym opiera się mechanizm sortowania białek?
na odczytywaniu sekwencji sygnałowych białek i wysyłanie ich do odpowiedniego miejsca w komórce (jądro, błona itp.)
Jak wygląda model kierowania białek do organelli subkomórkowych: mitochondriów, peroksysomów, jądra?

Za co odpowiedzialne są białka chaperonowe?
białka chaperonowe (opiekuńcze) odpowiedzialne są za prawidłowe zwijanie się innych białek

Czym jest receptor dla SRP?
Jest to kompleks rozpoznający sekwencje sygnałową.
Receptor SRP jest białkiem wiążącym GTP posiadającym aktywność GTPazy.

Jak wygląda regulacja aktywności dla SRP?
