Transcription des Eucaryotes : transcription par pol II et étude des régions promotrices (CC2)

Question 1

Ou a lieu la transcription et la traduction chez les eucaryotes ?

Answer 1

Transcription a lieu dans le noyau tandis que traduction a lieu dans le cytoplasme.

Question 2

De combien de sous unités sont constituées les ARN pol II eucaryotes ?

Answer 2

De 12 sous unités.

Question 3

En quoi consiste la “grande” sous unité de l’ARN pol II ?

Answer 3

il s’agit d’un motif (CTD) de 7 acides aminés répétés.

Question 4

Comment se comporte le motif (CTD) lors de l’initiation ? Lors de l’élongation ?

Answer 4

Lors de l’initiation, pas phosphorylé mais se fait dès l’élongation par P TEFb.

Question 5

Que se passe-t-il quand S5 du CTD est phosphorylé ?

Answer 5

A une interaction avec l’enzyme responsable du coiffage : mise en place de la coiffe.

Question 6

Vers ou se situe le core promoteur ?

Answer 6

Entre -40 et +40.

Question 7

Qu’est-ce que renferme le core promoteur ?

Answer 7

Renferme des éléments reconnus par les facteurs de transcription. très diversifiés, et modulables.

Question 8

Dans quel % de gènes transcrits retrouve-t-on une TATA box et ou se situe-elle généralement ?

Answer 8

Dans environ 10% des gènes transcrits, se situe à 20 pbs du site +1 (en amont).

Question 9

Le facteur TFIIB reconnaît quel motif ?

Answer 9

Reconnaît BRE.

Question 10

Ou se fait la transcription dans tous les gènes sans TATA box ?

Answer 10

A différents endroits, dans une fenêtre de 100 pbs.

Question 11

Comment étudier les éléments promoteurs ?

Answer 11

On effectue une comparaison des régions promotrices, pour voir si des séquences sont conservées et sont alors impliquées dans la transcription.

Question 12

Quelle est la démarche expérimentale pour comparer les régions promotrices ?

Answer 12

On isole un fragment d’ADN contenant les motifs.
On l’insère dans un vecteuravec un gène rapporteur.
On fait un extrait cellulaire dans lequel on teste l’activité luciférase.
On réalise des expériences de délétion et mutation pour voir quel motif est important, toujours en étudiant l’activité luciférase.

Question 13

Lors d’une insertion en vecteur, à quoi sert un gène rapporteur et comment fonctionne-t-il ?

Answer 13

Le gène rapporteur permet de vérifier si il y a bien transcription, et ce en codant pour une luciférase qui émet donc de la lumière. + de lumière = + de transcription.

Question 14

Quel inconvénient de faire des délétions par rapport aux mutations pour comparer des régions promotrices ?

Answer 14

Si on fait des délétions, on change les distances entre les éléments.

Question 15

Comment étudier le promoteur d’un gène codant pour un messager ?

Answer 15

La région promotrice d’un gène est définie par rapport au site +1. Si on compare la séquence d’ADNc à la séquence du génome on peut restituer la position du site +1 dans le génome car elle correspondra la région 5’ de l’ADNc. Mais celui-ci devra donc être complet.

Question 16

A quoi sert une chromatgraphie avec support d’oligo-T ?

Answer 16

C’est une chromatographie sur laquelle seuls les ARNm avec un poly-A sont retenus.

Question 17

Comment obtenir l’ADNc voulu à partir d’un ARNm ?

Answer 17

On fait une chromatographieavec support d’oligo-T, retenant les ARN avec poly-A. Puis, on les hybride à un oligo-T, et avec une réverse transcriptase, on obtient l’ADNc de l’ARNm.

Question 18

Lorsque la réverse transcriptase produit un ADNc à partir d’un ARNm, quelle amorce utilise-t-elle ?

Answer 18

Elle utilise le poly-Oligo-T formé après hybridation.

Question 19

Après l’obtention d’un ADNc à partir de l’ARNm, il reste l’ARNm. Comment le virer ?

Answer 19

Hydrolyse par NaOH.

Question 20

Que faire avec l’ADNc obtenu ?

Answer 20

On le duplique avec une ADN pol I.

Question 21

Quelle amorce utilise une ADN pol I ?

Answer 21

épingle à cheveux, toujours présente à l’extrémité 3’.

Question 22

Ou se situe la région des éléments régulateurs de la pol II ?

Answer 22

Se situe en amont (parfois a plusieurs centaines de kb) du +1, contenant les motifs reconnus par les facteurs de transcription

Question 23

QU’est ce que le promoteur proximal (ARN pol II)

Answer 23

Il s)agit de la rmgion de l’ADN comprise entre les positions -1 kb et +1 renfermant les éléments de séquences reconnus par des facteurs de transcription régulant l’activité transcriptionelle

Question 24

De quoi est dépourvu le core promoteur des vertébrés ?

Answer 24

Il n’a pas de nucléosomes

Question 25

Ou se fixe TBP au niveau de l’ADN ?

Answer 25

Il se fixe dans le petit sillon de l’ADN au niveau de la boite TATA, ce qui courbe l’ADN.

Question 26

Comment agissent les activateurs ?

Answer 26

Ils se fixent au niveau d’éléments de séquence appelés enhancer et activent la transcription soit en recrutant l’appareil transcriptionnel ou en modifiant la chromatine ou déplaçant les nucléosomes.

Question 27

Comment agissent les répresseurs ?

Answer 27

Ils entrainent une inhibition de l’expression des gènes en modifiant la chromatine avec des marques négatives, empêchant la formation du PIC

Question 28

Qu’est ce qu’un médiateur ?

Answer 28

C’est un complexe constitué de plus de 20 protéines pouvant jouer un role de co répresseur ou co activateur en faisant le lien entre l’enhancer et la polymerase II.

Question 29

Grace a quel facter se fait l’entrée en phase d’élongation ?

Answer 29

Grace a P TEFb

Question 30

Avec quel processus est couplé la terminaison de l’élongation ?

Answer 30

Avec la polyadenylation de l’extrémité 3’ des ARN.

Question 31

Que se passe-t-il a la terminaison ?

Answer 31

Quand les signaux de polyadenylation ont lieu, une endonuclease 5’3’ coupe l’ARNm mature et le libère, déstabilisant la polymerase qui se détache.

Question 32

Qu’est ce que l’ADNc ?

Answer 32

C’est l’ADN complémentaire a l’ARNm

Question 33

Comment obtenir de l’ADNc double brin ?

Answer 33

1) on hybride notre messager avec un oligo T.
2) on utilise une réverse transcriptase et 4 dNTPs pour synthétiser le premier brin d’ADNc en se servant comme amorce des oligo T
3) on utilise une RNase H pour dégrader l’ARNm*
4) On utilise 4 dNTPs, une polymerase et des Mg2+ pour synth le 2e brin d’ADNc.

Question 34

Qu’entend on par étiqueter l’ARN en 5’ ?

Answer 34

On remplace la coiffe par un oligonucléotide de séquence connue, en utilisant une RNA ligase.

Question 35

Comment synthétiser un ADNc complet ?

Answer 35

Avec l’ARNm complet; on l’étiquette en 5’ puis on se sert de cette étiquette et de la polyA comme amorce pour synthétiser le cDNA entier.

Question 36

Que fait une RNA ligase ?

Answer 36

Catalyse la formation d’une liaison phosphodiester entre deux molécules d’ARN, les liant.

Question 37

Comment obtient on une banque de cDNA ?

Answer 37

En gros on produit le cDNA, on se débarasse de l’ARNm qui nous a servi a le produire, puis on l’amplifie par PCR; on le découpe avec ER et le séquence.