Analyse du Transcriptome Flashcards
A quoi sert l’analyse glboale du transcriptome ?
Permet d’identifier l’ensemble des gènes qui s’expriment dans un type cellulaire donné. Met aussi en évidence les ARN non codants, les aberrations génomiques (cancer), et des ARNm obtenus par d’autres mécanismes.
Comment obtient-t-on une solution d’ARN totaux ?
1) Broyage des cellules dans un tampon adapté
2) Extraction des ARN par addition de phénol et centrifugation
3) Précipitation des ARN dans l’éthanol avec NaCl, puis centrifugation.
Comment faire l’analyse d’une population complexe d’ARN en utilisant une population connue et bien caractéristique d’acides nucléiques ou d’oligonucléotides ?
On fait une hybridation des acides nucléiques.
Quelles sont les cibles et la sonde utilisées pour une hybridation des acides nucléiques ?
Cible : les ARNs que l’ont veut détecter.
Sonde : ARN ou oligonucléotide de séquence connue, utilisée pour s’hybrider à l’ARN d’interêt.
Qu’est-ce qu’un Duplex Hétérogène ?
C’est le complexe formé par la sonde hybridée à la cible !
Une fois l’hybridation faite, que faire des la sonde ou de la cible ?
On les fixe à un support solide : sonde sur plaque en verre si puce à ADN, ou ARN cible sur membrane dans le cas d’un Southern ou Northern
Définir la Stringence d’hybridation.
Il s’agit du degré de tolérance de mésappariements de bases dans les hétéroduplex.
Qu’indique une stringence faible ?
Certains mésappariements peuvent devenir stables, en diminuant la T° ou en augmentant la concentration en sels monocationiques Na+.
Qu’indique une stringence élevée ?
Seuls les appariements forts subsistent.
Quel est le comportement des ions Na+ vis à vis des HBOND ? Qu’en est il pour les molécules fortement polaires ?
Les ions Na+ renforcent les HBOND, tandis que les molécules fortement polaires les détruisent.
Qu’est-ce que le Northern ?
C’est une technique qui permet de détecter un transcrit et les variants issus d’un épissage, en ciblant les ARN totaux fixés sur la membrane.
Qu’est-ce que les Puces à ADN ?
C’est une technique d’analyse globale qui peret de détecter tous les transcrits issus de l’expression du génome. Cible : cDNA correspondant à la totalité des ARN, présents dans la cellule.
Donner les 5 étapes d’un NB.
Electrophorèse sur gl d’agarose en conditions dénaturantes
Transferts des ARN sur une membrane
Fixaton des ARN sur la membrane
Hybridation avec une sonde marquée spécifiquement d’un ARN donné
Révélation.
Donner les 4 étapes d’une Puce à ADN.
Produire la puce
Traiter les ARN totaux ou les ARNm
Effectuer l’hybridation
Analyser les résultats.
Donner la structure générale d’une puce.
C’est une plaque de verre présentant des cellules, dans lesquelles se trouvent des millions d’oligonucléotides identiques (sonde) qui peuvent s’hybrider spécifiquement à un ARNm.
