Tema 6

Question 1

Tipos de RNA polimerasa en eucariotas

Answer 1

Pol I. RNA prerribosomico 28S, 18S y 5,8S
Pol II. Encargada de la transcripción, puede reconocer miles de promotores.
Pol III. RNAt, rRNA 5S y RNA especializados.
Las plantas tienen una cuarta. RNA de interferencia
Las mitocondrias tienen su propia polimerasa

Question 2

Secuencias de los promotores.

Answer 2

Secuencias consenso. TATA (posicion -30) e Iniciadoras (posición +1)
Secuencias reguladoras. Pueden alejarse aguas arriba de la unión de la polimerasa al DNA

Question 3

Diferencias de RNA polimerasa en eucariotas y en bacterias.

Answer 3

En eucariotas hay 3, que son mucho más complejas y necesitan factores de transcripción.

Question 4

Subunidades de la RNA Pol II

Answer 4

RBP1. Homóloga a la beta prima de las bacterias.
RBP1. Homóloga a la beta.
RBP3 Y RBP11. Cierta homología a las subunidades alfa

Question 5

¿Qué es la maquinaria general de transcripción?

Answer 5

Complejo multiproteico formado por la RNA Pol II y los factores de transcripción unidos por numerosos contactos proteína-proteína. Los factores de transcripción optimizan la elogacion y coordinan las modificaciones post traduccionales.

Question 6

Ensamblaje e inició de la transcripción

Answer 6

Se une la TBP a la secuencia TATA (es parte del TFIID) y se crea el complejo de pre inicio cerrado al incorporarse TFIIB, TFIIA, TFIIE, TFIIF Y TFIIH.
La helicasa del TFIIH desenrolla el DNA en el promotor y se firma el complejo de inicio abierto.
La actividad quinas de TFIIH fosforila el RNA en el CTD que produce un cambio conformacional que forma el complejo de elongación y permite la síntesis de mRNA.

Question 7

Elongación y terminación

Answer 7

Tras 60-70nucleotidos, el TFIIE y el TFIIH se liberan. El TFIIF permanece durante toda la elongación. Para terminar se desfosforila la RNA Pol II

Question 8

¿Qué factor de transcripción participa en la reparación por escisión de nucleótido?

Answer 8

TFIIH. Participa en el complejo de reparación pr escisión de nucleótido, uniendo lo a la lesión correspondiente. Su mal funcionamiento se asocia a ciertas enfermedades genéticas

Question 9

Inhibición de la RNA Pol II

Answer 9

Actinomicina D y acridina. Se intercala entre el DNA e impide la transcripción.
Rifampicina. Se une a la subunidad beta de bacterias.
Alfa-amanitina. Bloquea la RNA Pol II y la III. No afecta a su propia RNA Pol II

Question 10

¿Qué es la maduración del RNAm?

Answer 10

Proceso tras la transcripción por el cual se crea e transcrito maduro sin intrones (no codificantes) a partir del transcrito primario. Las más importantes se producen en mRNA de eucariotas y tRna De bacterias y eucariotas.

Question 11

Mecanismos de maduración de mRNA

Answer 11

Corte y empalme
Casquete en 5’
Cadena de poli A en 3’
Degradación

Question 12

Cap 5’

Answer 12

Se añade un residuo de 7-metil guanosina e el extremo 5’ mediante enlace 5’-5’-trifosfato. En los 2’-OH de los nucleótidos pueden contener grupos metilo derivados de la S-adenosil metionina.
Se usa para proteger e RNAm de ribonucleasas y como sitio de unión al ribosoma

Question 13

Tipos de intrones

Answer 13

Del tipo I y del tipo II
De espliceosoma
Intrones de tRNA

Question 14

Intrones de tipo I y II

Answer 14

Son de autocorte y empalme,cada uno tiene un mecanismo. No necesitan enzimas ni ATP.
Están en genes nucleares, mitocondriales y de cloroplastos, y en algunas bacterias

Question 15

Intrones de espliceosoma

Answer 15

Se procesan en el complejo del espliceosoma. Son os más comunes y frecuentes en genes que codifican proteínas en eucariotas

Question 16

Intrones de tRNA

Answer 16

Requieren enzimas y ATP, una endonucleasa que corte l transcrito primario y una ligasa dependiente de ATP que empalme los exones

Question 17

Corte y empalme de intrones de tipo uno

Answer 17

El 3’-OH de un residuo de guanosina realiza un ataque nucleofílico en el enlace fosfodiéster del final del primer exon y libera el extremo 5’ del intron. Después el extremo 3’ del exon liberado realiza un ataque nucleofílico al extremo 3’ Del intron separandolo del segundo exon. Después se unen los Exones.

Question 18

Mecanismo de corte y empalme de intrones de tipo II

Answer 18

Es similar al del tipo pero el ataque nucleofilico lo produce el extremo 2’ de un rwiduo d adenina del propio intron en el extremo 3’ del exo. Al separar el extremo 5’ del intron se forma un intermedio de tipo lazo con enlace fosfodiéster 2’-5’

Question 19

Mecanismo de corte y empalme de intrones de espliceosoma

Answer 19

Se forma un intermedio de tipo lazo como en intrones del tipo II. El espliceosoma está formados por snRNPs, complejos RNA-Proteína, cada uno con 10 proteínas y un SNRNA. Hay 5 tipos: U1, U2, U4, U5, U6

Ls sitios de corte se señalan con GU en el exfremo 5’ y AG en el 3’.
UTILIZA ATP

Question 20

Adición de la cola de poli A

Answer 20

La RNA Pol II sintetiza RNA más allá del sitio de poli A. A la señal de corte se le une un complejo enzimático con una endonucleasa, que cortará el RNA por el sitio de corte, y una adenilato polimerasa, que sintetizara la cadena de poli A.
Proteg de la Degradación enzimática y es sitio de unión a proteínas.

Question 21

¿Por qué un gen puede dar lugar a varios productos?

Answer 21

Por la maduración diferencial del RNA, se pueden crear distintos transcritos maduros a partir de un transcrito primario.

Question 22

¿El sitio de adición de poli A es siempre el mismo?

Answer 22

No, hay varios. Lo cual genera diversidad y la posibilidad de conseguir productos distintos a partir de un gen.

Question 23

Ejemplo de maduración diferencial

Answer 23

Calcitonina en ratas. Según el sitio de adición de poli A, se formará la Calcitonina o se formará una proteína relacionada con el gen de la Calcitonina (CGRP)

Question 24

Procesamiento de tRna y rRNA

Answer 24

Sufren modificaciones posteriores a la transcripción, sobre todo en las bases (inosina y Pseudouridina). Se forman además por procesamiento de precursores de mayor tamaño que se van degradando y haciendo más pequeños

Question 25

¿miRNAs?

Answer 25

Son RNAs cortos, no codificantes de plantas y animales. Se unen al mRNA para alterar la traducción y afectan a la expresión génica

Question 26

Síntesis de microRNA

Answer 26

El precursor es un RNA de mayor tamaño que es procesado. La endonucleasa Drosh y la DGCR8 lo degradan. La exportina y la Ran la llevan al citoplasma, ahí la endonucleasa Dicer la procesa hasta dsRNA y una helicasa elimina una de las hebras. El MicroRNA maduro se une al complejo de silenciamiento inducido POR RNA (RISC) y este se une a una secuencia complementaria del RNAm.

Si la complementariedad es casi perfecta, el mRNA se degrada y no se traduce.
Si es parcial, se bloquea la traducción

Question 27

Propiedades de las ribozimas

Answer 27

Sustrato: RNA
Se inactiva por desnaturalización.
Afinidad or el sustrato.
Km
Sitio activo.
Es saturable.
Inhibición competitiva

Question 28

Ejemplos de Ribozimas

Answer 28

Intrones del grupo I
Ribozimas en cabeza de martillo
RNasas P

Question 29

Degradación de RNAm celulares

Answer 29

Regula la expresión génica. En bacterias mRNA vive unos minutos y en vertebrados unas horas. Se degrada por medio de ribonucleasas
La estructura en horquilla de terminadores independientes de rho en bacterias y, el cap 5’ y la cola de poli A de eucariotas pueden extender la vida media

Question 30

Mecanismo de la transcripción inversa

Answer 30

Los retrovirus tienen una transcriptasa inversa que permite sintetizar DNA a partir DE RNA, formando un híbrido RNA-DNA. El RNA se degrada por esa misma enzima y sintetiza una cadena de DNA complementaria a la que ya tenía. Así crea DNA de doble cadena. Todo en presencia de Iones Magnesio como la DNA Pol y carece de actividad exonucleasa 3’-5’

Question 31

RNA replicasa

Answer 31

Enzima de virus de cadena sencilla de RNA no codificante, de cadena sencilla RNA codificante o de doble cadena de RNA. No tienen fases de DNA. Sintetiza RNA a partir de RNA.

Question 32

Telomeros. Estructura

Answer 32

So extremos cohesionados. El más largo es el extremo 3’, rico en TG, y el más corto es el 5’ con CA. Al ser cohesionados no existe hebra suficiente para añadir un cebsdor y replicarlo de forma normal

Question 33

Telomeros. Replicación

Answer 33

Se utiliza una telomerasa, una transcriptasa inversa especializada que contiene un cebador de RNA con una secuencia rica en CA que se aparean con la cadena TG y la extiende. La hebra complementaria de CA se sintetiza por una DNA polimerasa que utiliza un cebsdor creado por una RNA primasa