Transcripción Flashcards
Cuales son las secuencias que constituyen a un gen?
Secuencia reguladora (+1) y codificante (corriente abajo, numeración aumenta)
Donde se localizan los genes a lo largo del ADN?
El locus
Con qué señal se denota el inicio de la transcripción?
+1.
Qué numeración se le denota a las rgeiones por encima y por debajo del +1?
Conforme va dirigiéndose al EXTREMO 3’ (corriente ABAJO - debajo del +1), la numeración AUMENTA = región CODIFICANTE
Conforme se dirige el EXTREMO 5’ (corriente ARRIBA, por encima del +1), la numeración es NEGATIVA, iniciando con -1 = región REGULATORIA
Qué son los intrones y extrones y dónde se encuentran
En la región codificadora.
Los intrones son regiones que NO serán traducidas y los extrones son regiones que SI serán traducidas
A través de que proceso los intrones serán expulsados?
Corte y empalme alternativo
Qué son las secuencias consenso?
Secuencias que actúan como marcadores de reconocimiento, se unen a FT y otras proteínas que reconocen secuencias específicas
Qué es la región promotora?
Región reguladora que determina el inicio de la síntesis de ARN. Posee secuencias de consenso.
Cuales son ejemplo de secuencias de consenso?
- TATA (8pb A-T): -31-25pb cerca del inicio de la trasncripción
- Secuencia iniciadora (Inr): -3 y +5
Como se le denomina a los promotores que carecen de la caja TATA?
TATA menos
Qué es el DPE?
Downstream promotor element localizado a +28 +32 pb
Cómo se clasifican los promotores?
Promotores fuertes y débiles
Qué son los promotores fuertes?
Cuando la maquinaria de transcripción que poseen los genes PROCARIOTAS Y VIRALES se unen de forma eficaz = tasa de transcripción es ELEVADA
Qué son los promotores débiles?
Son genes EUCARIOTAS, tienen inicio de transcripción POCO FRECUENTES.
Requieren secuencias accesorias en promotores proximales
Cuales son las secuencias accesorias contenidas en promotores proximales usadas por los promotores débiles?
- Cajas CG
- CAAT
- Octámero
Qué son los enhancers?
+ potenciadores / activadores
+ secuencias amplificadoras que AUMENTAN la transcripción del gen
+ favorecen superenrrollamiento, favoreciendo union de FT, favoreciendo inicio de transcripción
Qué son los silenciadores (silencers)?
+ modifican la estructura de la cromatina evitando que los genes se active
+ alteran el corte y empalme, evitando maduración
+ crean señales de bloqueo
+ reclutan FT represores
Cuales son los tipos de silenciadores?
- secuencias aisladoras
- secuencias de corte y emplame aceptadora y donadora
- BRE
Que son las secuencias aisladoras?
Inhiben la acción de los potenciadores o silenciadores, su
acción es bloquean la transmisión de la señal de un sitio a otro en el ADN.
Qué son las secuencias de corte y empalme aceptadora y donadora?
se ubican en extremos
5’ y 3’ de los intrones, los cuales poseen nucleótidos GU al INICIO y nucleótidos AG al FINAL, con una región intermedia rica en pirimidinas que FACILITA CORTE DE INTRONES
Qué es el BRE?
Elemento de reconocimiento de TFIIB en eucariotas
V o F: transcripción es menos preciso que la replicación
veradero, hay un error c/10,000 NC mientras que en la replicación se produce un error cada 1 millon de NC
En qué sentido sintetiza la cadena de ARNm la ARNpol?
5’-3’
de ARNpol requeridas en procariotas vs eucariotas
P: 1
E: 3
Subunidades de la ARNpol bacteriana
2 subunidades alpa y una subunidad de β, β’, σ y ω.
Las subunidades β, β’ Presenta homología, con la
subunidades de la Pol II (RPB1 y RPB2) eucariótica.
subunidades de la ARNpol eucariota
pol II: s transcribe la mayoría de los genes
Pol I y III: participan en la transcripción de genes codificadores de ARN. I
Pol I = ARNr (nucleolo) / Pol III = ARNr y subunidad 5S de ARNr
Pol IV y V: sintetizan ARN pequeños
4 características principales del inicio de la transcripción
- Requiere de la apertura del ADN y formación de la horquilla de transcripción
- Unión a la secuencia promotora de la maquinaria transcripcional, sobre todo la ARN pol (complejo cerrado)
- Cambio conformacional del ADN debido a la separación del ADN -Complejo abierto
- Solo una de las cadenas funciona como molde (3’-5’)
3 características principales de la elongación de la transcripción
- Inicia después de que la ARN pol haya agregado mínimo 10 nucleótidos.
- Durante esta etapa la secuencia transcrita se renaturaliza por el extremo 3’ y se desenrolla hacia el extremo 5’.
- Se revisa el copiado del ADN en el ARN sintetizado.
2 características principales de la terminación de la transcripción
- Es donde culmina la expresión del gen, se requieren de secuencias específicas.
- Ocurre la disociación de la maquinaria transcripcional del ADN.
verdadero o falso: arnpol bacteriana inicia transcripción en cualquier punto
verdadero, es circular
rol de las subunidades del arnpol bacteriano
- El factor sigma (σ): se une a la región promotora
- Subunidades α y ω: se unen a regiones activadoras del promotor, brindan
especificidad - subunidades β y β’: se encargan de la síntesis del ARNm
que es una holoenzima
todas las unidades de la ARN pol juntas
A qué regiones se unen las regiones sigma?
regiones -35 y -10
Con qué se remplaza la secuencia consenso si promotores carecen de esta?
Elemento UP, favorece unión de ARNpol al ADN
Con qué se remplaza la región -35 si promotores carecen de esta?
región -10 extendida, compensando la falta de -35
Importancia del elemento discriminador
se coloca corriente abajo del elemento -10 e influye en la
estabilidad del complejo entre la enzima y el promotor
Que poseen de importante las subunidades a?
dominios CTD (dominios C terminales) que son los
que se unen más fuertemente sobre el ADN., reconocen la región UP si esta presente.
Divisiones del factor sigma
4 regiones:
· 2 y 4 = reconocen las regiones -35 y -10 respectivamente
· 1 y 2 = reconocen también al discriminador
Qué es el NTD?
Un ligador flexible involucrado en la unión de los NC
Qué es la isomerización?
la transición de la RNA polimerasa y el DNA promotor desde un complejo cerrado a un complejo abierto.
En qué posiciones se produce la disociación de cadenas
-11 y +2
Cuales son los 3 modelos de síntesis abortiva?
- excursión temporal
- arrastre de oruga
- apretujamiento
explicar el modelo de excursión temporal
Este modelo sugiere que la RNA polimerasa se transloca temporalmente hacia adelante y luego hacia atrás a lo largo de la plantilla de DNA. En este proceso:
- La polimerasa se desplaza un poco más allá del promotor.
- Sintetiza un transcrito corto.
- Luego aborta la transcripción, libera el transcrito y regresa a su posición original sobre el promotor.
Explicar model de arrastre de oruga
Este modelo postula la existencia de un elemento flexible dentro de la RNA polimerasa que permite lo siguiente:
- Un módulo en la parte frontal de la enzima (donde se encuentra el sitio activo) se desplaza hacia adelante (corriente abajo).
- Sintetiza un transcrito corto.
- Aborta la síntesis y luego se retrae hacia el cuerpo principal de la polimerasa, que sigue unido al promotor.
Explicar el modelo de apretujamiento
Según este modelo:
- El DNA corriente abajo de la RNA polimerasa, que está estacionaria y unida al promotor, se desenrolla.
- Este DNA desenrollado se atrae hacia el interior de la enzima.
- El DNA acumulado dentro de la polimerasa forma prominencias monocatenarias, facilitando la síntesis de transcritos cortos antes de que sean abortados.
Después de pasar qué # de NC se desprende el promotor y factor sigma de la cadena?
9
Cuales son los tipos de revisión del transcrito?
- Edición pirofosforolítica
- Edición hidrolítica
Qué es la edición pirofosforolítica?
+ La RNA polimerasa utiliza su sitio activo para catalizar la eliminación de un ribonucleótido incorrectamente incorporado mediante una retro-reacción simple.
+ Este proceso implica la reincorporación de pirofosfato (PPi), permitiendo la corrección del error al añadir el nucleótido correcto.
Qué es la edición hidrolítica?
a polimerasa
retrocede en la distancia de un nucleótido o más y escinde el producto de RNA
para eliminar la secuencia que contiene el error por medio de factores Gre
Qué hacen los factores Gre?
ayudan a la polimerasa a superar las “detenciones” en las secuencias difíciles de transcribir y aseguran una elongación eficaz
Qué hacen las proteínas NusG?
Se une a la RNA polimerasa durante la elongación, promoviendo la eficiencia de los procesos de elongación y terminación de la transcripción
