Transcription - Dr. Rokeach (par: Elizabeth Romero) Flashcards
c’est quoi le flux de l’information génétique?
la transcription génère quoi? qui est synthétisé par quoi?
génère un polymère de ribonucléotides
qui est synthétisé par une ARN polymérase
l’ARN polymérase synthétise dans quelle direction?
5’—>3’
l’ARN est synthétisé sur quel brin, et ce dernier est lu dans quelle direction?
sur le brin matrice qui est lu de 3’ à 5’
l’ARN transcrit à partir du brin matrice est complémentaire ou identique à celui-ci?
complémentaire (l’ARNt est identique au brin codant)
L’ARN transcrit est la même séquence que quel brin? mais quelle est la différence avec celui-ci?
séquence du brin d’ADN codant mais avec des ribonucléotides au lieu de désoxyribonucléotides, et de U au lieu de T
c’est quoi la différence entre la structure de l’ARN vs la structure de l’ADN?
qu’est-ce qui fait que l’ARN a une structure secondaire et tertiaire?
l’interaction entre ses bases
quel est l’élément particulier de structure secondaire de l’ARN?
correction: la structure tertiaire****
pseudoknot (quand 2 boucles se rencontrent
à part le pseudoknot, qu’est-ce qui permet de tenir ensemble la structure secondaire et tertiaire de l’ARN?
appariement de bases par des ponts H
la transcription se fait grâce à quelle protéine?
ARN polymérase
Comment se fait le déroulement de l’ADN lors de la transcription?
déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN et au fur et à mesure que
l’ARN polymérase se déplace reformation de la double hélice en arrière
c’est quoi un hétéroduplex?
courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée transitoirement (~9 nuc.)
c’est quoi les 4 caractéristiques des ARN polymérases?
- L’ARN polymérase synthétise l’ARN en copiant d’un brin matrice d’ADN
- Transcrit de 5’ à 3’ (brin matrice de l’ADN doit être lu de 3’ à 5’)
- Ne nécessite pas d’amorce
- Crée des liens phosphodiesters entre les nucléotides en son site actif
Pourquoi l’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce?
peut être dû au fait que la transcription n’a pas à être aussi précise que la réplication d’ADN puisque les erreurs ont une durée de vie limitée correspondant à la durée de vie du transcrit
Les cellules eucaryotes utilisent combien d’ARN polymérases
3
V ou F, les ARN polymérases des eucaryotes produisent 1 seul type d’ARN
FAUX, ils produisent plusieurs types d’ARN
quels sont les 4 types d’ARN des cellules eucaryotes?
- ARNm
- ARNr
- ARNt
- petits ARN
à quoi servent les ARNm**?
codent pour des protéines: ARNnc ARN non-codants (miRNA, lncRNA)
quelle ARN polymérase synthétise les ARNm**?
ARN polymérase II
à quoi servent les ARNr**?
composent les ribosomes
quelle ARN polymérase compose les ARNr**?
ARN polymérase I
à quoi servent les ARNt**?
servent d’adaptateurs lors de la synthèse protéique
quelle ARN polymérase synthétise les ARNt**?
ARN polymérase III
les petits ARN servent à quoi?
sont utilisés dans différents processus cellulaires (snRNA, snoRNA)
quelle est l’ARN polymérase qui synthétise les petits ARN?
ARN polymérase III
La polymérase nécessite quoi pour initier et terminer la transcription
des facteurs protéiques et des signaux dans l’ADN
où commence et où termine la transcription?
commence au promoteur et se termine au terminateur
c’est quoi le promoteur?
signal d’initiation de la transcription
c’est quoi le terminateur
Signal de terminaison de la transcription
et site de terminaison
quel est le facteur qui va sélectionner le promoteur du gène à transcrire chez les procaryotes pour initier la transcription?
facteur σ (sigma)
le facteur σ s’associe à quoi chez les procaryotes? pour former quoi?
à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription
décrivez de manière brève les 3 étapes de la transcription procaryote
- INITIATION: Les facteurs sigma (σ) chez les procaryotes s’associent à la polymérase pour former le complexe d’initiation de la transcription et L’ARN polymérase est recrutée au niveau du promoteur
-
ÉLONGATION: Le facteur sigma (σ) est relâché
quelques 10 nucléotides après initiation de la transcription et donc l’ARN polymérase fait la synthèse - TERMINAISON: L’ARN polymérase est relâchée de l’ADN au niveau d’un signal de stop (arrêt de la transcription)
sur cette image, que représentent les chiffres? en comptant à partir de quoi?
les positions des nucléotides en comptant à partir du premier nucléotide transcrit
le premier nucléotide transcrit est désigné par quelle numérotation?
+1
L’asymétrie du promoteur (par exemple le fait que la séquence conservée à -35 est située en amont de la séquence à -10) sert à quoi?
oriente la polymérase et détermine la direction de la transcription
le promoteur est sur le brin matrice ou le brin codant?
brin codant
quelle est la séquence promoteur située à -10 chez les procaryotes? et elle est située où encore + précisément?
TATAAT située environ 10 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription
La séquence TATAAT (-10) sert à quoi?
sert de point de repère pour l’assemblage du
complexe d’initiation de la transcription
c’est quoi une séquence consensus?
c’est la séquence idéale: c’est ce qu’on retrouve pour la plupart dans chaque position de promoteur
+ la séquence est similaire à la séquence consensus, …
plus grande sera l’affinité du facteur σ et l’efficacité de la transcription (+ le promoteur va être fort donc + l’ARN polymérase va rester fixée)
comment appelle-t-on les courts motifs espacés colorés en vert sur la photo?
boîtes -10 et -35
Plusieurs facteurs σ bactériens reconnaissent une telle paire de courts motifs espacés, appelés boîtes -10 et -35 à cause de quoi?
de leur distance du site d’initiation de la transcription
La position de cette séquence consensus dicte quoi?
- le brin à utiliser
- le sens de la transcription
V ou F: les procaryotes possèdent 1 seul facteur σ
FAUX: Les procaryotes possèdent
typiquement plusieurs facteurs σ, chacun
ayant sa propre spécificité de séquence
Tous les facteur σ des procaryotes interagissent avec quoi et sont responsables de quoi?
interagissent avec l’ARN polymérase et sont
responsables de la reconnaissance de la séquence
promotrice sur l’ADN
décrivez les 7 étapes de la transcription procaryote + en détail
1) Le facteur sigma s’associe à l’ARN
polymérase avant la transcription. Ce complexe
ira se fixer sur le promoteur.
2) Le contact de l’ARN polymérase avec le
promoteur entraîne l’ouverture locale de la double
hélice d’ADN -> bulle de transcription.
3) Initiation de la synthèse d’ARN à 50
ribonucléotides/seconde.
4-5) Relâchement du facteur sigma après la
synthèse d’une chaîne de ± 10 ribonucléotides
ET Élongation
6) Rencontre du signal de terminaison : il s’agit de la forme que prend l’ARN grâce aux appariements locaux(intramoléculaires).
Lorsque l’ARN se met sous cette forme, cela indique à l’ARN polymérase qu’elle doit être relâchée
7) L’ARN polymérase se détache, libérant l’ARN.
une fois que l’ARN polymérase se détache après la transcription procaryote, que peut-elle faire?
aller retrouver un facteur σ pour enclencher une nouvelle transcription
où se trouve le signal de terminaison de la
transcription encodée par l’ADN d’un procaryote?
À l’extrémité 3’ de l’ARN néo-synthétisée
La séquence d’ARN transcrite du signal de terminaison permet la formation de quoi?
d’une tige-boucle (hairpin, épingle à cheveux)
la formation d’une tige-boucle (hairpin, épingle à
cheveux) crée quoi et à quel niveau?
qui crée une contrainte au niveau du complexe de l’ARN polymérase: favorise le détachement de l’ARN
polymérase
c’est quoi la nature du signal de terminaison chez les procaryotes?
La séquence en tige-boucle riche en G-C suivi d’une série de U cause la terminaison de la transcription chez les procaryotes
lequel est + complexe: le promoteur eucaryote ou procaryote?
le promoteur eucaryote est beaucoup + complexe
qu’est-ce qui sert sert de point de repère pour l’assemblage du complexe d’initiation de la transcription chez les eucaryotes?
La boîte TATA située environ 25 paires de bases en amont du site d’initiation de la transcription
qu’est-ce qui se lie à la boîte TATA des eucaryotes?
Des facteurs généraux de la transcription reconnaissent et se lient à ces séquences
quelle est la protéine qui fait la transcription chez les eucaryotes (quelle ARN polymérase)?
ARN polymérase II
Des facteurs généraux de transcription (eucaryotes) s’associent à quoi? pour former quoi?
à l’ARN polymérase II pour former le complexe d’initiation de la transcription
c’est d’abord quoi qui s’associent à l’ADN du promoteur chez les eucaryotes et cela permet quoi?
les facteurs de transcription généraux s’associent à l’ADN du promoteur (et non le complexe d’initiation au complet dès le départ, contrairement aux procaryotes), ce qui permet à l’ARN
polymérase II de se lier
le promoteur des eucaryotes est caractérisé par quoi?
par la boîte TATA, qui se trouve à -25
les multiples facteurs généraux de transcription (« GTFs ») impliqués dans la transcription eucaryote on peut les appeler comment aussi?
TFII pour transcription factors II
V ou F: l’ARN polymérase chez les eucaryotes se fixe au niveau du promoteur et reconnaît le promoteur directement
Bien que l’ARN polymérase se fixe au niveau du promoteur, elle n’est fixée à la boîte TATA que via les transcription factors et ne reconnaît pas le promoteur directement
quels sont les facteurs généraux d’initiation de la transcription chez les eucaryotes
- TFIID (avec TBP et TAF subunits)
- TFIIB
- TFIIF
- TFIIE
- TFIIH
quel est le rôle de la sous-unité TBP de TFIID?
reconnaît la boîte TATA
quel est le rôle de la sous-unité TAF de TFIID?
- reconnaît d’autres séquences d’ADN près du point de départ de la transcription
- régule la liaison de la TBP à l’ADN
c’est quoi le rôle de TFIIB?
- reconnaît l’élément BRE dans les promoteurs
- positionne de manière précise l’ARN polymérase au début du site de transcription
c’est quoi le rôle de TFIIF?
- stabilise les interactions de l’ARN polymérase avec TBP et TFIIB
- aide à attirer TFIIE et TFIIH
c’est quoi le rôle de TFIIE
attire et régule TFIIH
C’est quoi les 3 rôles de TFIIH?
- déroule l’ADN au point de départ de la transcription (séparation des 2 brins durant l’initiation)
- phosphoryle Ser5 de l’ARN polymérase CTD
- relâche l’ARN polymérase du promoteur
quelle est la toute première étape de la transcription chez les eucaryotes?
Reconnaissance de la boite TATA (-25 ) par TFIID
(complexe composé de TBP, TATA Binding Protein)
que se passe-t-il lors de la transcription eucaryote après reconnaissance de la boite TATA (-25 ) par TFIID?
Recrutement de TFIIB par TFIID lié à l’ADN
que se passe-t-il lors de la transcription eucaryote après recrutement de TFIIB par TFIID lié à l’ADN?
Recrutement de l’ARN polymérase II + de facteurs généraux de transcription (TFIIF, TFIIE, TFIIH) et ils forment le complexe d’initiation de la transcription
Ils sont recrutés sur l’ADN et favorisent ouverture de l’ADN pour permettre la transcription
que se passe-t-il lors de la transcription eucaryote après la formation du complexe d’initiation de la transcription? cela favorise quoi?
Phosphorylation de la queue C-terminale de l’ARN polymérase par la kinase TFIIH, ce qui favorise le désengagement de la polymérase des protéines du complexe d’initiation, cela donne le signal de départ
que se passe-t-il lors de la transcription eucaryote après phosphorylation de la queue C-terminale de l’ARN polymérase
par la kinase TFIIH? cela annonce quoi?
L’action de TFIIH entraîne une séparation des deux
brins de l’ADN (c’est une ouverture locale) et une
phosphorylation d’une partie de l’ARN
polymérase.
Cela annonce à l’ARN polymérase que
tout est en place pour commencer la transcription
Cette phosphorylation de l’ARN polymérase II (lors de la transcription chez les eucaryotes) entraîne la libération de quoi? qu’est-ce qui n’est pas libéré?
des autres facteurs de transcription (TFIIB, TFIIE, TFIIF et TFIIH) pour qu’elle puisse commencer l’élongation de la chaîne d’ARN
TFIID avec TBP n’est pas libéré
suite à la phosphorylation de l’ARN polymérase II qui libère les autres facteurs de transcription (lors de la transcription des eucaryotes), que se passe-t-il?
Début de la synthèse de l’ARN (une fois tous ces
facteurs libérés)
V ou F: Les ARN des eucaryotes sont transcrits et modifiés simultanément dans le noyau
VRAI
La terminaison chez les eucaryotes est couplée à quoi?
à la polyadénylation (à voir plus tard maturation des ARN)
Le terminateur chez les eucaryotes est une séquence dans le pré-ARNm transcrit qui est aussi le signal de quoi?
de polyadénylation: AAUAAA
Chez les eucaryotes, que se passe-t-il au pré-ARNm et cela donne lieu à quoi?
le pré-ARNm est clivé et polyadénylé : et donc la polymérase se détache
