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Introduction à la génétique moléculaire (SBM-1004) > Structure de l'ADN et de l'ARN > Flashcards

Structure de l'ADN et de l'ARN Flashcards

1
Q

De quelles 2 molécules est composé un nucléoside?

A

Une base azotée et un sucre

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Q

De quelles 3 molécules est composé un nucléotide?

A

Un sucre, une base azotée un phosphate

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3
Q

Par quel type de lien la base et le sucre d’un nucléoside sont-ils reliés

A

Liaison glycosyle

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4
Q

Par quel type de lien le groupement phosphate est-il attaché au sucre dans l’ADN?

A

Liaison phosphoester

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5
Q

Quels liens forment le squelette régulier sucre-phosphate (lien entre chaque nucléotide)?

A

Lien phosphodiester

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6
Q

Quelles bases forment la classe des purines?

A

Adénine et guanine

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7
Q

Quelles bases forment la classes de pyrimidines?

A

Cytosine et thymine

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8
Q

Sous quels états tautomériques existent les bases A et C?

A

Formes amino et imino

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9
Q

Sous quels états tautomériques existent les bases T et G?

A

Formes céto et énol

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10
Q

Quel type de liaison relie les bases des brins opposés?

A

Liens hydrogènes

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11
Q

Combien de liaisons hydrogènes génèrent les base G:C?

A

3

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12
Q

Combien de liaisons hydrogènes génèrent les base A:T?

A

2

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13
Q

Par quels 3 facteurs est influencée la stabilité thermodynamique de l’hélice?

A
  • L’entropie
  • L’empilement des bases
  • Influences hydrophobes-hydrophiles
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14
Q

Comment l’entropie stabilise-t-elle la double hélice?

A
  • Chaque liaison H entre 2 bases provient de la disparition d’une liaison H préexistante avec une molécule d’eau
  • Quand les brins sont séparés, les molécules d’eau sont alignées sur le bord de la chaîne
  • Quand les bruns s’apparient, les molécules d’eau sont chassées ce qui créé de l’entropie et stabilise l’hélice
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15
Q

Comment l’empilement des bases stabilise-t-elle la double hélice?

A

Les bases ont une tendance à s’empiler de façon perpendiculaire à l’hélice ce qui crée une interaction entre les nuages électroniques de noyaux délocalisés.

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16
Q

Comment les influences hydrophiles/hydrophobes stabilisent-elles la double hélice?

A

La dualité entre le squelette sucre-phosphate polaire et les bases non-polaires créé une influence stabilisatrice. Les forces hydrostatiques créent une forte pression qui colle les 2 brins.

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17
Q

Pourquoi est-il impossible d’apparier une cytosine à une adénine?

A

Puisque deux atomes accepteurs se feront face, il n’y aura aucune place pour y introduire une molécule d’eau nécéssaire à la liaison.

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18
Q

Dans le pivotement des bases, les bases retournées peuvent servir de ligand à des enzymes qui participent à quels processus?

A
  • La méthylation des bases
  • La réparation de l’ADN
  • La recombinaison homologue
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19
Q

Vrai ou faux.

Le pivotement des bases est un processus gourmand en énergie.

A

Faux, car les bases sont retournées une à la fois.

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20
Q

Quelle est la périodicité de l’ADN?

A

10 pb/tour

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21
Q

Chaque paire de base est décalée de la précédente de quel angle?

A

36 degrés

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22
Q

Quels angles séparent les 2 sucres de chaque paire?

A

120 pour le petit sillon et 240 pour le grand sillon

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23
Q

Pourquoi le petit sillon n’est-il pas aussi riche en information?

A

Parce que le profil chimique des paires de bases A:T et T:A est identique, donc impossible de les différencier

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24
Q

Quelle forme de l’ADN est la plus près des conditions physiologiques?

A

La forme B

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25
Q

Quelles est une conséquence de l’arrangement en “hélice d’avion” des paires de bases?

A

Production de grands et petits sillons de largeurs différentes

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26
Q

Quelles configurations peuvent adopter les liaisons glycosyle reliant les bases aux sucres?

A

Syn ou anti

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27
Q

Quelle configuration emprunte la liaison glycosyle dans l’ADN à hélice à droite?

A

Toujours anti

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28
Q

Quelle configuration emprunte la liaison glycosyle dans l’ADN à hélice à gauche?

A
  • Anti pour les résidus pyrimidiques

- Syn pour les résidus puriques

29
Q

Quelle condition doit être respectée pour retrouver de l’ADN-Z en solution?

A

Il doit y avoir une concentration élevée en ions positifs.

30
Q

Comment appelle-t-on la renaturation des 2 brins de la double hélice?

A

Hybridation

31
Q

Qu’est-ce que l’hyperchromicité?

A

Quand la température d’une solution d’ADN est augmentée, on observe une forte augmentation de l’absorbance à 260 nm

32
Q

De quels 2 facteurs la température de fusion de l’ADN dépent-elle?

A
  • Son contenu en bases G:C

- La force ionique de la solution

33
Q

Quelle est l’influence de la force ionique sur la température de fusion d’une solution d’ADN?

A

Plus la force ionique de la solution est élevée, plus la Tm augmente

34
Q

Pourquoi la Tm augmente avec l’augmentation d’un contenu en bases C:G?

A
  • Parce que les paires de bases C:G ont 3 liens H contre 2 liens H pour les paires de bases A:T (donc plus stable)
  • Parce que la force d’empilement d’une paire G:C est plus stable
35
Q

Vrai ou faux.

Les molécules d’ADN sont toutes linéaires avec 2 extrémités libres.

A

Faux, certains virus et bactéries sont circulaires

36
Q

Quelle est la différence topologique entre l’ADN linéaire et l’ADN circulaire?

A

L’ADN circulaire est topologiquement contrait, car le nombre absolue de tours est limité

37
Q

Qu’est-ce que le nombre d’enlacement (linking number)?

A

Le nombre de fois qu’un brin d’ADN ciruclaire doit passer à travers l’autre pour que les 2 brins soient séparés

38
Q

Le nombre d’enlacement est la somme de quelles 2 composantes géométriques?

A
  • Le nombre de torsion

- Le nombre de supertours

39
Q

Qu’est-ce que le nombre de torsion?

A

Nombre de tours d’hélice d’un brin autour d’un autre

40
Q

Qu’est-ce qu’un supertour?

A

L’ADN s’entrecroise sur lui même

41
Q

Quels sont les deux types de supertours possibles?

A
  • Supertour plectonémique (torsade correspondant à un enroulement de l’axe longitudinal sur lui même)
  • Supertour toroïdal (enroulement autour d’un cyclindre imaginaire)
42
Q

Quelle est la contrainte d’ordre mathématique sur les nombres de torsions?

A

Nombre de torsions + nombre de supertours = nombre d’enlacements

43
Q

Que permet l’enzyme Dnasel?

A

Éliminer le surenroulement et relâcher l’ADN

44
Q

À quoi peut servir un surenroulement négatif?

A

Emmagasinage d’énergie libre

45
Q

Quelle tendance ont les régions de l’ADN qui présentent un surenroulement négatif?

A

Tendance à se désenrouler partiellement

46
Q

Qu’est-ce qu’un nucléosome

A

Petite structure dans laquelle l’ADN nucléaire des cellules eucaryotes est compacté

47
Q

Quel est le pas des enroulements dans les nucléosomes?

A

À gauche

48
Q

Quelle est la seule façon de modifier le nombre d’enlacement dans un ADN topologiquement contraint?

A

En introduisant une coupure du squelette sucre-phosphate (ex: avec des enzymes)

49
Q

Quel est le rôle général des topoisomérases?

A

Introduire une coupure transitoire d’un ou deux brins de l’ADN

50
Q

Quel est le mode d’action de la topoisomérase I?

A

Catalyse la coupure transitoire d’un seul brin, passe le brin non coupé dans la brèche et referme derrière la coupure.

51
Q

Quel est le mode d’action de la topoisomérase II?

A

Coupe transitoirement les 2 brins de l’ADN, passe la partie intacte de l’ADN à travers la brèche et referme la coupure derrière en formant 2 liens phosphodiesters.

52
Q

Quelle est la différence en matière d’énergie entre les 2 types de topoisomérases?

A

La topoisomérase I n’utilise pas d’ATP alors que la topoisomérase II utilise l’énergie chimique obtenue de l’hydrolyse de l’ATP

53
Q

Qu’est-ce que l’ADN gyrase?

A

Topoisomérase de type II chez les procaryotes qui introduit des surenroulements négatifs au lieu de les éliminer

54
Q

Qu’est-ce que la caténation?

A

La liaison d’ADN circulaires ensemble

55
Q

Qu’est-ce que la décaténation?

A

La séparation d’ADN circulaires ensemble

56
Q

Quel est le rôle des topoisomérase dans les chromatides soeurs?

A

Permet de les séparer lors de la mitose

57
Q

À quoi sert l’énergie chimique provenant de la liaison phosphodiester clivée par les topoisomérase?

A

À ressouder les 2 extrémités coupées de l’ADN

58
Q

Quelle est la signature des topoisomérases de type II?

A

Chaque sous-unité possède un foyer catalytique portant une tyrosine afin de permettre la coupure simultanée des 2 brins de l’ADN

59
Q

Par quelle méthode de biologie moléculaire les topoisomères de l’ADN peuvent-ils être séparés?

A

Par électrophorèse sur gel d’agarose

60
Q

Quel est le rôle de l’éthidium?

A

S’intercale entre les bases adjacentes de l’ADN, ce qui diminue l’enroulement de l’ADN et relâche les ADN circulaires

61
Q

Sur quels 3 éléments l’ARN diffère-t-il de l’ADN?

A
  • Le sucre de l’ARN est le ribose à la place du désoxyribose
  • Les ARN contiennent de l’uracile à la place de la thymine
  • Les ARN sont monocaténaires (simple brin)
62
Q

Vrai ou faux.

Il existe une faible proportion de l’ARN de doubles hélices.

A

Faux, elle se replie souvent sur elle même pour former des doubles hélices.

63
Q

Nommer quelques exemples de structures secondaires de type tige-boucle

A
  • Épingles à cheveux
  • Hernies
  • Simples boucles
64
Q

Qu’est-ce que les pseudo-noeuds?

A

Structures secondaires complexes résultant de l’appariement des bases en régions éloignées

65
Q

Quelle paire de base additionnelle qui n’est pas de type Watson-Crick est présente dans l’ARN?

A

Les bases G:U

66
Q

À quelle conformation de l’ADN l’ARN double hélice ressemble-t-elle?

A

L’ADN-A

67
Q

Quels types d’ARN sont des enzymes?

A

Les ribozymes

68
Q

Nommer les caractéristiques typiques des enzymes présentes dans les ribozymes.

A
  • Site actif
  • Site de fixation du substrat
  • Site de fixation d’un cofacteur
69
Q

Où retrouve-t-on le ribozyme à tête de marteau?

A

Dans les viroïdes (agents infections des plantes)

Introduction à la génétique moléculaire (SBM-1004) (9 decks)

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