Transcription SAU 24 Flashcards
Redegøre for RNA hovedtyperne
Redegøre for RNA polymerase funktion
RNA polymerase danner RNA ud fra DNA. Der er 3 typer:
- RNA polymerase II: rRNA
- RNA polymerase II: mRNA
- RNA polymerase III: tRNA
Redegøre for en promoters funktion, herunder TATA-boks og transskriptionsinitiering
En promoter er en DNA-sekvens i starten af genet, der regulerer genets ekspression. TATA-boksen er en sekvens i en DNA protomter, der genkendes af generelle transkriptionsfaktorer.
Redegøre for funktionen af generelle (basale) transkriptionsfaktorer
De generelle transkriptionsfaktorer hjælper med tiltrækning og aktivering af RNA polymerase. TATA-boks binding protein TFIID binder til TATA-boksen, hvorefter TFIIB også kommer til. Herefter tiltrækkes andre transkriptionsfaktorer, såsom TFIIH. TFIIH splitter DNA’et op og fosforylerer RNA polymerasens hale, hvilket sætter transkriptionen i gang. Herefter dissocierer de fleste generelle transkriptionsfaktorer.
Redegøre for transkriptionens faser (initiering, elongering og terminering)
- Initiering: initieringsfasen består af samlingen af RNA polymerase og de generelle transkriptionsgaktorer omkring TATA-boksen i genets promoter.
- Elongering: Elongeringen starter ved, at TFIIH fosforylerer RNA polymerasens hale, hvilket sætter RNA polymerasen i gang. Samtidig dissocierer de fleste generelle transkriptionsfaktorer. Under elongeringen klippes introns løbende ud af spliceosomer (indeholder snRRPs), og efter ca. 25 nukleotider, tilføjes 7-methyl-guanosin til 5’ enden gennem en 5’-5’ triphosohatbro.
- Terminering: transkriptionen afsluttes med poly-A modifikation af 3’ enden af mRNA’et.
Redegøre for forskelle og ligheder mellem pro- og eukaryot transkription
Generelt er alt i eukaryote celler mere kompleks end i prokaryote celler. I prokaryote celler binder RNA polymerasen til en sigma faktor, hvorefter komplekset binder til DNA. Her fortsætter komplekset langs DNA’et, indtil det møder en promoter, hvorefter sigmafaktoren slippes, og RNA polymerasen starter transkriptionen hen ad DNA’et alene, indtil RNA polymerasen møder en terminator.
Opgave 3
Opgave 4
a. Briefly describe how a northern blotting analysis is performed.
Først oprenser man RNA. Derefter tilsætter man det til en agarose gel, og tilsætter strøm. De lette RNA’er vil komme længst, mens de tunge kommer kortest.
b. Insulin mRNA is only detected in lane 5. Why?
Fordi bane 5 er tager fra pancreas, der producerer insulin. ergo må det kun være i pancreas, man forventer at insulin bliver fundet i.
c. Beta-actin mRNA bands are detected in all lanes. Why?
Beta-actin er en cytoskelet komponent, og vil derfor transcriberes i alle celler. Det er udtrykt i alle celler. Det er et husholdningsgen.
d. Why it is necessary to visualize beta-actin mRNA in this experiment?
Til at lave kontrol. For at tjekke at forsøget bliver gjort korrekt. FOr at se, at der kommet lige meget i. Kontrol af eksperimentet. Har vi fået oprenset lige meget RNA.
Opgave 5
Det er kun 3’-enden man kan sætte noget på i PCR.
Forskelle: transcription skal ikke bruge primer. T erstattes med U i transcription. Der er ikke proofreading for transcription, derimod er det vigtigt der er proofreading i DNA replikation.
Ligheder:
5’-3’ retning. Begge har polymerase. Der bliver brugt template. Energien til processen kommer fra at spalte phosphat ester bindingerne. Begge processer foregår i cellekernen.
a. Are the RNA polymerases moving from right to left or from left to right?
b. Why are the transcripts so much shorter than the DNA that encodes them?
c. Calculate the number of base pair (bp) in the transcription unit using the given length (2.5μm) for the transcription unit and information on the geometry of the DNA helix (0.34nm/bp)
Armene, der stikker ud er nysyntetiseret rRNA
