Tema 4

Question 1

Procesos que mantienen con fidelidad y transmiten el material genético

Answer 1

Replicación, revisión y reparación, y recombinación del DNA

Question 2

¿Cómo se nombran los genes de las bacterias?

Answer 2

Todas las letras en minúscula y en cursiva. Si hay varios tienen una letra mayúscula al final que los identifica (A, B, C..)

Question 3

¿Cómo se nombran las proteínas en bacterias?

Answer 3

Primera letra en mayúscula, demás en minúscula y después, si son varias, llevan una letra mayúscula para ordenarlas (A, B, C…)

Question 4

¿Cómo se nombran los genes en eucariotas?

Answer 4

Varía según la especie.

En un tipo de levadura se escribe todo en mayúsculas, un número después y todo en cursiva

Question 5

¿Cómo se nombran las proteínas de eucariotas?

Answer 5

Varía entre especies pero en la levadura “x”, la primera letra en mayuscula, las demás en minúscula, el número como en el gen y la p de proteína al final

Question 6

Reglas que rigen la replicación del DNA en todos los organismos

Answer 6

Es semiconsertiva. Empieza en un origen y se hace de forma bidireccional y semidiscontinua. SIEMPRE 5’-3’

Question 7

¿Por qué la replicación es semiconservativa?

Answer 7

Porque según el experimento Meselson-Stahl, sabemos que el genoma se reparte por igual entre los genomas hijos. Ya que cada hebra del DNA actúa como molde

Question 8

¿Cómo se forman las cadenas nuevas de DNA?

Answer 8

Se añaden nucleósidos trifosfato al extremo 3’ de la cadena que se está sintetizando

Question 9

¿Qué es la hebra continua?

Answer 9

La hebra del DNA que se sintetiza de forma continua y en la dirección que sigue la horquilla de replicación

Question 10

¿Qué es la hebra rezagada?

Answer 10

La hebra de DNA que se sintetiza de forma discontinua en fragmentos de Okazaki y e sentido contrario a la horquilla de replicación

Question 11

¿Qué enzimas se encargan de degradar el DNA? ¿De importancia en la replicación?

Answer 11

Las DNasas.

Las endonucleasas y las exonucleasas

Question 12

Endonuclesas

Answer 12

Degradan el DNA en un punto específico de la molécula, haciéndola cada vez más pequeña

Question 13

Exonuclesas

Answer 13

Degradan el DNA desde los extremos. Pueden funcionar en dirección 5’-3’ o 3’-5’

Question 14

Mecanismo de elongación de una cadena de DNA

Answer 14

El sustrato son nucleósidos trifosfato. El OH de la cadena que se está sintetizando produce un ataque nucleofílico (en presencia de iones Magnesio de la polimerasa) en el fosfato alfa del nucleósidos que se va a incorporar, rompiendo en el enlace entre el alfa y el beta, y formando piro fosfato. Ese último enlace del piro fosfato también se hidroliza ya que es muy rico en energía y así la reacción de formación de la cadena podrá ocurrir con mayor facilidad ya que G<0

Question 15

¿Qué necesita la DNA polimerasa antes de ponerse a funcionar?

Answer 15

Una hebra molde y un cebador

Question 16

Qué es un cebador

Answer 16

Es un fragmento de ácido nucleicos (RNA normalmente) que contiene un extremo 3’OH donde la DNA polimerasa puede empezar a unir nucleótidos

Question 17

Centro activo de la DNA polimerasa

Answer 17

Tiene dos regiones.
Sitio de inserción. Donde se coloca el nucleótido nuevo que formará el enlace fosfodiéster.
Sitio de post inserción. Donde se coloca el par de bases que acaba de formar el enlace

Question 18

¿Qué es la procesividad?

Answer 18

Es el número de nucleótidos que una polimerasa puede colocar antes de disociarse del DNA

Question 19

¿Cuántos errores comete la DNA polimerasa de bacterias?

Answer 19

1 por 10000 o 100000 bases pero gracias a la revisión y reparación de errores disminuye hasta 1 por billón o diez billones

Question 20

¿La complementariedad de bases nitrogenadas ayuda a disminuir la tasa de error?

Answer 20

Sí ya que la unión correcta de las bases es geométrica mente complementaria al centro activo de la DNA polimerasa

Question 21

Actividad exonuclesa 3’-5’

Answer 21

Es la actividad correctora de pruebas que permiten eliminar el nucleótido incorrecto recién incorporado a la cadena que se está sintetizando. Inhibe la traslocacion a la polimerasa para que no pueda seguir colocando nucleótidos y elimina el incorrecto.

Question 22

DNA polimerasas de bacterias (5)

Answer 22

I. Tiene baja procesividad y es lenta en la polimerizacion. Pero sirve para tareas de recombinación y reparación (Tiene las dos actividades exonucleasas)
III. Es la encargada de la replicación.
II, IV Y V. Actúan en la reparación del DNA.

Question 23

Actividad exonucleasa 5’-3’

Answer 23

Es la que se encarga de la traslación de la mella. Reemplaza por ejemplo los cebadores por DNA.

Question 24

Dónde reside la actividad nucleasa 3’-5’

Answer 24

En el fragmento de Klenow, un dominio proteico que se puede aislar por tratamiento proteolítio suave y carece de actividad exonucleasa 5’-3’

Question 25

Partes de la DNA polimerasa III de bacterias

Answer 25

10 subunidades en 3 complejos.
Polimerasa núcleo. Alfa (polimerizacion), epsylon (actividad exonuclesa 3’-5’) y tita.
Complejo de carga de la abrazadera. Dos subunidades núcleo.
Abrazadera deslizante beta. Dos polimerasas núcleo que aumentan la procesividad, impidiendo que la polimerasa se disocie

Question 26

Traslacion de la mella (nick)

Answer 26

Se sustituye un fragmento de cadena por otro. Sólo realizable por la Polimerasa I.
Actúan conjuntamente la exonucleasa 5’-3’ (degrada el fragmento) y polimerasa 5’-3’ (sintetiza un fragmento de DNA)

Question 27

Sistema replicasa o replisoma de bacterias

Answer 27

Enzimas y factores proteicos que necesita la replicación.
Helicasas. Usan ATP para separar las hebras.
Topoisomerasas. Relajan la tensión formada por la separación de las hebras.
Proteínas de unión al DNA. Estabilizan las cadenas separadas.
Primasas. Sintetizan los cebadores.
Ligasas. Unen los fragmentos de DNA.

Question 28

Iniciación de la replicación en bacterias. Sitio de inicio y objetivo.

Answer 28

Un único sitio d inicio. OriC
Proteínas que se unen al sitio R para iniciar. Proteína DnaA
Region rica en A y T para el desenrollamiento del DNA.
El objetivo es separar las hebras de DNA para formar el complejo precebador

Question 29

Elongación de la hebra conductora

Answer 29

DnaG (Primasa). Coloca el cebador.
Esta interacciona con la DnaB (helicasa) aunque avanza en dirección opuesta.
La Pol III extiende la cadena conductora en dirección 5’-3’, unida a la DnaB que, a su vez, est unida a la cadena opuesta (molde)

Question 30

Elongación hebra rezagada

Answer 30

Se sintetiza el cebador y una mitad del dimero asimétrico de La polimerasa III sintetiza la cadena de nucleótidos en sentido contrario al avance de la horquilla de replicación.
Se forma una estructura tipo lazo en la zona de síntesis e la hebra rezagada para que vaya al mismo lado que la horquilla de replicación.
Para cada fragmento de Okazaki se necesita una abrazadera deslizante distinta

Question 31

¿Cómo se carga la abrazadera deslizante beta?

Answer 31

La abrazadera lleva unidas moléculas de ATP, lo cual fuerza la apertura de la abrazadera. Esto permite que se coloque con el cebador junto a la hebra rezagada de DNA. Se hidroliza el ATP a ADP y se cierra la abrazadera permitiendo que coloque el cebador o fragmento de Okazaki

Question 32

Eliminación de fragmentos de Okazaki

Answer 32

La actividad exonucleasa 5’-3’ degrada los fragmentos de Okazaki, la Pol I es la que se 3ncarga también de sintetizar el DNA que llene espacio dejado por el fragmento y la DNA ligasa sella la mella

Question 33

Funcionamiento de la DNA ligasa

Answer 33

Enlaza el 3’OH de un nucleótido y el 5’ PO4-, que debe estar activado por unión de AMP. El extremo 3’ realiza un ataque nucleofílico al fosfato, quitando de en medio el maldito AMP :)

Question 34

Terminación de replicación en bacterias.

Answer 34

Las dos horquillas de replicación llegan a las secuencias Ter. Estas atrapan a las horquillas impidiendo que sigan y la proteína Tus llega para disociar la DNA polimerasa

Question 35

Replicación en eucariotas (Diferencias o puntos a tener en cuenta)

Answer 35

Más compleja y lenta. Más orígenes de replicación.
Se replica el genoma completo una por ciclo celular.
Esta muy regulado por ciclinas y quinasas.
Las ciclinas son marcadas con ubiquitina para su posterior destrucción proteolitica

Question 36

Inicio en eucariotas

Answer 36

Se necesita un complejo prerreplicativo
La etapa limitante es la carga de la helicasa y aparece el complejo de reconocimiento del origen de replicación (ORC) que incorpora una helicasa.
La helicasa es un hexamero conocido como proteínas de mantenimiento de minicromosomas

Question 37

DNA polimerasa de EUCARIOTAS

Answer 37

Alfa. Polimerasa y Primasa. Carece de actividad exonucleasa 3’-5’. Sintetiza los cebadores
Ro. (Sintetiza la cadena rezagada) Actividad correctora de errores 3’-5’
Epsylon. (Sintetiza la cadena conductora) Actividad correctora de errores 3’-5’

Question 38

Terminación en eucariotas

Answer 38

Termina en los extremos lineales de los cromosomas, telomeros, que no se pueden replicar de forma normal 🤙

Question 39

¿Qué es el aciclovir/acicloGTP?

Answer 39

Es un inhibido competitivo procedente de virus que se une a la DNA polimerasa y al no tener extremo 3’ sirve de terminador de la replicación

Question 40

¿Cómo puede dañarse el DNA?

Answer 40

Por procesos espontáneos o acción de agentes ambientales

Question 41

Principales daños del DNA

Answer 41

Apareamiento incorrectos, base no habituales, dimeros de pirimidinas (T principalmente) y roturas de cadena (por radiación ionizante o radicales libres)

Question 42

Apareamiento incorrectos tras la replicación

Answer 42

Errores no corregidos durante la replicación. Se utiliza la cadena complementaria para arreglarlo. Se sabe cual es la buena y cual es la mala por metilación, la cadena parental está metilada por la metilasa Dam y la hebra no metilada (la mala) es cortada por la enzima MutH, la exonucleasa I degrada el error, la polimerasa III sintetiza y la ligasa sella

Question 43

Reparación por escisión de base

Answer 43

Lo más frecuente es la desaminacion de la adeninaby la citosina. La DNA glucosilasa rompe el enlace N-glicosídico y crea sitios AP. El Uracilo se elimina por Uracilo DNA glucosilasa. AP endonucleasa corta en el sitio correspondiente, la exonucleasa I 5’-3’ sintetiza el fragmento y la ligasa sella la mella

Question 44

Reparación de dimeros de pirimidina

Answer 44

Dos pirimidinas de la misma cadena se unen distorsionando la estructura (luz ultravioleta). Las fotoliasas utilizan la luz para repararlos pero no se encuentran en humanos o mamíferos placentarios

Question 45

¿Cómo se pueden reparar roturas de doble cadena, entre cruzamiento de doble cadena o lesiones en DNA de cadena sencilla?

Answer 45

Utilizando otro cromosoma como molde (recombinación) o la síntesis de DNA propenso al error

Question 46

Recombinación en procariotas

Answer 46

Para la reparación del DNA

Question 47

Recombinación en eucariotas

Answer 47

Para la segregación equitativa de material genetico durante la meiosis y para el aumento de la diversidad genética en los gametos.

Question 48

Recombinación en virus

Answer 48

Aumenta la virulencia y la resistencia a antvirales