TEMA 8 Flashcards
Com es de llargaria la vida de les cel pluripotents?
Es curta ja que es diferencien molt facilment. Es veritat que es poden mantenir en un estat de manera indefinida mitjançant TF (feeder cells)
Digues marcadors de cel embrionaries (ESC markers)
Glucolípids Proteoglicans Proteïnes transmembrana Factors de transcripció Oct4: Octamer – binding transcription factor 4. Nanog SOX2 (ft essencials pluripotencia)
Digues signalling pathways (cascades de senyalitazió) encarregats de la divisio i diferenciacio de cel mare pluripoents
Divisio (renovacio)
Lif/Stat3, Bmp and Wnt/β-catenin signaling pathways
Diferenciació
Fgf/ErK and calcineurin/NFAT signaling pathways promote differentiation
Com funcionen les cascades de senyalitazció?
Hi ha cascades de senyalització que oden activar FT amb altres factors de creixement som BMP4, Wnt,
LIF i integrines. Aquests FT estan sota diferents cascades que podem aconseguir que es mantinguin activades en cultiu. Hi ha cascades (integrines) que activen la transcripció i inhibeixen la diferenciació (continua la pluripotència).Les senyalitzacions per la pluripotencialitat les donen les cèl·lules del voltant
Com es pot saber que els TF son essencials per a la pluripotencia?
Si aïllem les cèl·lules en cultiu sense un FT en un
ratolí knock–out podem veure quins son els gens
del desenvolupament.
Sense Oct 4 en l’estadi E3.5 (3.5 dies) d’un embrió
de ratolí, ja no hi ha cèl·lules pluripotents (no
viable).Així doncs, un factor de transcripció indueix o reprimeix l’expressió d’un gen, i s’uneix a una seqüència de DNA promotor.
Què es el chip on chip?
El chip – on – chip és una tècnica que combina la immunoprecipitació de la cromatina (no tota perquè
n’hi molta) amb DNA microarray. S’utilitza per investigar les interaccions entre proteïnes i DNA, com per
exemple els factors de transcripció. L’objectiu d’aquesta tècnica és localitzar els llocs d’unió de les
proteïnes en el genoma per tal d’identificar elements funcionals d’aquest. És, per tant, un circuit regulador de la transcripció de les cèl·lules mare embrionàries
Passos del chip on chip
Crosslinking: Estabilitzar les unions, per a que tot quedi enganxat.
• Trossejar amb enzims de restricció.
• Immunoprecipitació.
Què és el chip-seq?
El chip – seq és un mètode usat per analitzar les interaccions de les proteïnes amb el DNA. Combina la immunoprecipitació de la cromatina però no necessita microarray. Avui en dia és la tècnica més utilitzada per a determinar com els TF afecten l’expressió gènica. Es posa el genoma en un seqüenciador i mirem on s’uneix.
Exemple de cop funciona el chip on chip
Si trobes una seqüència molts cops és que el FT de transcripció s’hi ha unit també molts cops. Van fer
ChIP-on-chIP contra SOX2 Oct4 i Nanog i van mirar tots els gens als que s’unien aquets FT, i varen trobar
353 gens comuns → 3 FT que s’uneixen al mateix promotor, solapament de les regions d’unió de Oct4,
Nanog i SOX2. Això es pot veure mitjançant un diagrama de Vern.
Com es mira si els gens estan actius o reprimits al chip on chip?
- Microarray: Un robot té els gens d’un organisme que es comparen per hibridació i es dona un senyal fluorescent de manera que sabem si s’expressa (d’un tipus cel·lular).
- Seqüenciació: Podem saber la quantitat de còpies d’una seqüència
