Translacja i potranslacyjna modyfikcja białek Flashcards

1
Q

Czego wymaga przeniesienie informacji z DNA na RNA?

A

komplementarności zasad azotowych

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Czego wymaga przeniesienie informacji z RNA na polipeptyd?

A

kodu genetycznego

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Jakie są cechy kodu genetycznego?

A
  1. trójkowy
  2. nienakładający się
  3. ciągły (bezprzecinkowy)
  4. ramka odczytu - wybór kodonu AUG
  5. uniwersalny
  6. jednoznaczny
  7. zdegenerowany
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Co to znaczy, że kod genetyczny jest trójkowy?

A

znaczy to że trzy leżące obok siebie nukleotydy tworzą kodon (triplet) - pojęcie to dotyczy sekwencji nukleotydów w mRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Co oznacza, że kod genetyczny jest nienakładający się?

A

Rybosom nie cofa się do poprzedniego nukleotydu odczytując kodony mRNA. Informacja zakodowana jest w kolejnych trójkach nukleotydów i nie występują sytuacją, w kótrej jeden z nukleotydów jest częścią dwóch sąsiednich kodonów.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Co przedstawia, proszę ja Ciebie, ten rysunek?

A

różne możliwości występowania ramki odczytu

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Co to znaczy, że kod genetyczny jest uniwersalny?

A

znaczy to, że dotyczy wszystkich organizmów

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Co to za związek?

A

selenocysteina

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Co to znaczy, że kod genetyczny jest jednoznaczny?

A

dany kodon koduje tylko jeden aminokwas

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Co to znaczy, że kod genetyczny jest zdegenerowany?

A

jeden aminokwas może być kodowany przez kilka kodonów

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Czego dotyczy zasada tolerancji?

A

zawsze musi być zachowana zgodność jedynie między dwoma pierwszymi nukleotydami kodonu (mRNA) i antykodonu (tRNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Co to jest antykodon i kaj się znajduje?

A

jest to sekwencja trzech nukleotydów, których zasady są komplementarne do zasad kodonu danego aminokwasu na mRNA

znajduje się w tRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Z czego składa się tRNA?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Którą częścią tRNA łączy się z mRNA (i z którą jego częścią)?

A

antykodon (tRNA) łączy się z kodonem (mRNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Jakie znasz zmodyfikowane zasady tRNA?

A
  • tiourydyna
  • inozyna
  • rybotymidyna
  • pseudourydyna
  • dihydrourydyna
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Co to jest?

A

inozyna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Co to jest za związek?

A

rybotymidyna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Co to jest za związek?

A

pseudourydyna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Co to jest za związek?

A

dihydrourydyna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Za co odpowiedzialne jest ramię akceptorowe tRNA?

A

za wiązanie aminokwasu

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Za co odpowiedzialne jest ramię antykodonowe tRNA?

A

za rozpoznawanie kodonów w mRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Jaki enzym katalizuje reakcję przyłączenia aminokwasu do tRNA?

A

syntetaza aminoacylo-tRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Jaka jest dość istotna zdolność syntetaz aminoacylo-tRNA?

A

sprawdzanie poprawności wprowadzonego aminokwasu i korekcja błędów

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Czy amiokwas ma jakiś wpływ na to co dzieje się po przyłączeniu go do tRNA?

A

nie, od chwili przyłączenia to tRNA decyduje o dalszych losach aminokwasu (aminokwas nie jest rozpoznawany)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Co to jest translacja?

A

proces syntezy łańcucha polipeptydowego białek na matrycy mRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Czy translacja jest chaotyczna, czy przebiega w określonym porządku?

A

jest to proces, który przebiega w określonym porządku

najpierw przebiega inicjacja, następnie wydłużanie łańcucha polipeptydowego, czyli elongacja, a na końcu zakończenie syntezy czyli terminacja

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

W jakim kierunku odbywa się biosynteza łańcucha polipeptydowego podczas translacji?

A

od N-końca do C-końca łańcucha polipeptydowego

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

W jakim kierunku rybosomy “czytają” mRNA?

A

od 5’ do 3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Gdzie odbywa się translacja i co to znaczy?

A

translacja odbywa się na polirybosomach (nazywanych również polisomami

oznacza to, że jedna cząsteczka mRNA może być “czytana” jednocześnie przez kilka rybosomów

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

W jaki sposób odbywa się wydłużanie łańcucha polipeptydowego podczas translacji?

A

odbywa się poprzez dodawanie aminokwasów do końca C polipeptydu recydującego poprzez tRNA na rybosomach

31
Q

Jak wygląda polisom(polirybosom)?

A
32
Q

Gdzie w mRNA zachodzi inicjacja u prokaryota podczas translacji?

A

sekwencja Shine-Dalgarno

33
Q

Kodon stary to (nazwa aminokwasu i sekwencja):

A

AUG - metionina

34
Q

Wymień etapy inicjacji (w translacji):

A
  1. Rybosom dysocjuje na podjednostki 40S i 60S
  2. Powstaje kompleks zwany kompleksem preinicjacyjnym. Kompleks ten tworzą: inicjujący tRNA, którym jest Met-tRNAi, GTP, eIF-2 oraz podjednostka 40S.
  3. Do kompleksu preinicjacyjnego wiązany jest mRNA. Powstaje kompleks inicjacyjny 40S.
  4. Podjednostka 60S asocjuje z kompleksem inicjacyjnym 40S tworząc kompleks 80S.
35
Q

Opisz pierwszy etap inicjacji (w translacji):

A

rybosom dysocjuje na podjednostki 40S i 60S

36
Q

Opisz drugi etap inicjacji (w translacji):

A

Powstaje kompleks zwany kompleksem preinicjacyjnym. Kompleks ten tworzą: inicjujący tRNA, którym jest Met-tRNAi, GTP, eIF-2 oraz podjednostka 40S.

37
Q

Opisz trzeci etap inicjacji (w translacji):

A

Do kompleksu preinicjacyjnego wiązany jest mRNA. Powstaje kompleks inicjacyjny 40S (48S).

38
Q

Opis czwarty etap inicjacji (w translacji):

A

Podjednostka 60S asocjuje z kompleksem inicjacyjnym 40S tworząc kompleks inicjacyjny 80S.

39
Q

Z czego pochodzi energia konieczna do wytworzenia inicjującego biosyntezę białka kompleksu 80S?

A

z hydrolizy GTP związanego z eIF-2

40
Q

Co ma na celu cykl eIF-2 i jak przebiega??

A

Jest to odtworzenie kompleksu eIF-2-GTP po hydrolizie GTP podczas inicjacji translacji. GDP musi zostać wymieniony na GTP. Dokonanie tej wymiany jest rolą czynnika inicjującego eIF-2B, nazywannego również czynnikiem wymiany nukleotydu (guanine nucleotide exchange factor - GEF).

41
Q

Co to jest elongacja?

A

proces wydłużania łańcucha polipeptydowego, który odbywa się w trakcie biosyntezy białka w rybosomie

42
Q

Wymień etapy elongacji:

A
  1. wprowadznie następnego aminoacylo-tRNA do miejsca A
  2. hydroliza GTP, zmiana konformacji rybosomu
  3. tworzenie wiązania peptydowego
43
Q

Opisz pierwszy etap elongacji:

A

wprowadznie następnego aminoacylo-tRNA do miejsca A

44
Q

Opisz drugi etap elongacji:

A

hydroliza GTP, zmiana konformacji rybosomu

45
Q

Opisz trzeci etap elongacji:

A

tworzenie wiązania peptydowego

46
Q

Jak odczytywany jest mRNA podczas translacji?

A

od końca 5’ do końca 3’

47
Q

W jakim kierunku zachodzi synteteza łańcucha polipeptydowego podczas translacji?

A

N → C

od końca NH2(N) do końca COOH (C)

48
Q

Jak wygląda tworzenie wiązania peptydowego podczas translacji?

A
49
Q

Przez co katalizowana jest reakcja powstawania wiązania peptydowego?

A

transferazę peptydylową

50
Q

Gdzie znajduje się transferaza peptydylowa?

A

w sekwencji 23S rRNA dużej podjednostki rybosomu bakteryjnego, a przypuszczalnie w obrębie 28S rRNA u eukariota

51
Q

Z czego pochodzi energia potrzebna do wytworzenia wiązania peptydowego?

A

pochodzi z ATP hydrolizowanego w trakcie reakcji aktywacji aminokwasu

52
Q

Co to jest terminacja?

A

zakończenie translacji

53
Q

Które kodony to kodony terminacji?

A

UAA, UAG, UGA

54
Q

Jak przebiega terminacja?

A
  • utworzenie kompleksu białkowy czynnik terminacyjny-GTP
  • hydroliza GTP
  • peptydylotransferaza działa jak hydrolaza
55
Q

Przez co produkowane są antybiotyki?

A

produkowane są naturalnie przez mikroorganizmy - bakterie, promienice i grzyby

od wielu lat (przeszło 60) także (sztucznie) syntetyzowane przez człowieka

56
Q

Jak działają antybiotyki (ogólnie)?

A
  • bakteriobójczo
  • bakteriostatycznie

poprzez hamowanie różnych etapów biosyntezy białka

57
Q

Jaki jest problem adaptacji antybiotyków?

A

selekcja szczepów opornych

58
Q

Jakie znasz inhibitory transkrypcji?

A
  • rifampicyna
  • α-amanityna
59
Q

Jaką stałą sedymentacji ma streptomycyna i jak działa?

A

30S

powoduje błędny odczyt mRNA, hamuje inicjację łańcucha peptydowego

60
Q

Jak działa tetracyklina?

A

hamuje wiązanie aa-tRNA do podjednostki rybosomu

61
Q

Gdzie znajduje się puromycyna i jak działa?

A

50S i 60S

powoduje przedwczesną terminację

62
Q

Gdzie występuje chloramfenikol i jak działa?

A

50S

blokuje transferaze peptydylową (brak tworzenia nowych wiązań peptydowych)

63
Q

Gdzie występuje cykloheksimid i jak działa?

A

50S

blokuje transferaze peptydylową (brak tworzenia nowych wiązań peptydowych)

64
Q

Wymień znane Ci inhibitory biosyntezy białka u eukariota:

A
  1. rycyna
  2. α-sarcyna
  3. toksyna błonicy
65
Q

Skąd pochodzi i jak działa rycyna?

A

to inhibitor biosyntezy białka

pochodzi z: rącznik pospolity, trująca roślina, olej rycynowy z owoców

N-glikozylaza, usuwa adeninę z 28S rRNA (podjednostka 60S)

66
Q

Skąd pochodzi i jak działa α-sarcyna?

A

jest to inhibitor biosyntezy białka

pochodzi z grzybów

endonukleaza - przecina 28S rRNA (podjednostka 60S)

67
Q

Co syntetyzują “wolne” (cytoplazmy) rybosomy?

A

Synteza białek:

  • cytozolu
  • mitochondriów
  • jądrowych
  • peroksysomów
  • wewnętrznej strony błony komórkowej
68
Q

Co syntetyzują “zakotwiczone” (siateczki szorstkiej) rybosomy?

A

Synteza białek:

  • siateczki śródplazmatycznej
  • lizosomów
  • zewnętrznej strony błony komórkowej
  • wydzielnicze (pozakomórkowe)
69
Q

Na czym opiera się mechanizm sortowania białek?

A

na odczytywaniu sekwencji sygnałowych białek i wysyłanie ich do odpowiedniego miejsca w komórce (jądro, błona itp.)

70
Q

Jak wygląda model kierowania białek do organelli subkomórkowych: mitochondriów, peroksysomów, jądra?

A
71
Q

Za co odpowiedzialne są białka chaperonowe?

A

białka chaperonowe (opiekuńcze) odpowiedzialne są za prawidłowe zwijanie się innych białek

72
Q

Czym jest receptor dla SRP?

A

Jest to kompleks rozpoznający sekwencje sygnałową.

Receptor SRP jest białkiem wiążącym GTP posiadającym aktywność GTPazy.

73
Q

Jak wygląda regulacja aktywności dla SRP?

A